수입농산물의 유통·판매에서 발생(23년)한 소득에 의한 배당소득(24년)이 신설(24.2.29.)된 분리과세 특례제외(조특령 §65) 적용 대상에 해당하는지 여부

농업회사법인의 설립 주체를 농작물재배업에 종사하는 개인 및 단체로 한정하고 있는 점을 고려하면 농업회사법인은 국내 농산물 관련 사업을 영위할 것을 전제로 하여,수입농산물의 유통·판매에 따른 소득은 쟁점특례 적용대상에 해당하지 않는 것으로 보이며, 쟁점단서규정의 개정이유도 ‘감면 등 대상소득 명확화’로 명시되어 있는 점에서 쟁점특례 규정을 명확히 한 것으로 보여 청구주장 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 주식회사 농업회사법인 A(이하 “쟁점농업회사법인”이라 한다)은 2014년 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」(이하 “농어업경영체법”이라 한다) 제19조 제1항에 따라 설립되어 국내산 농산물과 수입산 농산물을 혼용하여 판매하고 있는 법인으로, BㆍCㆍD(이하 “청구인들”이라 한다)는 각각 쟁점농업회사법인의 지분을 소유한 주주(청구인 B 지분 37.27%, 청구인 C 지분 42.73%, 청구인 D 지분 20%)로서 각 보유 지분을 합산하여 쟁점농업회사법인의 지분 전부를 소유하고 있다.

나. 청구인들은 2021∼2022년 기간에 쟁점농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 전부에 대하여 2023.12.31. 법률 제19936호로 일부 개정되기 전의 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제68조 제4항 및 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부 개정되기 전의 같은 법 시행령 제65조 제2항에 따른 ‘농업회사법인 출자자에 대한 배당소득 분리과세 특례’(이하 “쟁점분리과세특례”라 한다)를 적용하여 이를 종합소득과세표준에 합산하지 아니하고 분리과세 배당소득으로 종합소득세를 신고하였다.

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.6.5.부터 2024.8.17.까지 쟁점농업회사법인의 주주이자 대표이사인 청구인 D를 대상으로 개인 통합조사(이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시한 결과, ‘수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득’은 종합소득과세표준에 합산하지 아니하는 배당소득에서 제외한다는 내용으로 신설된 조특법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부 개정된 것) 제65조 제2항 제3호의 단서규정(이하 “쟁점단서규정”이라 한다)에 근거하여 쟁점농업회사법인이 2021∼2022년 기간에 청구인들에게 지급한 배당소득 중, 쟁점농업회사법인에서 발생한 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급한 배당소득에 대하여는 쟁점분리과세특례가 적용되지 아니하는 것으로 보아, 이를 청구인들의 종합소득과세표준에 합산하여 과세할 것을 통보하였고, 이에 따라 처분청은 청구인들에게 2021∼2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구인들은 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급받은 배당소득을 종합소득과세표준 합산 대상으로 볼 수 없다는 취지로 위 부과처분에 대하여 불복을 각각 제기하며 심판청구를 진행하는 한편, 2024년 귀속 종합소득세를 신고하면서 쟁점세무조사 결과에 따른 2021∼2022년 귀속 종합소득세 부과처분과 동일하게 쟁점농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 중, 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급받은 배당소득을 청구인들의 종합소득과세표준에 합산하여 2024년 귀속 종합소득세를 각각 신고ㆍ납부하였다가,2025.9.1. 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급받은 배당소득에도 쟁점분리과세특례를 적용하여 청구인들의 2024년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 환급하여 달라는 내용으로 각 경정청구를 하였는데, 처분청은 수입산 농산물의 유통·판매에서 발생한 청구인들의 배당소득에 대하여는 쟁점분리과세특례가 적용되지 않는다는 이유로 2025.11.6. 및 2025.11.7. 청구인들의 각 경정청구를 거부하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2025.12.30. 심판청구를 각각 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 처분청이 수입농산물의 유통ㆍ판매소득은 법인세 감면 특례 및 쟁점분리과세특례 적용 대상에서 제외된다고 판단한 근거는, 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호가 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부 개정되면서 “다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.”는 쟁점단서규정이 신설되었다는 점이었고, 위 개정 조특법 시행령의 부칙 제1조는 “이 영은 공포한 날부터 시행한다.”고 규정하고 있지만, 쟁점단서규정은 확인적 규정이기 때문에, 2024.2.29. 이전에 수입 농산물을 유통ㆍ판매하는 분에 대해서도 적용될 수 있다는 판단이며,따라서 이 건 쟁점은 쟁점단서규정이 종래에 해석상 당연히 인정되는 내용을 담고 있는 ‘확인적 규정’인지, 아니면 쟁점단서규정으로 말미암아 새로운 조세법률관계가 형성되는 내용을 담고 있는 ‘창설적 규정’인지 여부이다.

