조제약품 판매액을 총수입금액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

조제용역을 「소득세법」에서 총수입금액에서 제외한다고 규정하고 있지 않은 점, 약국에서 조제약품을 판매하는 경우 조제약품 판매액을 수입금액으로 하고 관련 약품매입액을 매출원가로 하여 계산한 소득으로 종합소득세를 신고하여야 할 것이고, 「국민건강보험법」에서 일정한 ‘약제’를 요양급여 대상으로 정하고 공단이 ‘약제비’의 공단부담분을 약국에 지급하고 있다하여 「소득세법」상 제조약품판매의 소득신고방법이 달라지는 것은 아닌 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1995.8.10. OOO(과세)을 개업하여 운영하면서 동일 장소에서 2022.2.3. 면세사업자 OOO(면세)을 추가하였고, 2022년 이전 귀속분에 대해서 부가가치세가 면세되는 조제약품 판매액을 수입금액에 포함하여 신고(2021년까지 부가가치세 신고서 및 2022년에 면세사업장에 대한 사업장현황신고서)하였으나, 2023년과 2024년 귀속분 신고 시 조제약품 판매액을 수입금액에서 제외하고 사업장현황신고를 하였다.

나. 처분청(잠실세무서 소득세과)은 국민건강보험공단(이하 “공단”이라 한다) 보험자료와 청구인의 사업장현황신고서상 신고금액의 차이로 수정신고를 요청하였으나, 청구인은 조제약품 판매액이 수입금액에 해당하지 않는다는 이유로 불응하였다.

다. 이에 서울지방국세청 납세자보호위원회는 2025.9.25. 시정불가 결정하였고, 청구인은 2025.9.30. 재심의를 요청하였으나, 국세청 납세자보호위원회도 2025.10.20. 시정불가 결정을 하였다.처분청은 2025.10.24.까지 조사를 연기하였다가 2025.10.25.∼2025.11.13. 세무조사를 실시하여, 2023년·2024년 귀속 종합소득세 신고 시 제외된 조제약품 판매액이 수입금액에 포함되어야 한다고 보아, 2026.1.7. 청구인에게 2023년 귀속 신고수입금액 OOO원을 OOO원으로, 2024년 귀속 신고수입금액 OOO원을 OOO원으로 하고, 성실신고확인서 미제출(수입금액) 및 사업장현황신고 불성실 가산세를 가산하여 아래 ＜표1＞과 같이 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

＜표1＞

조사항목 세부내역 및 가산세 명세

ㅇ

ㅇ

ㅇ라. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.4. 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인의 조제업무는 국민의료요양사업의 주체인 공단의 의약품 관련 업무를 대행하는 것으로서, 의약품 취급에는 전문성이 요구되기 때문에 공단이 직접 다루지 못하고 약국이 대신하여 환자들에게 조제/투약하는 대가로 대행수수료(조제용역비)를 지급받고 있고, 조제에 투입되는 조제약품비도 실비(구입금액)로 지급 받고 있는데, 공단은 이 모든 경비를 국민들로부터 징수하는 건강보험료로 감당하고 있다.「국민건강보험법」에 따라 공단은 약국에 조제용역비를 지급하는 대신, 조제 약품비에는 구입금액을 지급상한금액으로 정해 놓고 구입금액 이상 이윤을 불이지 못하게 하고 있으며, 구입금액만 지급할 뿐 아니라, 구입가격도 약국을 배제하고 공단이 직접 제약회사들과 결정한 후 보건복지부 고시가격으로 매년 공지하고 있다.결과적으로 조제약품은 약국의 매매차익을 목적으로 하는 상품이 아니라, 환자들에게 무상으로(의료급여) 또는 구입가의 약 20%에(요양급여) 공급하기 위해 건강보험료를 수입원으로 하여 공단이 조달하는 공공재 물품으로서, 조제약품비는 상품매입비용이 아니라 물품구입경비가 되는 셈이고, 약국은 이윤을 붙이지 못할 뿐 아니라 보험 품목, 구매/공급 가격 및 대상 환자까지 모든 결정권이 공단에 있다.이하에서는 비용(매출원가, 수익을 위해 투입된 대가, Cost)과 경비(일반 지출, Expense)라는 용어의 의미를 엄격히 구분하는 의미에서, 상품매입비용과 구분되도록 물품구입경비로서의 조제약품구입경비(조제약품비)라는 용어를 사용하겠다.

