임대주택등록의 자동말소로 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

처분청이 2021~2024년 과세기준일 현재 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨.

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.10.27. 부산광역시 부산진구 OOO 외 1필지에 근린생활시설 및 공동주택(OOO, 79세대)을 건축하였고, 위 79세대 중 OOO세대(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 2007.12.7. 부산광역시 서구청장에게 건설임대주택(5년)으로 임대사업자등록을 하면서 2008.10.2. 처분청에 ‘주택임대업’을 추가하여 사업자등록을 하고 임대사업을 영위하였으나,2020.8.18. 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)이 개정됨에 따라 단기민간임대주택 제도가 폐지되었고, 같은 법 제6조에 의하여 2020.10.26. 부산광역시 서구청장으로부터 청구인의 주택임대등록이 말소되었다.

나. 처분청은 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검 결과, 쟁점임대주택이 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 합산배제 임대주택에 해당하지 않아 종합부동산세 주택분 과세대상 물건에 포함하여 2025.11.11. 청구인에게 2021년∼2024년 귀속 종합부동산세(농어촌특별세 포함) 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

＜표1＞

2021∼2024년 귀속 종합부동산세 등 고지내역(단위 : 원)

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점임대주택을 신축하여 부산광역시 서구청장에게 임대사업자등록을 하였으나, 2020.10.26. 강제로 임대사업자등록이 말소되었다.(가) 청구인은 2021년부터는 임대사업자의 지위가 상실되었다고 인식하였고, 재산세 감면이 중단된 사유도 임대등록말소 때문이라고 이해하여 재산세는 이의 없이 납부하였다.(나) 그러나 처분청은 2021∼2024년 귀속까지 4개 연도의 종합부동산세를 적기에 고지하지 아니하고, 2025.11.11. 일괄로 고지하였는데, 이는 명백한 납세자 방어권 침해이고 처분청의 중대한 과실 및 직무유기에 해당한다.

(2) 청구인은 쟁점임대주택과 관련하여 임대사업자등록을 스스로 말소한 사실이 없고 2020.10.26. 부산광역시 서구청장이 일방적으로 강제 말소하였는데, 임대사업자등록의 말소 사실은 국세청으로 통보되었으나 청구인은 처분청으로부터 말소와 관련한 법령 변동이나 종합부동산세 합산배제 요건 상실 등에 대한 고지나 안내도 받지 못하였다.(가) 처분청은 관련 법 개정사항을 청구인에게 통지할 의무가 있음에도 통지하지 아니하였고, 청구인은 2020.8.18. 법률 제17482호 민간임대주택법 개정으로 인하여 임대사업자등록 말소됨으로 종합부동산세 합산배제가 불가해졌음에도 이에 대한 안내도 전혀 받지 못하였다.(나) 재산세는 즉시 감면 중단되었으나, 종합부동산세는 안내 없이 4년 뒤에 일괄 부과되었는바, 과세는 법률에 따라 매년 정기적으로 이루어져야 하는데, 처분청이 4개 과세연도의 종합부동산세 고지서를 일괄로 부과하는 것은 법치주의 위반이고, 정상적인 행정처리라 보기 어려우며 납세자의 예측 가능성을 침해한 것이다.

(3) 납세자는 헌법과 조세법률주의에 따라 납세의무를 성실히 이행하여야 할 뿐만 아니라 동시에 정당한 납세 절차와 방어권을 보장받을 권리가 있는 것인데, 처분청은 4년간 단 한 차례도 안내 및 과세예고를 하지 않은 것은 사실상 납세자의 권리 행사 기회를 박탈한 것으로 정상적인 행정이라기보다 약탈적 과세에 가까우므로 이건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 종합부동산세 합산배제는 「종합부동산세법」 제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따라 지방자치단체와 관할세무서에 임대사업자등록이 되어 있어야 하고, 과세기준일(6월 1일) 현재 계속 임대 중 이어야 하는 요건을 충족해야 합산배제를 적용할 수 있는 것인데, 청구인은 2020.10.26. 부산광역시 서구청장으로부터 임대업등록이 말소되었다.(가) 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호에 따르면, 대통령령으로 정하는 임대주택에 대하여 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제3조 제1항에는 민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유한 주택을 합산 배제 임대주택이라 규정하고 있다.(나) 처분청은 청구인의 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 적정 여부 확인을 위해 관할 지방자치단체에 청구인의 임대사업자등록 현황을 확인한 결과, 청구인은 2007.12.7. 부산광역시 서구청장에게 임대사업자(5년 임대주택, 건설)를 등록하였고, 처분청에 주택임대업을 추가등록 하였으나,2020.10.26. 부산광역시 서구청장은 민간임대주택법 개정(폐지유형 등록임대주택 자동말소 직권 조치)에 따라 청구인의 임대사업자등록을 전체 말소(폐업)하여 2021년 귀속부터는 쟁점임대주택이 합산배제 대상에 해당하지 아니하였다.

