임직원이 신주발행형 주식매수선택권을 행사함에 따라 발생한 행사차익이「법인세법」상 손금(인건비)에 해당한다는 청구주장의 당부 등

주식매수선택권의 행사이익에 대하여는 2014.9.26. 개정된 「법인세법 시행령」제20조 제1항 제3호 나목으로 추가되어 ‘대통령령이 정하는 성과급’에 포함된 것으로, 그 부칙(제25640호(2014.9.26.) 제1조에서 이 영의 시행일은 2014.10.1.부터 시행하고, 제2조에서 손금으로 산입되는 성과급 등의 범위에 관한 적용례로 동 개정규정은 이 영 시행 이후 주식을 발행하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 개정된「법인세법 시행령」시행 전 행사된 신주발행형 주식매수선택권의 경우 손금산입할 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점처분은 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 신인가수 및 연기자의 발굴 및 양성 등을 목적으로 설립된 법인으로,

(1) 임직원들에게 사전에 정해진 가격(행사가액)으로 청구법인이 발행하는 신주를 매수할 수 있는 주식매수선택권(이하 “신주발행형 주식매수선택권”이라 한다)을 부여하였고, 청구법인의 임직원들 중 일부는 2012년부터 2014년까지 사이에 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 신주발행형 주식매수선택권을 행사하였으며, 청구법인은 각 사업연도 법인세 신고시 아래 ＜표1＞ 기재와 같은 행사차익(행사 당시 신주의 시가에서 행사가액을 공제한 금액) 상당액을 손금산입하지 않았다.

(2) 한편, 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고시 2012사업연도에 설립된 자회사 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)가 청구법인의 관계기업에 해당함을 전제로, 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 청구법인의 매출액과 OOO의 매출액의 합계액이 중소기업 기준인 1,000억 원을 초과하는 것으로 보아, ‘연구 및 인력개발 세액공제’ 계산 시 중소기업이 아닌 일반기업 기준을 적용하여 아래 ＜표3＞ 기재와 같이 2012사업연도 법인세를 신고.납부하였다.

나. 청구법인은 2018.4.2.

① 신주발행형 주식매수선택권 행사차익 상당액이 「법인세법」상 손금에 해당한다고 보아 처분청에게 손금산입 후 감액된 법인세액의 환급 및

② 청구법인이 중소기업에 해당함을 전제로 연구.인력개발비 세액공제액 계산 시 적용하였던 세액공제율에 ‘100분의 25’를 적용하여 계산한 OOO원을 추가로 산출세액에서 공제하여 2012사업연도 법인세를 환급해 줄 것을 경정청구 하였다.

다. 처분청은 2018.5.18. 청구법인의 경정청구 중 2014사업연도에 대한 경정청구를 인정하여 관련세액을 환급하고, 이를 초과하는 경정청구는 거부(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.8.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 임직원들의 주식매수선택권 행사에 따른 행사차익은 「법인세법」상 손금으로 인정되어야 한다.(가) 주식매수선택권 행사차익은 회사의 경제적 부담으로 지급되는 것인바 이를 자본거래로 해석할 수 없다.

1) 회사로부터 주식매수선택권(신주발행형)을 부여받은 임직원들이 그 권리를 행사할 경우 회사는 제3자에게 시가로 발행하는 경우에 비해 더 적은 금액, 즉 행사가액만을 납입받아 신주를 발행한다. 회사가 임직원에게 주식매수선택권을 부여하고 해당 임직원이 일정한 근로조건을 충족한 후 자신이 원하는 시점에 회사에 주식매수선택권을 행사하는 거래구조는 단순히 제3자가 신주를 저가 인수하는 경우와 동일한 것으로 해석하기는 어렵다.

2) 오히려, 주식매수선택권은 실제로 근로의 대가로서 지급되는 급여지급적 측면이 핵심이므로 회사가 임직원에게 행사차익 상당의 이익을 지급하면서 스스로 행사차익 상당의 손해를 부담하는 내용의 혼합거래로 해석하는 것이 타당하다. 즉, 주식매수선택권을 행사할 경우

① 신주발행에 따른 경제적 이익은 주식발행회사가 아닌 회사 임직원들에게 귀속되고,

② 주식매수선택권의 행사차익은 결국 주식을 발행하는 회사가 경제적으로 부담하므로 회사는 행사차익만큼의 손해(인건비)가 발생하게 되는 것으로 보아야 한다.(나) 주식매수선택권의 행사차익을 회사의 비용으로 인정하지 않을 경우 회사의 소득을 정당하게 평가할 수 없다.

