교직원에게 공급하는 음식용역에 대한 기존 해석과 다른 새로운 해석(부가가치세제과-689, 2009.10.14.)에 따라 과세한 처분이 「국세기본법」제18조 제3항에서 규정하는 소급과세의 금지원칙에 반하는지 여부

기획재정부 예규(부가가치세과-689, 2009.10.14.)가 나오기 이전까지의 예규는 학교의 경영자가 구내식당을 직영하면서 교직원 및 학생에 공급하는 음식용역에 대하여 부가세를 면제하는 것으로 해석하여 온 바, 이 건 과세는 「국세기본법」제18조 소급과세의 금지(소급해석 금지)에 반하는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 1987년 이후 2008년 말 현재까지 사립학교인 OOO대학교 안에 있는 구내식당에서 교직원 및 학생들에게 음식용역을 공급한 것에 대하여 부가가치세 신고시 학생들에 대한 음식용역 공급은 물론 교직원에 대한 음식용역 공급분에 대하여도 부가가치세 면제대상으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대하여 간편(법인) 조사를 실시하고, 청구법인이 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간에 구내식당에서 교직원에게 공급한 음식용역을 부가가치세 과세대상으로 판단하고 그 용역의 대가 OOO원(2008년 제1기분 OOO원, 2008년 제2기분 OOO원, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 부가가치세 과세표준에 포함하여 2011.8.9. 청구법인에게 부가가치세 2008년 제1기분 OOO원 및 2008년 제2기분 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점①에 대하여과세처분을 위해서는 조세법규를 엄격하게 해석하여야 하는 바, 청구법인은 법인 설립당시 규정인 구「조세감면규제법」제74조(부가가치세의 면제 등) 제1항 제5호(현「조세특례제한법」제106조제1항 제2호, 이하 “쟁점조문”이라 한다)에서 규정하는 경영자에 해당하고 동 조문의 종업원의 범위에 사립학교 교직원도 포함되며, 2009년도에 기획재정부 예규(부가가치세과-689, 2009.10.14.)가 나오기 이전까지 직영 사업자의 음식용역 공급에 대한 모든 해석사례(아래 ＜표1＞ 참조)는 과세 대상의 범위를 정함에 있어서 종업원의 범위에 교직원이 포함되는 것으로 해석하고 있음에도 불구하고, 처분청이 위 예규만을 근거로 종업원의 범위에 교직원이 포함되지 아니한 것으로 보아 청구법인이 교직원에게 공급한 음식용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 것이며,＜표1＞조세특례제한법 제106조제1항 제2호에 대한 해석 사례

직영 사업자(학교)에 대한 유권해석

학교급식공급업자에 대한 유권해석

부가1265.1-472, 1983.4.13.

부가22601-1712, 1987.8.18.

부가46015-2028, 1995.11.1.

부가46015-2249, 1996.10.26.

부가46015-2435, 1996.11.15

부가46015-318, 2000.2.3.

부가46015-78, 2001.1.9.

서면3팀-600, 2005.5.4

서면3팀-1335, 2005.8.22.

부가46015-2058, 1999.7.20.

부가46015-2764, 1999.9.9

부가46015-4214, 1999.10.18.

부가46015-821, 2000.4.14.

감심2000-282, 2000.9.26.

서삼46015-11685, 2002.10.9.

서삼46015-10779, 2003.5.13.

서면3팀-1798, 2004.8.30.

서면3팀-3047, 2006.12.6.

서면3팀-1422, 2007.5.10.

서면3팀-1536, 2007.5.21.

서면3팀-814, 2008.4.22.

구내식당 직영에 관한 쟁점조문이 신설된 이후인 1999.4.30. 같은 조문의 후단에 학교급식공급업자가 위탁급식의 방법으로 당해 학교에 직접 공급하는 음식용역이 추가되었고, 같은 후단의「학교급식법」제4조는 학교급식 대상을 학교 또는 학급에 재학하는 학생으로 제한하고 있는 바, 학교급식공급업자를 통한 위탁급식의 경우 부가가치세 면제 대상은 학생에 대한 음식용역 공급분으로 제한하는 것이 타당하다 할 것이나, 경영자가 직영하는 경우는 후단과 독립적으로 해석하여 교직원을 종업원에 포함하여 해석하는 것이 타당하고,처분청이 과세근거로 제시한 기획재정부 예규(부가가치세과-689, 2009.10.14.)는 사립학교에서 구내식당을 직영하는 경우 교직원에게 공급하는 음식용역은 부가가치세 과세대상이라고 해석하고 있으나, 이 예규가 판단의 근거로 삼은 재정경제부 예규(부가가치세과-186, 2007.3. 22.)는 국공립학교에서 구내식당을 직영하면서 교직원 및 학생에게 공급하는 음식용역은 부가가치세 면제 대상이라고 해석하고 있으며, 나머지 다른 예규(국세청 부가46015-2764, 1999.9.9., 부가46015-821, 2000.4.14., 서면3팀-1422, 2007.5.10.)는 모두 급식을 직영하지 아니하고 학교급식공급업자를 통한 위탁급식을 하는 경우에 부가가치세 면제 대상을 학생에 대한 음식용역 공급분으로 제한하고 있어서 청구법인과 같이 직영하는 경우에 적용할 수 없는 바, 위 기획재정부 예규(부가가치세과-689, 2009.10.14.)는 기존의 예규를 잘못하여 확대 해석한 것이므로 이를 과세근거로 삼는 것은 부당하고,국공립학교의 경영자가 구내식당을 직영하여 소속 교직원에게 음식용역을 제공하는 경우에는「부가가치세법 시행령」제38조(국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는