(2) 조제약품구입경비는 일시적으로 약국이 먼저 부담하지만, 환자들에게 약품이 전달되면 공단으로부터 돌려받게 되는데, 이때의 조제약품구입 경비 보전액은 실제 구입한 금액으로서 아무런 소득이 발생하지 않으므로, 공단으로부터 돌려받는 조제약품비(약품구입경비 보전액)는 소득이 발생하거나 소득산출과 관련 있는 금액이 아니기 때문에 「소득세법」에서 정하는 총수입금액에 포함해서는 안된다.「소득세법」제24조 제1항과 같은 법 시행령 제51조 제3항에서는 수입금액의 성격(Quality)을 소득에 대한 수입금액으로, 그 범위(Quantity)를 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액으로 정한 다음 구체적 계산을 언급하는바, 수입금액의 성격을 소득에 대한 수입금액으로 정하는 것은 당연하고 이치에 맞는다고 하겠다. 이는 수입금액을 신고 받는 이유가 수입금액 자체가 목적이 아니라, 수입금액에 포함되어 있는 소득금액을 산출하여 소득세를 부과하기 위함이기 때문이다.

따라서 「소득세법」에서 말하는 수입금액이란 소득을 포함하거나 소득 산출과 관련 있는 수입금액을 뜻한다고 할 수 있고, 소득이 발생하지 않는 수입금액은 「소득세법」에서 말하는 수입금액이 아닐 뿐 아니라, 소득이 발생해지 않는 수입금액을 총수입금액에 포함시킬 경우 소득률이라는 주요한 세무자료 수치가 왜곡된다. 이는 소득률이란 총수입금액에 대한 소득금액의 비율로서(소득률 =소득 금액/총수입금액×100), 분자(소득금액)는 고정되어 있는데, 분모(총수입액)만 일방적으로 커지면 비율의 의미(소득률)가 작게 왜곡되기 때문이다. 조제약품비를 총수입금액에 포함했을 때 소득률이 왜곡된다는 사실은 조제약품비를 총수입금액에 포함해서는 안 된다는 것을 말해준다 하겠고, 매약보다 조제가 압도적으로 많은 청구인의 경우, 소득과 무관한 조제 약품비를 총수입금액에 포함하면 소득률은 기형적이게도 1%에 미달하며, 소득률이 기형적으로 낮게 왜곡되면 불필요한 세무조사를 초래하게 되고, 불필요한 세무조사가 나오면 조제약품비의 특성에 대한 설명을 들고 나서는 조사대상 선정이 잘못되었다고 시인하면서도 대부분의 경우, 아무런 세금이 발생하지 않는 조제약품 부문의 수정이나 보완하면 될 사항을 과세 매약부문의 누락 등 부당과세로 이어졌다. 결국, 조제용역비와 함께 공단으로부터 금원을 받지만, 실상은 지출된 조제약품구입 경비에 대한 실비 보전액에 해당하는 조제약품비는 소득과 무관하므로 「소득세법」이 정하는 총수입금액에 포함되어서는 안 된다고 할 것이고, 결과적으로 청구인은 조제용역비 연간 5억원 이하로 성실신고확인 대상자가 아니다.

공단에서도 급여를 지급할 때, 조제약품비는 부가가치세도 소득세도 발생하지 않으므로 조제용역비에 대해서만 원천징수 및 지급해 주고, 덧붙여 조제약품비는 소득과 무관하기 때문에 총수입금액에서 제외한다고 해서 징수세액이 줄어드는 일도 없다.

(3) 소득세 법령이 위와 같음에도, 처분청은 소득세 관련 본 청구사안에 대하여 다음과 같은 오류가 많은 부가가치세 관련 국세청 해석에 근거하여 가산세를 부과하였다.(가) 국세청 해석 부가 46015-561, 1994.3.24.(이하 “쟁점해석”이라 한다)에서, 「부가가치세법」제12조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제29조 제4호의 규정에 의하여...중략...이 경우에 면세되는 조제용역의 공급가액은 의약품 조제분의 가액(조제 약품비+이윤+조제 용역비)을 말하는 것이라고 나타나나, 아래와 같이 3가지 오류를 지적하겠다.

