청구법인의 주된 사업이 도매업이므로 소기업 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 중소기업특별세액감면을 배제한 처분의 당부

「조세특례제한법 시행령」제6조 제1항에서 소기업은 주된 사업을 기준으로 업종을 구분하도록 하고 있고, 중소기업인 중기업 및 소기업의 주된 사업에 대한 판단을 달리한다고 보기 어려우므로 같은 법 시행령 제2조 제3항에 의거 중소기업의 주된 사업의 판단 기준은 사업수입금액인 점, 소기업 여부 판정시 기준이 되는 상시종업원 수는 사업장별이 아닌 기업 전체를 기준으로 판단하는 것이 타당한 점 등에 비추어 중소기업특별세액감면적용을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009.6.12. 설립되어 OOO에서 통신장비수출 도매업 및 통신장비 제조업 등을 영위하는 법인으로, 「조세특례제한법」제7조 에 따른 소기업에 해당한다고 판단하여 중소기업에 대한 특별세액감면 OOO을 적용하여 2013사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인의 주된 사업이 도매업이고, 상시종업원수가 16명으로 소기업 기준인 10명을 초과한 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 2015.4.7. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.5.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법 인 주장 청구법인은 제조업을 주된 사업으로 하는 소기업이므로 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

(1) 처분청은 매출액 기준으로 청구법인의 주된 사업을 도매업으로 보았으나, 주된 사업은 기업활동, 투자자산, 경영성과 등을 고려하여 사실판단하는 것인바, 청구법인 자산의 대부분이 제조업 설비인 점, 상시종업원 16명 중 11명이 제조업에 근무하는 점, 청구법인이 벤처기업으로 연구개발부서를 두고 꾸준히 연구개발비를 지출하며 10개의 특허증 등을 보유하고 있는 점, 매출액은 제조업이 작으나 과세소득은 도매업의 3배에 이르는 점 등에 비추어 청구법인의 주된 사업은 제조업이다.

(2) 「조세특례제한법」제7조 에는 매출액을 기준으로 주된 사업을 판단한다는 규정이 없고 별도의 위임 규정도 없는 바, 같은 법 제143조에 따른 소득구분에 따라 청구법인이 당초 신고한 바와 같이 제조업은 20%, 도매업은 10%의 감면 비율을 적용하는 것이 타당하다.

(3) 설령, 청구법인의 주된 사업을 도매업으로 본다고 하더라도, 도매업에 근무하는 인원만을 가지고 소기업 여부를 판단하는 것이 타당하고, 청구법인의 도매업 상시종업원수는 10인 이내이므로 소기업에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 도매업이 주된 사업으로 상시 사용하는 종업원이 10명을 초과하여 소기업에 해당하지 아니하므로 처분청이 감면적용을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

(1) 「조세특례제한법」제5조 에서 중소기업의 범위를 같은 법 시행령 제2조로 위임하여 규정하고 있고, 같은 법 제7조에서 별도의 규정을 명시하지 않는 한 중소기업 및 소기업의 범위는 위 조항에 의해 판단해야 하며, 같은 법 시행령 제2조 제3항에서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액(매출액)이 큰 사업을 주된 사업으로 규정하고 있는바, 사업수입금액 이외에 소득금액 등 여타의 항목을 기준으로 청구법인의 주된 사업을 판단할 수 없고, 도매업 사업수입금액이 제조업 사업수입금액보다 약 2배 정도 많으므로 청구법인의 주된 사업은 도매업이다.

(2) 청구법인은 「조세특례제한법」제143조 의 구분경리에 따라 업종별로 세액감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 소기업 요건을 충족하지 못하여 중소기업에 대한 특별세액감면 적용 대상에 해당하지 아니하므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

(3) 「조세특례제한법 시행규칙」제2조 제2항에 따라 상시 종업원수는 청구법인의 전체 종업원수로 판단하는 것이 타당하므로 소기업 여부 판단시 업종별로 구분하여 도매업에 종사하는 종업원만을 대상으로 판단하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 주된 사업이 도매업으로 소기업 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 중소기업특별세액감면의 적용을 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령 등

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 사업장 및 본점 소재지는 OOO이고, 통신장비수출 도매업, 통신장비·도난방지기 제조업 등을 영위하고 있는 것으로 사업자등록증 및 법인 등기사항전부증명서에 나타난다.