1) 법인의 소득을 산정할 때 회사의 수익창출을 위하여 부담한 손실이나 비용을 총소득에서 차감하여 주어야 하는데, 만일 주식매수선택권의 행사차익을 회사의 손금으로 인정하지 않으면 주식매수선택권을 임직원들에게 부여한 회사의 소득을 정당하게 평가하고 측정할 수 없다. 이는 회사가 그 소속 임직원들에게 주식매수선택권이 아닌 현금을 지급하는 경우와 비교하면 보다 분명하다. 즉, 현금으로 지급되는 통상의 급여 내지 상여금은「법인세법 시행령」제19조제3호의 인건비로서 손금산입대상이며, 마찬가지로 회사가 임직원들에게 근로에 대한 보상으로 일정한 현금을 지급하고 임직원들이 해당 금원으로 회사의 주식을 시가에 인수하는 경우 위 현금은 역시 손금산입대상이 된다.

2) 그런데 실제로 많은 회사들이 임직원들에게 현금으로 급여 기타 인건비를 지급하는 대신에 주식매수선택권을 부여하고 그 청구에 따라 신주를 발행하고 있음에도, 그에 소요되는 비용을 자본거래에 따른 것으로 보아 손금으로 인정하지 않는 것은 거래의 실질에 어긋나는 것일 뿐만 아니라 수입에서 필요경비를 차감한 순소득에 대하여 과세하는 「법인세법」의 기본원리에도 부합하지 않는다.

3) 따라서 임직원들이 주식매수선택권을 행사함에 따라 회사가 일정한 경제적 비용을 부담하는 것인바, 이를 회사의 손금으로 반영하지 않을 경우 회사의 정당한 소득을 산정할 수 없는 것이다.(다) 더구나, 주식매수선택권의 행사차익은 임직원들이 제공하는 근로에 대한 대가관계에 있다는 점에서 이를 회사의 비용으로 인정되지 않는다고 보기는 어렵다.

1) 주식매수선택권은 우수하고 뛰어난 인력을 고용하기 위한 방편으로 활용되는 개념으로, 임직원과 회사 간에 일정기간 근로를 제공하는 조건으로 주식매수선택권을 행사하기로 하는 약정을 체결하고 임직원이 실제로 일정기간 근로를 제공한 후 주식매수선택권을 행사하게 된다. 이때, 근로의 대가로 지급되는 봉급, 보수, 급료 및 수당, 상여금, 연금 또는 퇴직금과 이와 유사한 성질의 급여의 경우 원칙적으로 인건비에 해당하여 손금에 산입되는 것인바, 주식매수선택권의 행사차익이 근로자들에게 경제적으로 지급된 인건비 지급의 성격을 지니고 있는 이상 별도의 손금산입 규정이 없더라도 손금산입대상이 된다.

2) 위와 같은 내용은「소득세법 시행령」제38조제1항 제17호에 주식매수선택권을 당해 법인에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(행사 당시 주식의 시가에서 행사가격을 차감한 금액)을 “근로소득”으로 규정하고 있는 점에서도 확인된다. 즉 임직원들이 향유하는 주식매수선택권의 행사차익은 그들의 근로제공에 따른 것이므로, 「소득세법」은 그 행사차익을 임직원의 근로소득을 구성하여 소득세를 과세하고 있는 것이다.

3) 주식매수선택권의 행사에 따라 신주를 발행하여 지급하는 법인 입장에서 보면, 해당 법인이 임직원들에게 그 행사차익을 근로의 대가로 제공하는 것을 부정할 수 없다. 즉, 주식매수청구권의 행사차익을 단순히 자본거래에 따른 이익으로 본다면, 그 행사차익에 대하여 임직원들이 근로소득으로 소득세를 납부하여야 한다는 점을 설명할 수 없고, 결국 주식매수선택권 행사차익은 「법인세법」상 인건비의 성격에 해당하는 것이라고 볼 수밖에 없다. 나아가, 국세청 스스로도 주식매수선택권 행사차익(시가와 매수가격의 차이)이 연구인력개발비 세액공제대상 인건비 항목에 포함된다는 것을 명확히 밝힌바 있다(법인-954, 2010.10.19.).