1) 쟁점해석은 조제약품비에 이윤이 붙지 않는다는 사실을 모르고 있고, 조제약품비는 실제구입가격(보건복지부 고시가격)으로 공단이 약국에 보전해 주고, 환자들에게는 무상 또는 약가의 약 20% 정도에 공급해 주기 때문에 이윤이 발생할 수 없으며, 즉 쟁점해석이 말하는 의약품 조제분의 가액(조제약품비+이윤+조제용역비)에서 이윤 항목이 빠져야 된다.

2) 조제약품비에 이윤이 붙는 것으로 오해하고 이 이윤에 대해 부가가치세를 면제해주기 위해, 조제약품비가 조제용역비에 포함된다고 해석한 것은 아주 잘못된 이해라고 하겠고, 괄호 안에서는 +기호를 사이로 조제약품비와 조제용역비를 각각 다른 항목으로 구분해 놓고, 괄호 밖에서는 재화인 조제약품도 조제용역으로 본다는 이상한 소리를 하는 셈이다.재산 가치를 재화(조제악품)와 용역(조제용역)으로 나누는 것은 상식일 뿐 아니라, 특히 국민건강보험법에서는 특별히 어려운 경우를 제외하고는 치료행위(용역)와 치료재료(재화)를 엄격히 구분해서 보험수가를 책정하므로, 조제용역비에 조제약품비를 더하여 전체를 조제용역비로 본다는 해석은 그야말로 어불성설이라 하겠으며, 세무적으로 볼 때도, 조제용역비는 조제용역을 제공한 대가로서 부가가치세가 발생하지만 면제되는데 반해(면세), 조제약품비는 공단을 대신하여 약국이 약품경비를 먼저 부담한 후에 실비 보전 받는 것으로서 부가가치세는 물론 소득세도 전혀 발생하지를 않는바, 즉 어떠한 세금도 발생하지 않는다는 뜻에서 무세라 할 수 있고, 성격이 다른 무세를 면세에 포함해서는 안 된다 할 것이다.

3) 쟁점해석이 근거로 인용한 「부가가치세법 시행령」제29조는 조제용역비가 의료보건용역에 속하므로 면세대상이라는 조항으로서, 조제약품비가 조제용역비에 속한다는 쟁점해석의 근거로서는 맞지 않는 근거이고, 쟁점해석과 같이 이상한 해석의 근거가 될 법령은 있을 수 없다.결론적으로, 쟁점해석은 조제용역비(면세)와 조제약품비(무세)가 성격이 다르다는 것을 모르고, 조제약품비에 이윤이 발생하는 것으로 오해하고 이 이윤에 대해 부가가치세를 면제해 줄 목적으로 조제약품비가 조제용역비에 포함된다는 식의 거의 궤변수준에 가까운 해석이며, 내용도 완전히 틀렸고(면제해 주려는 부가가치세가 아예 발생하지도 않으므로), 사실 필요도 없는 해석으로서 폐기되어야 할 것이다.

(4) 이 건이 사업과 관련된 종합소득세임을 고려할 때, 부가가치세 관련 해석일 뿐 아니라 오류투성이인 쟁점해석보다, 합리적이며 명확하고 훨씬 상위법인 「소득세법」을 따라야 할 것이고, 처분청도 조제약품비를 총수입금액에서 제외해야 한다는 청구인의 주장에 수긍하고 2023년 귀속 사업장현황 신고에 대해 가산세를 부과하지 않았으나, 해가 바뀌어 2024년 귀속 사업장현황신고에 대해 처분청의 후임자들은 오류투성이의 해석이나 국세청 직원으로서 쟁점해석을 따르지 않을 경우 책임추궁을 당할 수도 있겠으나, 회계연도를 넘긴 2023년 귀속 사업장현황신고에 대해 뒤늦게 가산세를 부과하기가 곤란한데다가, 청구인을 겁박하기 위해 비정기 세무조사 후 결정·고지라는 편법을 동원한 것으로 추정된다. 이는 조제약품비를 총수입금액에서 제외한 사실은 2023년부터 청구인이 밝힌 바로서 조사대상이 아니고, 조제약품비를 총수입금액에서 제외해야 하는지 여부는 소득세법과 국세청 해석이라는 법규에 대한 해석 문제로서 조사 대상이 될 수 없고, 소관 부서인 처분청의 소득세과가 판단하여 처리하면 될 일이기 때문이다. 또한, 수입금액의 과소신고가 사실이라면, 과소신고된 수입금액에 포함되어 있어야 할 소득금액이나 소득세액 누락이라는 실체가 밝혀져야 함에도 2023년 및 2024년 귀속 2년치에 대해 세무조사를 하였으나 소득금액과 소득세액의 누락이 없고, 이는 신고서상 과세표준/산출세액과 결정 과세표준/산출세액이 동일함에서 나타난다.