(2) 청구법인은 2013사업연도 법인세 신고시 소기업에 해당하는 것으로 보아, 아래 <표1>과 같이 감면비율을 제조업은 20%, 도매업은 10%를 적용하여 중소기업에 대한 특별세액감면 OOO을 산정한 것으로 법인세 신고서 등 심리자료에 나타난다. OOO

(3) 청구법인의 각 사업연도의 업종별 매출액 내역은 아래 <표2>와 같이 심리자료에 나타난다. OOO

(4) 청구법인이 제출한 2013.12.31. 청구법인의 종업원수는 아래 <표3>과 같이 16명이고, 2014.3.10. 원천징수세액환급신청서에 연말정산 대상 근로소득자를 16명으로 신고한 것으로 나타난다. OOO

(5) 청구법인은 공통업무를 하는 종업원 8명을 4명씩 안분하면 제조업이 11명, 도매업이 5명이고, 청구법인의 주된 사업은 제조업이라고 주장하면서 2013년말 제조업에 사용되는 기계장치의 가액은 OOO, 제조업·도매업에 공통 사용되는 자산(비품, 차량운반구 및 인테리어)의 가액은 OOO이고, 연구개발비를 2013년에 OOO, 2012년에 OOO을 지출하였다는 자료, OOO이 2010.4.21. 발행한 벤처기업확인서, OOO이 2012.7.13. 발행한 연구개발전담부서 인정서 및 프로그램등록증·출원중인 특허·인증서 내역을 제출하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 「조세특례제한법」제7조 에 따른 소기업의 경우 매출액을 기준으로 주된 사업을 판단한다는 규정이 없으므로 여러 정황을 고려하여 사실 판단하여야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」제5조 및 같은 법 시행령 제2조에서 중소기업의 범위 및 주된 사업의 판단 기준을 규정하고 이를 “중소기업”으로 약칭하여 이하 조문에서 동일한 용어로 사용하고 있는 점, 「조세특례제한법」제7조 및 같은 법 시행령 제6조에 따른 소기업은 중소기업을 전제로 하고 있는 점, 「조세특례제한법 시행령」제6조 제1항에서 소기업은 주된 사업을 기준으로 업종을 구분한 후 같은 항 각 호의 기준을 적용하여 판단하도록 규정하고 있는 점, 중소기업인 중기업 및 소기업의 주된 사업에 대한 판단을 달리한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 중소기업의 주된 사업의 판단 기준을 사업수입금액으로 한 「조세특례제한법 시행령」제2조 제3항의 규정은 소기업을 포함한 모든 중소기업에 적용되는 것으로 판단된다. 또한, 청구법인은 2 이상의 사업을 겸영하는 경우 전체 종업원수가 아닌 각 사업별 종업원수를 기준으로 소기업 여부와 감면비율을 적용하여야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」제6조 제5항에서 주된 사업에 따라 기업을 구분하여 상시 사용하는 종업원수를 기준으로 소기업 요건을 규정하고 있는 점, 「조세특례제한법 시행규칙」 제2조 제2항에서 상시 사용하는 종업원수는 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자라고 규정하여 기업 전체를 기준으로 판단하도록 규정하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 사업별이 아닌 기업 전체의 상시 사용하는 종업원수를 기준으로 소기업인지를 먼저 판단하고, 소기업인 경우 각 사업장별로 감면비율을 각 적용하는 것으로 판단된다.

따라서, 청구법인은 수도권내에 본점 및 사업장을 두고 도매업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 상시 사용하는 종업원수가 도매업의 소기업 요건인 10명을 초과하였으므로 처분청이 청구법인을 소기업이 아니라고 보고 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법 제5조【중소기업 투자 세액공제】

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2015년 12월 31일까지 투자(괄호 생략)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[괄호 생략] 또는 법인세에서 공제한다. 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2014년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종 마. 제조업 아. 도매 및 소매업

2. 감면 비율 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 “도매업등”이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 “중기업”이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장 : 100분의 5 마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15 제143조【구분경리】

① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 “감면대상사업”이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제2조【중소기업의 범위】

① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다.

이하 같다), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍ㆍ시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업, 사회복지 서비스업, 「도시가스사업법」 제2조 제4호에 따른 일반도시가스사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. (단서 및 각 호 생략)

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위 하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 제2조 제1항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제2조【중소기업의 범위】

② 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 상시 사용하는 종업원수는 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자[주주인 임원, 「소득세법 시행령」 제20조 에 따른 일용근로자, 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원 및 「근로기준법」 제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 항에서 ‘단시간근로자’라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자는 제외한다] 수로 한다. 이 경우 종업원수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하며, 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.