쟁점아파트의 양도차익 중 9억원 초과분에 대하여 1세대 1주택 특례기준에 따라 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 등

1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 중과배제주택으로 쟁점아파트를 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에서 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2019.7.15. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 오OOO 외 1인에게 OOO원에 양도하였고, 2019.7.19. 전체 양도차익 중 OOO원 초과분에 대해 1세대 1주택 특례기준을 적용하여 양도소득 OOO원과 과세표준 OOO원을 산정한 후, 양도소득세 OOO원을 예정신고 납부하였다.

나. 청구인은 2019.9.25. 위의 OOO원 초과분에 대하여 1세대 3주택 중과세 규정을 적용하여 산정된 양도소득금액(OOO원)을 당초 신고분에 추가하고, 관련 양도소득세 OOO원을 수정신고·납부하였다.

다. 청구인은 2019.10.15. 처분청에 위 수정신고·납부세액에 대하여 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 2019.12.10. 처분청은 거부통지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점아파트는 주택전체로서「소득세법 시행령」제155조에 따른 1세대 1주택 특례를 충족하는 주택에 해당하므로, OOO 초과분에 대한 양도차익도 1주택자의 양도차익에 해당한다. 대법원 판례(대법원 2015두37235, 2016.1.28.)에서는「소득세법」제89조제1항 제3호는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택 뿐만 아니라, 그 가운데 비과세 범위에서 제외되는 고가주택에 대해서 규정하고 있다고 하였는바, 이에 따르면「소득세법」제89조제1항 제3호의 비과세 범위에서 제외되는 고가주택이란 비과세 범위에서는 제외되지만, 여전히「소득세법」제89조제1항 제3호의 요건을 충족시키는 주택인 것이다. 이러한 대법원의 판단은「소득세법」제89조제1항 제3호의 고가주택에 대해서는「소득세법」제95조제3항 및「소득세법 시행령」제160조에 따라 고가주택의 양도차익 중 OOO원을 차감하여 계산하지만, 그 외 비과세요건을 갖추지 못한 고가주택에 대해서는 그 양도가액이 OOO원을 초과하더라도, 양도차익 중 OOO원을 차감하지 않는다는 사실을 보더라도 적정함을 알 수 있다. 또한,「소득세법」제89조제1항 제3호의 고가주택에 대해서는 1주택에만 허용되는「소득세법 시행령」제154조제3항의 겸용주택규정이 적용되지만, 그 외 1주택 요건을 갖추지 못한 고가주택에 대해서는 그 양도가액이 OOO원을 초과하더라도,「소득세법 시행령」제154조제3항의 겸용주택 규정이 적용되지 않으므로「소득세법」제89조제1항 제3호의 고가주택은 단순히 양도가액이 OOO원을 초과하는 주택이 아니라, 1주택 요건을 갖춘 주택 중 양도가액이 OOO원을 초과하는 주택임을 알 수 있다.

「소득세법」제89조제1항 제3호의 요건 중 나목인,「소득세법 시행령」제155조(1세대 1주택 특례)를 적용할 때에는, 당해 주택의 양도가액이 소액인지 또는 고액인지에 따라서 주택 수를 달리 판정하는 조문은 없는바, 법원에서도 1세대 1주택 비과세를 판단함에 있어, 소형주택인지 여부는 고려되지 않는다고 판시(OOO지방법원 2010.7.15. 선고 2010구단13 판결 참조)한 사실이 있다. 「소득세법 시행령」제155조는 1세대 1주택 특례를 적용받는 주택에 대한 규정이고, 이 특례를 적용함에 있어 양도가액이 OOO을 초과하는 고가주택에 대해서만 별도로 적용 기준이 다른 것은 아닌바, 즉 시행령 제155조를 적용할 때에는 주택 전체에 대해서 적용하는 것이지, 하나의 주택을 금액별로 구분하여 적용하는 것은 아니다. 쟁점아파트는「소득세법」제89조제1항 제3호 나목인「소득세법 시행령」제155조를 충족하는 고가주택이므로, 시행령 제160조에 따라 OOO이하 양도차익이 차감되어 양도차익을 계산하였는바, 이 점에 대해서는 처분청과 다툼이 없고, 따라서 쟁점아파트는 주택 전체로서「소득세법 시행령」제155조(1세대 1주택의 특례)를 만족시키는 1세대 1주택 특례에 해당하는 것이고, 양도가액 OOO원 초과분에 해당하는 양도차익도 다주택자가 아닌 1주택자의 양도차익에 해당하는 것이므로, OOO원 초과분 양도차익에 대한 3주택 중과세는 배제되어야 한다.

