GovBrief 국세심판결정

관할 지자체에 부동산거래계약신고 시 계약서상 매매가액을 잘못기재하여 작성·제출하였으나, 양도소득세 기한후신고 시 실제 매매가액을 양도가액으로 적용한 경우 쟁점토지의 자경농지 감면을 적용받을 수 있는지 여부

사건번호 조심 2026소1783의결일 2026.07.09재결청 조세심판원주문 분류 취소결정 후 개정
1. 처분 쟁점관할 지자체에 부동산거래계약신고 시 계약서상 매매가액을 잘못기재하여 작성·제2. 공식 주문취소3. 연결 회신0건 직접 · 12건 조문 연결4. 현행 조문19개 근거 링크
공식 주문 · 조세심판원 2026.07.09

남대구세무서장이 2025.7.10. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원(잔존세액 : OOO원)의 부과처분은 이를 취소한다.

o쟁점감면은 농업인의 생활안정과 농업의 계속성을 보호하기 위하여 장기간 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농민의 조세부담을 경감하려는 데에 그 취지가 있음o청구인은 당초 부동산거래계약신고 시 거래가액을 실지와 다르게 작성한 쟁점①계약서를 제출하였을 뿐, 양도소득세 기한후신고 시 쟁점②계약서를 첨부하고 실제 거래가액(1억원)을 기재하는 등 처분청의 부과권 행사 등에 지장을 준 사실이 없으므로, 자경농지에 대한 감면요건을 충족하는 한 쟁점감면을 적용하는 것이 쟁점감면의 입법 취지에 부합하는 것으로 보이는 점, o달성군수의 검토보고서를 보면, 청구인은 매수자와 사실혼관계로 재산을 나누는 과정에서 다른 부동산과 같이 거래하기로 하였으나, 쟁점토지만 거래하기로 합의하는 과정에서 거래가액의 착오로 부동산거래를 허위신고하였다는 취지로 기재되어 있는 점,o청구인은 향후 매수인이 취득가액을 과다하게 계상하는 것을 방조할 목적이 아니라 단순 착오로 인해 거래가액을 다르게 하여 쟁점①계약서를 작성한 것으로 보이는 점, o위 내용을 종합해 볼 때, 처분청이 쟁점감면을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음.

결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 공인중개사법(2026.08.28 시행), 국세기본법(2026.08.11 시행), 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법(2026.09.08 시행), 주택법(2026.09.08 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.

탐색 분야

사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.

재결요지

o쟁점감면은 농업인의 생활안정과 농업의 계속성을 보호하기 위하여 장기간 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농민의 조세부담을 경감하려는 데에 그 취지가 있음o청구인은 당초 부동산거래계약신고 시 거래가액을 실지와 다르게 작성한 쟁점①계약서를 제출하였을 뿐, 양도소득세 기한후신고 시 쟁점②계약서를 첨부하고 실제 거래가액(1억원)을 기재하는 등 처분청의 부과권 행사 등에 지장을 준 사실이 없으므로, 자경농지에 대한 감면요건을 충족하는 한 쟁점감면을 적용하는 것이 쟁점감면의 입법 취지에 부합하는 것으로 보이는 점, o달성군수의 검토보고서를 보면, 청구인은 매수자와 사실혼관계로 재산을 나누는 과정에서 다른 부동산과 같이 거래하기로 하였으나, 쟁점토지만 거래하기로 합의하는 과정에서 거래가액의 착오로 부동산거래를 허위신고하였다는 취지로 기재되어 있는 점,o청구인은 향후 매수인이 취득가액을 과다하게 계상하는 것을 방조할 목적이 아니라 단순 착오로 인해 거래가액을 다르게 하여 쟁점①계약서를 작성한 것으로 보이는 점, o위 내용을 종합해 볼 때, 처분청이 쟁점감면을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음.

이유

1. 처분개요

가. 청구인은 2022.8.12. A와 대구광역시 OOO 소재 전(田) 2,370㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 매도하는 내용의 계약서(이하 “쟁점계약서①”이라 한다)를 작성하여 2022.9.1. A에게 쟁점토지의 소유권을 이전한 후, 같은 날 대구광역시 OOO에 부동산거래계약신고를 하였다.