4) 결국, 주식매수선택권을 행사한 임직원들이 그 행사차익에 대하여 회사로부터 근로소득을 지급받은 것으로 보아 소득세를 신고. 납부하게 되며, 따라서 청구법인이 그 임직원들에게 지급한 금원이 「법인세법」상 인건비에 해당하는 것은 당연하다.(라) 모회사가 자회사 임직원에게 모회사의 주식매수선택권을 부여하고 자회사가 그 행사차익을 모회사에게 보전하는 경우 손금산입이 인정된다는 점을 보더라도 주식매수선택권의 행사차익은 손금산입대상이다.

1) 대법원(2015.11.17. 선고 2012두3491 판결)은 주식매수선택권이 애초에 임직원들의 근로제공에 대한 대가로서 법인의 수익창출에 기여하기 위한 비용이라는 점을 명시적으로 인정하였다. 이와 관련하여 2010.2.18. 개정된 「법인세법 시행령」은 “임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액”을 손금으로 인정하는 제19조 제19호의 조항을 도입하였데, 동 시행령 개정 이전에 외국 모회사가 국내 자회사의 임직원에게 모회사의 주식매수선택권을 부여하되 자회사가 그 행사차익을 모회사에게 보전하여 주었던 사안에서, 법원은

① 주식매수선택권 제도의 근본적인 취지가 임직원들의 업무성과를 극대화하기 위한 것인 점,

② 「소득세법」은 주식매수선택권의 행사차익을 근로소득의 하나로 규정하고 있다는 점,

③ 실제로 주식매수선택권은 임직원들에게 근로제공에 대한 대가로 지급되는 것인 점 등에 주목하였고, 결국 주식매수선택권의 본질적인 성격은 성질상 인건비에 해당하여 당연히 손금산입이 가능하므로 별도의 구체적인 손금규정 없이도 최소한「법인세법 시행령」제19조제18호의 ‘그 밖의 손비’로 보아 손금산입대상이라고 본 것이다.

2) 위 대법원 판결의 취지에 따르면, 모회사가 자회사의 임직원들에게 부여한 주식매수선택권의 행사차익을 자회사가 별도로 보전해 준 비용 뿐만 아니라, 어느 회사에서 직접 자신의 임직원들에게 부여한 주식매수선택권의 행사차익도 그와 마찬가지로 동일하게 인건비로 보아 손금으로 판단하는 것이 합리적이다.

3) 한편, 위 대법원 판결은 2010.2.18. 개정된 「법인세법 시행령」에서 주식매수선택권 보전비용을 손금으로 본다는 명문규정이 도입되기 이전에 지출된 비용에 대하여도 그 손금산입을 인정하였다. 즉, 과세관청은 위 규정이 신설된 이후에만 세무상 비용처리가 가능하다고 해석하였으나, 대법원은 위 규정이 주식매수청구권의 행사로 지출된 비용 또는 그 보전액이 법인의 세무상 비용임을 확인하는 취지의 규정이므로 「법인세법 시행령」개정과 무관하게 세무상 비용에 해당한다고 판단한 것이다.

4) 따라서, 현행「법인세법 시행령」제20조제1항 제3호 나목 또한 주식매수청구권 행사에 따른 행사차익이 법인의 세무상 비용임을 확인하는 취지로 규정된 것이므로, 주식매수선택권의 행사차익은 위 시행령 개정 전에도 인건비로서 손금으로 인정되어야 한다.

