합병거래에 대해 「법인세법」상 부당행위계산 부인 여부를 판단함에 있어, 비상장법인인 피합병법인이 보유한 쟁점상장주식을 「상증세 및 증여세법」 제63조 에 의하여 평가하는지, 한국거래소 최종시세가액으로 평가하는지 여부

합병법인인 △△△이 피합병법인인

○○○

를 합병하면서 비상장법인인 피합병법인이 보유한 쟁점상장주식은 한국증권거래소에 상장된 주식으로 동 주식은 시가가 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 동 상장주식의 시가는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따라 평가기준일 현재 한국거래소의 최종시세가액으로 평가하는 것이므로, 피합병법인의 쟁점상장주식을 시가보다 고가로 평가함에 따라 청구법인이 특수관계법인으로부터 분여받은 이익을 익금에 가산하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가.주식회사 OOO(이하 “OOO이라 한다)의 100% 자회사인 OOO주식회사(이하 “OOO패션” 또는 “합병법인”이라 한다)는 2008.8.3. OOO주식회사(이하 “OOO” 또는 “피합병법인”이라 한다)를 흡수합병하면서 평가기준일을 2008.5.31.로 하여 합병법인 및 피합병법인의 주식평가를「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)에 따라 OOO원 및 OOO원으로 각각 평가하여 1:0.6995255로 합병비율을 산정하면서, 피합병법인이보유한 상장법인OOOOOO주식회사(이하 OOOOOO”이라 한다)의 발행주식 2,800,000주(이하 “쟁점상장주식”이라 한다)를 ‘평가기준일 이전 2개월과 기준일 이후 보고서일까지 최종시세가액의 평균액(OOO원)’에상증법 제63조제3항에 의한 최대주주 등에 대한 할증평가 30%를 가산한 OOO원으로 평가하였는바, 당시 피합병법인인 OOO의 주주들은 OOO과 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」상 계열회사인 OOOOOO 주식회사(49%), 청구법인(42%), OOO패션주식회사(9%)로 구성되어 있었다.

나.OOO(이하 “조사청”이라 한다)은 OOO패션및 OOOOOO에 대한 주식변동조사를 실시하여 OOO이 대주주인 OOO패션이 피합병법인인 OOOOOO를 합병하면서 쟁점상장주식을OOO원의 고가로 과대평가함에 따라 OOO이 특수관계법인이자 피합병법인의 주주인 청구법인 외 2개 법인에게 OOO원의 이익(이 중 청구법인 해당분은 OOO원)을 분여한 것으로조사하여 처분청에 관련 과세자료를 통보하였고,처분청은 이에 따라 청구법인이 특수관계법인으로부터 분여받은 이익 OOO원을 2008사업연도 소득금액에 익금가산하고 2009사업연도 이월결손금을 감액경정하여 2014.4.24.청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된「법인세법 시행령」 제89조제2항 제2호 후문은 “비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 OOO 최종시세가액으로” 산정한다는 규정을 두었는바,「법인세법 시행령」이 개정되기 전에는 비상장법인이 보유한 상장주식의 가치를상증법 제63조에 따라 평가하여야 한다.

(1) 국세청이 발간한 “개정세법 해설”에서 2013.2.15.「법인세법 시행령」제89조제2항 제2호가 개정되기 전에는 “(비상장법인이 보유한 상장주식) 시가가 불분명한 경우 상증법을 준용하여 평가 : 평가기준일 전후 2개월 동안 거래소 최종시세가액 평균”하여 산정하였고, 개정 후에는 “평가기준일 현재 거래소 최종 시세가액”으로 산정한다고 적시하였다.

(2)「법인세법 시행령」제89조제1항의 규정은 쟁점상장주식의 평가에 적용되지 아니하는 것인바, 이 건의 문제는 쟁점상장주식의 시가가 아니라 쟁점상장주식을 보유한 OOO 주식의「법인세법」상 시가로 이를 산정하기 위한 비상장법인의 순자산가액은 모두 상증법상 평가방법에 따라 평가하여야 하는 것이고, 쟁점상장주식은 비상장법인인 OOO의 순자산의 하나이므로 상증법에 따라 평가되어야 한다.