나. 이후 청구인은 쟁점토지의 거래가액을 OOO원으로 정정한 계약서(이하 “쟁점계약서②”라 한다)를 작성하여 2024.3.18. 쟁점토지의 양도소득에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 0원[산출세액(OOO원) 전부 쟁점감면 적용]을 기한후신고하는 한편, 2024.3.20. 당초 부동산거래계약 신고시의 쟁점토지의 거래가액은 실제 거래가액이 아닌 허위임을 인정하는 내용의 신고서를 자진해서 대구광역시 OOO에 제출하였다.

다. 처분청은 2024.5.8. 대구광역시 OOO으로부터 ‘청구인이 쟁점토지의 거래가액을 허위로 신고한 후, 이를 자진해서 수정신고하였다’는 내용의 자료를 통보받고, 청구인이 쟁점토지의 거래가액을 실제와 다르게 쟁점계약서①을 작성하여 쟁점감면 적용을 받을 수 없다고 보아, 2025.7.10. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원(무신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다가, 추후 청구인의 요청에 따라 세무사 수수료(OOO원)를 필요경비로 인정하여 OOO원을 감액(잔존세액 : OOO원)하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.16. 이의신청을 거쳐 2026.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2024.3.18. 쟁점토지의 양도가액을 실제 거래가액(OOO원)으로 기재하여 양도소득세 기한후신고를 하였고, 당시 첨부한 매매계약서상 거래가액이 OOO원으로 기재되어 있는바, 청구인은 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적어 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고한 사실이 없으므로 처분청이 쟁점감면의 적용을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 위법하다.

(1) 조특법 제129조에서 “자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」 제91조 제2항에 따라 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다”고 규정되어 있는데, 이는 양도소득세 신고시 거래가액이 허위로 기재된 계약서를 첨부하여 양도가액을 실제와 다르게 기재하여 신고서를 제출한 경우 감면 적용의 제한을 받는다는 의미이다.

(2) 청구인은 2022.8.12. A와 쟁점계약서①을 작성할 때 쟁점토지의 거래가액을 실지와 다른 OOO원으로 기재하였지만, 추후 세무대리인의 조언에 따라 쟁점계약서②(쟁점토지의 거래가액을 OOO원으로 정정한 계약서)를 다시 작성하는 한편, 대구광역시 OOO에 당초 부동산거래계약신고 시 거래가액을 실제와 다르게 허위로 신고하였음을 인정하는 내용의 자진 신고서를 제출하였다.청구인은 2024.3.18. 쟁점토지에 대한 양도소득세 기한후신고서를 제출하면서, 쟁점토지의 거래가액이 OOO원으로 기재된 쟁점계약서②를 첨부하여 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 기재하는 등 매매계약서의 거래가액을 실지와 다르게 기재하지 아니하였다.

(3) 청구인이 당초 부동산거래계약신고를 허위로 하였음을 인정하여 자진 신고를 한 경우에도 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」에 따라 과태료 처분 등의 불이익을 받는바, 처분청이 청구인에게 쟁점감면의 적용까지 배제하는 것은 부당하다.

※ 허위계약서 제출 및 세금신고에 따른 제재 비교

구분

국토교통부(지자제)의 소관(과태료 등)

재정경제부/국세청 소관(국세 등)

비고

허위계약서 제출 및 세금신고

과태료 부과

국세 부과

(비과세/감면 제한)

탈세

야기

당초 허위계약서 자진 수정 후 실지거래가액으로 세금 신고

과태료 부과

국세 미부과

과세 정상화 준수

※ 매매계약서 작성 및 신고 의무 자체는 국토교통부(과태료 부과는 지자체)의 소관입니다.

(가) 청구인은 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고시에는 쟁점토지의 양도가액을 허위로 신고하거나 거래가액이 실제와 다른 계약서를 첨부한 사실도 없는데, 청구인의 자진 신고를 이유로 감면의 적용을 배제한다면, 청구인과 같이 부동산거래계약을 허위 신고하였음을 자진해서 신고하는 사람은 없을 것이다.(나) 청구인은 실지 거래내용대로 쟁점토지에 대한 양도소득세를 성실하게 신고하여 과세 정상화에 기여하였다.

(4) 처분청이 제시한 조세심판례는 모두 납세자가 양도소득세 신고시 거래가액이 허위로 기재된 경우이므로, 청구인과 같이 허위의 계약서를 첨부하여 양도소득세를 신고한 사실이 없는 경우에는 해당 심판례를 원용할 수 없다.