즉 신고불성실이 있었다면 상응하는 납부불성실이 확인되어야함에도, 처분청은 수입금액 과소신고 주장만 있을 뿐, 세무조사를 하였으나, 상응하는 소득금액 누락이나 소득세액 누락이라는 실체가 없다는 사실은 수입금액 과소신고 주장이 헛된 주장이며, 가산세 부과가 잘못되었음을 반증한다 하겠으며, 애초에 불필요한 세무조사였기 때문에 조사를 마치고도 내용 있는 경정결정결의서 작성이 어려웠을 것으로 짐작된다. 결론적으로, 소득세법령에서 정한 수입금액이란 소득의 산출과 관련 있는 수입금을 말하는 지극히 상식적인 사실을 처분청이 알지 못 할리 없을 것이나, 짐작건대 잘못은 알지만 시정에 나서지는 않겠다는 개선의지 부족 소위 복지부동, 책임회피, 무사안일주의 등이 그 원인일 것으로 생각되나, 결과적으로 납세자에게 큰 횡포를 부린 셈이 되었다고 하겠다. 약품구입경비 보전 성격의 금원으로서 소득산출과 무관하기 때문에 「소득세법」상 총수입금액에 포함해서는 안 되는 조제약품비에 대해, 수입금액 과소신고 및 성실신고확인서 미제출을 주장하며, 2023년 및 2024년 귀속 사업장현황신고 가산세 부과 처분 OOO원은 위법하다.

추가적으로 세무조사가 별일 없이 끝나자 처분청은 면세사업자등록증 자진말소를 강요해 왔고, 이에 청구인은 면세사업자등록증을 말소시키고 면세조제업을 일반과세사업자등록증으로 이전하였으나, 말소시킨 면세사업자등록증은 청구인이 겸업사업자이기 때문에 일반 과세사업자등록증이 있다는 것을 인지한 가운데 별도로 처분청이 정상적으로 발급해 준 것이었고, 겸업사업자의 별도 등록을 금하는 법령은 없으며(오히려 별도 등록이 정상일 것임) 다만, 겸업사업자라도 굳이 면세 과세 별도등록이 필요 없기 때문에 납세자관리 편의상 과세등록형태 하나로 통합한 것이므로, 청구인의 면세조제업 자체는 그대로 유지되며 달라지는 것은 없다 할 것이며, 조제약품비는 세금(소득)과 무관하기 때문에(무세), 면세사업장현황신고에서든 일반과세신고에서든 「소득세법」상 총수입금액에 포함해서는 안 된다는 사실은 마찬가지이므로 면세사업자등록증 말소가 이 건 심리에는 아무런 영향도 줄 수 없다 할 것이다.