용역에 대한 면세범위) 제3호 나목에 따라 부가가치세가 면제됨에 불구하고, 처분청이 사립학교 교직원에 대하여만 부가가치세를 과세한다면 이는「국세기본법」제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제1항에서 규정하는 바, 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 조세평등주의 원칙에 반하는 처분이므로 취소되어야 한다.

(2) 쟁점②에 대하여이 건의 쟁점조문「조세특례제한법」제106조제1항 제2호 전단(구「조세감면규제법」제74조제1항 제5호의 전단)이 신설된 1982.12.21.부터 이 건 과세기간인 2009.10.14.자 예규(기획재정부 부가가치세과-689)가 생성되기 전까지의 예규는 학교의 경영자가 구내식당을 직영하는 경우에는 학생은 물론 교직원에게 공급하는 음식용역 전부에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 해석되어 왔으나, 처분청이 위 예규를 들어 부과한 처분은「국세기본법」제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제3항에서 규정하는 바, 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다는 소급과세의 금지원칙에 반하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 운영하는 구내식당에서 공급하는 음식용역 중 교수 및 직원에게 제공한 음식용역은「조세특례제한법」제106조제1항 제2호에 대한 해석과 관련하여 기획재정부 예규, 부가가치세과-689(2009.10. 14.)는 사립학교에서 구내식당을 직영하거나 위탁하는 경우 학생을 대상으로 공급하는 음식용역에 한하여 부가가치세가 면제되고 교직원에게 공급하는 음식용역은 부가가치세 과세대상이라고 해석하고 있는 바, 청구법인에게 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점

① : 사립학교의 법인이 학교 구내식당에서 교직원에게 공급한 음식용역을「조세특례제한법」제106조제1항 제2호에서 규정하는 부가가치세 면제 대상용역이 아닌 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

(2) 쟁점

② : 교직원에게 공급하는 음식용역에 대한 기존 해석과 다른 새로운 해석(부가가치세제과-689, 2009.10.14.)에 따라 과세한 처분이「국세기본법」제18조제3항에서 규정하는 소급과세의 금지원칙에 반하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 쟁점

① 관련(가) 국세기본법제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.(나) 조세특례제한법제106조【부가가치세의 면제 등】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호부터 제3호까지, 제9호 및 제12호는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제4호의2 및 제11호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호는 2012년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

2. 공장, 광산, 건설사업현장 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 사업장과「초·중등교육법」제2조및「고등교육법」제2조에 따른 학교(이하 이 호에서 "사업장등"이라 한다)의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 해당 사업장등의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하거나「학교급식법」 제4조각 호의 어느 하나에 해당하는 학교의 장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 같은 법 제10조에 따른 위탁급식의 방법으로 해당 학교에 직접 공급하는 음식용역(식사류로 한정한다). 이 경우 위탁급식 공급가액의 증명 등 위탁급식의 부가가치세 면제에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.(다) 부가가치세법(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것)제12조【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것(라) 부가가치세법 시행령제38조【국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】법 제12조제1항제18호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.