(2) 쟁점단서규정은 ‘창설적 규정’이며, 따라서 쟁점농업회사법인에서 발생한 수입농산물의 유통ㆍ판매소득에 기초하여 청구인들에게 지급된 배당에 대해서는 쟁점단서규정이 적용되지 않으므로, 이 건 처분은 위법하다. (가) 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부 개정되기 전의 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호의 문언은 “농어업경영체법 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득”으로, 같은 법 제19조 제1항은 “농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.”고만 정하고 있다. 즉, 위 법령은 ‘농산물’이라고만 정하고 있을 뿐, 농산물의 매입처에 따라 수입 농산물은 제외된다고 해석할 수 있는 어떠한 다른 문언도 규정하고 있지 않다. (나) 쟁점단서규정은 2024.2.29. 신설되었는데, 당시 조특법 시행령 부칙 제1조는 “이 영은 공포한 날부터 시행한다.”고 규정하고 있고, 달리 쟁점단서규정에 대해서 경과규정을 두고 있지 않으므로 쟁점단서규정은 2024.2.29. 이후 발생한 수입 농산물의 유통ㆍ판매소득에 대해서만 적용됨이 분명하며, 수입 농산물이 법인세 감면 및 쟁점분리과세특례 대상에서 제외된다는 해석은 “다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.”라는 쟁점단서규정이 신설된 이후에야 비로소 가능하다.

(다) 따라서 관련 법령의 문언 해석상 쟁점단서규정은 기존에 없던 조세법률관계를 새롭게 창설하는 ‘창설적 규정’으로 보아야 하고, 2024.2.29. 전에 발생한 수입 농산물의 유통ㆍ판매소득도 법인세 감면 및 쟁점분리과세특례 대상에서 제외된다는 해석은 조세법률주의에 따른 엄격해석 원칙에 명백히 반한다. (라) 만약 쟁점단서규정이 ‘확인적 규정’이라고 한다면, 쟁점단서규정이 신설되기 전에는 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호 본문 “농어업경영체법 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득”의 “농산물”에서 이미 수입 농산물은 해석상 제외되고 있었다는 뜻이 되는데,그렇다면 확인적 의미로 쟁점단서규정을 신설할 시에는 “다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.”가 아닌 “다만, 수입 농산물의 유통, 가공 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.”라는 문언으로 신설되었어야 하며,농산물에서 수입 농산물을 배제하는 취지였다면, 달리 유통, 가공 및 판매 3단계에서 가공만을 달리 취급할 합리적 이유가 없기 때문에 위와 같이 확인적 단서규정을 신설하여 수입 농산물의 유통, 판매는 물론 가공까지 제외하였어야 한다. (마) 그런데, 정작 신설된 쟁점단서규정은 본문이 농산물의 유통, 가공 및 판매 3가지 단계를 규정하고 있음에도 이 중 유통, 판매와 가공을 구별하여 수입 농산물의 유통 및 판매만을 추려내어 쟁점분리과세특례 적용 배제 대상으로 규정하고 있으며, 달리 유통, 판매와 가공을 단리 취듭할 합리적 이유가 없다는 점을 고려하여 볼 때, 이 점에서도 쟁점단서규정은 단순히 기존의 본문 소정 농산물에서 수입 농산물만을 제외한다는 점을 확인하는 규정이라 볼 수는 없다.

(바) 기획재정부가 2023.7.27. 발표한 2023년 세법개정안 보도자료에 따르면, “’23년 말 일몰도래 조세지출 정비ㆍ재설계ㆍ연장 현황”이라는 제목 아래 쟁점단서규정 관련 개정안 내용을 크게