(5) 처분청은 무분별하게 조제약품 판매액이라 하나, 조제약품은 매매차익을 목적으로 하는 상품이 아니고, 무상 또는 구입가의 약 20%에 공급하므로 이익이 발생하지 않는 공공재 물품이므로, 조제약품비는 물품공급액으로서 상품판매액이 아니라 하면 청구이유서에서 법적으로 및 회계적으로 자세히 설명하였으나, 이에 대히 처분청은 한마디 반론도 제기하지 못하였다. 뿐만 아니라, 처분청이 조제약품을 왜 상품으로 보는지 법적으로나 회계적으로나 설명한 것이 하나도 없고, 결국 처분청이 임의로 사용하고 있는 조제약품 판매액이라는 말은 용어 자체가 성립하지 않는다 하겠다. 처분청이 무분별하게 사용하는 수입금액이라는 용어도 「소득세법」에서 말하는 수입금액이 아님을 알 수 있고, 이는 소득이 발생하지 않는 수입금(상품 이외의 공급 혹은 처분 대가)을 총수입금액에 포함해서는 안 된다는 것을 청구인이 「소득세법」적 근거와 회계논리로 증명한데 대해서 처분청은 한마디도 반론 제기를 못하였다(「소득세법」제24조, 「소득세법 시행령」제51조 및 제133조)결국, 처분청이 조제약품이 상품이라는 것과, 소득이 발생하지 않는 수입금도 총수입금액에 포함해야 한다는 주장을 법적근거와 회계논리로 증명하지 못하는 한, 또한 상품이 아니며 총수입금액에 포함해서는 않된다는 청구인의 합법적 논리적 주장에 대해 반론도 제기하지 못하는 한 처분청이 임의로 조제약품 판매액이라고 부르며, 수입금액으로 산정되어야 한다든지, 매출액이 어떻고 매출원가가 어떻고, 성실신고 미제출 등을 주장하여도, 다 의미 없는 주장일 뿐이다.

또한, 처분청의 과세 근거가 된 쟁점해석은 오류투성이로서 폐기 되어야 한다는 청구인 주장에 대해서도 한마디 반론이 없고, 처분청 답변서 7면 둘째 줄에 보면, 청구인이 소득률을 왜곡하였다고 하는데, 이는 사실이 아니며, 소득률은 소득금액/총수입금액×100으로서, 소득금액과 수입금액은 왜곡하거나 오류가 있을 수 있으나, 소득률 자체는 식에 의한 계산 결과로서 어느 누구도 왜곡할 수가 없으며, 오히려 처분청이 소득률이라는 중요한 지표에 대해 정확한 개념을 가지고 있는지 의심스럽다. 이는 소득률의 개념과 중요성에 대해 바로 알고 있다면, 소득이 발생하지 않는 수입금액을 「소득세법」상의 총수입금액에 포함시키면 소득률이라는 세무관리 기초자료가 왜곡된다는 사실을 알게 될 것이고, 이같이 심각한 오류는 시정하지 않고 적당히 넘어갈 사안이 아니라는 것을 알 것이기 때문이다. 처분청 답변서 7면 첫째 줄에 보면, 소득이 발생하지 않는 수입금을 「소득세법」상 수입금액으로 산정해서는 안 된다는 주장을 청구인이 자의적으로 해석했다는데, 이도 사실이 아니다. 청구인이 청구이유서에서 소득이 발생하지 않는 수입금을 소득세법상 수입 금액으로 산정해서는 안 되는 이유를 소득세법령(제24조, 제51조)에 근거해서 정성적으로 자세히 밝혔으나, 처분청은 해당 법령에 대해 어떤 해석이나 언급도 회피하면서 오히려 청구인이 자의적으로 해석했다고 사실을 호도하는 것은 정말 무책임하고 비열하다고 생각하고, 아무리 답변이 궁색하기로서니 공직자로서 이런 악의적인 수법을 동원하는 것은 결코 바람직하지 않다.

그리고 중대한 오류가 발견되었음에도 시정할 생각 없이, 오랫동안 그렇게 해 왔으니 오류가 있더라도 계속 그대로 유지해야 한다고 억지를 부리는 것이고, 덧붙여, 「소득세법 시행령」제133조를 보면, 수입금액에서 제외되는 또 다른 수입금의 예가 잘 나와 있는데, "사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다"로 되어 있으며, 즉, 유형자산 양도액은 상품판매액이 아니며 소득이 발생하지 않는 수입금이기 때문에 소득세법상 수입금액에서 제외해야 한다는 것이다. 탈루 혐의도 아니고, 법규해석 이견으로 성실신고확인대상 해당여부 자체가 쟁점인 상황에서, 처분청이 일방적으로 확인서 미제출자로 단정하고 세무조사에 착수한 것이 처분청의 직권이나 재량권 범위에 속하는지 의문일 뿐 아니라, 두 회계연도에 대해 비정기 특별세무조사를 벌이고도 아무런 납부불성실이 확인되지 않았다면 과연 그 비정기 특별세무조사를 정당하다고 볼 수 있는지 의문이고, 이미 일단락된 세무조사 건은 별개 사안으로서, 이 건의 주요 쟁점이 아니다.