(2)「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 제3호에서 실질적인 독립성은「중소기업기본법 시행령」에 그 범위를 위임하고 있는데,「중소기업기본법 시행령」제2조제3호 및 제3조의2는 직전 관계기업이란 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 지배하는 기업으로 규정하여 그 판단기준이 직전사업연도 말일 현재로 규정하고 있으므로, 청구법인과 OOO가 관계기업에 해당하는지 여부는 ‘직전’ 사업연도를 기준으로 판단하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1)「소득세법 시행령」 제38조제1항 제17호에서 주식매수선택권의 행사이익(시가와 행사가격의 차이)을 규정하고 있고, 반면 개정 전「법인세법」제20조에서는 “잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액은 손금에 산입하지 않는다”고 규정하면서 그 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다”고 하면서「법인세법 시행령」제20조에서 ‘대통령령이 정하는 성과급’을 규정하고 있는바, 주식매수선택권의 행사이익에 대하여는 2014.9.26. 개정된「법인세법 시행령」제20조제1항 제3호 나목으로 추가되어 ‘대통령령이 정하는 성과급’에 포함된 것으로, 그 부칙＜제25640호(2014.9.26.)＞ 제1조에서 이 영의 시행일은 2014.10.1.부터 시행하고, 제2조에서 손금으로 산입되는 성과급 등의 범위에 관한 적용례로「법인세법 시행령」제20조제1항 제3호 나목의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식을 발행하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다.청구법인은 주식매수선택권의 행사이익이 청구법인의 경제적 손실로 인하여 임직원들에게 이익을 제공한 것으로 실질적인 인건비 성격이 강하므로 손금에 산입하여야 한다고 주장하나,비록 법인의 비용에 해당된다 하더라도 「법인세법」상 손금으로 인정하지 아니하는 손금불산입 항목을 규정하고 있는바, 주식매수선택권 행사이익의 경우 손금불산입 항목 중 ‘

(1) 이익처분 및 자본거래’ 항목(「법인세법」제20조)에 해당되어 손금으로 인정될 수 없다[다만, 2014.9.26. 개정된 「법인세법 시행령」에서 주식매수선택권 행사이익이 대통령령이 정하는 성과급에 포함되어 2014.10.1.(시행일)부터 손금인정되었음].

(2) 청구법인의 2012사업연도 중소기업 판정시 관계기업 기준 적용과 관련하여 지배ㆍ종속 관계의 판정 시점은 해당 사업연도(2012사업연도) 종료일을 기준으로 하여야 한다.관계기업 판단기준에 대하여「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 제3호에 따른 중소기업 판정시「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호 다목의 관계기업에 대한 요건은 매출액, 자산총액 등 다른 일반적인 규모기준과 동일하게 해당 과세연도 종료일을 판단기준일로 하고 있고, 2014.2.24.「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 개정 및 2014.3.14. 같은 법 시행규칙 제2조 제8항 신설은 관계기업 적용여부의 판단시점에 대한 명시규정이 없어 이를 명확하게 하기 위한 것일 뿐으로, 세법 개정 전「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 제3호에 따라「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호 다목의 관계기업 적용요건은 법률 개정 전까지 일관되게「조세특례제한법 시행령」제2조제4항의 매출액, 자산총액 등 다른 일반적인 규모기준과 동일하게 해당 과세연도 종료일을 기준으로 판단하였는바, 청구법인의 관계기업 해당여부는 해당 과세연도 종료일을 기준으로 판단하여야 하는 것이므로, 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보고 당초 법인세를 경정·고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 임직원이 신주발행형 주식매수선택권을 행사함에 따라 발생한 행사차익이 「법인세법」상 손금(인건비)에 해당한다는 청구주장의 당부

② 관계기업 해당 여부 판단시 직전 사업연도 말일 현재를 기준으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

시행령 개정 전

시행령 개정 후

(2014.10.1. 이후 주식을 발행하는 분부터 적용)

제20조[성과급 등의 범위)

① 법 제20조 제1호 당서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 등을 부여받거나 지급받은 자에게 지급하는 다음 각 목의 금액

가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

제20조[성과급 등의 범위]

① 법 제20조 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 등을 부여받거나 지급받은 자에게 지급하는 다음 각 목의 금액

가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

나. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

다. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

＜부칙＞

제1조(시행일) 이 영은 2014년 10월 1일부터 시행한다.

제2조(손금으로 산입되는 성과급 등의 범위에 관한 적용례) 제20조 제1항 제3호 나목의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식을 발행하는 분부터 적용한다.

(1) 주식매수선택권의 행사차익과 관련하여,「법인세법 시행령」 제20조의 개정내용은 다음과 같다.

