청구법인이 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 부과 받은 후 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 경정청구를 제기하여 감액경정 받은 경우, 당초 각 사업연도 소득에 대한 법인세 부과시 부과된 가산세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

당초 법인세 신고 시에 포함하여 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 적법히 신고할 의무가 있었음에도 누락하였으므로 신고불성실가산세 부과대상에 해당하나, 결과적으로 과소납부한 세액이 없으므로 납부지연가산세 부과대상에는 해당하지 아니함

1. 처분개요

가. 청구법인은 금융업 및 기타 금융업 관련 회사의 지배 및 경영관리를 주업으로 하는 금융지주회사로, 「법인세법」 제76조의8 등에 따라 2011사업연도부터 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고.납부하고 있다.

나. 청구법인은 2024.3.15. 청구법인의 연결자법인인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)의 법인세 신고내용과 관련하여 2018사업연도의 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 공제되는 임금증가금액 등을 잘못 산정하였다는 이유로 2018사업연도 법인세 OOO원의 경정청구를 제기하였고, 이에 처분청은 이를 일부 받아들여 2024.5.28. 2018사업연도 법인세 OOO원(본세 OOO원, 환급가산금 OOO원)을 환급.결정하였다.

다. 한편, 서울지방국세청장 등은 2024.5.28. 이전에 청구법인 및 연결자법인 등의 2018사업연도 법인세에 대한 세무조사를 실시한 결과, (법인세)과소신고가산세 OOO원(대상금액 OOO원) 및 납부지연가산세 OOO원을 경정.고지한 사실이 있는데, 위 나.의 2018사업연도 법인세 환급.결정 시 위 가산세에 대한 감액.경정을 하지 않았다.

라. 청구법인은 위 가산세 감액.경정과 관련한 부분에 불복하여 2024.7.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「국세기본법」상 과소신고가산세와 납부지연가산세는 국세의 신고 및 납부 의무 위반이라는 요건 하에 해당 국세를 대상으로 부과되는 제재적 성격의 세금인데, 본 사안의 쟁점이 되는 미환류소득에 대한 법인세액은 「법인세법」상 ‘법인세’의 구성항목이고 법인세는 「국세기본법」상 국세의 한 종류이므로, 미환류소득에 대한 법인세액 역시 국세인 법인세의 일부를 이루는 것이다. 위와 같이 과소신고가산세와 납부지연가산세는 모두 본세인 국세의 납세의무를 전제로 그 과세표준과 세액을 기초로 하여 부과되는 것인바, 이는 곧 본세의 과세표준과 세액의 존재 여부에 종속된다는 것을 의미한다. 따라서 본세(법인세)의 과세표준과 세액이 감소하거나 소멸하게 되면 이를 기초로 하는 과소신고가산세 및 납부지연가산세 역시 당연히 그에 비례하여 감액 또는 소멸되어야 한다. (가) 대법원은 "과소신고가산세와 납부불성실가산세는 본세 납세의무의 존재를 전제로 하는 것으로서, 성질상 그 부과의 기초가 되는 ‘부족한 세액’이 없는 이상 가산세 납세의무만 따로 인정될 수 없다"라고 판시한 바 있다(대법원 2018.11.29. 선고, 2015두56120 판결 참조). 이는 가산세 부과의 요건으로서 본세 납세의무의 존재와 그 과세표준 및 세액의 존재를 명확히 한 것으로 본세가 감소하거나 소멸하게 되면 이에 연동하여 가산세 역시 감액 또는 소멸되어야 함을 천명한 것이라 할 것이다. (나) 본 사안의 경우 청구법인의 경정청구로 인해 미환류소득에 대한 법인세액이 감소하게 되었는바, 이는 가산세 부과의 기초가 되는 본세의 과세표준과 세액, 즉 ‘부족한 세액’이 감소 내지 소멸하게 되었음을 의미한다.

그렇다면 미환류소득금액에 대한 법인세액의 감소에 연동하여 그에 부과된 과소신고가산세와 납부지연가산세 또한 감액되거나 소멸되어야 하는 것은 당연한 이치이자 대법원 판례의 논리에 부합하는 해석이다. (다) 요컨대 과소신고가산세와 납부지연가산세는 본세의 납세의무 존부 및 과세표준과 세액을 전제로 그에 종속되어 부과되는 것이므로, 경정청구로 인해 미환류소득에 대한 법인세액이 감소한 이상 이에 부과된 각 가산세 역시 당연히 감액되어야 한다.