① 종료 6개,

② 재설계 7개,

③ 연장 58개로 분류하고 있는데, 만약 쟁점단서규정이 ‘창설적 규정’이 아니라, ‘확인적 규정’이라면, 쟁점단서규정의 신설은 ‘재설계’가 아니라, ‘연장’으로 분류되었어야 하나, ‘재설계’ 7개 항목 중 하나로 분류되어 있다.즉, 쟁점단서규정의 신설은 조세특례 적용 대상의 범위를 다시 설계하여 바꾼 것이며, 기존에는 조세특례 적용 대상이었던 수입 농산물의 유통ㆍ판매소득이 쟁점단서규정의 신설을 통해 제외된 것이다.(사) 기획재정부가 2023.7.27. 발표한 2023년 세법개정안 보도자료에 따르면, 쟁점단서규정은 감면대상 소득 합리화를 위해 수입 농산물의 유통ㆍ판매소득을 제외한 것이며, 그 적용시기는 2024.1.1. 이후 유통ㆍ판매하는 분부터 적용된다는 점이 명확하게 드러나 있으며,2024.1.23.자 “2023년 세법개정 후속 시행령 개정안”에서는 개정이유가 “감면 등 대상소득 명확화”로 바뀌었으므로 쟁점단서규정은 확인적 규정이라고 볼 수도 있으나, 개정배경(재설계)과 개정내용(개정 이후부터 수입 농산물 유통ㆍ판매소득 제외)이 명확하게 드러나 있는데, 단지 개정이유의 표현을 “명확화”라고 바뀌었다는 이유만으로 확인적 규정으로 탈바꿈한다고 보기는 어렵다.

(3) 쟁점단서규정을 ‘확인적 규정’으로 볼 경우, 조세법령 불소급의 원칙에 위반되는 위헌적 결과를 초래한다. (가) 이 건 처분은 2024년 귀속 종합소득세 중, 쟁점농업회사법인에서 2023년에 발생한 수입 농산물 유통ㆍ판매소득에 기초하여 청구인들에게 지급된 배당소득에 대한 것으로, 쟁점단서규정은 공포일인 2024.2.29.부터 시행되고 입법자료에서도 2024.1.1. 이후 수입 농산물을 유통ㆍ판매하는 분부터 적용된다는 점을 명시하였으며, 따라서 2023년에 발생한 수입 농산물 유통ㆍ판매소득에 기초한 배당소득이 문제되는 이 건 처분은 쟁점단서규정이 신설되기 전의 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호가 적용된다는 점이 명백하다. (나) 처분청은 2023년 세법개정 후속 시행령 개정안에서 그 개정이유를 종래의 ‘합리화’에서 ‘명확화’로 바꾸었다는 점에 주목하여 쟁점단서규정을 확인적 규정이라 보고 소급적용을 긍정해야 한다는 의견이나, 법령과 부칙의 문언 및 법률 입법자료에 따르면, 쟁점단서규정은 ‘창설적 규정’임이 명백한 상황에서 시행령 입법자료의 단어 하나가 바뀌었다고 하여 확인적 규정이라고 인정하는 것은 부당하며, 만약 이를 적법하다고 본다면 기존에 입법의 미비로 과세가 이루어지지 않고 있다고 판단되는 경우에 시행령 개정안에서 ‘명확화’라는 표현을 사용하면서 소급과세를 시도하는 위법행위를 야기할 위험이 크다.

(다) 처분청은 농어업경영체법의 취지가 수입 농산물은 제외하는 취지였으나, 여태까지는 그것이 관철되지 못했으니 소급하여 적용하겠다는 의도로 쟁점단서규정이 확인적 규정이라고 주장하는 듯 보이나, 과세요건법정주의 및 과세요건명확주의를 포함하는 조세법률주의가 지배하는 조세법의 영역에서는 경과규정의 미비라는 명백한 입법의 공백을 방지하고 형평성의 왜곡을 시정하는 것은 원칙적으로 입법자의 권한이고 책임이지 법문의 한계 안에서 법률을 해석ㆍ적용하는 법원이나 과세관청의 몫은 아니므로(헌법재판소 2012.5.31. 선고 2009헌바123 결정), 입법의 미비를 입법자가 법령의 개정을 통해 해결했더라도 개정법은 조세법령 불소급의 원칙에 따라 소급적용될 수 없으며, 입법자가 아닌 과세관청이 조세법령 불소급의 원칙에 위배되는 무리한 해석을 통해 소급과세를 시도할 수는 없는 것이다.