「소득세법」제89조제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제160조에 따른 고가주택 과세의 취지는 사치성 재산인 고가주택에 대해서 양도소득세를 부과하여 계층간 위화감을 해소하고, 고가주택은 가격상승률이 일반주택에 대해서 높을 수 있어 고가주택 양도에 따른 과다한 양도차익에 대해서는 과세해야 한다는 국민의 법감정을 고려하여 고가주택을 비과세제도의 적용대상에서 제외한 것이다. 「소득세법」제104조제7항에 따른 다주택 중과제도는 실수요 보호 및 단기 투기수요 억제를 통한 서민 주거안정 및 실수요자 보호를 최우선가치로 삼고 있는데, 즉 고가주택 과세제도와 다주택 중과제도는 법의 취지와 적용기준이 서로 다른 제도인바, 다주택 주택수를 판정하는 세부기준인「소득세법 시행령」제167조의3에서는 고가주택에 대하여 일반주택과 다르게 주택수를 판단하는 조문은 없고, 처분청이 고가주택에 대한 다주택 중과 기준금액으로 적용한 OOO원은「소득세법 시행령」제156조에 따른 고가주택 기준금액으로서 다주택 중과 제도와는 관련이 없는 기준이며, 고가주택의 OOO원 초과 부분을 별도로 임대하거나 분리 매각할 수 없는 것임에도 불구하고, 고가주택의 일부분에 대해서 다주택 중과로 과세한다는 것은 다주택 중과제도의 취지인 실수요자 보호라는 법의 취지와는 무관한 처분이므로, 쟁점아파트에 대한 3주택 중과세 적용은 배제되어야 한다.

(2) 2012년부터 2018년까지 국세청은 질의회신을 통하여 장기임대주택과 일시적 1세대 2주택을 소유하고 있는 경우에는 일시적 2주택 특례가 적용된다고 반복적이고 일관되게 회신하였다(국세청 부동산거래관리과-1003, 2011.11.30., 부동산거래관리과-1021, 2011.12.7., 부동산거래관리과-316, 2012.6.11., 부동산납세과-33, 2015.1.21., 서면-2015-부동산-195, 2015.3.13., 서면-2018-부동산-2120, 2018.7.11.).특히, 2015년 질의회신(서면-2015-부동산-195, 2015.3.13)에 따르면 장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도, 2년 이상 거주한 주택을 양도하는 경우에는 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있고, 해당 거주주택이 고가주택(실가 OOO원 초과)인 경우「소득세법 시행령」제160조제1항에 따라 양도차익을 산정하고, 장기보유특별공제율은 같은 법 제95조 제2항 표2를 적용하는 것이라고 회신한 바 있다.즉, 장기임대주택을 소유하고 있는 일시적 2주택의 종전주택이 고가주택인 경우에도, 일시적 2주택 특례가 적용되고, OOO원 초과분에 해당하는 양도차익은 1주택자에게 적용되는 장기보유특별공제율이 적용되는 것이므로, 따라서 양도차익 중 OOO원 초과분은 다주택자의 양도차익이 아닌, 1주택자의 양도차익인 것이다.장기임대주택을 보유한 경우, 일시적 2주택 특례가 적용되고, OOO원 초과분에 해당하는 양도차익은 장기보유특별공제가 적용된다는 국세청의 장기간에 걸친 질의회신은 단순한 견해표명이 아닌 공적인 견해표명에 해당하므로, 이를 신뢰하여 쟁점아파트를 양도하였음에도 처분청이 공적인 견해표명과 다른 처분을 한 것은 신의칙에 위배되어 부당하므로 이 건 경정청구는 받아들여져야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점아파트가「소득세법 시행령」제155조에 따른 1세대 1주택 특례를 만족하는 주택에 해당하고 OOO원 초과분에 대한 양도차익도 3주택자가 아닌 1주택자의 양도차익에 해당하는 것이므로 이사건 경정청구 거부처분은 최소 되어야 한다고 주장하고 있으나, 청구인은 쟁점아파트 양도일 현재 거주중인 OOO와 장기임대주택인 OOO을 소유하고 있는바, 청구인이 양도 당시 소유한 주택은「소득세법 시행령」제167조의3제1항 각 호에 의거 중과대상 주택수 계산시 제외되지 아니하므로 1세대 3주택자에 해당하고, 쟁점아파트는 중과배제주택에도 해당하지 아니한다.1세대 3주택자가「소득세법」제104조제7항에 해당하는 주택을 양도하는 경우 양도소득금액은 장기보유특별공제액을 공제하지 아니하고, 양도소득세율은「소득세법」제55조에 의한 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다고 명시하고 있는바, 쟁점아파트는 양도일 현재「소득세법」제104조제7항 제3호에 해당하는 주택에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하고, 1세대 3주택 중과세율을 적용한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 국세청장이 장기임대주택과 일시적 1세대 2주택을 소유하고 있는 경우, 일시적 2주택 특례가 적용된다고 반복적·일관적으로 유권해석을 하고 있으므로 신의성실의 원칙에 따라 이 건 양도소득세 중과세가 취소되어야 한다고 주장하나, 조정대상지역내 주택으로서 1세대 2주택 이상 양도시 중과세율을 적용하는「소득세법」제104조제7항은 2017.12.19. 신설된 조항으로, 제95조 제2항에 의한 장기보유특별공제 제외자산(「소득세법」제104조7항 각 호에 해당하는 자산)과 함께 2018.4.1. 양도분부터 시행(적용)하는 것이다.또한, 최근 국세청 유권해석(부동산납세과-138, 2019.2.14., 법령해석과-2887, 2019.11.1.)에서도「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의2에 해당하는 신축감면주택 또는「소득세법 시행령」제155조제20항의 장기임대주택 외 양도주택이 일시적 2주택에 해당하는 경우「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용하며, 해당 양도주택이 조정대상지역내에 소재하고 고가주택에 해당하는 경우에는 1세대 3주택 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제는 적용하지 아니한다고 일관되게 해석을 하고 있으므로, 이 건 양도소득세 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배된다는 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점아파트의 양도차익 중 OOO원 초과분에 대하여 1세대 1주택 특례기준에 따라 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부(주위적 청구)

