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모회사가 자회사 주식을 처분하면 이연세액을 내는가?

국세청 공식 회신문서번호 서면-2021-자본거래-7837회신일 세목 양도소득세회신 후 개정
1. 질문모회사가 자회사 주식을 처분하면 이연세액을 내는가?2. 공식 회신국세청 · 2022.03.073. 다툰 결과0건 직접 · 1509건 조문 연결4. 현행 조문4개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

정해진 기간에 해당 주식을 처분하면 과세이연받은 양도소득세를 납부해야 한다.

과세이연 후 모회사가 자회사 주식을 처분하면 이연된 양도소득세를 납부하는지 물었다. 정해진 기간에 해당 주식을 처분하면 과세이연받은 양도소득세를 납부해야 한다. 그 기간은 교환·이전일이 속한 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년이다.

근거 조문 조세특례제한법 제38조제1항 조세특례제한법 제52조제2항 조세특례제한법 시행령 제35의2조제11항 법인세법 제52조제2항

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법 시행령(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 1곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 1 · 문구 동일 2 · 비교 불가 1
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 2022.02.18 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제38조 제1항: 회신 당시 4개 문장·단위에서 현재 4개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    …국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 취득한 주식을 보유할 수 없거나 사업을 계속할 수 없는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 취득한 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  2. 문구 동일회신 당시 시행본 2022.02.18 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 시행령 제35의2조 제11항: 회신 당시와 2026.09.10 현재 문구가 같다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  3. 문구 동일회신 당시 시행본 2022.02.18 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제52조 제2항: 회신 당시와 2026.09.10 현재 문구가 같다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  4. 비교 불가회신 당시 시행본 2022.02.18 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제52조 제2항: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환 등으로 양도소득세 과세를 이연받았다. 완전모회사가 취득한 완전자회사 주식을 정해진 기간에 처분하는 경우다.

질의요지

조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 양도소득세 과세를 이연받은 후, 모회사가 자회사의 주식을 대통령령으로 정하는 기간 내에 처분하는 경우, 이연받은 양도소득세를 납부해야하는 것임

회답

자본거래관리과-124

본문(원문)

1.완전자회사의 주주가 조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 양도소득세 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 ｢법인세법｣ 제52조 제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 “대통령령으로 정하는 기간”에 완전모회사가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야하는 것으로,

“대통령령으로 정하는 기간”이란 조세특례제한법 시행령 제35조의2 제11항에 따라 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말하는 것입니다.

2.또한, 조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 완전모회사가 취득하는 주식의 취득가액은 법인세법 제52조 제2항에 따른 시가가 되는 것입니다.

정제 정리

질의

양도소득세 과세이연 후 완전모회사가 완전자회사 주식을 처분하는 경우 납부 여부

회답

1. 완전자회사의 주주가 조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 양도소득세 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 ｢법인세법｣ 제52조 제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 “대통령령으로 정하는 기간”에 완전모회사가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야하는 것으로,

“대통령령으로 정하는 기간”이란 조세특례제한법 시행령 제35조의2 제11항에 따라 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말하는 것입니다.

2. 또한, 조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 완전모회사가 취득하는 주식의 취득가액은 법인세법 제52조 제2항에 따른 시가가 되는 것입니다.

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다. 전체 1,509건 중 최신 12건을 표시한다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면-2021-자본거래-7837 (<time datetime="2022-03-07">2022.03.07</time> 회신), "모회사가 자회사 주식을 처분하면 이연세액을 내는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000524909/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000524909)
원 제목
조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 양도소득세 과세를 이연받은 후, 모회사가 자회사의 주식 처분 시 이연받은 양도소득세를 납부해야하는지 여부
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap
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