(6) 처분청은 처분청 주장을 뒷받침하는 관련 법규들이 많은 것처럼 열거해 놓았으나, 대부분 이 건 쟁점(조제용역비가 아니라 조제약품비가 쟁점임)과 직접 관련이 없고, 관련 있는 것들은 법령보다 하위급의 예규들로서, 모두 쟁점해석과 동일한 종류의 오류가 있으며 법령에 어긋난다.오류의 원인이 의료보건 분야에 대한 지식 부족과 발생하지도 않는 조제약품의 부가가치세를 면제해주려는 의도에서의 억지논리임을 아래와 같이 밝히겠다.심사-소득-2019-011은 공단부담금에서 조제약품비는 제외해야 함을 모르고 있고, 재소비 46015-52, 2001.2.24.의 논리는 성립하지 않는다.

주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것이므로, 부가가치세가 면세되는 의약품 조제용역에는 조제에 필수적으로 부수되는 의약품의 가격이 포함되는 것임

이 예규에서는 용역공급을 주된 거래로, 재화공급을 부수로 전제하고 있는데, 이 전제의 기준과 근거가 무엇인가? 이 해석은 아무런 기준도 근거도 언급되지 않은 지극히 자의적인 판단과 해석이고, 조제업에 있어서 조제약품과 조제용역의 금액 가치적 비중은 약 95:5 로서 조제약품이 압도적으로 크고, 환자 입장에서의 효용 가치로 볼 때도, 조제약품과 조제용역 둘 다 필요하나, 약사의 조제용역이 없더라도 설명서를 잘 보고 약은 먹을 수 있으나, 조제약품 없는 조제 용역은 쳐다보지도 않을 것이다.즉 굳이 '주된'과 '부수'로 나누자면 오히려 조제약품이 '주된'이고 조제용역이 '부수'이고, 조제약품에 부가가치세가 발생하지 않는다는 사실을 알고 나면, 조제약품과 조제용역을 '주된'과 '부수'로 나누어야 할 이유도 없으며, 조제용역이 '주된'이고 조제약품이 '부수'이기 때문에 조제약품이 조제용역에 포함되어야 한다는 것은 어불성설이며, 쟁점해석과 마찬가지로 이 예규도 내용이 완전히 틀렸고, 발생하지도 않는 부가가치세를 면제해 주려는 의도에서의 필요 없는 예규로서 폐지되어야 할 것이다.끝으로, 처분청이 주장을 뒷받침하기 위해 열거한 관련 법규들은 대부분 이 건 쟁점과 직접 관련이 없거나 오류가 많은 것들임을 청구인이 지적하였으나 청구인이 주장을 뒷받침하기 위해 열거한 법령들에 대해서는 처분청의 하자 지적이 전혀 없음도 유념해야 할 것이다.처분청은 조제약품비가 왜 조제약품 판매액이 되는지 그리고 왜 수입금액으로 산정되어야 하는지 주장의 법적 근거와 회계적 논리를 전혀 제시하지 못 한 채, 주요 쟁점에 대한 청구인 주장의 법적근거와 회계논리에 대해서는 한 마디도 반론을 하지 못하고 있으므로, 청구인에게 과세한 2023년 및 2024년 귀속 사업장현황신고 가산세 부과처분은 취소되어야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(가) 청구인은 면세 조제업(사업자번호OOO, 2025.12.23. 폐업)과 과세 매약업(사업자번호OOO, 계속사업자)을 영위하는 사업자로 처방전 유무로 면세(조제분)사업와 과세(매약분)사업으로 구분되고, 면세(조제분)의 경우 보험 면세수입금액은 조제약품 판매액(공단으로부터 실비 보전 해당액 포함)과 조제용역비를 포함한 수입금액(국세청 해석 부가 46015-561, 1994.3.24. 재소비 46015-52, 2001.2.24.)을 의미한다.(나) 공단이 국세청에 제출한 청구인의 의료·요양급여비용 지급자료(의료업자 수입금액합산표)와 비교하여 청구인의 면세사업자 사업장현황신고서상 수입금액이 현저히 낮은 것을 확인할 수 있다.(다) 청구인의 종합소득세 신고서 상 아래 ＜표2＞와 같이 손익계산서 항목별 구성비를 보더라도 조제약품 판매액을 수입금액에 포함한 2021년 2022년 매출원가율과(=매출원가÷매출액) 조제약품 판매액을 수입금액에서 제외한 2023년·2024년 매출원가율이 큰 폭으로 하락하는 것을 확인할 수 있다.

