상증법 제48조 제2항 제2호 적용시 쟁점주식 취득금액에 출연금을 초과한 금액은 법인세가 과세되었으므로 증여재산가액 산정시 제외되어야 한다는 청구주장의 당부 등

상증법 제48조 제2항 제2호 적용시 증여세 과세대상인 의결권 있는 발행주식총수의 5% 초과분의 취득재원 중 출연재산을 초과한 수익사업에서 발생한 운용소득을 증여세과세가액에서 제외할 수 있는 별도의 명문규정이 없는 점, 상증법 제48조 제2항 제2호 본문 괄호에서 공익법인이 출연받은 재산에는 “당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다” 고 규정하고 있어 의결권 있는 발행주식총수의 5% 초과분의 취득재원에 포함된 운용소득도 증여세과세대상에 포함되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997년 11월 OOO로부터 OOO원을 출연받아 설립된 비영리재단법인으로 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다) 제16조 규정에 따른 공익법인에 해당하고, 주무관청의 허가 없이 아래 <표1>과 같이 2001.7.13. OOO로부터 OOO에서 발행한 신주인수권 150,000주를 OOO에 취득하여 2001.10.4. OOO을 들여 동 신주인수권을 행사함에 따라 OOO 발행주식 150,000주를 취득하는 한편, 2001.10.24. OOO 발행주식 100,000주OOO원에 취득하는 등 OOO 발행주식 합계 250,000주[지분율 17.2%(발행주식총수 1,450,000주), 이하 “쟁점주식”이라 한다]를 OOO원에 각 취득하였가가 2012년 12월 쟁점주식을 OOO에 OOO에 양도하는 등 쟁점주식을 거래(거래흐름도는 아래 <그림>과 같음)하였으며, 청구법인은 위 쟁점주식 취득거래를 결산서 등에 특수관계자에 대한 금전소비대차(무상 또는 이자율 6%) 거래로 계상하였다.

나. OOO장(이하 “조사청”이라 한다)은 2005년 청구법인에 대해 세무조사를 실시하여 쟁점주식 취득가액 상당액을 특수관계자에게 무상대여(신주인수권 행사대가 OOO원) 또는 시가보다 낮은 이율로 대부[OOO원, 인정이자율 9%와 실제 이자율 6%와의 차이]한 것으로 보아 청구법인에게 상증법(2002.12.18. 법률 제6780호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제3항 규정 및 「법인세법」 제52조 제1항 규정을 적용한 증여세 및 법인세 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2005년 3월에 청구법인에게 2001년 증여분 증여세 OOO원을 각 결정·고지함에 따라 청구법인은 증여세 및 법인세 합계 OOO원(이하 “기납부세액”이라 한다)을 납부하였다.

다. 이후 청구법인이 쟁점주식을 실제 취득하고서도 금전소비대차 거래로 계상한 것은 상증법 제48조 제2항 제2호 규정에 따른 증여세 납세의무를 회피하기 위한 의도가 있다 하여 쟁점주식 거래에 관여한 OOO 등이 「특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률」 위반(조세) 혐의 등으로 기소(현재 대법원 계류중)되자 조사청은 2016.3.14.부터 2016.6.20.까지 청구법인의 자금출처조사를 실시하여 청구법인이 쟁점주식을 직접 취득하였다 하여 상증법 제48조 제2항 제2호 규정에 따라 아래 <표2>과 같이 내국법인인 OOO의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5를 초과한 주식의 취득금액을 증여재산가액으로 산정하여 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2016. 8.11. 기납부세액 중 OOO원에 충당하는 한편, 나머지 OOO원은 2001.10.24. 증여분 증여세 총결정세액 OOO원에서 자진납부세액으로 차감한 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점주식을 2회에 걸쳐(2001.10.4. 150,000주, 2001. 10.24. 100,000주) 취득함에 따라 상증법 제48조 제2항 제2호 규정에 따른 증여세 납세의무가 2회 발생하였으므로 2001.10.4. 증여분 증여세 및 2001.10.24. 증여분 증여세를 각각 별도로 부과하고, 기납부세액의 환급금 통지를 별도 통지였어야 하나, 처분청은 기납부세액을 먼저 발생된 증여세에 충당함에 따라 2001.10.24. 증여분 증여세 납세고지서만 송달하였으므로 2001.10.4. 증여분 증여세는 적법하게 납세고지서가 송달된 것으로 볼 수 없어 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제4호 규정에 따른 부과제척기간(15년)을 도과하였다.