(4) 쟁점단서규정이 신설되기 전까지는 수입 농산물의 유통ㆍ판매소득에 대하여 쟁점분리과세특례를 적용하는 국세행정의 관행이 성립되어 있었다. (가) 비과세 관행이 존재하였음에도 이에 반하는 내용의 소급과세처분을 하면, 이는 취소할 수 있는 위법한 처분에 해당하는 것으로, 미래를 향하여 입장을 바꾸어 비과세 관행을 철회하고 새로운 해석에 따라 과세할 수 있고 이는 비과세 관행에 반한다고 할 수 없음은 당연하나, 비과세 관행을 변경하여 새로운 해석을 소급하여 적용할 수는 없다. (나) OOO 2023.5.22.자 “OOO” 기사에서는 농업회사법인을 설립한 후 농산물 수입을 주된 사업으로 삼는 업체들이 법인세 면제와 농지 취득 등 법인 설립에 따른 혜택을 받으면서 정작 수익은 수입 농산물 유통ㆍ가공을 통해 얻고 있는 문제점을 지적하고 있는데, 당해 기사에 따르면 농산물 수입업체들은 농업법인으로 전환하여 법인세 면제의 혜택을 받고 있었으며, 정부에서는 그를 문제로 인지하고 농산물 수입업에 전문적으로 종사하는 농업법인에 대해 조치에 나섰다. 즉, 농업회사법인은 수입 농산물을 주된 사업으로 삼더라도 조특법령상의 법인세 감면 혜택을 받아왔음을 알 수 있다. (다) OOO 2023.7.30.자 “OOO” 기사에서는 수입 농산물을 유통ㆍ판매하면서 세제 혜택을 노려 농업법인을 설립한 업체들의 꼼수 절세가 세법 개정을 통해 내년(2024년)부터 차단된다는 점을 보도하고 있는데, 당해 기사에서도 농업회사법인들은 수입 농산물인지 국산 농산물인지 구분하지 않고 조특법령상의 세제 혜택을 받아왔음을 알 수 있다.

(라) 농작물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득을 법인세 감면 및 쟁점분리과세특례의 대상으로 최초 규정한 것은 2008.2.22.이었고 수입 농산물을 유통ㆍ판매하는 농업회사법인에 이러한 특례의 적용을 배제하고 과세가 이루어진 시점은 조심 OOO 결정례의 과세처분 시점인 2021.11.9.인 것으로 보이며, 앞서 살펴본 기사들에 따르면, 2023년 7월에 세법 개정안이 발표되는 시점까지도 대부분의 농업회사법인에 대해서는 과세가 이루어지지는 않은 것으로 보인다. 그렇다면, 13년 내지 15년의 기간 동안 과세관청은 수입 농산물을 특례 적용 대상 소득에서 제외하고 과세를 할 수 있음에도 과세하지 않다가 2024.12.23.에 이르러서야 비로소 과세한 것이므로, 쟁점단서규정의 신설 이전까지는 수입 농산물을 유통ㆍ판매하는 농업회사법인에 대한 비과세 관행이 성립되어 있었다고 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인들이 쟁점농업회사법인으로부터 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급받은 배당소득에 대하여는 쟁점분리과세특례 적용이 불가하므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.청구인들은 “수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다”는 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호의 쟁점단서규정이 2024.2.29. 신설되었으므로, 쟁점단서규정이 신설되기 전에 쟁점농업회사법인에서 발생한 수입 농산물의 유통ㆍ판매소득을 기초로 하여 지급받은 배당소득은 쟁점분리과세특례 적용이 가능하다고 주장하면서, 쟁점단서규정은 ‘확인적 규정’이 아니라, 이로 말미암아 새로운 조세법률관계가 형성되는 내용을 담고 있는 ‘창설적 규정’이라고 해석하고 있다.그러나 청구인들의 2021∼2022년 귀속 종합소득세 부과처분을 대상으로 제기한 심판청구[조심 OOO, 2025.9.4.]에서 조세심판원은, 쟁점단서규정은 기존의 개정전규정의 해석을 명확히 한 것으로 보인다고 결정하면서 수입 농산물의 유통ㆍ판매에 세제 혜택을 부여하는 것은 우리 농업의 경쟁력ㆍ생산성 강화와 관련이 없는 것으로 보이므로 개정전규정에 따른 감면 대상에 해당하지 않는 것이라고 결정하였다.쟁점단서규정은 수입 농산물을 단순 유통ㆍ판매하는 소득은 특례 적용 대상에서 제외됨을 명확히 하는 것을 이유로 하여 신설된 것으로, 청구인들의 주장과 같이 ‘창설적 규정’이 아닌 당연히 인정되는 내용을 담고 있는 ‘확인적 규정’으로 판단하는 것이 적정하며, 쟁점단서규정이 신설된 2024.2.29. 전에 쟁점농업회사법인에서 발생한 수입 농산물의 유통ㆍ판매소득에 기초로 하여 지급받은 배당소득이라 하더라도 쟁점분리과세특례를 적용하는 것은 적정하지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① (주위적) 청구인들이 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급받은 배당소득에 대하여 조특법 시행령 제65조 제2항에 따른 쟁점분리과세특례를 적용하지 아니하고 신설된 쟁점단서규정을 근거로 종합소득과세표준에 합산하여 과세한 처분의 당부