(3) 국세청도「소득세법」상 부당행위계산부인 규정에 대해서는 비상장법인이 보유한 상장주식의 시가를 상증법에 의해 평가하여야 한다고 유권해석(재산-1144, 2009.12.29.)한 바와 같이,「법인세법」상 비상장주식의 평가는 상증법을 준용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된「법인세법 시행령」제89조제2항 제2호의 개정취지에 의해 시행령 개정 전의 비상장법인이 보유한 상장주식의 평가는 상증법에 따라 평가하는 것이라고주장하나, 개정 이전에도 비상장법인의 주식을상증법 제63조의 규정을준용하여 평가함에 있어 당해 평가대상 비상장법인이 보유하고 있는 상장주식의 시가는 평가기준일 현재 OOO의 최종시세가액(법인세과-1045, 2009.9.25., 법인세과-939, 2009.8.27.)이라는 입장을 취하고 있고, 개정 전「법인세법 시행령」제89조에서 상장주식의 시가를 OOO 최종시세가액으로 규정하고 있으며, 비상장법인이 보유한 상장주식을 이와 별도로 규정하고 있지 않음에도 이를 상증법에 따라 평가하여야 한다는 청구법인의 주장은 개정세법의 취지를 자의적으로 해석한 것이다.

(1) OOO에서 거래되고 있는 상장주식의 경우 매일의 거래가격이 공시되고 있어 그 가격이 시가이고, 법인세법에서 거래소의 최종시세가액을 시가로 규정하고 있는 것으로 볼 때 청구법인이 주장하는 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로 쟁점상장주식을 상증법에 따라 평가하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없고,「법인세법」제52조및 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 시가는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 하도록 하고 있어 비상장법인인 피합병법인이 보유한 쟁점상장주식의 시가는 평가기준일 현재 최종시세가액으로 하여야 하는 것으로, 비상장법인인 피합병법인의 주식을 상증법의 규정을 준용하여 평가하더라도 당해 법인이 자산으로 보유하고 있는 상장주식의 시가는 평가기준일 현재 최종시세가액으로 평가하여야 한다.

(2) 국세청도「소득세법」상 부당행위계산부인 규정에 대해서는 비상장법인이 보유한 상장주식의 시가를 상증법에 의해 평가해야 한다는 태도를 취하고 있다고 주장하나, 청구법인이 제출한 해석사항(재산세-1144, 2009.12.29.)은 「소득세법」상 부당행위계산 부인으로서 법인의 자본거래에 관한 부당행위계산부인 규정의 적용을 「법인세법」상 시가에 의해 처분한 쟁점거래와는 그 태양을 달리하고 있음에도 이를 근거로 청구법인의 의견대로 유권해석을 하였다고 볼 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점합병거래에 대해「법인세법」상 부당행위계산 부인여부를판단함에 있어, 비상장법인인 피합병법인이 보유한 쟁점상장주식을상증법 제63조에의하여 평가하는지, OOO 최종시세가액으로평가하는지 여부

나. 관련 법령

(1)법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

8. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자본거래로 인하여 주주등인 법인이 특수관계인인 다른 주주등에게 이익을 분여한 경우가. 특수관계인인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제165조의4에 따라 합병(분할합병을 포함한다)하는 경우는 제외한다.

나. 법인의 자본(출자액을 포함한다)을 증가시키는 거래에 있어서 신주(전환사채·신주인수권부사채 또는 교환사채 등을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)를 배정·인수받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제7항에 따른 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우다. 법인의 감자에 있어서 주주 등의 소유주식 등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주 등의 주식 등을 소각하는 경우제89조(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것)(시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.2.「상속세 및 증여세법」제38조내지 제39조의2 및동법 제61조내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」제63조제2항 제1호 및동법시행령 제57조제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)은 이를 각각 직전 6월로 본다.제89조(2013.2.15. 대통령령 제24357호로 개정된 것)(시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.2.「상속세 및 증여세법」제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」제63조제1항 제1호다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」제63조제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

(3)상속세 및 증여세법 제63조(유가증권 등의 평가)

① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가다. 나목외의 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

(4)상속세 및 증여세법 시행령 제54조(비상장주식의 평가)

① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인(「소득세법 시행령」제158조제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.1주당가액 = 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액÷금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.1주당 가액＝당해 법인의 순자산가액÷발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 법 제63조 제1항 제1호 다목의 주식 또는 출자지분을 발행한 법인이 다른 비상장주식을 발행한 법인의 발행주식총수 등의 100분의 10 이하의 주식 또는 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식의 평가는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고「법인세법 시행령」 제74조제1항 제1호 마목의 규정에 의한 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

④ 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 순자산가치에 의한다.