(2) 청구법인이 취득한 쟁점주식 매매가액(2001.10.4. OOO원)은 「법인세법」상 시가보다 현저히 낮은 가액으로 경천은 청구법인의 특수관계자에 해당하지 않아 쟁점주식 매매가액과 정상가액(시가의 130%)의 차액 상당액은 「법인세법 시행령」 제35조 제2호 규정에 따른 의제기부금에 해당하므로 청구법인에 법인세를 과 세 하였어야 하나, 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호 규정에 따른 국세부과제척기간(10년)을 도과하였고, 이 경우 쟁점주식 매매가액과 정상가액의 차액 상당액은 상증법 제4조의2 제2항 규정에 따라 이 건 증여재산가액 산정시 제외되어야 한다.

(3) 청구법인 설립 당시 출연재산은 OOO원으로 그 차액은 수익사업(부동산 양도차익)에서 발생된 소득으로 이미 법인세가 과세되었으므로 증여세 과세대상에서 제외되어야 할 것으로 상증법 제48조 제2항 제2호 규정에 따라 청구법인에게 증여세를 과세하더라도 당초 출연재산 OOO원을 기준으로 증여재산가액을 산정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「민법」 제477조 제2호에서 채무가 수 개인 경우 변제에 충당되는 순서에 대해 채무 전부의 이행기가 도래하였을 경우 채무자에게 변제이익이 많은 채무의 변제에 충당하도록 규정하고 있는바, 채무 일부의 변제가 어떤 채무에서 공제되는지는 이자발생 등을 고려하여 채무자에게 더 큰 이익이 있는 것을 기준으로 판단하여야 할 것이고, 청구법인의 증여세 납세의무 또한 과세관청에 대한 채무의 성질을 갖고 있으므로 기납부세액 공제시 먼저 발생된 증여세 납세의무를 공제하는 것이 납세자 입장에서 가산세 부과세액을 절감할 수 있어 유리한 점, 관련 예규(재삼 46014-241 1999.2.3.)에서 “ 상속세 및 증여세법 제58조 제1항의 규정에 의한 가산한 증여재산의 가액에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세액이란 2차 증여받을 때는 1차 증여재산을 합산하여 계산한 증여세 산출세액에서 1차 증여재산가액에 대한 증여세액을 기납부세액으로 공제 후의 세액, 3차 증여받은 때는 1·2차 증여 재산을 합산하여 계산한 증여세 산출세액에서 1·2차 증여재산가액에 대한 증여세액을 기납부세액으로 공제 후의 세액과 같은 방법으로 계산한 2차 내지 8차 증여시마다의 세액을 합계한 금액을 말한다”고 회신한바 있는 점 등에 비추어 처분청이 기납부세액을 청구법인의 제1차 증여재산가액에 대한 증여세에서 먼저 공제한 후 나머지 잔액을 제2차 증여재산가액에 대한 증여세에서 기납부세액으로 차감하여 과세한 처분은 납세자의 이익을 충분히 고려하였으므로 타당하다.

(2) 「법인세법」 제3조 제1항에서 법인세는 ‘법인의 소득’에 대해서만 부과하도록 규정되어 있고, 같은 조 제3항에서 ‘비영리내국법인의 각 사업연도의 소득’을 각 호에서 규정하거나 수익사업에서 생기는 소득으로 한다고 명시하고 있는바, 청구법인의 쟁점주식 취득에 대해 의제기부금으로 보아 법인세를 부과하기 위해서는 수익사업에 해당되어야 할 것이나, 청구법인은 쟁점주식 취득과 관련하여 수익사업에 전혀 계상하지 아니한 채 금전소비대차 거래로 계상하였고, 이 외에 수익사업에 해당된다는 사실을 입증할 만한 어떠한 자료도 제시하지 못하고 있는 점, 서울중앙지방법원이 2014.2.20. 선고한 2012고합1693 및 서울고등법원이 2014.8.21. 선고한 2014노792 판결서에 의하면 청구법인의 쟁점주식 취득 및 매각의 일련의 과정은 OOO 이 지배하는 OOO의 자금지원을 위한 것으로 확인되는바, 청구법인의 쟁점주식 취득은 수익사업으로 보기 어려운 점, 더군다나 이 건의 경우 당초 쟁점주식 매매가액과 정상가액과의 차액에 대해 법인세가 과세되지 아니하였으므로 이중과세의 문제도 발생하지 않는 점 등에 비추어 처분청이 상증법 제48조 제2항 제2호 규정을 적용하여 청구법인에게 증여세를 과세한 처분은 정당하다.