(2) 각 사업연도 소득과 미환류소득은 「법인세법」상 구분되지 않는 하나의 통합된 과세단위이다.(가) 처분청은 각 사업연도 소득과 미환류소득이 별개의 과세단위라는 의견이나, 이는 「법인세법」의 규정 체계에 반하는 해석이다. 「법인세법」 제4조 제1항은 내국법인에 법인세가 과세되는 소득을 각 사업연도 소득, 청산소득, 토지 등 양도소득으로 열거하고 있을 뿐, 과세단위를 구분하여 규정하고 있지 않다. 오히려 「법인세법」 제55조 제1항은 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 제13조의 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 금액에 토지 등 양도소득, 미환류소득 법인세액을 합산한 금액으로 한다고 규정하여, 각 세액을 합산하여 하나의 법인세액으로 통합 신고.납부하도록 하고 있다.(나) 미환류소득에 대한 법인세는 비록 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 과세대상을 달리하는 면이 있으나, 이는 조세정책적 필요에 따른 과세표준 및 세율의 차이일 뿐, 과세단위의 구분을 의미하는 것은 아니다. 즉, 미환류소득이라는 특정 소득 유형을 과세대상으로 하는 법인세를 규정한다고 하여, 이를 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 별개의 과세단위로 보아야 할 이유는 없다.

나. 처분청 의견

(1) 미환류소득에 대한 법인세와 각 사업연도 소득에 대한 법인세는 별개의 구분된 과세단위로서, 각 납세의무를 별도로 규정하고 있으므로 가산세 계산도 구분해야 한다. (가) 미환류소득 법인세와 각 사업연도 소득 법인세는 대상으로 하는 소득이 다르다. 미환류소득에 대한 법인세는 기업소득의 일정 비율에서 환류소득을 공제하여 산출되는 ‘미환류소득’을 과세대상으로 하고 있고, 대상소득도 각 사업연도의 소득과는 다르게 ‘현실적으로 투자하거나 지출할 수 있는 재원’인지 여부를 기준으로 하고 있는 반면, 각 사업연도 법인세는 그 사업연도 법인의 소득 그 자체를 과세대상으로 하고 있다. (나) 미환류소득 법인세와 각 사업연도 소득 법인세는 산출세액의 계산 방식에 있어서도 차이가 있다. 미환류소득 법인세는 미환류소득에 100분의 20을 곱하여 산출하는 반면, 각 사업연도 소득 법인세는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준에 「법인세법」 제55조 제1항에 따른 세율을 곱하여 산출하며, 그 세율은 누진세율로 구성되어 있다. 이처럼 미환류소득 법인세와 각 사업연도 법인세는 과세대상이 되는 소득은 물론, 적용되는 세율 등에 있어서 별개의 과세요건에 따라 부과되는 세금인바, 별개의 과세단위에 해당한다. (다) 법인세 과세표준 및 세액조정계산서(「법인세법 시행규칙」 별지 3호 서식)에는 각 사업연도 소득에 대한 법인세, 토지등 양도소득에 대한 법인세 및 미환류소득 법인세의 과세표준과 가산세액 항목을 별도로 두어 이를 명확히 구분하고 있다.

위 신고서식은 세법 및 시행령에서 위임한 사항을 반영한 법정서식이며, 법인세 신고서식에서는 각 소득별(각 사업연도 소득, 토지등 양도소득, 미환류소득) 과세표준에 세율을 적용한 산출세액에 감면·공제세액을 차감하고 가산세액을 가산한 각 소득별 납부세액을 단순 합산하여 차감납부할 세액을 구하고 있다. 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득 법인세는 과세대상소득, 세율, 감면 및 세액공제, 가산세 등에 있어 별개의 과세요건을 갖는 독립된 과세단위로서, 미환류소득 법인세액이 감소하였다고 하여 당초 (각 사업연도 소득에 대한)법인세 과소신고(납부)세액이 감소하는 것은 아니므로 이에 대한 가산세는 감액 대상에 해당하지 아니한다. (라) 청구법인은 과소신고가산세와 납부지연가산세를 통산하여 계산하는 것이라고 주장하나, 각각의 신고·납부 의무 불이행에 따른 가산세를 통산하여 계산하는 법률 규정은 존재하지 아니한다. 성실신고확인서 제출 불성실 가산세를 규정한 「법인세법」 제75조를 보면, (각 사업연도 소득에 대한)법인세 산출세액에 가산세율을 적용하되 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 미환류소득에 대한 법인세액은 제외하도록 하고 있어, 가산세 계산시 (각 사업연도 소득에 대한)법인세액과 미환류소득 법인세액은 구분하여야 하는 별개의 것임을 방증한다.