(5) 청구인은 당초 거래가액이 실제와 다른 계약서를 작성하였다고 하더라도 추후 거래가액을 실지거래가액으로 수정하여 매매계약서를 작성한 후 이를 첨부하여 양도소득세를 신고한 경우 감면을 적용받을 수 있는지에 대해 재정경제부(구 기획재정부)에 질의하였으나, 재정경제부는 청구인의 질의를 국세청으로 이관하였고, 국세청이 법령사무처리규정을 내세워 답변을 회피함에 따라 청구인은 재정경제부에 다시 질의한 상태이다.

나. 처분청 의견

청구인이 쟁점토지를 양도하면서 거래가액이 실제와 다른 허위계약서를 작성하여 부동산거래계약신고까지 한 이상, 추후 계약서의 거래가액을 정정하였다고 하더라도 쟁점감면을 적용받을 수 없다.

(1) 조특법 제129조「소득세법」제91조에서 거래가액을 실지와 다르게 하여 허위계약서를 작성한 경우 감면이 배제됨을 명시적으로 규정하고 있다.조세심판원도 이와 유사한 사례에서 실지거래가액이 다른 허위계약서를 작성한 경우 쟁점감면을 배제함이 타당하다고 판단(조심 2022중7024, 2023.2.15. 참조)한바, 청구인이 거래가액을 허위로 하여 계약서를 작성하게 된 경위, 고의성 등과 무관하게 허위계약서를 작성하였다는 사실만으로도 쟁점감면의 적용을 배제함이 타당하다.

(2) 관할군청이 부동산거래계약신고의 위반으로 청구인에게 과태료를 부과했는지 여부와는 별개로, 조특법령에 따라 감면적용의 배제여부를 판단해야 한다.청구인이 허위계약서를 작성하였음을 자진 신고하여 과태료를 납부하였다고 하더라도 양도소득세의 감면 여부는 「소득세법」 및 조특법상 규정에 따라 판단하여야 하고, 조세심판원도 허위계약서를 작성한 경우 과태료의 부과여부와는 상관없이 감면배제 대상이 된다고 판단(조심 2022중7024, 2023.2.15. 참조)하였다.

(3) 조특법령에서 허위계약서를 작성한 경우 감면을 배제하도록 규정하고 있는 이상 청구인이 허위계약서를 작성하였음을 자진 신고하였다는 이유만으로 쟁점감면을 적용할 수는 없다.비과세·감면제도는 법이 정한 요건을 성실히 이행했을 때만 예외적으로 인정되는 특례로 관련 법령에 따른 요건을 갖춘 경우에만 감면을 적용받을 수 있으므로 청구인이 허위계약서를 작성하여 감면요건을 충족하지 못한 이상 사후적으로 계약서를 수정하여 자진신고를 하였다고 하여 감면을 적용하는 것은 조세행정의 신뢰성·형평성 확보에도 부합하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

관할지자체에 부동산거래계약신고 시 매매가액을 잘못 기재한 계약서를 작성·제출하였으나, 양도소득세 기한후신고시 실제 매매가액을 양도가액으로 적용한 경우 쟁점토지의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지를 양도하기 위해 A와 매매계약을 체결한 후 이 건 양도소득세를 경정하기까지의 주요 사실관계를 정리하면 아래 <표1>과 같다.

<표1>

청구인의 쟁점토지 양도 관련 주요 사실관계 정리OOO

(2) 양측이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 주요 사실관계는 다음과 같다.(가) 대구광역시 OOO가 2022.9.1. 발행한 부동산거래계약신고필증에 의하면 ‘청구인은 2022.8.12. 쟁점토지를 A에게 OOO원에 매도하기로 매매계약(쟁점계약서①)을 체결한 사실’이 나타난다.(나) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면 청구인으로부터 쟁점토지를 매수한 A의 2022.9.1. 소유권이전등기 접수 당시 거래가액은 OOO원으로 나타난다.(다) 청구인은 2024.3.18. 2022년 귀속 양도소득세 기한후신고 당시 아래 <그림>과 같이 거래가액이 OOO원으로 기재된 쟁점토지 매매계약서(쟁점계약서②)를 첨부하였는데, 쟁점계약서②상 거래를 중개한 공인중개사는 없는 것으로 나타난다.