(3) 공익법인이 내국법인의 의결권 있는 총발행주식의 5%를 초과하여 취득하는 경우의 증여재산가액 산정방법에 대해 상증법 제48조 제2항 제2호에서 ‘재산을 출연받은 공익법인 등이 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우 포함)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등이 그 내국법인의 의결권 있 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하는 것으로 규정하면서 같은 법 시행령 제37조 제1항에서 5% 초과부분 계산의 기준일을 ‘주식 등을 취득하는 경우 그 취득일’로, 제7항에서 5%초과하는 가액의 계산을 ‘동일한 내국법인의 주식 등으로서 출연 또는 취득하는 주식 등을 합하여 계산’하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항 제2호에서 법 제48조 제2항 제2호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 그 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액을 증여세 과세가액으로 보도록 규정하고 있는바, 증여재산가액 산정방법을 정한 관련규정상 증여재산가액을 ‘최초 출연 받은 가액을 한도로 한다’는 별도의 언급이 없는 점, 상증법 제48조 제2항 제2호 괄호에서 출연받은 재산에는 ‘그 재산을 운용하여 얻은 소득’까지 포함하도록 규정하고 있는 점, 상증법 제48조 제2항 제4호에서 출연받은 재산을 매각한 경우 매각대금의 90% 이상을 공익목적에 사용하도록 규정하고 있는 점 등을 종합하면 최초 출연재산을 통해 증가한 재산 역시 법령이 정한 범위 내에서 사용되어야 하는 것으로 이 건 청구법인이 증여받은 것으로 보는 증여재산가액으로 청구법인이 쟁점주식의 총발행주식 5%를 초과분을 취득하는데 사용한 재산가액으로 산정하여 증여세를 과세한

처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2001.10.4. 증여분 증여세 납부고지서가 적법하게 송달되지 아니하였다는 청구주장의 당부

② 상증법 제48조 제2항 제2호를 적용시 쟁점주식 5% 초과 취득금액 중 정상가액(시가의 130%) 초과분은 법인세를, 정상가액 상당액은 증여세를 각 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 상증법 제48조 제2항 제2호 적용시 쟁점주식 취득금액OOO원은 법인세가 과세되었으므로 증여재산가액 산정시 제외되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2 【국세 부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」 제 67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 1의

2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호 나. 「법인세법」 제76조 제9항 제4호 다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세·증여세는 제1호, 제1호의2, 제2호 및 제3호에도 불구하고 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 부과할 수 있는 날부터 15년간 으로 한다.

가. 납세자가 부정행위로 상속세·증여세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 나. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따른 신고서를 제출하지 아니한 경우 다. 「상속세 및 증여세법」 제67조 및 제68조에 따라 신고서를 제출한 자가 대통령령으로 정하는 거짓 신고 또는 누락신고를 한 경우(그 거짓신고 또는 누락신고를 한 부분만 해당한다)

(2) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

(3) 법인세법 시행령 제35조 【기부금의 범위】법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각 호의 1에 해당하는 것으로 한다.

2. 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자 외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다.

(4) 상속세 및 증여세법 제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】

① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각 호의 1의 주식등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우(제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다.

1. 출연자가 출연할 당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등

2. 출연자 및 그와 특수관계에 있는 자가 당해 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. (후단 생략)

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다) 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다.

2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등과 다음 각 목의 1의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우.(후단 생략) 가. 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

(5) 상속세 및 증여세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17459호로 개정되기 전의 것) 제37조【내국법인 주식 등의 초과보유 계산방법 등】

① 법 제48조 제1항 단서 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의한 주식 등의 초과부분은 다음 각 호의 1에 해당하는 날을 기준으로 하여 계산한다.

