쟁점입주권 양도차익에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

「소득세법」 제89조 제1항 제3호 나목 및 같은 법 시행령 제155조 제17항은 조합원입주권을 1개를 소유한 1세대가 양도일 현재 다른 주택 없이 당해 조합원입주권을 양도하거나, 조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우에는 그 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원 입주권을 양도하여 발생하는 소득에 대하여 ‘1세대 1주택 비과세’를 적용하도록 입주권에 대해서도 특례규정으로 두고 있으나, 동 규정에 달리 장기임대주택을 주택 수에서 제외하도록 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.6.27. 서울특별시 OOO를 취득하였고, 동 주택은 2012.4.5. 「도시 및주거환경정비법」 제49조에 따른 관리처분인가(성동구 고시 제2012-28호)에 의하여 입주자의 지위인 조합원입주권(이하 “쟁점조합원입주권”이라 한다)으로 전환되었다.

나. 청구인은 쟁점조합원입주권을 2016.6.21. OOO원에 양도하고 2016.6.27. 이에 대하여 1세대 1주택 비과세대상으로 보아 양도소득세 신고를 하였다.

다. 처분청은 청구인이 양도일 현재 쟁점조합원입주권과 함께 충청남도 OOO 등 4채의 장기임대주택(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)을 소유하고 있으므로 1세대 1주택 비과세 규정의 적용대상이 아니라고 보아 2019.1.10. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점임대주택은「소득세법 시행령」제167조의3제1항 제2호 가목에 의한 장기임대주택으로서, 쟁점임대주택은 1세대 1주택 양도소득세 비과세 적용 시 소유주택에서 제외되어「소득세법」 제89조제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제155조 제17항 제1호에 의하여 장기임대주택 외에는 “양도일 현재 다른 주택이 없는 경우”에 해당하므로 청구인의 쟁점조합원입주권의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용함이 타당하다.

(2)「소득세법 시행령」제167조의3제4항에서 장기임대주택의 의무임대기간의 요건을 충족하기 전에 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제10호의 규정에 의한 일반주택인 조합원입주권을 양도하는 경우에도 당해 임대주택을 장기임대주택으로 보아 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제10호의 규정을 적용하도록 규정하고 있으므로 1세대 1주택 비과세를 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법 시행령」(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따르면,「소득세법」제89조제2항 본문에 따른 조합원입주권을 1개 소유한 1세대가 그 조합원입주권을 양도하는 경우에는

① 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우이거나,

② 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우에 1세대 1주택의 특례를 적용하여 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있다.

(2) 청구인은 쟁점임대주택이「조세특례제한법」제97조제1항의 단서에 따른 임대주택에 해당하여 같은 조 제2항에 따라「소득세법」제89조제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 적용 시 주택 수에서 제외되므로 쟁점조합원입주권의 양도는 비과세 양도소득에 해당한다고 주장하나,조합원입주권을 주택으로 본다는 것은 1세대 1주택 비과세를 적용함에 있어 주택수에 포함한다는 것으로 입주권 자체를 주택으로 본다는 의미는 아닌바, 청구인은 주택을 양도한 것이 아니라 조합원입주권을 양도한 것이므로,「소득세법」제89조제1항 제3호 및「소득세법 시행령」제154조제1항을 적용할 수 없는 점,「소득세법」제89조제2항 본문에 따른 조합원입주권을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 해당 여부는 같은 법 시행령 제155조 제17항에 따라 판단하는 것으로서 쟁점임대주택은 양도일 현재 ‘다른 주택’에 해당되는 점(법규재산2013-81, 2013.3.5., 부동산거래관리과-488, 2012.9.13., 상속증여세과-42, 2013.4.9. 같은 뜻) 등을 종합하면,같은 법 시행령 제155조 제17항 각 호의 어느 하나의 요건을 충족하지 않아 비과세 특례 요건을 충족하지 못한 청구인의 쟁점조합원입주권 양도에 대하여 처분청이 양도일 현재 청구인이 다른 주택(쟁점임대주택)을 보유하고 있는 것을 확인하여 1세대 1주택의 특례를 부인하고 청구인에게 한 양도소득세 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2016서218, 2016.4.6., 조심 2017서1411, 2017.10.19. 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점조합원입주권 양도차익에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2003.6.27. 서울특별시 OOO를 취득하였고, 동 주택은 2012.4.5. 「도시 및주거환경정비법」 제49조에 따른 관리처분계획이 인가(성동구 고시 제2012-28호)되어 같은 날 입주자 지위(“쟁점조합원입주권”)를 취득하였으며, 2016.6.21. OOO원에 양도하고 2016.6.27. 쟁점조합원입주권에 대하여 1세대 1주택 비과세대상으로 보아 양도소득세 신고를 하였다.