(2) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고, 비과세 및 조세감면 요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면 요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니된다(대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결 참조). 대법원은 같은 세목에 관하여 여러 종류의 가산세가 부과되면 그 각 가산세 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분으로 보아야 하고, 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 각각 납세고지를 하여야 한다고 판단하였다(대법원 2012.10.18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결의 취지 등 참조).세법이 가산세 통산에 관한 규정을 별도로 두고 있지 않은 점, 가산세 납세고지의 취지 등을 고려하여 볼 때, 법률의 근거 없이 가산세를 통산하여 감액하는 것은 세법을 납세자에게 유리하게 확장·유추하여 해석하는 것으로 허용될 수 없다. 그 밖에 청구법인이 청구이유에서 들고 있는 대법원 판결(2018.11.29. 선고 2015두56120 판결)은 주된 쟁점이 본세 납세의무가 인정되지 않을 때 가산세 납세의무만을 따로 인정할 수 있는지 여부와 관련된 사안이므로 이 사건과는 사실관계와 쟁점이 달라 원용하기에 적절하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과소신고·납부지연가산세의 부과 기준이 되는 정당한 법인세액(신고·납부하여야 할 세액)은 각 사업연도 소득에 대한 법인세액과 미환류소득에 대한 법인세액의 합산액(동일 사업연도)으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액제47조의4(납부지연가산세)

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

(2) 법인세법제4조(과세소득의 범위)

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득제13조(과세표준)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액가. 각 사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액제55조(세율)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조에 따른 과세표준에 다음 각 호의 구분에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 “산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」 제88조 제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다.제60조(과세표준 등의 신고)

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.제75조(성실신고확인서 제출 불성실 가산세)

① 제60조의2 제1항에 따른 성실신고 확인대상인 내국법인이 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 성실신고확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 금액 중 큰 금액을 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.

1. 법인세 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외한다. 이하 이 조, 제75조의2부터 제75조의9까지의 규정에서 같다)의 100분의 5

(3) 법인세법 시행령제97조(과세표준의 신고)

① 법 제60조 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에는 법 제112조에 따른 기장과 법 제14조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 및 그 밖에 필요한 사항을 적어야 한다. 이 경우 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제4조에 따른 외부감사 대상 법인이 「국세기본법」 제2조 제19호에 따른 전자신고를 통하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하는 때에는 그 신고서에 대표자가 서명날인하여 서면으로 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다.

(4) 법인세법 시행규칙제82조(서식)

① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 이 경우 영 제97조 제5항 제1호에 따른 세무조정계산서 부속서류는 제4호, 제5호, 제6호, 제6호의2, 제7호부터 제13호까지, 제15호 및 제16호, 제16호의2, 제17호부터 제29호까지, 제32호부터 제35호까지, 제37호부터 제40호까지, 제40호의2, 제41호부터 제44호까지, 제44호의2 및 제44호의3, 제45호부터 제50호까지, 제50호의2, 제50호의4, 제52호부터 제56호까지의 서류 중 해당 법인과 관련된 서류로 한다.

1. 영 제97조 제2항의 규정에 의한 별지 제1호서식의 법인세 과세표준 및 세액신고서

2. 「농어촌특별세법」 제7조의 규정에 의한 별지 제2호서식의 농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서

3. 영 제97조 제4항에 따른 별지 제3호서식의 법인세 과세표준 및 세액조정계산서

13. 별지 제76호의17서식의 연결법인 가산세액 계산서(갑)(을)50의

2. 영(대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제93조 제3항에 따른 별지 제52호의2서식의 미환류소득에 대한 법인세 신고서

(5) 조세특례제한법제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례)

① 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인이 제2항 제1호 가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 “미환류소득”이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 “초과환류액”이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(「법인세법」 제76조의17에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(6) 조세특례제한법 시행령제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례)

③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

(7) 조세특례제한법 시행규칙제45조의9(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례)

① 영 제100조의32 제3항에서 “기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서”란 별지 제114호서식을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 경정청구서 등 심리자료를 보면, 처분청은 2024년 5월 청구법인의 연결자법인인 A의 미환류소득 관련 2018사업연도 법인세 경정청구(청구세액 OOO원)를 일부 받아들여 환급 결정을 하였는데, 법인세 경정과 관련한 세부내용은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