② (예비적) 비과세 관행이 존재한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 쟁점농업회사법인은 2014년 농어업경영체법 제19조 제1항에 따라 설립되어 국내산 농산물과 수입산 농산물을 혼용하여 판매하고 있는 법인으로, 쟁점농업회사법인의 지분 전부를 소유하고 있는 청구인들은 쟁점농업회사법인에서 발생한 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 법인으로부터 배당소득을 지급받고 있다.(나) 쟁점농업회사법인의 2023사업연도 국산 및 수입 농산물 구분에 따른 매출내역 및 순이익내역과 배당금 그리고 주식 지분율 등은 각각 아래 ＜표1＞∼＜표3＞와 같다.

＜표1＞

국산 및 수입 농산물 구분에 따른 매출내역＜표2＞ 쟁점농업회사법인 국산 및 수입 농산물 구분에 따른 순이익내역＜표3＞ 쟁점농업회사법인 국산 및 수입 농산물 구분에 따른 배당금 내역(다) 청구인들은 2024년 귀속 종합소득세를 신고하면서 쟁점세무조사 결과에 따른 2021∼2022년 귀속 종합소득세 부과처분과 동일하게 쟁점농업회사법인으로부터 지급받은 배당소득 중, 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급받은 배당소득을 청구인들의 종합소득과세표준에 합산하여 2024년 귀속 종합소득세를 각각 신고ㆍ납부하였는데, 청구인들의 각 종합소득세 신고내역 및 배당소득 신고내역은 각각 아래 ＜표4＞ 및 ＜표5＞와 같다.

＜표4＞

청구인들의 2024년 귀속 종합소득세 신고내역＜표5＞ 청구인들의 2024년 귀속 종합소득과세표준 합산 배당소득 신고내역(라) 청구인들은 2024년 귀속 종합소득세를 각각 신고한 후, 2025.9.1. 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급받은 배당소득에도 쟁점분리과세특례를 적용하여 2024년 귀속 종합소득세를 환급하여 달라는 내용으로 아래 ＜표6＞과 같이 각 경정청구를 하였는데, 처분청은 수입산 농산물의 유통·판매에서 발생한 청구인들의 배당소득에 대하여는 쟁점분리과세특례가 적용되지 않는다는 이유로 2025.11.6. 및 2025.11.7. 청구인들의 각 경정청구를 거부하였다.

＜표6＞

청구인들의 2024년 귀속 종합소득세 경정청구내역(마) 청구인들은 쟁점단서규정을 근거로 쟁점농업회사법인에서 발생한 수입산 농산물의 유통ㆍ판매소득을 기초로 하여 지급한 배당소득을 종합소득과세표준에 합산 대상으로 볼 수 없다고 주장하면서 쟁점세무조사 결과에 따른 2021∼2022년 귀속 종합소득세 부과처분에 대하여 불복을 각각 제기하며 심판청구를 진행하였는데,조세심판원은 아래와 같이 수입 농산물의 유통ㆍ판매에 세제 혜택을 부여하는 것은 우리 농업의 경쟁력ㆍ생산성 강화와 관련이 없는 것으로 보이므로 수입 농산물의 유통ㆍ판매에 따른 배당소득은 쟁점분리과세특례 대상에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등을 들어 이를 기각 결정[조심 OOO, 2025.9.4.]하였다.

＜조심 OOO, 2025.9.4. 결정 내용 일부＞

(바) 청구인들은 2025.9.4. 위 조세심판원의 기각 결정이 있은 후에 종합소득세부과처분취소소송을 제기한 결과, 서울행정법원은 아래와 같이 조특법 시행령 부칙에 따른 시행일이 공포한 날로 정하였고, 쟁점단서규정은 수입 농산물의 유통ㆍ판매에서 발생한 소득을 새롭게 특례 대상에서 제외하여 특례 대상을 축소하는 창설적 규정이라고 보아야 하며, 조특법 시행령 제65조 제2항 제3호에서의 농산물이 국산 농산물에 한정한다 해석하기 어렵다는 점 등을 들어 청구인들의 청구를 인용하여 처분청의 부과처분을 취소하였는데(서울행정법원 OOO 판결), 당해 판결은 2026.7.3.자로 확정되었다.