(2) 청구법인의 임직원들 중 일부는 2012년부터 2014년까지 사이에 ＜표4＞ 기재와 같이 신주발행형 주식매수선택권을 행사하였으며, 청구법인은 각 사업연도 법인세 신고시 아래 ＜표4＞ 기재와 같은 행사차익(행사 당시 신주의 시가에서 행사가액을 공제한 금액) 상당액을 손금산입하지 않았다.청구법인은 2018.4.2. 신주발행형 주식매수선택권 행사차익 상당액이 「법인세법」상 손금에 해당한다고 보아 처분청에게 손금산입 후 감액된 법인세액의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2014사업연도에 대한 경정청구만 인정하고, 이를 초과하는 경정청구는 거부하였다.

(3) 청구법인은 2012사업연도 법인세 신고시 2012사업연도에 설립된 OOO가 청구법인의 관계기업에 해당함을 전제로, 청구법인의 매출액에 OOO의 매출액을 합하면 매출액 합계액이 중소기업 기준인 1,000억원을 초과하는 것으로 판단하고, ‘연구 및 인력개발 세액공제’ 계산 시 중소기업이 아닌 일반기업 기준을 적용하여 2012사업연도 법인세를 신고.납부하였다.이후 청구법인은 2018.4.2. 청구법인이 2012사업연도에 중소기업에 해당함을 전제로 연구.인력개발비 세액공제액 계산시 적용하였던 세액공제율에 대하여 ‘100분의 8’이 아닌 ‘100분의 25’를 적용하여 OOO원을 추가로 산출세액에서 공제한 후 이를 2012사업연도 법인세를 환급해 줄 것을 경정청구하였으나, 처분청은 2018.5.18. 이를 거부처분하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 임직원이 신주발행형 주식매수선택권을 행사함에 따라 발생한 행사차익이 「법인세법」상 손금(인건비)에 해당한다고 주장한다. 그러나 주식매수선택권의 행사이익에 대하여는 2014.9.26. 개정된「법인세법 시행령」제20조제1항 제3호 나목으로 추가되어 ‘대통령령이 정하는 성과급’에 포함된 것으로, 그 부칙＜제25640호(2014.9.26.)＞ 제1조에서 이 영의 시행일은 2014.10.1.부터 시행하고, 제2조에서 손금으로 산입되는 성과급 등의 범위에 관한 적용례로「법인세법 시행령」제20조제1항 제3호 나목의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식을 발행하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 개정된 「법인세법 시행령」 시행 전 행사된 신주발행형 주식매수선택권의 경우 손금산입할 수 없는 것으로 보이는 점, 개정 전 시행령에서 신주발행형 주식매수선택권을 다른 방식의 주식매수선택권과 달리 손금산입 대상이 되는 성과급의 범위에서 제외한 것은 정책적 이유에 따른 입법자의 선택인 것으로 보이는 점, 개정 시행령의 부칙상으로도 기존의 신주발행형 주식매수선택권의 행사에 대해서는 이를 적용하지 않는다는 입법자의 의지가 반영된 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점처분은 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인과 OOO가 관계기업에 해당하는지 여부는 ‘직전’ 사업연도를 기준으로 판단하여야 한다고 주장한다.

그러나 종래 「조세특례제한법 시행령」 및 같은 법 시행규칙에서 관계기업 해당 여부 외의 다른 중소기업 판단 요건인 매출액, 자산총액, 자기자본, 자본금 규모에 대하여 ‘당해 과세연도 종료일’ 기준으로 판단하는 것으로 규정하고 있었고, 2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」 및 2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정된 같은 법 시행규칙에서 관계기업 판정도 ‘당해 과세연도 종료일’ 기준으로 하도록 규정되고 그 개정이유에 관계기업 판단시점을 명확히 하기 위한 것이라고 되어 있는 점, 「중소기업법」은 당해 사업연도 중 중소기업을 지원하려는 목적이어서 ‘직전 사업연도 말일’을 기준으로 중소기업 요건을 판단하도록 규정하고 있는 반면, 「조세특례제한법」은 법인세 등 신고시 납세의무자에게 중소기업 혜택을 부여하기 위함이므로 ‘당해 과세연도 종료일’을 기준으로 중소기업요건을 판단하는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 관계기업 적용시 지배. 종속관계의 판정 시점을 당해 사업연도 종료일 기준으로 하여 이루어진 쟁점처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.