(2) 청구인은 처분청으로부터 임대주택 관련 법령 변동이나 종합부동산세 합산배제 요건 상실 등에 대한 어떠한 고지나 안내도 하지 아니함으로써 청구인의 방어권을 무력화하고 예측 가능성이 침해되었다고 주장하나,합산배제 임대주택에 대한 그 신고 의무는 청구인에게 있고, 처분청은 관련 법 개정사항에 대해 청구인에게 통지할 의무는 없다.(가) 「종합부동산세법」 제8조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제9항에 따르면, “합산배제 적용 대상 임대주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 매년 9.16.∼9.30. 까지 임대주택 합산배제 신고서에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는데, 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 소유권 또는 전용면적의 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있는바,청구인은 2020.10.26. 부산광역시 서구청장으로부터 임대주택 사업자가 말소되어 지위가 상실되었다면, 다음 해 2021.9.16.∼2021.9.30. 기간에 관할 세무서장에게 합산배제 임대주택의 변동사항을 신고하였어야 하나, 청구인은 쟁점임대주택 합산배제와 관련한 변동사항을 신고하지 아니하였다.(나) 임대주택 합산배제 신고는 합산배제 적용을 받고자 하는 청구인이 직접 신고기한 내에 신고를 해야하는 것으로, 민간주택임대업자라면 누구나 반드시 신고해야 하는 강제사항이 아니기 때문에 그 여부는 청구인이 선택하여야 한다.

(3) 청구인은 2025.11.11. 처분청이 일괄로 2021∼2024년 귀속 종합부동산세를 부과처분한 것은 절차상 중대한 하자이고, 명백한 직무유기로 조세법률주의, 신뢰보호원칙, 소급과세 금지의 원칙 등을 위반하는 조치라고 주장하나,「국세기본법」 제26조의2 제1항에 따르면, 종합부동산세 부과제척기간은 5년이고, 「종합부동산세법」 제17조에는 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우 다시 부과·징수할 수 있도록 규정하고 있는바, 당초 과세표준 합산 누락된 합산배제 물건에 대하여 한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

임대주택등록의 자동말소로 종합부동산세 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 처분청이 부과한 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 고지내역은 다음과 같다.

＜표2＞

2021∼2024년 귀속 종합부동산세 고지내역(단위 : 원)

○○○

(나) 쟁점임대주택과 관련하여 제출된 임대사업자등록증, 사업자등록증의 주요내용은 아래와 같다.

＜임대사업자등록증, 2007.12.7.＞

○○○

＜사업자등록증, 2008.10.2.＞

○○○

(다) 청구인의 임대사업자등록증의 주요 변경사항은 다음과 같다.

＜임대사업자등록증 변경내용＞

○○○

(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재「소득세법」에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하는데, 여기서 ‘임대사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다 할 것인 바(조심 2025서1443, 2025.7.11. 외 다수, 같은 뜻임), 청구인은 2007.12.7. 관할 지방자치단체장에게 쟁점임대주택의 임대사업자등록을 하였으나, 쟁점임대주택의 등록말소는 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항에 따라 2020.10.26. 등록말소된 것으로 나타나는 점, 민간임대주택법 및 「종합부동산세법」 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않는 이상 쟁점임대주택은 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외된다 할 것인 점 등에 비추어, 처분청이 2021∼2024년 과세기준일 현재 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

: 관련 법령 등

(1) 종합부동산세법제8조(과세표준)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.제17조(결정과 경정)

① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 “관할지방국세청장”이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다.

⑤ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하여야 한다.

1. 제8조 제2항에 따라 과세표준 합산의 대상이 되는 주택에서 제외된 주택 중 같은 항 제1호의 임대주택, 같은 항 제2호의 가정어린이집용 주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택이 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우

(2) 종합부동산세법 시행령제3조(합산배제 임대주택)

① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택과 「공공주택 특별법」 제2조 제1호의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 공공주택사업자 중 「한국토지주택공사법」에 따른 한국토지주택공사(이하 “한국토지주택공사”라 한다) 또는 「지방공기업법」 제49조에 따라 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 “지방주택공사”라 한다)가 소유하고 있는 주택의 경우에는 가목을 적용하지 않고, 「공공주택 특별법」 제49조 제4항에 따라 임대보증금 또는 임대료(이하 이 항에서 “임대료등”이라 한다)를 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

7. 건설임대주택 중 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택은 제외한다.

(3) 민간임대주택에관한 특별법(가) 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.(나) 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택나. 「주택법」 제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제 ＜2020.8.18＞

7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.제6조(임대사업자 등록의 말소)

① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

※ 부칙(법률 제17482호, 2020.8.18.)제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다.제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례)

① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.

② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다.제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.