청구법인이 양도한 쟁점주택이 구 임대주택법에 따른 건설임대주택을 분양한 것이어서 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호의 과세특례 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

법인세법 시행령 제92조의2 제2항 제1호의2 본문 및 나목에서 임대기간을 해당 법인을 기준으로 하도록 규정하고 있는 점, 구 임대주택법 제2조 에서는 임대주택은 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 건설임대주택(제2호)과 임대사업자가 매매 등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 매입임대주택(제3호)으로 구분하고 있는데, 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 규정은 주택을 신축하여 판매하거나 건설임대주택을 신축하여 매각하는 경우와 관련된 것으로 청구법인이 전 임대사업자로부터 매입하여 분양한 매입임대주택인 쟁점주택에 동 규정을 적용하기 어려운 점 등을 고려하면 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 2003.9.24. 설립된 후 부동산개발업 및 주택임대업을 영위해 오고 있는 법인으로, OOO 주식회사(이하 “전 임대사업자”라 한다)가 국민주택기금을 지원받아 2000.10.30. 신축하여 14년간 임대하여 온 OOO 소재 OOO 495세대(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2014.10.22. 매입하였다.

나. 청구법인은 전 임대사업자와 동일한 형태로 쟁점주택을 임대하여 오던 중 임차인들이 분양전환을 요구함에 따라 OOO으로부터 임대주택 분양전환가격 승인을 얻어 2014년부터 2016년까지 분양을 완료한 후, 쟁점주택의 분양이「임대주택법」(2015.8.28. 법률 제13499호로「민간임대주택에 관한 특별법」으로 전부 개정되기 전의 것으로 이하 “구 임대주택법”이라 한다)에 따른 건설임대주택의 분양에 해당한다고 보아「법인세법」제55조의2에 규정하는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 쟁점주택의 분양에 대한 법인세를 신고하지 아니하였다.

다. 이후 청구법인은 쟁점토지의 양도가「법인세법」제55조의2에 규정하는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 대상이 아니라는 OOO장의 감사지적에 따라 2017.3.17. 쟁점주택의 양도에 대하여 ＜표1＞과 같이 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 수정신고하였다.

라. 청구법인은 2017.9.5. 쟁점토지의 양도가 토지 등 양도차익에 대한 법인세 과세대상이 아니라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2017.10.16. 거부처분하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2018.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 양도한 쟁점주택은 구 임대주택법에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양한 것이고, 전 임대사업자의 지위는 청구법인에게 승계된 것이며,「법인세법 시행령」제92조의2제2항 제1호의2 나목의 임대기간은 임대사업자가 아니라 해당 주택을 기준으로 하여 산정하는 것으로 이에 따라 5년 이상 임대한 사실이 있는 쟁점주택의 양도는「법인세법 시행령」제92조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) 제2항 제1호의2 및 제4항 제4호 규정하는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 대상에 해당하므로 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「법인세법 시행령」제92조의2제2항 제1호의2 규정은 해당 법인이 임대하는 구임대주택법 제2조제2호에 따른 건설임대주택으로서 임대기간 등 일정 요건을 갖춘 경우에 한해 적용이 가능한 것인바, 구임대주택법 제2조를 보면 임대주택은 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 건설임대주택(제2호)과 임대사업자가 매매 등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 매입임대주택(제3호)으로 구분되어 있고,「법인세법 시행령」제92조의2제2항 제1호의2 본문과 나목을 보면 임대기간도 당해 법인을 기준으로 산정하도록 되어 있으므로 임대기간이 5년 미만인 쟁점주택을「법인세법 시행령」제92조의2제2항 제1호의2의 적용대상으로 보기는 어렵다.또한,「법인세법 시행령」제92조의2제4항 제4호 규정은 주택을 신축하여 판매하거나 건설임대주택을 신축하여 매각(분양)하는 경우에 적용하는 것인바, 청구법인은 건설임대주택을 신축하여 매각(분양)한 것이 아니라, 기존의 임대사업자가 신축하여 상당 기간 임대하고 있던 건설임대주택을 매입하여 임대하다가 매각(분양)한 것이므로 동 규정의 적용대상으로 보기도 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점청구법인이 양도한 쟁점주택이 구 임대주택법에 따른 건설임대주택을 분양한 것이어서「법인세법 시행령」제92조의2제4항 제4호의 과세특례 대상에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1)법인세법 제55조의2[토지 등 양도소득에 대한 과세특례]