② 이 건 양도소득세 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되어 부당한지 여부(예비적 청구)

나. 관련 법령

(1)소득세법 제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획인가 및「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (표 생략)

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.제104조 【양도소득세 세율】

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(2)소득세법 시행령 제155조【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.(이하 생략)

(20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것제160조【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.1.「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군,「지방자치법」제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및「세종특별자치시 설치등에 관한 특별법」제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가.「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록 등을 한 주택으로 한정한다.

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모에 해당하는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택다.「민간임대주택에 관한 특별법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록 등을 한 주택에 한한다.

라.「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택[미분양주택(「주택법」제54조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장·군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1) 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것2) 5년 이상 임대하는 것일 것3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것4) 수도권 밖의 지역에 소재할 것5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 같은 시·군에서 5호 이상일 것{가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시·군에 있는 경우에 한정한다)}마. 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택 중 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택 등"이라 한다)으로 8년 이상 임대하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택바.

「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 중 장기일반민간임대주택 등으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 8년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택5. 「조세특례제한법」제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제시한 심리자료에 의하면, 청구인은 2019.7.15. 조정대상지역에 소재한 쟁점아파트를 오OOO 외 1인에게 OOO원에 양도하고, 2019.7.19. OOO원 초과분에 대하여 1세대 1주택 특례기준을 적용하여 양도소득세 과세표준(OOO원)을 산정한 후 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였으며, 2019.9.25. 위 OOO원 초과분에 대하여 3주택 중과세를 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세 OOO원을 추가 수정신고·납부하였다.

(2) 처분청 및 청구인이 제시한 심리자료에 의하면, 쟁점아파트 양도 당시 청구인이 보유하고 있는 주택현황은 아래 ＜표1＞과 같은바, OOO 소재 아파트는 현재 거주지이고, OOO 소재 주거용 오피스텔은「소득세법 시행령」제155조제20항에 의한 장기임대주택으로, 2013.10.18.「임대주택법」제6조및 같은 법 시행규칙 제3조 3항에 따른 임대사업자등록(2013-OOO-임대사업자-1926)과 2014.1.28.「소득세법」제168조에 따른 부가가치세 면세사업자등록을 완료한 후, 2014.1.29.부터 현재까지 임대를 해 오는 것으로 나타난다.OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점아파트 양도 당시 장기임대주택을 보유하면서 일시적 2주택 요건을 충족하고 있어 쟁점아파트 양도차익 중 OOO원 초과분도 1주택자의 양도차익에 해당하므로 기본세율 및 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법령상 1세대 1주택 비과세 규정과 다주택자에 대한 중과세 규정은 각각 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는「소득세법 시행령」제167조의3제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점아파트를 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 장기임대주택을 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점,「소득세법」제104조제7항 제3호에서 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상 주택 소유자에 대하여는 기본세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 장기보유특별공제는 배제되는 점 등에서 처분청이 쟁점아파트 양도일 현재 3주택 보유자인 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청의 이 건 경정청구 거부처분이 과세관청의 공적인 견해표명에 반하는 것으로 신의칙에 위배되어 부당하다고 주장하나, 쟁점아파트 양도 전후 생산된 최근 국세청 유권해석(부동산납세과-138, 2019.2.14., 법령해석과-2887, 2019.11.1. 등)에서는 장기임대주택을 보유하는 경우에도 양도주택이 조정대상지역내에 소재하고 고가주택에 해당하면 1세대 3주택 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제는 적용하지 아니한다고 일관되게 해석을 하고 있으므로, 이 건 양도소득세 경정청구 거부처분이 신의칙에 위배되어 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.