(2) 한편, 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점임대주택을 취득하였고, 2015.7.13. 「임대주택법」에 따라 천안시 서북구청장에게 임대사업자등록을, 2015.7.16. 「소득세법」에 따라 천안세무서장에게 사업자등록을 마쳤으며, 쟁점조합원입주권 양도일까지 제3자에게 임대하여 오고 있었다.

(3) 처분청은 청구인이 양도일 현재 쟁점조합원입주권과 함께 쟁점임대주택을 소유하고 있으므로 1세대 1주택 비과세 규정의 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세를 경정.고지하였다.

(4) 주민등록초본상 청구인의 주민등록변동내역은 아래와 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

청구인은 쟁점임대주택이「소득세법 시행령」제167조의3제1항 제2호에 의한 장기임대주택으로서 소유주택에서 제외되어「소득세법」제89조제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제155조 제17항 제1호에 의하여 쟁점조합원입주권의 양도차익에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하나,쟁점조합원입주권은 청구인이 종전에 소유하던 주택이 관리처분계획인가를 받아 조합원입주권으로 전환된 것으로 조합원입주권은「소득세법」제94조제1항 제2호 가목에서 토지 및 건물과 별개인 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’로 규정하고 있는 바,「소득세법」제89조제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제154조에서는 1세대 1주택자의 주택 양도소득에 대한 비과세 요건을,「소득세법」제89조제1항 제3호 나목 및 같은 법 시행령 제19항에서는 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유하던 1세대의 주택 양도소득에 대한 비과세 요건을 각 규정하고 있어 이는 조합원입주권이 아닌 주택을 양도하여 발생하는 소득에 대하여 적용 가능한 것이므로 청구인은 동 규정에 의한 비과세대상으로 볼 수 없는 점,「소득세법」제89조제1항 제3호 나목 및 같은 법 시행령 제155조 제17항은 조합원입주권을 1개를 소유한 1세대가 양도일 현재 다른 주택이 없이 당해 조합원입주권을 양도하거나, 조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우에는 그 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원 입주권을 양도하여 발생하는 소득에 대하여 ‘1세대 1주택 비과세’를 적용하도록 입주권에 대해서도 특례규정을 두고 있으나, 동 규정에서 달리 장기임대주택을 주택 수에서 제외하도록 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점조합원입주권의 양도와 관련하여 1세대 1주택 비과세 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리

잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)제89조【비과세 양도소득】

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 대통령령으로 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.제94조 (양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)나. 지상권다. 전세권과 등기된 부동산임차권

(2) 소득세법시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것)제154조【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다.(단서 생략)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 배우자가 없는 때에도 이를 제1항에 따른 1세대로 본다.

1. 당해 거주자의 연령이 30세 이상인 경우

2. 배우자가 사망하거나 이혼한 경우

3. 법 제4조에 따른 소득이「국민기초생활 보장법」 제2조제11호에 따른 기준 중위소득의 100분의 40 이상으로서 소유하고 있는 주택 또는 토지를 관리·유지하면서 독립된 생계를 유지할 수 있는 경우. 다만, 미성년자의 경우를 제외하되, 미성년자의 결혼, 가족의 사망 그 밖에 기획재정부령이 정하는 사유로 1세대의 구성이 불가피한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.제155조【1세대1주택의 특례】

(17) 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대{「도시 및주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다}가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택으로 본다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

(19) 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 "직전거주주택"이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 "직전거주주택보유주택"이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택 : 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록 및「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것

(20) 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 "임대기간요건"이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제19항을 적용한다.-21 1세대가 제20항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고·납부하여야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

1. 납부할 양도소득세 계산식거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액-거주주택 양도 당시 제19항을 적용받아 납부한 세액

(22) 제19항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제4항 제1호에서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「임대주택법」제6조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 사업자등록 등 이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 장기임대주택 이라 한다).

가.「임대주택법」제2조제3호에 따른 매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니하는 주택

10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

(3) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것)제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택②「소득세법」 제89조제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.