1. 공익법인 등이 매매 또는 출연에 의하여 주식등을 취득하는 경우에는 그 취득일

2. 공익법인 등이 보유하고 있는 주식등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 증가시키기 위하여 발행한 신주 중 공익법인 등에게 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우에는 그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중 「상법」 제354조 의 규정에 의한 주주명부의 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사외의 회사의 경우에는 과세기간 또는 사업연도의 종료일로 한다)

② 법 제48조 제1항 제2호에서 "특수관계에 있는 자"라 함은 출연자와 제19조 제2항 각호의 1에 해당하는 관계에 있는 자를 말하며, 동조 제2항 제2호 나목에서 "당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자"라 함은 출연자가 당해 내국법인과 제13조 제8항 각 호의 1에 해당하는 관계에 있는 경우 당해 출연자를 말한다.

③ 법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에서 "「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 대규모집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등"이라 함은 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 대규모기업집단에 속하는 법인과 동법 시행령 제3조 제1호의 규정에 의한 동일인 관련자의 관계에 있지 아니하는 공익법인 등을 말한다.

④ 법 제48조 제2항 제2호 각 목 외의 부분 단서에서 "당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인"이라 함은 제13조제4항 각 호의 1에 해당하지 아니하는 내국법인을 말한다.

⑤ 법 제48조 제2항 제2호 각목외의 부분 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 주무부장관이 공익법인 등의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우를 말한다.

⑥ 법 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 동조 제2항 제2호의 규정에 의하여 공익법인 등에 출연하거나 공익법인 등이 취득하는 주식등이 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 가액의 계산은 동일한 내국법인의 주식 등으로서 다음 각 호의 주식 등을 합하여 계산한다.

1. 출연 또는 취득하는 주식 등

2. 출연 또는 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등

3. 출연 또는 취득당시 제2항에 해당하는 자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 주식 등 제40조【공익법인 등에게 부과되는 증여세 과세가액의 계산 등】

① 법 제48조 제2항 본문에서 "대통령령이 정하는 가액"이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 가액을 말한다.

1. 법 제48조 제2항 제1호 본문에 해당하게 되는 경우에는 다음 각목의 1의 가액 가. 직접 공익목적사업 등 외에 사용한 경우에는 그 사용한 재산의 가액 나. 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우에는 그 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 재산의 가액

2. 법 제48조 제2항 제2호의 규정에 해당하게 되는 경우에는 그 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1997년 11월 OOO로부터 약 OOO원을 출연받아 설립되었고, 1999년 9월 동 출연금으로 OOO의 토지 및 건물을 취득하였으며, 2001년 10월 동 토지 및 건물을 OOO원에 양도하였고, 동 양도대금을 기본재산으로 편입하였으며, 동 부동산 취득 및 양도내역은 주무관청으로부터 허가를 받았으나, 동 기본재산으로 편입된 금액으로 쟁점주식을 취득하여 양도한 내역에 대해서는 주무관청으로부터 허가를 받지 않은 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 이견이 없다.

(2) 조사청이 국세청에 이 건 과세기준자문 신청하여 2016.6.13. 회신받은 내용은 다음과 같다.

(3) 처분청이 2016.8.11. 청구법인에게 송달한 납부고지서에 첨부된 ‘증여세 과세표준 및 세액 계산내용 통지(을)’상 세액계산 내용은 다음 <표3> 과 같다.

(4) OOO은 「특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임, 조세) 혐의로 기소되었는바, 서울지방법원이 2014.2.20. 선고한 판결서[2012고합1693, 2013고합537(병합)] 및 서울고등법원이 2014.8.21. 선고한 판결서(2014노792)의 주요내용은 다음과 같다. (가) 서울중앙지방법원 2014.2.20. 선고 2012고합1693 판결 (나) 서울고등법원 2014.8.21. 선고 2014노792 판결