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지 등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액가.「소득세법」제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)나.「소득세법」제104조의2제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만,「지방자치법」제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득3.「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득(2)법인세법 시행령 제92조의2[토지 등 양도소득에 대한 과세특례]

② 법 제55조의2 제1항 제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 해당 법인이 임대하는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택 또는「공공주택 특별법」제2조제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만,「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제7호에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 법 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

가. 삭제 ＜2013.2.15＞

나. 5년 이상 임대한 주택일 것다.「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하거나「공공주택 특별법」제2조제1호 가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가(「소득세법」제99조에 따른 기준시가를 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 합계액이 6억원[「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것1의

2. 해당 법인이 임대하는「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 또는「공공주택 특별법」제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만,「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제7호에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록 등을 한 주택으로 한정한다.

가. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것나. 5년 이상 임대하는 것일 것다.「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하거나「공공주택 특별법」제2조제1호 가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하일 것

④ 법 제55조의2 제4항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

4. 주택을 신축하여 판매(「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 또는「공공주택 특별법」제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택을 동법에 따라 분양하거나 다른 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 그 면적이 다음 각 목의 면적 중 넓은 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득가. 주택의 연면적(지하층의 면적, 지상층의 주차용으로 사용되는 면적 및「주택건설기준 등에 관한 규정」제2조 제3호의 규정에 따른 주민공동시설의 면적을 제외한다)나. 건물이 정착된 면적에 5배(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조의 규정에 따른 도시지역 밖의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 산정한 면적

(3) 구 임대주택법(2015.8.28. 법률 제13499호로「민간임대주택에 관한 특별법」으로 전부 개정되기 전의 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택[임대사업자가 토지를 임차하여 건설.임대하는 주택(이하 “토지임대부 임대주택”이라 한다]나.「주택법」제9조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니한 주택으로서 제6조에 따른 임대사업자 등록을 마치고 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 임대하는 주택

(4) 구임대주택법 시행령 제2조【건설임대주택의 종류】「임대주택법」제2조에 제2호에 따른 건설임대주택의 종류는 다음 각 호와 같다.

1. 공공건설임대주택 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택가. 국가 또는 지방자치단체의 재정으로 건설하여 임대하는 주택나.「주택법」제60조에 따른 국민주택기금(이하 국민주택기금 이라 한다)의 자금을 지원받아 건설하여 임대하는 주택다. 공공사업에 따라 조성된 택지(이하 공공택지라 한다)에「주택법」 제16조에 따라 사업계획승인을 받아 건설하여 임대하는 주택

2. 민간건설임대주택 : 제1호 외의 건설임대주택

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2017.9.5. 처분청에 제출한 경정청구서의 주요 청구사유는 다음과 같다. (가) 청구법인은 전 임대사업자(OOO 주식회사)가 2000.10.30. 국민주택기금을 지원받아 OOO에 신축하여 14년간 임대해 온 쟁점주택을 2014.10.22. 구임대주택법 제16조제2항에 따라 지위를 그대로 승계하여 동일한 사업내용으로 임대사업을 이행하면서 관할 감독관청인 OOO의 임대주택 분양전환가격 승인에 따라 분양전환을 시작하였다. (나) 청구법인은 쟁점주택을 단순히 양도차익을 얻을 목적으로 매입한 것이 아니라 전 임대사업자로부터 국민주택기금과 건설임대주택을 그대로 포괄 승계하여 임대하던 중 입주자들이 거제시에 분양전환을 신청함에 따라 승인된 분양전환가격으로 분양전환한 것이다. (다) 양도차익을 얻을 목적으로 매입하는 주택은 매도자가 매도가격을 임의대로 결정하여 매도하는 것이나 쟁점주택은 감독관청인 거제시에서 임대주택관련법에 따라 분양전환가격을 승인한 것으로 청구법인은 양도차익을 목적으로 포괄승계한 것이 아니다. (라) 쟁점주택이 건설임대주택인지 여부는 국민주택기금으로 건설된 것으로 충분히 입증이 되며, 이는 구 임대주택법과 관련 기관의 해석에 따라 판단하여야 하는바, 건설교통부 유권해석OOO과 국세청 질의회신OOO에 의하면 최초 건설업자로부터 포괄 승계한 주택은 그 성질에 변동이 없기 때문에 건설임대주택으로 보고 있으므로 쟁점주택은 구 임대주택법상 건설임대주택에 해당한다.