＜서울행정법원 OOO 판결 내용 일부＞

＜서울행정법원 OOO 판결 확정증명서＞(사) 청구인들은 쟁점단서규정은 ‘창설적 규정’에 해당한다고 주장하며, 이를 입증하고자 아래와 같이 당시 신설될 예정인 쟁점단서규정이 재설계로 분류된 개정안 보도자료를 제출하였다.

＜청구인들 제출 개정안 보도자료＞

(아) 청구인들은 쟁점농업회사법인에서 발생한 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급한 배당소득에 대하여는 쟁점분리과세특례가 적용된 것에 비과세 관행이 성립하여 있다고 주장하며, 이를 입증하고자 아래와 같이 농업회사법인을 설립한 후 농산물 수입을 주된 사업으로 삼는 업체들이 법인세 면제 등 혜택을 받는다는 실태와 조특법 시행령 개정에 따라 쟁점단서규정의 신설로 수입 농산물 유통ㆍ판매 소득을 농업법인 법인세 감면 대상에서 제외하기로 하였다는 내용들이 담긴 보도자료를 제출하였다.

＜OOO 2023.5.22. “OOO” 일부＞

＜OOO 2023.7.30. “OOO” 일부＞

(2) 이 건 쟁점과 관련된 법령의 주요 연혁 및 개정이유 등은 다음과 같다.(가) 농업회사법인에 대한 조세감면 특례 규정의 주요 연혁은 아래 ＜표7＞과 같다.

＜표7＞

농업회사법인에 대한 조세감면 특례 규정의 주요 연혁(나) 농업회사법인(구 위탁영농회사)에 대한 세제 감면 규정이 신설된 1989.12.30. 구 「조세감면규제법」의 개정이유(법제처 국가법령정보센터 참조)는 아래와 같다.

＜1989.12.30.자 구 「조세감면규제법」 개정이유＞

(다) 기획재정부는 쟁점단서규정의 신설에 대하여 두 차례 보도자료를 발표하였는데, 아래와 같이 개정이유에 2023.7.27. ‘2023년 세법개정안 상세본’ 발표 시에는 ‘감면대상 소득 합리화’로, 2024.1.23. ‘2023년 세법개정 후속 시행령 개정안’을 발표 시에는 ‘감면 등 대상 소득 명확화’로 기재하였다.

＜기획재정부 2023년 세법개정안 상세본(2023.7.27.)＞

＜기획재정부 2023년 세법개정 후속 시행령 개정안(2024.1.23.)＞(라) 기획재정부가 2024년 11월에 발간한 “2023년 간추린 개정세법”에서 설명하는 신설된 쟁점단서규정의 개정내용 및 개정이유 등은 아래와 같으며, ‘감면 등 대상 소득 명확화’로 기재되어 있다.

＜기획재정부 “2023년 간추린 개정세법” (2024년 11월)＞

(마) 쟁점단서규정이 신설된 조특법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부 개정된 것)의 개정이유(법제처 국가법령정보센터 참조)는 아래와 같다.

＜쟁점단서규정에 대한 개정이유＞

(바) 농업회사법인의 근거가 되는 농어업경영체법 및 「농어촌ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」의 각 제정이유(법제처 국가법령정보센터 참조)는 아래와 같다.