3. 부동산 임대업, 도·소매업, 음식·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

나. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역

(2) 쟁점

② 관련(가) 국세기본법제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.(나) 국세기본법 기본통칙 18-0-1【세법해석의 기준】법 제18조 제3항에서 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후”라 함은 성문화의 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것을 말하며 명백히 법령위반인 경우는 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 조사종결복명서 및 청구법인의 청구이유서에 의하면, 청구법인은 OOO대학교 총장을 대표자로 하여 세금계산서 등을 발행하고 있으며 그 이사장에 대학의 행정처장, 그리고 복지회 행정팀장을 대학 직원 중에서 임명하고 대학 내의 별도부서로 하여 운영하고 있으며, 식당운영과 관련해 위원회를 구성하여 규정에 따라 운영하고, 이사장(행정처장)을 위원장으로 교직원, 학생 대표를 위원으로 하여 운영되는 교직원 단체인 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 청구법인에 대하여 2008사업연도에 대한 간편(법인) 조사를 실시하여 청구법인이 부가가치세 면세로 신고한 교직원에 대한 음식용역 공급분을 부가가치세 과세대상으로 보아 쟁점금액을 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세표준에 포함하여 경정.고지하였다.

(3) 우리 원에서 2011.11.11. 현지확인조사를 실시한 결과, 청구법인은 교직원, 학생 및 일반인이 각각 구분하여 사용하도록 별도의 공간을 마련하여 구내식당을 운영하고 있는 것으로 조사되었다.

(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다.(가) 청구법인은 1982.12.21. 법률 제3575호로 신설된 쟁점조문의 입법취지를 확인할 수는 없으나, 신설 직후 나온 예규(부가1265.1-472, 1983. 4.13.)는 학교 내의 교직원 및 학생에게 공급되는 음식용역 모두를 부가가치세 면제 대상으로 해석하고 있는 바, 쟁점조문은 학교의 경영자에 대한 재정적 부담을 완화하고 세제지원을 통한 고유활동을 장려하기 위한 목적으로 신설된 것으로 추측되고, 처분청이 과세근거로 삼은 기획재정부의 2009년도 예규(부가가치세과-689, 2009.10.14.)가 나오기 이전까지 직영 사업자의 음식용역 공급에 대한 모든 예규가 쟁점조문의 종업원의 범위에 교직원이 포함되는 것으로 해석한 바, 처분청이 청구법인이 교직원에게 공급한 음식용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하고 있다.(나) 국세청의 국세법령정보시스템에서 확인한 1983년도 조문별 개정내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

1983년 조문별 개정내용

제목

현행

개정

개정사유

공장 및 학교에서 직영하는 구내식당에 대한 부가가치세 면제

신설

○ 직영하는 구내식당 중

- 공장 및 학교의 구내식당으로

- 종업원 및 학생에게 제공하는 음식은 부가가치세 면제

○ 근로자 및 학생에 대한 복지향상

(다) 기획재정부의 2003년 개정세법 해설서에 의하면, 쟁점조문의 개정이유를 학교급식과 공장.광산 등의 경영자가 직영으로 종업원에게 제공하는 음식용역을 구분.기재하였고, 학교급식은 “성장기 학생에 대한 교육복지 증진 등”, 종업원에 제공하는 음식용역은 “근로자 후생복지 차원”이라고 기술하고 있다.(라)「부가가치세법 시행령」제38조(국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위) 제3호 나목은“국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역”은 부가가치세 면제대상이라고 규정하고 있으며, 재정경제부 예규 부가가치세과-186(2007.3.22.)는 국공립학교에서 구내식당을 직영하면서 교직원 및 학생에게 공급하는 음식용역은 부가가치세 면제 대상이라고 해석하고 있다.(마) 관련 법령 및 예규 등을 종합하여 살피건대, 쟁점조문을 보면, “공장 등 사업장과「고등교육법」등에 따른 학교의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 해당 사업장 등의 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식용역을 공급하는 경우”를 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있어 문언상으로는 학교의 경영자 입장에서 종업원에 해당하는 교직원에 대한 음식용역의 공급이 부가가치세 면제대상으로 해석될 소지가 없는 것은 아니나,국세청의 국세법령정보시스템에서 확인한 1983년도 조문별 개정내용(위 ＜표2＞) 및 기획재정부의 2003년 개정세법 해설서 등에 의하면, 쟁점조문 중 학교급식은 성장기 학생에 대한 교육복지 증진 등을 위함이라고 명시하고 있어, 사립학교에서 구내식당을 직영하는 경우 학생이 아닌 교직원에게 공급하는 음식용역은 부가가치세 면제대상에서 제외된다고 보는 것이 쟁점조문의 입법취지에 부합하는 것으로 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점조문의 해석과 관련한 기획재정부의 2009.10. 14.자 예규(부가가치세과-689)가 생성되기 전까지 학교의 경영자가 구내식당을 직영하는 경우에 대한 모든 예규는 학생은 물론 교직원에게 공급하는 음식용역 전부에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 해석되어 왔으므로 처분청이 위 예규를 들어 부과한 처분은「국세기본법」제18조제3항에서 규정하는 소급과세의 금지원칙에 반한다고 주장하고 있는 반면, 처분청은 위 기획재정부 예규에 따라 과세한 것이라고 답변하면서도 소급과세의 금지원칙에 반하는지 여부에 대하여는 답변하고 있지 않다. (나) 쟁점조문은 1982.12.21. 법률 제3575호로 신설되었고, 이후 쟁점조문에 대한 최초의 해석례로 조사된 국세청 예규 부가1265.1-472 (1983.4.13.)는 구내식당의 소재지가 공장내 또는 학교구내인 경우 동 구내식당에서 공급하는 식사류는 육체노동 근무자인지 여부에 관계없이 모든 종업원 및 학생에게 제공되는 용역에 한하여 면세되는 것이라고 해석하고 있으며, 국세청의 다른 예규 서면3팀-1335(2005.8.22.)는 학교법인의 교직원 단체가 직접 구내식당을 경영하며 교직원 및 학생에게 공급하는 음식용역(식사류에 한함)은 부가가치세 면제되는 것이라고 해석하고 있고, 재정경제부 예규 부가가치세과-186(2007.3.22.)는 국ㆍ공립학교에서 학교 교직원 및 학생들의 복리후생을 목적으로 구내식당을 직접 경영하는 경우 당해 국ㆍ공립학교가 제공하는 음식용역은「부가가치세법 시행령」제38조제3호 나목 및「조세특례제한법」제106조제1항 제2호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이라고 해석하고 있다.

