쟁점임대주택 보유 중 조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

「소득세법」제94조 제1항 제1호에 규정된 토지와 건물과 별도로 같은 항 제2호 가목에서 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’로 규정하고 있어, 그에 대한 비과세 규정 역시 같은 법 제89조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 ‘주택에 대한 1세대 1주택 비과세’와 달리 입주권 비과세규정에서 그 요건 등을 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점입주권 양도에 대하여 쟁점조항에 따른 1세대 1주택 비과세를 인정하지 않은 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2007.5.15.과 2010.10.20. OOO소재 주택과 같은 동 OOO소재 주택(이하 두 주택을 합하여 “종전주택”이라 한다)을 각각 취득하여 2018.8.20.까지 거주하였고, 종전주택은 2016.6.30.「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분인가에 의해 입주자로 선정된 지위인 조합원입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)으로 전환되었으며, 청구인은 2018.10.10. 쟁점입주권을 조*삼에게 OOO에 양도하고, 2019.5.31. 2018년 귀속 양도소득세 OOO을 신고.납부하였다.

나. 청구인은 2019.6.19. 처분청에 ‘쟁점입주권은「소득세법」제89조제1항 제4호(이하 “입주권 비과세규정”이라 한다)에 따른 비과세 대상이므로 당초 신고.납부한 OOO을 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 제기하였으나,처분청은 2019.8.14. ‘청구인 세대는 쟁점입주권 이외에도 OOO소재 주택(청구인 명의)과 OOO소재 주택(청구인의 배우자 명의), 총 2호의 장기임대주택을 소유하고 있으므로 입주권 비과세규정의 적용대상에 해당하지 않는다’고 보아 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.9.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「소득세법 시행령」제155조제20항(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따르면, 장기임대주택과 그 밖의 1거주주택을 소유하고 있는 1세대가 2년 이상 거주한 1거주주택을 양도하는 경우 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 인정하므로, 쟁점입주권의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다.

(1) 임대주택사업자에 대한 조세특례는 서민의 주거생활을 보호하고자 민간이 보유하고 있는 주택을 임대주택시장으로 유인하여 전세월세의 가격을 안정적으로 유지하려는 정부의 정책적 배려에서 시행하고 있는 제도이고, 청구인 세대의 임대주택은「임대주택법」제6조(임대료 증액 제한 연 5% 이하)에 따라 등록된 임대주택이다.

(2) 조합원입주권이 비록 주택이라는 물리적 실체가 없는 무형의 권리라 하더라도「소득세법」에서 사실상의 주택으로 간주하여 1세대 1주택의 비과세 특례규정을 적용하고 있다.

(3) 조합원입주권의 양도에 대해 주택의 양도와 같이 1세대 1주택 비과세제도가 운용되고 있음에 비추어, 장기임대주택과 1거주주택을 소유하는 1세대가 양도하는 ‘1거주주택’에는 조합원입주권을 포함하고 (주택이 조합원입주권으로 전환되기 전에) 2년 이상 거주하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 하며, 1세대 1주택 비과세 판정시 임대주택은「소득세법 시행령」제167의3 제1항 제2호에 따라 주택의 수에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점조항 적용시 쟁점입주권은 ‘거주주택’에 포함되지 아니한다.

(1) 쟁점조항은 “(생략) 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 (생략)”이라고 규정되어 있어, 주택에서 제외되는 특례의 적용 대상을 “주택”으로 규정하고 있다.

(2) 조합원입주권이 거주주택의 연장선에 있는 권리라고 하더라도 그 실체는 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’로서 주택에 해당하지 아니한바, 이는「소득세법」제89조에서 조합원입주권의 양도소득세 비과세 규정을 주택의 비과세 규정과 분리하여 규정한 것으로도 두 자산이 「소득세법」에서 별도로 구분되어 규정되고 있음을 알 수 있다.

(3) 조세심판원도 이 건과 같은 쟁점에 대하여 처분청의 견해와 같은 취지로 결정한 사례가 있다(조심 2017서1411, 2017.10.19. 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

장기임대주택 보유 중 조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부 개정되기 전의 것)제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다

(2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부 개정되기 전의 것)제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에「주택법」제63조의2제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.제155조【1세대1주택의 특례】

(20) 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다).

가.「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택. 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 자료에 따르면, 청구인과 청구인의 배우자 OOO은 아래 ＜표＞의 주택에 대하여「임대주택법」제6조에 따라 관할 구청장에게 장기임대주택으로 등록하고 관할 세무서에 주택임대로 사업자등록을 한 것으로 나타난다.＜표＞ 청구인 세대 임대주택 등록 현황

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점입주권의 양도에 대하여 쟁점조항에 따라 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나,「소득세법」제94조제1항 제1호에 규정된 토지와 건물과 별도로 같은 항 제2호 가목에서 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’로 규정하고 있어, 그에 대한 비과세 규정 역시 같은 법 제89조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 ‘주택에 대한 1세대 1주택 비과세’와 달리 입주권 비과세규정에서 그 요건 등을 규정하고 있는 점, 장기임대주택 특례규정은 장기임대주택과 ‘그 밖의 1주택’을 국내에서 소유하고 있는 1세대가 장기임대주택 요건을 충족하고 해당 1주택을 양도하는 경우에 1개의 주택을 소유한 것으로 보아「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용한다는 것이므로 ‘주택에 대한 1세대 1주택 비과세’ 요건에 대한 특례규정이지, 쟁점입주권의 비과세와 관련한 ‘입주권 특례규정’에 대한 특례규정은 아닌 점 등에 비추어 처분청이 쟁점입주권 양도에 대하여 쟁점조항에 따른 1세대 1주택 비과세를 인정하지 않은 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.