＜농어업경영체법 제정이유(2009.4.1.)＞

＜「농어촌ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제정이유(1999.2.5.)＞

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점단서규정이 ‘창설적 규정’이므로 쟁점농업회사법인에서 발생한 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급한 배당소득을 청구인들의 종합소득과세표준에 합산하여 과세한 이 건 처분은 위법하다고 주장하나,조특법 시행령 제65조 제2항 제3호에서는 쟁점분리과세특례 적용 대상으로 ‘농어업경영체법 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득’을 규정하고 있고, 농어업경영체법 제19조 제1항 및 제2항에서는 농업회사법인을 설립할 수 있는 자로 ‘농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자 등으로서 농업인과 농업생산자단체’를 규정하고 있는바, 농업회사법인의 설립 주체가 농업에 종사하는 자, 즉 농작물재배업에 종사하는 자 또는 단체로 한정하고 있는 점을 고려하면, 농업회사법인은 실질적으로 국내 농산물 생산과 연계된 사업을 영위할 것을 전제로 한 법인으로 해석하는 것이 타당한 점,농업회사법인의 설립 근거가 되는 농어업경영체법 및 「농어촌ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」의 제정이유에서도 그 제정취지가 ‘우리 농업의 경쟁력ㆍ생산성 강화’가 그 주요 이유로 확인되는바, 수입농산물의 유통·판매에 세제 혜택을 부여하는 것은 우리 농업의 경쟁력·생산성 강화와 관련이 없는 것으로 보이므로, 수입농산물의 유통ㆍ판매에 따른 소득은 쟁점분리과세특례 규정에 따른 감면 대상에 해당하지 않는 것으로 보이며, 쟁점단서규정에 대하여, 최종 세법개정안 상세본에서 개정이유를 ‘감면 등 대상 소득 명확화’로, 법제처 국가법령정보센터의 개정이유에서도 ‘수입 농산물을 단순 유통ㆍ판매하는 소득은 제외됨을 명확히 함’으로 명시되어 있는 점에서 쟁점단서규정은 위와 같은 쟁점분리과세특례 규정의 해석을 명확히 한 것으로 보이는 점 등에 비추어,

청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다[조심 OOO, 2025.9.4. 등, 같은 뜻임]. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점단서규정이 신설되기 전까지는 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급한 배당소득에 대하여 쟁점분리과세특례를 적용하는 국세행정의 관행이 성립되어 있었다고 주장하나,수입산 농산물의 유통ㆍ판매에 의한 배당소득에 대하여 「국세기본법」 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다.

위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하나(대법원 2012.12.13. 선고 2011두3913 판결, 대법원 2016.10.13. 선고 2016두43077 판결 등 참조), 과세관청이 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 지급한 배당소득을 종합소득과세표준에 합산하여 과세하지 아니한다는 의사표시를 한 사실은 확인되지 않는 점, 청구인들이 비과세 관행이 있음을 입증하고자 제출한 보도자료들은 농업회사법인을 설립한 후 농산물 수입을 주된 사업으로 삼는 업체들이 법인세 면제 등 혜택을 받는다는 내용으로, 이는 단지 해당 업계에서 과세가 이루어지지 아니하는 실태를 알리는 것에 불과할 뿐, 쟁점분리과세특례와 관련한 비과세 관행이 존재하였음을 증명하였다고 보기는 어려운 점,또한, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점농업회사법인에서 발생한 수입산 농산물의 유통·판매소득을 기초로 하여 청구인들에게 지급한 배당소득에 대하여는 쟁점분리과세특례가 적용되지 아니함이 타당하다 할 것인데, 그렇다면 이와 같이 단순한 과세누락만으로 과세관청의 비과세관행이 성립되었다고 하기는 어려운 점 등에 비추어, 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 국세기본법제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 소득세법제14조(과세표준의 계산)

② 종합소득에 대한 과세표준(이하 “종합소득과세표준”이라 한다)은 제16조, 제17조, 제19조, 제20조, 제20조의3, 제21조, 제24조부터 제26조까지, 제27조부터 제29조까지, 제31조부터 제35조까지, 제37조, 제39조, 제41조부터 제46조까지, 제46조의2, 제47조 및 제47조의2에 따라 계산한 이자소득금액, 배당소득금액, 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액 및 기타소득금액의 합계액(이하 “종합소득금액”이라 한다)에서 제50조, 제51조, 제51조의3, 제51조의4 및 제52조에 따른 공제(이하 “종합소득공제”라 한다)를 적용한 금액으로 한다.

③ 다음 각 호에 따른 소득의 금액은 종합소득과세표준을 계산할 때 합산하지 아니한다.

5. 「조세특례제한법」에 따라 분리과세되는 소득

(3) 조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 일부 개정된 것)제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)

① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제4조에 따라 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대해서는 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

④ 농업회사법인에 출자한 거주자가 2026년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대해서는 소득세를 면제하고, 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

(4) 조세특례제한법 시행령(가) 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부 개정되기 전제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등)

② 법 제68조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5 제1항 제6호 가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

③ 법 제68조 제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 제2항 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다) 및 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득을 말한다.(나) 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 일부 개정된 것제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등)

② 법 제68조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

1. 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」 제2조에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업회사법인"이라 한다)의 같은 법 시행령 제20조의5 제1항 제6호 가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조 제1항에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득. 다만, 수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득은 제외한다.