(5) 쟁점②·③과 관련하여 청구법인이 주장하는 이 건 증여세 재산정 내역은 다음과 같다. (가) 쟁점②와 관련하여 처분청은 아래 <표4>와 같이 쟁점주식 취득에 사용한 OOO원 전액을 증여재산가액으로 산정하였으나, 청구법인은 쟁점주식 취득 당시 시가는 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여 평가한 가액은 1주당 OOO원이라고 주장하며 산정내역을 제시하였고, 실제 거래가액OOO과 동 시가를 반영한 쟁점주식 정상가액은 OOO이므로 쟁점주식 중 5% 초과하여 취득한 주식의 정상가액 상당액은 증여재산가액으로 하여 증여세를, 정상가액 초과분에 대해서는 비지정기부금에 해당되어 법인세를 각 과세하여야 하며, 법인세의 경우 이 건 증여세 과세 당시 부과제척기간(10년)이 도과되었다고 주장한다. (나) 쟁점③과 관련하여 처분청은 <표2>와 같이 청구법인이 쟁점주식 취득에 사용한 OOO원을 증여재산가액으로 산정하였으나, 청구법인은 최초 기본재산 출연액 OOO원을 증여재산가액으로 산정하여야 한다고 주장한다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2001.10.4. 증여분 증여세 납부고지서가 적법하게 송달되지 아니하였다고 주장하나, 처분청이 2016.8.11. 청구법인에게 송달한 2001.10.24. 증여분 증여세 납부고지서에 첨부된 ‘증여세 과세표준 및 세액 계산 내용 통지(을)’에 의하면 2001.10.4. 증여분 증여재산가액 OOO원을 재차증여 가산액으로 하여 과세표준에 합산하였다가 세액계산시 2001.10.4. 증여분 증여세 OOO원을 세액공제를 적용하여 차감한 사실이 기재되어 있는 점, 처분청은 청구법인이 당초 특수관계자와 금전소비대차거래로 계산한 사실을 신뢰하여 청구법인에게 법인세 및 증여세를 부과하였다가 이 건 사실관계가 쟁점주식 취득이라는 사실을 인지하여 상증법 제48조 제2항 제2호 규정에 따른 증여세를 부과처분하게 된 것으로 이 경우 추가 증가된 세액의 부과처분 형식에 관하여는 「국세기본법」 및 상증법에 명문규정을 두고 있지 아니한 점, 통상 국세환급가산금 산정에 적용되는 이율보다 납부불성실가산세 산정에 적용되는 이율이 높아 새로운 증여세 납부할세액 산정시 이 건 기납부세액을 증여세액공제 내지 기납부세액으로 차감하는 처분청 적용방식이 납세자에게 유리한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(7) 다음으로, 쟁점②·③에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 청구법인의 쟁점주식 취득에 대해 상증법 제48조 제2항 제2호를 적용하는 경우 <표4>와 같이 쟁점주식 5% 초과 취득금액 중 정상가액(시가의 130%) 초과금액 상당액 OOO원은 기부금 성격으로 법인세 과세대상이고, 쟁점주식 취득대금 중 출연금OOO원은 원천은 운용수익으로서 익금에 산입되어 법인세가 과세되었으므로 증여재산가액 산정시 제외되어야 한다고 주장하나, 상증법 제48조 제2항 제2호에서 공익법인이 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 경우에는 세무서장은 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하도록 규정하고 있고, 여기서 “대통령령이 정하는 가액”에 대해서 상증법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17459호로 개정되기 전의 것) 제40조 제1항 제2호에서 그 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액으로 규정하고 있는바, 상증법 제48조 제2항 제2호 규정에 따른 증여세과세가액은 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하는 주식의 시가가 아닌 취득가액으로 산정하는 것으로 보아야 할 것인 점, 처분청은 쟁점주식의 취득가액과 정상가액의 차액 상당액을 기부금으로 의제하여 법인세를 과세한 사실이 없다는 점에 대해서는 청구법인도 이견이 없어 이 건 증여세 부과처분에 이중과세 소지도 없는 점, 청구법인이 제시한 쟁점 주식의 시가가 「법인세법」상 시가로 볼 수 있는지 여부도 불분명한 점, 상증법 제48조 제2항 제2호 적용시 청구주장대로 증여세

과세대상인 의결권 있는 발행주식총수의 5% 초과분의 취득재원 중 출연재산을 초과한 수익사업에서 발생한 운용소득을 증여세과세가액에서 제외할 수 있는 별도의 명문규정이 없는 점, 상증법 제48조 제2항 제2호 본문규정 괄호에서 공익법인이 출연받은 재산에는 “당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다”고 규정하고 있어 의결권 있는 발행주식총수의 5% 초과분의 취득재원에 포함된 운용소득도 증여세과세대상에 포함되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려우므로 처분청이 이 건 증여세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법 」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.