＜표2＞

청구인 및 동일 업종별 손익계산서 항목별 구성비

구 분

2021년

2022년

2023년

2024년

구성비

구성비

구성비

구성비

청구인

(과세)

매출액

100%

1%

20%

19%

매출원가

95%

1%

18%

17%

매출총이익

5%

0%

1%

2%

청구인

(면세)

매출액

99%

80%

81%

매출원가

94%

-

-

매출총이익

5%

-

-

합 계

매출액

100%

100%

100%

100%

매출원가

95%

95%

18%

17%

매출총이익

5%

5%

1%

2%

(라) 청구인은 1995.8.10. 개업 이후, 2022년 과세기간까지는 다른 모든 약국 사업자들과 같이 조제약품 판매액을 수입금액에 포함하여 신고하여 왔음에도 불구하고, 2023년과 2024년의 경우 수입금액에 대한 개념을 자의적으로 해석 및 신고를 통해 소득률을 왜곡하고, 수입금액에 포함되어야 할 조제약품 판매액을 제외함으로써 사업장현황신고 및 종합소득세를 과소신고하고 이에 따른 성실신고 확인서도 미제출하게 된 것이다.

(2) 청구인은 성실신고 확인서 미제출자로 세무조사 대상 선정은 정당하다. (가) 「국세기본법」제81조의6 제3항 제1호에 따르면, 세무공무원은 정기조사 외에 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고 확인서의 제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우에 정기조사 외에 세무조사를 실시할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 청구인의 2022년 OOO 면세사업장 수입 신고금액은 OOO원이고, 2023년 및 2024년 공단의 보험자료 금액이 OOO원을 초과하여 성실신고확인 대상자이나 성실신고 확인서를 제출하지 않았다. (다) 조제용역 포함된 조제약품 판매액을 수입금액에서 임의로 제외하며 약품비에 대한 매출원가 신고를 누락하여 납세협력의무를 성실히 이행하지 않았고, 이 외 금융조회를 통한 수입금액, 재고자산 및 매출원가에 대한 조사가 필요하였기에 청구인을 세무조사 대상으로 선정한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조제약품 판매액을 총수입금액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

(2) 소득세법제24조(총수입금액의 계산)

① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제70조2(성실신고확인서 제출)

① 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정되어 수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자(이하 “성실신고확인대상사업자”라 한다)는 제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때에 같은 조 제4항 각 호의 서류에 더하여 제160조 및 제161조에 따라 비치ㆍ기록된 장부와 증명서류에 의하여 계산한 사업소득금액의 적정성을 세무사 등 대통령령으로 정하는 자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 확인하고 작성한 확인서(이하 “성실신고확인서”라 한다)를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.제81조의2(성실신고확인서 제출 불성실 가산세)

① 성실신고확인대상사업자가 제70조의2 제2항에 따라 그 과세기간의 다음 연도 6월 30일까지 성실신고확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 금액 중 큰 금액을 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하여야 한다.

1. 다음 계산식에 따라 계산한 금액(사업소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율이 1보다 큰 경우에는 1로, 0보다 작은 경우에는 0으로 한다) 산식 생략

2. 해당 과세기간 사업소득의 총수입금액에 1만분의 2를 곱한 금액

③ 제1항에 따른 가산세는 종합소득산출세액이 없는 경우에도 적용한다.제81조3(사업장 현황신고 불성실 가산세)

① 사업자(주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자만 해당한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 수입금액 또는 미달하게 신고한 수입금액의 1천분의 5를 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하여야 한다.

