중소기업적용 유예기간 중 타법인의 주식을 취득하여 중소기업기본법 제2조 제3호에서 규정하고 있는 관계기업에 해당된다하여 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

중소기업의 중소기업기본법시행령 제3조 제1항제2호에 위배되어 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하도록 규정하고 있는바, 2012사업연도에 대해 중소기업 유예를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 제조업을 영위하고 있는 사업자로, 2009사업연도에 매출액이 OOO을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하나, 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 2012사업연도까지 중소기업 으로 유예되는 것으로 보고 중소기업에 대한 조세특례를 적용하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 법인세 신고내용 분석결과, 청구법인은 2012사업연도에 매출액이 OOO 이상이므로 중소기업 제외기준에 해당하고, 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업에 해당하므로 중소기업 유예기간의 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 청구법인이 2012사업연도 법인세 신고시 적용한 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제액, 고용창출투자세액공제액, 접대비 한도초과액을 재계산하여 OOO 청구법인에게 2012사업연도 법인세OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「조세특례제한법」에서 「중소기업기본법」상 관계기업제도를 적용한 것은 2012.1.1.부터이고, 청구법인은 그 이전인 2009사업연도부터 4년간 중소기업으로 유예되고 있었으므로 2012.1.1.부터 시행된 개정규정에 따라 기적용되던 유예기간을 배제하는 것은 「국세기본법」상 소급과세금지의 원칙에 위배되고, 「중소기업기본법」에서 관계기업제도를 도입한 것은 대기업이 기업분할을 통해 여러 개의 중소기업을 설립하여 중소기업 그룹을 형성하면서 중소기업의 지위를 유지하는 관행을 개선하기 위한 것이므로 이와 무관한 청구법인에게 동 규정을 적용하는 것은 세법을 과잉적용하는 것이다.

나. 처분청 의견

매출액이 OOO 이상이 되어 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 중소기업으로 유예되던 중 2012.1.1.이후 최초로 개시하는 사업연도에 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업 기준을 적용함에 따라 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호의 “실질적인 독립성” 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 중소기업 유예기간 중에 있는 법인이 다른 법인의 주식을 취득하여 「중소기업기본법」제2조 제3호에 따른 관계기업 에 해당하는 경우, 유예기간이 적용되는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다.

이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 OOO 이상, 매출액이 OOO이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

2. (삭제)

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 " 유예기간 "이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다 . 다만 , 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하 고 , 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조 제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2 제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호 전단( 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다 .

(2) 중소기업기본법 제2조 【중소기업자의 범위】

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2. 「사회적기업 육성법」 제2조 제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업과 중기업으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 중소기업시책별 특성에 따라 특히 필요하다고 인정하면 「중소기업협동조합법」이나 그 밖의 법률에서 정하는 바에 따라 중소기업협동조합이나 그 밖의 법인ㆍ단체 등을 중소기업자로 할 수 있다.

(3) 중소기업기본법 시행령(2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 것) 제2조 【 정의 】 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. " 관계기업 "이란「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단 을 말한다. 제3조【중소기업의 범위】①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다 .

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족 다. 관계기업에 속하는 기업 의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 , 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

① 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인 나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우 제7조의4【관계기업의 상시근로자수등의 산정】

① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등의 산정은 별표 2에 따른다.

② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수등에 따른다. 제9조【유예 제외】법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 부칙 제1조【시행일】 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다 . 다만, 제3조 제2항, 제10조의2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다. 제3조【중소기업의 범위에 관한 경과조치】 이 영 시행당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 2012년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다 . 다만, 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 전자집적회로 제조업을 영위하고 있는 외부감사대상법인으로 2009사업연도에 최초로 매출액이 OOO을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하나, 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 따라 2012사업연도까지 중소기업으로 유예되던 중, 2011사업연도에 주식회사 OOO의 주식 49.15%을 취득하여 최다출자자가 되었다(청구법인과 주식회사 OOO는 관계기업에 해당하고, 2012사업연도에도 변동이 없다).

(2) 청구법인의 매출액은 2009사업연도 OOO, 2010사업연도 OOO, 2011사업연도 OOO, 2012사업연도 OOO이고, 청구법인(지배기업)의 2012사업연도 매출액OOO과 주식회사 OOO의 2012사업연도 매출액 OOO을 합산하면 OOO이므로 중소기업 제외기준OOO을 초과한다.

(3) 처분청은 청구법인이 중소기업 유예기간 중에 있었으나 2012.1.1.자로 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업에 해당함으로서 그때부터 중소기업 유예기간의 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 이 건 법인세를 부과하였다.

(4) 「조세특례제한법 시행령」(2010.12.30. 대통령령 제22583호 개정된 것) 제2조 제1항에 의하면, 중소기업은 내국인으로서 제조업 등의 중소기업 해당사업을 주된 사업으로 영위하고(본문, 업종기준), 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액의 범위기준(제1호, 규모기준)과 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 따른 기준 (제3호, 독립성기준)을 모두 충족한 기업을 말한다고 규정되어 있고, 부칙 제1조에 의하면 제2조 제1항 제3호의 규정은 2012.1.1.부터 적용되는 것으로 되어 있으며, 같은 시행령 제2조 제2항에 의하면, 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보되, 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우(관계기업은 매출액이 OOO 이상인 경우 등)에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2012사업연도까지 중소기업으로 유예되고 있었으므로 2012사업연도에 대하여 중소기업 유예기간의 적용을 배제하는 것은 부당하다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항에 의하면 중소기업이 규모의 확대로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 유예하되, 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 따른 독립성 기준에 위배되는 때(관계기업은 매출액이 OOO 이상인 경우 등)에는 중소기업으로 보는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정되어 있는바, 청구법인은 2009사업연도에 매출액이 OOO을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하나 「조세특례제한법 시행령」제2조 제2항 본문 규정에 따라 중소기업으로 유예되던 중 2012사업연도에 주식회사 OOO의 주식 49.15%를 보유한 최다출자자가 됨으로써 중소기업 유예기간의 적용이 배제되는 매출액 OOO 이상의 관계기업에 해당하게 된 것이므로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2014부601, 2014.4.23. 등 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.