<그림>

쟁점계약서②OOO(라) 처분청은 2024.5.8. 대구광역시 OOO으로부터 ‘부동산 거래신고 자진신고에 따른 조사결과 거래가액 허위신고’를 통보받았는데, 공문에 첨부된 대구광역시 OOO가 작성한 ‘부동산 거래신고 검토내역’은 아래 <표2>와 같고, 이를 보면 청구인은 조사기관(국토교통부장관 또는 신고관청)의 조사가 시작되기 전에 부동산거래가액의 허위신고 사실을 자진신고하였다는 사유로 과태료 전액을 감면받은 것(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제3조 제1항 제1호, 제28조 제3항, 제29조 및 같은 법 시행령 제21조 제1항 제1호 참조)으로 나타난다.

<표2>

대구광역시 OOO가 작성한 부동산 거래신고 검토내역OOO(마) 대구광역시 OOO가 2024.5.10. 발급한 부동산거래계약신고필증에 의하면 쟁점토지의 거래금액이 OOO원으로 정정된 사실이 나타난다.

(3) 처분청은 청구인의 2022년 귀속 양도소득세 기한후신고서를 접수한 후 신고시인 결정을 하였다가, 2025.5.1. 쟁점감면을 배제하여 양도소득세를 부과하였는데, 이를 비교하면 아래 <표3>과 같다.

<표3>

양도소득세 기한후신고 및 처분청의 경정내역 비교OOO

(4) ‘청구인이 작성한 세법해석 신청서’ 등에 의하면 청구인은 2025.9.2. 기획재정부에 ‘양도소득세 신고 전에 당초 거래가액이 잘못 작성된 계약서를 실지거래가액이 기재된 계약서로 정정한 경우에도 허위 계약서를 작성한 경우로 보아 감면이 배제되는지’에 대해 질의하였고, 기획재정부로부터 이관받은 국세청은 2025.9.9. 청구인의 서면질의에 대해 구체적인 사실관계를 조사하여 판단할 사항이므로 회신대상이 아니라고 통지한 것으로 나타난다.

(5) 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 「소득세법」제91조 및 2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 조특법 제129조에서 ‘허위계약서 작성시 양도소득세 비과세·감면 제한’ 규정을 신설하였는데, 재정경제부에서 발간한 ‘2010년 간추린 개정세법’에 기재되어 있는 해당 규정의 신설 취지는 아래 <표4>와 같다.

<표4>

‘허위계약서 작성시 양도소득세 비과세 제한’ 신설 취지

III. 과세정상화

(소득법§91, 조특법 §129)

(1) 개정내용

종전

개정

□ 양도소득세 비과세·감면 적용 배제

○ 미등기 양도자산

<신 설>

□ 비과세·감면 적용 배제(제한) 대상 거래유형 추가

○ (좌 동)

○ 허위계약서를 작성한 경우

* 토지 등 부동산을 대상으로 하며, 거래가액을 사실과 다르게 기재한 경우로 한정

(2) 개정이유

○ 투명성 제고를 통한 실거래가 과세제도 장착

(3) 적용시기 및 적용례

○ 2011.7.1. 이후 양도·취득분부터 적용

(6) 청구인은 2022년 귀속 양도소득세 기한후신고 당시 쟁점토지가 쟁점감면의 대상임을 입증하기 위해 주민등록표(초본), 농지원부, 거래자별상품매출집계·상세내역, 토지대장, 소득금액 증명원(2010년부터 2022년까지의 귀속분)을 첨부하였는데, 처분청은 청구인이 쟁점감면을 적용받기 위한 요건을 충족한다는 사실에 대해서는 별다른 이견이 없으나, 거래가액이 허위로 작성된 매매계약서(쟁점계약서①)를 작성하여 쟁점감면이 배제된다는 의견이다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「소득세법」제91조 제2항에서 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 빼도록 규정하고 있고, 조특법 제129조 제1항에서 「소득세법」제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」제91조 제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다고 규정하고 있다.