(다) 처분청이 과세근거로 삼은 기획재정부 예규 부가가치세과-689 (2009.10.14.)는「사립학교법」제2조의 규정에 따른 사립학교에서 구내식당을 직접 경영하거나 또는 위탁경영하는 경우 학생을 대상으로 공급하는 음식용역에 한하여 부가가치세가 면제되고, 교직원 및 선생님에게 공급하는 음식용역은「조세특례제한법」제106조제1항 제2호의 규정에 따라 부가가치세가 과세되는 것이라고 해석하고 있으며, 위 예규가 유사 해석례로 든 다른 예규(국세청 부가46015-2764, 1999.9.9., 부가46015- 821, 2000.4.14., 서면3팀-1422, 2007.5.10.)는 모두 청구법인과 같이 급식을 직영하는 경우가 아니라 쟁점조문의 후단인 학교급식공급업자를 통한 위탁급식을 하는 경우에 있어서 부가가치세 면제 대상을 학생에 대한 음식용역 공급분으로 제한하고 있다.

(라) 살피건대, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청이 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것이며(조심 2009광2041, 2010.4.8. 외 다수 참조), 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있은 경우 그 효력발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이고(국심 2006부3890, 2007.7.2., 대법원 2004.3.26. 선고 2001두10790 판결 참조),「국세기본법」제18조제3항의 “일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행”이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르게 된 것을 말하며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 주장자인 납세자에게 있다고 할 것인 바(조심 2008서3857, 2010. 4.29., 대법원 2002.10.25. 선고 2001두1253 판결 참조),쟁점조문인「조세특례제한법」제106조제1항 제2호 전단(구「조세감면규제법」제74조제1항 제5호의 전단)가 신설된 1982.12.21.부터 기획재정부의 2009.10.14.자 예규(기획재정부 부가가치세과-689)가 생성되기 전까지의

예규는 학교의 경영자가 구내식당을 직영하는 경우에는 학생은 물론 교직원에게 공급하는 음식용역 전부에 대하여 부가가치세를 면제하는 것으로 일관되게 해석되어 왔으며, 처분청이 위 예규가 생성되기 전에 청구법인의 부가가치세 신고분 중 교직원에 대한 음식용역 공급분에 대하여 다투지 아니한 바, 그 간의 예규가 특정인의 질의에 대하여 특정 조건을 충족하는 경우에 해당한다기 보다는 과세관청이 불특정 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 한 것을 볼 수 있으며, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 청구법인에게 귀책사유가 있다고 볼 수 없고, 청구법인이 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대하여 관련 예규 등의 자료를 통하여 이를 입증하고 있는 바, 쟁점조문에 대한 새로운 해석(기획재정부 부가가치세과-689, 2009.10.14.) 이전에 종결된 이 건 과세기간의 과세요건사실에 대하여는 새로운 해석을 적용할 수 없다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점조문에 대한 기획재정부의 2009.10.14.자 새로운 예규를 들어 청구법인이 교직원에 공급한 음식용역을 부가가치세 과세대상으로 보아 청구법인에게 2008년 제1기 및 제2기 부가가치세를 부과한 처분은「국세기본법」제18조제3항의 소급과세의 금지원칙에 반하여 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.