2018사업연도 법인세 경정내용(2018사업연도)

ㅇ

ㅇ

ㅇ

(2) 「법인세법」 제55조의2 및 제60조는 토지 등 양도소득에 대한 법인세와 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고.납부 의무를 규정하고 있고, 「조세특례제한법」 제100조의32는 미환류소득에 대한 법인세 신고.납부의무를 규정하고 있는데, 관련 법령의 위임에 따른 법인세 신고서식을 보면, 각 사업연도 소득에 대한 법인세 계산, 토지등 양도소득에 대한 법인세 계산 및 미환류소득에 대한 납부할 세액 계산 등을 각 구분하고 있고, 과세표준 등 신고 항목도 구분되어 있는바, 세부내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

법인세 과세표준 및 세액조정계산서 등

ㅇ

ㅇ

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(3) 한편, 「국세기본법」 제47조의3은 ‘납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우’ 과소신고납부세액 등의 10%(또는 40% 등)를 과소신고가산세로 한다고 규정하고 있고, 제47조의4에서는 국세를 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 ‘과소납부세액에 대통령령으로 정하는 이자율’을 곱한 금액을 납부지연가산세로 한다고 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 세법에 규정된 의무를 정당한 이유 없이 위반한 납세자에게 부과하는 일종의 행정상 제재이고, 가산세는 본세의 산정방법과 달리 거래금액·산출세액·외형금액·미납금액 등에 일정한 비율 등을 곱하여 산정되는 등 가산세의 부과처분은 별개의 독립된 부과처분에 해당하는바(대법원 2004.10.15. 선고 2003두7064 판결, 같은 뜻임),이 건 과소신고가산세는 경정청구 이전에 있었던 세무조사 결과에 따라 청구법인이 당초 각 사업연도 소득에 대한 법인세 신고 시 손금과다. 익금누락 신고 등 청구법인의 신고의무 위반에 따라 부과된 것으로서, 이러한 사항들은 당초 법인세 신고 시에 포함하여 과세표준 및 세액을 신고할 의무가 있었음에도 이를 누락한 사실이 있고, 이후 청구법인이 미환류소득에 대한 법인세 계산방법의 변경에 따른 경정청구로 인해 환급액이 발생하였다 하더라도, 이는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와는 관련이 없는 별개의 사항인 것으로 보이는 점, 처분청의 (경정청구 등에 따른)감액경정이 선행되고, 이후 세무조사 등에 따라 증액경정된 과세표준 및 세액이 발생한 경우에 당초 신고한 과세표준 및 세액에 미달한다는 사유를 들어 과소신고 가산세 부과대상에서 제외할 경우, 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재인 가산세의 성격에 부합하지 않는 결과에 이르게 되는 점 등에 비추어, 과소신고가산세에 대한 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

(나) 다만, 납부지연가산세의 경우 「국세기본법」 제47조의4의 규정에 따르면, ‘납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우’ 과소납부분 세액을 기준으로 계산한 산식에 따라 납부지연가산세를 부과한다고 규정하고 있는바, 가산세 부과 기준이 되는 정당한 법인세액은 「법인세법」상 납부세액을 의미하는 것으로 보이고, 법인세 납부세액은 산출세액을 기초로 계산되는데, 이때의 법인세 산출세액은 각 사업연도 소득에 대한 법인세액에 조특법 제100조의32에 따른 미환류소득에 대한 법인세액을 포함하여 계산하도록 하고 있으므로, 「국세기본법」상 납부하여야 할 정당한 세액에는 ‘미환류소득에 대한 법인세액’이 포함된다고 할 수 있는 점, 청구법인이 납부하여야 할 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 과소납부하였다고 하더라도 다른 (미환류)소득에 대한 법인세를 과다납부한 결과, 법인세 전체에 대한 정당한 납부세액이 같거나 이를 넘어서는 경우에 과다납부한 부분은 무시하고 과소납부한 부분만을 들어 납부지연가산세를 부과하는 것은 납세자에게 불합리해 보이는 점 등에 비추어, 청구법인의 이 건 법인세 경정청구 환급세액 중 2018사업연도 법인세 정기신고 시 납부한 법인세 OOO원(경정청구 환급세액)과 관련된 납부지연가산세 대상금액을 추가로 감액하여 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2024서2136, 2025.3.18. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.