1. 사업장 현황신고를 하지 아니한 경우

2. 제78조 제2항에 따라 신고하여야 할 수입금액(같은 조 제1항제2호 단서에 따라 사업장 현황신고를 한 것으로 보는 경우에는 면세사업 등 수입금액)보다 미달하게 신고한 경우

(3) 소득세법 시행령제51조(총수입금액의 계산)

③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각 호에 따라 계산한다.

5. 제1호, 제1호의2, 제1호의3, 제2호부터 제4호까지 및 제4호의2 외의 사업과 관련된 수입금액으로서 해당 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입한다.제133조(성실신고확인서 제출)

① 법 제70조의2 제1항에서 “수입금액이 업종별로 대통령령으로 정하는 일정 규모 이상의 사업자”란 해당 과세기간의 수입금액(법 제19조 제1항 제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 호의 구분에 따른 금액 이상인 사업자(이하 이 조에서 “성실신고확인대상사업자”라 한다)를 말한다. 다만, 제1호 또는 제2호에 해당하는 업종을 영위하는 사업자 중 별표 3의3에 따른 사업서비스업을 영위하는 사업자의 경우에는 제3호에 따른 금액 이상인 사업자를 말한다.

1. 농업ㆍ임업 및 어업, 광업, 도매 및 소매업(상품중개업을 제외한다), 제122조 제1항에 따른 부동산매매업, 그 밖에 제2호 및 제3호에 해당하지 아니하는 사업 : 15억원

3. 법 제45조 제2항에 따른 부동산 임대업, 부동산업(제122조제1항에 따른 부동산매매업은 제외한다), 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업, 사업시설관리ㆍ사업지원 및 임대서비스업, 교육 서비스업, 보건업 및 사회복지 서비스업, 예술ㆍ스포츠 및 여가관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인 서비스업, 가구내 고용활동 : 5억원

(4) 부가가치세법제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

(5) 부가가치세법 시행령제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위) 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(「의료법」 또는 「수의사법」에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

4. 「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역

다. 사실관계 및 판단

(1) 공단이 국세청에 제출한 청구인의 의료·요양급여비용 지급자료(의료업자 수입금액합산표)와 청구인의 면세사업자 사업장현황신고서상 수입금액의 비교하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞

공단의 보험자료와 청구인이 신고한 수입금액 비교

ㅇ

ㅇ

ㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「부가가치세법 시행령」제35조 제4호에서 부가가치세를 면제하는 의료보건 용역은 「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역으로 하고, 「소득세법」제24조 제1항에서 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다고 규정하고 있을 뿐 달리 위 조제용역을 「소득세법」에서 총수입금액에서 제외한다고 규정하고 있지 않은 점, 약국에서 조제약품을 판매하는 경우 조제약품 판매액을 수입금액으로 하고 관련 약품매입액을 매출원가로 하여 계산한 소득으로 종합소득세를 신고하여야 할 것이고, 「국민건강보험법」에서 일정한 ‘약제’를 요양급여 대상으로 정하고 공단이 ‘약제비’의 공단부담분을 약국에 지급하고 있다하여 「소득세법」상 제조약품판매의 소득신고방법이 달라지는 것은 아닌 점, 청구인은 1995.8.10. 개업 이후, 2022년까지는 다른 모든 약국 사업자들과 같이 조제약품 판매액을 수입금액에 포함하여 신고하여 왔으나, 2023년과 2024년의 경우 수입금액에 포함되어야 할 조제약품 판매액을 제외함으로써 사업장현황신고 및 종합소득세를 과소신고하고 이에 따른 성실신고 확인서도 미제출하게 된 점, 「국세기본법」제81조의6 제3항 제1호에 세무공무원은 정기조사 외에 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고 확인서의 제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우에 정기조사 외에 세무조사를 실시할 수 있다고 규정하고 있고, 청구인의 2023년 및 2024년 공단 보험자료 금액이 OOO원을 초과하여 성실신고확인 대상자이나 성실신고 확인서를 제출하지 않았으며, 조제약품 판매액을 수입금액에서 임의로 제외하고 관련 약품비에 대한 매출원가 신고를 누락하여 납세협력의무를 성실히 이행하지

아니하여, 재고자산 및 매출원가에 대한 조사가 필요하였기에 처분청이 청구인을 세무조사 대상으로 선정한 것은 정당해 보이는 점 등에 비추어, 조제약품 판매액을 총수입금액에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.