③ 법 제68조 제4항 전단에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 제2항 각 호의 소득(이하 이 조에서 "부대사업등 소득"이라 한다) 및 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득을 말한다.부칙 ＜대통령령 제34263호, 2024.2.29.＞제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 해당 호에서 정하는 날부터 시행한다.

1. 제80조의3 제4항 제5호 및 제93조의5 제1항의 개정규정 : 2024년 6월 1일

2. 제81조의4 제3항부터 제5항까지, 제93조의6 제10항부터 제16항까지 및 제109조의2 제2항 제1호의 개정규정 : 2024년 4월 1일

3. 제93조의4 제8항 각 호 외의 부분의 개정규정 : 2025년 1월 1일

(5) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제1조(목적) 이 법은 경쟁력 있는 농어업경영체를 육성하고 농어업의 공동경영을 활성화하여 국민에게 안전한 농수산물과 식품을 안정적으로 공급하고, 나아가 농어촌사회의 안정과 국가 발전에 이바지함을 목적으로 한다.제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농업인”이란 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호에 따른 농업인을 말한다.

2. “농업법인”이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

3. “농업경영체”란 농업인과 농업법인을 말한다.제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등)

① 농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

(6) 농업·농촌 및 식품산업 기본법(2024.10.22. 법률 제20503호로 일부 개정되기 전의 것)제1조(목적) 이 법은 국민의 경제, 사회, 문화의 기반인 농업과 농촌의 지속가능한 발전을 도모하고, 국민에게 안전한 농산물과 품질 좋은 식품을 안정적으로 공급하며, 농업인의 소득과 삶의 질을 높이기 위하여 농업, 농촌 및 식품산업이 나아갈 방향과 국가의 정책 방향에 관한 기본적인 사항을 규정함을 목적으로 한다.제3조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "농업"이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. "농업인"이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.

3. "농업경영체"란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 농업경영체를 말한다.

4. "생산자단체"란 농업 생산력의 증진과 농업인의 권익보호를 위한 농업인의 자주적인 조직으로서 대통령령으로 정하는 단체를 말한다.

5. "농촌"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역을 말한다.

가. 읍ㆍ면의 지역나. 가목 외의 지역 중 그 지역의 농업, 농업 관련 산업, 농업인구 및 생활여건 등을 고려하여 농림축산식품부장관이 고시하는 지역

6. "농수산물"이란 다음 각 목의 것을 말한다.

가. 농산물 : 농업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것나. 수산물 : 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조 제1호 가목에 따른 어업활동 및 같은 호 마목에 따른 양식업활동으로 생산되는 산물로서 대통령령으로 정하는 것제28조(농업 관련 조합법인 및 회사법인의 육성) 국가와 지방자치단체는 농업의 생산성 향상과 농산물의 출하·유통·가공·판매·수출 등의 효율화를 위하여 협업적 또는 기업적 농업경영을 수행하는 영농조합법인(營農組合法人) 및 농업회사법인(農業會社法人)의 육성에 필요한 정책을 수립·시행하여야 한다.

(7) 농업·농촌 및 식품산업 기본법 시행령제2조(농업의 범위) 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

1. 농작물재배업 : 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 사료작물 재배업, 풋거름작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)

2. 축산업 : 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業)

3. 임업 : 영림업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업 및 「산림문화ㆍ휴양에 관한 법률」과 「수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률」에 따른 자연휴양림, 수목원 및 정원의 조성 또는 관리ㆍ운영업을 포함한다) 및 임산물 생산ㆍ채취업제4조(생산자단체의 범위) 법 제3조 제4호에서 “대통령령으로 정하는 단체”란 다음 각 호의 단체를 말한다.

1. 「농업협동조합법」에 따른 조합 및 그 중앙회

2. 「산림조합법」에 따른 산림조합 및 그 중앙회

3. 「엽연초생산협동조합법」에 따른 엽연초생산협동조합 및 그 중앙회

4. 삭제 ＜2015.12.22.＞

5. 농산물을 공동으로 생산하거나 농산물을 생산하여 공동으로 판매ㆍ가공 또는 수출하기 위하여 농업인 5명 이상이 모여 결성한 법인격이 있는 전문생산자 조직으로서 농림축산식품부장관이 정하는 요건을 갖춘 단체제5조(농수산물의 범위)

① 법 제3조 제6호 가목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제2조의 농업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.

② 법 제3조 제6호 나목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 「수산업ㆍ어촌 발전 기본법」 제3조 제1호 가목에 따른 어업활동으로부터 생산되는 산물을 말한다.