이 건의 경우 처분청은 청구인이 2022.8.12. A와 쟁점토지에 대한 매매계약서 작성 시 거래가액을 실지와 다르게 기재한 이상 쟁점감면을 적용받을 수 없다고 보았으나, 쟁점감면은 농업인의 생활안정과 농업의 계속성을 보호하기 위하여 장기간 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농민의 조세부담을 경감하려는 데 그 취지가 있는바(헌법재판소 2003.11.27.자 2003헌바2 결정 참조), 청구인은 당초 부동산거래계약신고 시 거래가액을 실지와 다르게 작성한 쟁점계약서①을 제출하였을뿐, 양도소득세 기한후신고 시 쟁점계약서②를 첨부하고 실지거래가액(OOO원)을 기재하는 등 처분청의 부과권 행사 등에 지장을 준 사실이 없고, 자경농지에 대한 감면요건을 충족하는 한, 쟁점감면을 적용하는 것이 쟁점감면의 입법취지에 부합하는 것으로 보이는 점, 대구광역시 OOO가 처분청에 ‘부동산 거래신고 자진신고에 따른 조사결과 거래가액 허위신고’를 통보할 당시 첨부한 검토보고서를 보면 청구인은 매수자와 사실혼관계로 재산을 나누는 과정에서 다른 부동산과 같이 거래하기로 하였으나, 쟁점토지만 거래하기로 합의하는 과정에서 거래가액의 착오로 부동산거래를 허위신고 하였다는 취지로 기재되어 있고, 청구인이 자진해서 쟁점토지에 대한 매매계약서 작성 시의 거래가액이 실제와 다르다고 신고한 사실 등을 볼 때 청구인은 향후 매수인이 취득가액을 과다하게 계상하는 것을 방조할 목적이 아니라 단순 착오로 인해 거래가액을 다르게 하여 쟁점계약서①을 작성한 것으로 보이므로, 기재상 단순 착오만을 이유로 쟁점감면을 배제하는 것은 실질과세원칙에 반하는 것으로 보이는 점,「부동산 거래신고 등에 관한 법률 시행령」제21조 제1항 제1호에서는 조사기관의 조사가 시작되기 전에 자진 신고한 경우 과태료를 면제하도록 하여 매매당사자들이 허위계약서를

작성하였다고 하더라도 추후 자진신고를 통해 이를 바로잡을 수 있는 기회를 부여하고 있고 실제 매도자인 청구인은 자진해서 부동산거래계약신고를 수정 신고함으로써 과태료를 전액 감면받았음에도 청구인이 최초 계약서를 잘못 작성하였다는 이유만으로 쟁점감면을 배제하면, 자진하여 바로잡을 기회를 부여한 제도의 취지를 몰각시키는 결과가 초래될 우려가 있고, 나아가 향후 매수인이 쟁점토지 양도시 제반 신고서에 취득가액을 기재하거나 과세관청이 그 취득가액의 적정성을 확인하고자 할 때 청구인이 수정신고한 진정한 거래가액을 기준으로 하게 될 것이므로, 결과적으로 국세행정에 미치는 지장이나 교란이 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점감면을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령

(1) 소득세법제91조【양도소득세 비과세 또는 감면의 배제 등】

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 뺀다.

1. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 비과세에 관한 규정을 적용받을 경우 : 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니하였을 경우의 제104조 제1항에 따른 양도소득 산출세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액

2. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우: 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우의 해당 감면세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)나. 지상권다. 전세권과 등기된 부동산임차권

(2) 조세특례제한법제69조【자경농지에 대한 양도소득세 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.제129조【양도소득세의 감면 배제 등】①「소득세법」제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 「소득세법」제91조 제2항에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다. <신설 2010.12.27.>

(3) 조세특례제한법 시행령제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 「소득세법」 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

(4) 부동산 거래신고 등에 관한 법률제3조【부동산 거래의 신고】

① 거래당사자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약을 체결한 경우 그 실제 거래가액 등 대통령령으로 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터 30일 이내에 그 권리의 대상인 부동산등(권리에 관한 계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다)의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되지 아니한 시의 시장 및 특별자치시장과 특별자치도 행정시의 시장을 말한다)ㆍ군수 또는 구청장(이하 “신고관청”이라 한다)에게 공동으로 신고하여야 한다. 다만, 거래 당사자 중 일방이 국가, 지방자치단체, 대통령령으로 정하는 자의 경우(이하 “국가등”이라 한다)에는 국가등이 신고를 하여야 한다.

1. 부동산의 매매계약제6조【신고 내용의 조사 등】

① 신고관청은 제3조, 제3조의2 또는 제8조에 따라 신고 받은 내용이 누락되어 있거나 정확하지 아니하다고 판단하는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 신고인에게 신고 내용을 보완하게 하거나 신고한 내용의 사실 여부를 확인하기 위하여 소속 공무원으로 하여금 거래당사자 또는 개업공인중개사에게 거래계약서, 거래대금 지급을 증명할 수 있는 자료 등 관련 자료의 제출을 요구하는 등 필요한 조치를 취할 수 있다.