(마) 쟁점주택은 정부로부터 국민주택기금을 승인받아 건설된 임대주택으로 공공건설임대주택은 임대사업 운용시 또는 일반 분양전환시 투기나 재산증식 목적으로 전용될 위험이 전혀 없고 건설 후 감독관청인 거제시의 분양전환 승인시까지 임대사업에만 사용되며, 구 임대주택법상 임대의무기간은 임대주택을 기준으로 산정하고 있으므로「법인세법 시행령」제92조의2제2항 제1호의2 나목의 임대기간은 임대사업자가 아니라 해당 주택을 기준으로 하여야 한다. (바) 토지 등 양도소득에 대한 과세특례규정의 신설 취지가 다주택자를 중과하기 위해「소득세법」에 관련 조항을 신설하면서 과세형평을 맞추고 법인으로 회피하는 것을 방지하기 위한 것임을 고려할 때,「법인세법 시행령」제92조의2제4항 제4호는「소득세법」과 동일하게 해석하여야 한다.

(2) 위 경정청구에 대하여 2017.10.16. 처분청이 청구법인에게 발송한 거부통지 공문에 의하면, 건설임대주택을 신축하여 임대하는 사업자로부터 해당 주택을 양수받아 주택임대사업을 영위하다 양도하는 경우에는 임대기간을 계산함에 있어 전 임대사업자의 임대기간을 산입하지 아니하므로 경정청구를 거부처분 한다고 하고 있다.

(3) 전 임대사업자와 청구법인 간에 2014.8.19. 체결한 쟁점주택의 부동산매매계약서에 의하면, 전 임대사업자가 OOO에 분양전환 신청한 금액OOO으로 청구법인에게 양도하고 청구법인은 이를 양수하여 OOO에 임대사업자로 신청하여 승인을 받는다고 하고 있고, 특약사항에 구임대주택법 제16조제2항에 따라 매매계약서상 매수인은 매도인의 임대사업자로서의 지위를 그대로 승계한다고 한 것으로 나타난다.

(4) 거제시장이 2014.7.31. 쟁점주택 임차인 대표회(OOO 회장 외 7인)에 통보한 임대주택 분양전환승인 관련 공문에 의하면, 임차인 대표회에서 구임대주택법 제21조(건설임대주택의 우선분양전환) 제5항 규정에 따라 분양전환승인 신청한 사항에 대하여 검토한바, 적합하므로 같은 법 제21조 제4항 규정에 따라 분양전환가격을 승인(총 분양가격 OOO원)하고, 당사자간 협의가 될 경우 분양가격 이하로 분양전환할 수 있다고 한 것으로 나타난다.

(5) 쟁점주택의 임차인 대표회(OOO 회장 외 7인)가 2014.11.20. 청구법인에게 발송한 분양이행요청 공문에 의하면, 임차인 대표회가 2014.11.11.～2014.11.17. 기간 중 주민전체에 대하여 설문조사한 결과 총 OOO세대가 참석하여 이 중 OOO세대가 2014.10.21. 청구법인과 합의한 분양조건 및 분양가격(안)을 이의 없이 수용하고 분양을 적극 희망하여 분양을 요청하기로 결정하였다고 하고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 자신이 양도한 쟁점주택이 구 임대주택법에 따른 건설임대주택을 동법에 따라 분양한 것이고, 전 임대사업자의 지위는 청구법인에게 승계된 것이며,「법인세법 시행령」제92조의2제2항 제1호의2 나목의 임대기간은 임대사업자가 아니라 해당 주택을 기준으로 하여 산정하는 것으로 이에 따라 5년 이상 임대한 사실이 있는 쟁점주택의 양도는「법인세법 시행령」제92조의2제2항 제1호의2 및 제4항 제4호에 규정하는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 대상에 해당하므로 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다는 주장이나,「법인세법 시행령」제92조의2제2항 제1호의2 본문 및 나목에서 임대기간을 해당 법인을 기준으로 하도록 규정하고 있는 점, 구임대주택법 제2조에서는 임대주택은 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 건설임대주택(제2호)과 임대사업자가 매매 등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 매입임대주택(제3호)으로 구분하고 있는데,「법인세법 시행령」제92조의2제4항 제4호 규정은 주택을 신축하여 판매하거나 건설임대주택을 신축하여 매각(분양)하는 경우와 관련된 것으로 청구법인이 전 임대사업자로부터 매입하여 분양한 매입임대주택인 쟁점주택에 동 규정을 적용하기 어려운 점 등을 고려하면, 쟁점주택의 양도에 대하여「법인세법 시행령」제92조의2에 규정하는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.