1. 법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 또는 출자지분

2. 사업개시전의 법인, 사업개시후 3년 미만의 법인과 휴ㆍ폐업중에 있는 법인의 주식 또는 출자지분

3. 평가기준일이 속하는 사업연도전 3년내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식 또는 출자지분

⑤ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 의한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사청은OOO패션및 OOOOOO에 대한 주식변동조사를 실시하였는바, 주요조사내용을 보면 아래와 같이 기재되어 있다.(가) 2008.8.3. OOO의 100% 자회사인 OOO패션은 특수관계법인이자 비상장법인인 OOO를 흡수합병하면서 평가기준일을 2008.5.31.자로하여 합병법인 및 피합병법인에 대한 주식평가를 대주회계법인 및OOO법인에 의뢰하였고, 이들OOO은 합병법인 및 피합병법인의 주식을 상증법규정에 따라 각각 주당 OOO원, 주당OOO원으로 평가하고 1:0.6995255로 합병비율을 산정하였다.(나) 피합병법인 OOO의 주식을 아래 <표1>과 같이 상증법상 보충적평가방법으로 평가하면서 당해 법인이 보유한 쟁점상장주식을「법인세법 시행령」제89조에서 규정하는 OOO 최종시세가액(OOO원)이 아닌 ‘평가기준일 이전 2개월과 기준일 이후 보고서일까지의 최종시세가액의 평균액(OOO원)’에 상증법제63조 제3항에 의한 최대주주 등에 대한 할증평가 30%를 가산한 금액으로 평가함에 따라 보유자산이 과다하게 평가되었는바, 이는 피합병법인의 주식이 과다하게 평가되어 합병비율이 왜곡되었다.

<표1>

피합병법인이 보유한 상장주식 평가내역(단위 : 원, 주)(다)피합병법인이 보유한 상장주식의 시가를 「법인세법」상 규정에따라OOO의 최종시세가액으로 계산한 결과, 아래 <표2>와 같이 합병법인 대주주인 OOO이 피합병법인의 주주인 청구법인과 OOOOOO, OOO패션에게 불공정합병에 따른 이익 OOO원을 분여한 것으로 확인되었다.

<표2>

불공정합병에 따른 특수관계자로부터 분여 받은 이익(단위 : 백만원)(라) 분여이익 OOO원에 대하여 부당행위계산부인규정에 따라 익금산입(기타사외유출)하고, 피합병법인의 주주인 청구법인, OOOOOO, OOO패션이 자본거래로 인하여 특수관계자에게 분여 받은 이익 OOO원에 대하여 익금산입(유보)처분하고자 한다.

(2) 청구법인은「법인세법 시행령」제89조제1항의 규정은 쟁점상장주식의 평가에 적용되지 아니하는 것인바, 쟁점상장주식의 시가가 아니라 쟁점상장주식을 보유한 OOO 주식의「법인세법」상 시가로 이를 산정하기 위한 비상장법인의 순자산가액은 모두 상증법상 평가방법에 따라 평가하여야 하는 것이고, 쟁점상장주식은 비상장법인인 OOO의 순자산의 하나이므로 상증법에 따라 평가되어야 한다고 주장하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은「법인세법 시행령」제89조제2항 제2호에 의거 쟁점상장주식을 평가기준일 전후 2개월 동안 거래소 최종시세가액의 평균액에 최대주주 할증평가를 반영한 가액을 쟁점상장주식의 시가로 보아야 한다고 주장하나, 같은 조 제1항에서「법인세법」제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 OOO 최종시세가액)에 따른다고 규정하고 있는 바와 같이, OOO이 대주주인 OOO패션이 피합병법인인 OOO를 합병하면서 비상장법인인 피합병법인이 보유한 쟁점상장주식은 OOO에 상장된 주식으로 그 주식은 시가가 불분명한 경우에 해당하지 아니하여 그 상장주식의 시가는「법인세법 시행령」제89조제1항에 따라 평가기준일 현재 OOO의 최종시세가액으로 평가하는 것이므로, 피합병법인의 쟁점상장주식을 시가보다 고가로 평가함에 따라 청구법인이 특수관계법인으로부터 분여 받은 이익을 익금에 가산하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.