② 제1항에 따라 신고 내용을 조사(이하 이 조에서 “신고내용조사”라 한다)한 경우 신고관청은 조사 결과를 특별시장, 광역시장, 특별자치시장, 도지사, 특별자치도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다)에게 보고하여야 하며, 시ㆍ도지사는 이를 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관에게 보고하여야 한다.

③ 제1항에도 불구하고 국토교통부장관은 제3조, 제3조의2 또는 제8조에 따라 신고 받은 내용의 확인을 위하여 필요한 때에는 신고내용조사를 직접 또는 신고관청과 공동으로 실시할 수 있다.

④ 국토교통부장관 및 신고관청은 제1항 및 제3항에 따른 신고내용조사를 위하여 국세ㆍ지방세에 관한 자료, 소득ㆍ재산에 관한 자료 등 대통령령으로 정하는 자료를 관계 행정기관의 장에게 요청할 수 있다. 이 경우 요청을 받은 관계 행정기관의 장은 정당한 사유가 없으면 그 요청에 따라야 한다.

⑤ 국토교통부장관 및 신고관청은 신고내용조사 결과 그 내용이 이 법 또는 「주택법」, 「공인중개사법」, 「상속세 및 증여세법」 등 다른 법률을 위반하였다고 판단되는 때에는 이를 수사기관에 고발하거나 관계 행정기관에 통보하는 등 필요한 조치를 할 수 있다.제28조【과태료】

③ 제3조 제1항부터 제4항까지 또는 제4조 제2호를 위반하여 그 신고를 거짓으로 한 자에게는 해당 부동산등의 취득가액의 100분의 10 이하에 상당하는 금액의 과태료를 부과한다.제29조【자진 신고자에 대한 감면 등】신고관청은 제28조 제2항 제1호부터 제3호까지 및 제3항부터 제5항까지의 어느 하나에 따른 위반사실을 자진 신고한 자에 대하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 같은 규정에 따른 과태료를 감경 또는 면제할 수 있다.

(5) 부동산 거래신고 등에 관한 법률 시행령제21조【자진 신고자에 대한 감경 또는 면제의 기준 등】

① 법 제29조에 따른 과태료의 감경 또는 면제 기준은 다음 각 호와 같다.

1. 법 제6조 제1항 또는 제3항(각각 법 제6조의4 제3항에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 국토교통부장관 또는 신고관청(이하 “조사기관”이라 한다)의 조사가 시작되기 전에 자진 신고한 자로서 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우 : 과태료 면제가. 자진 신고한 위반행위가 법 제28조 제2항 제2호ㆍ제3호 또는 같은 조 제3항부터 제5항까지의 어느 하나에 해당할 것나. 신고관청에 단독(거래당사자 일방이 여러 명인 경우 그 일부 또는 전부가 공동으로 신고한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 신고한 최초의 자일 것다. 위반사실 입증에 필요한 자료 등을 제공하는 등 조사가 끝날 때까지 성실하게 협조하였을 것

(6) 국세기본법제14조【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.제18조【세법해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

④ 삭제 <1993.12.31.>

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.제19조【세무공무원의 재량의 한계】세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다.

같은 법령·조문을 다룬 기관 회신

공통 조문에 따른 탐색 연결이며 동일 질문·동일 사실관계를 뜻하지 않는다. 검색 품질 기준을 통과한 회신은 12건이다.

같은 조문, 다른 주문 결과

조세특례제한법 제129조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.

이 결정을 인용할 때

조세심판원 조심 2026소1783 (2026.07.09 의결), "관할 지자체에 부동산거래계약신고 시 계약서상 매매가액을 잘못기재하여 작성·제출하였으나, 양도소득세 기한후신고 시 실제 매매가액을 양도가액으로 적용한 경우 쟁점토지의 자경농지 감면을 적용받을 수 있는지 여부", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/decisions/tt/2093805/

출처·분류

공식 원문
국가법령정보센터 조세심판원 결정 (식별자 2093805)
게시 분류
국세 · 사건번호 규칙에 따른 결정적 분류
주문 분류
화면에 표시한 공식 주문에서 확인한 결과어: 취소
본문
공식 주문·재결요지·청구취지·이유를 새 문장 없이 표시
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap