청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인을 받기 전 종중의 명의로 예정신고 납부한 양도소득세를 기한후신고에 따른 법인세 결정시 기납부세액으로 하여 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

처분청은 청구법인의 2018사업연도에 대한 법인세를 결정한 이후 청구법인이 종중 명의로 납부한 양도소득세를 전액 환급하여 준 점 등에 비추어 처분청이 법인세 산출세액에서 쟁점양도소득세액을 공제하지 아니하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 종중으로서 법인으로 보는 단체로 승인을 받기 전인 2018.12.31. OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 AAA주식회사에게 OOO원에 양도하고 2019.2.28. 종중 명의로 양도소득세 예정신고(2차례 수정신고 포함 총 OOO원 신고·납부) 하였다.

나. 청구법인은 2019.3.26. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체 승인을 받고, 2020.7.3. 쟁점부동산의 양도소득을 사업소득에 포함하여 아래 ＜표1＞과 같이 2018사업연도(사업연도 2018.12.31.~2019.6.30.)에 대한 법인세 기한후신고를 하였는데, 종중 명의로 신고납부한 양도소득세 OOO원(이하 “쟁점양도소득세액”이라 한다)을 “법인세 과세표준 및 세액신고서”상 기납부세액에 포함하였다. ＜표1＞ 2018사업연도 법인세 기한후신고 내역 다. 처분청은 “청구법인이 종중의 명의로 양도소득세를 신고·납부하였는바 이를 법인세를 납부한 것으로 볼 수 없다”는 이유로 기납부세액공제를 배제하고, 기한후신고 및 무납부에 따른 무신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원을 포함한 OOO원을 2020.11.10. 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.27. 이의신청을 거쳐 2021.7.2.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산을 양도한 후 법인으로 보는 단체로 승인받아 쟁점부동산 양도에 대한 법인세를 기한 후 신고하였으나, 청구법인이 종중 명의로 납부한 쟁점양도소득세액을 법인세 기납부세액으로 보아야 하므로 청구법인에게 부과될 무신고·납부지연가산세는 없다. (가) 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인을 받기 전에 발생한 쟁점부동산의 양도소득이 청구법인에게 귀속된다면 양도소득에 대한 예정신고 역시 청구법인이 한 것으로 보아야 한다. 「국세기본법」제13조 제2항은 법인 아닌 단체가 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체승인을 받은 경우 그 단체의 동질성과 계속성이 계속 유지되는 것으로 보아야 한다고 규정하였다. (나) 「법인세법」제62조의2 에서 비영리법인은 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우 이에 대해서는 법인세 과세표준 신고를 하는 대신 「소득세법」에 따른 양도소득에 관한 규정을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부할 수 있다고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 시행령 제99조의2 제5항은 비영리내국법인이 자산양도차익에 대한 예정신고를 한 경우에도 일반법인세의 과세표준신고를 할 수 있고, 이 경우 예정신고세액은 일반법인세의 납부할 세액에서 공제할 수 있다고 규정하고 있으므로 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인받기 전에 쟁점부동산을 양도하고 예정·신고납부한 쟁점양도소득세액 역시 예정신고세액으로서 법인이 신고·납부할 세액에서 공제되어야 한다.

(2) 청구법인은 종중의 명의로 쟁점부동산을 양도하고 발생한 소득에 대하여 세금을 신고·납부하였는바 가산세 감면에 정당한 사유가 있다. 청구법인이 쟁점부동산의 양도소득세를 이미 신고납부한 상태에서 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 납세의무를 이행할 세목이 변경되었다면 이는 세법해석상 첨예한 견해의 대립이 있는 경우 등에 해당하므로 신고기한 내에 법인세 신고납부를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 법인세를 기한후신고하고, 납부를 하지 아니하였는바 이에 따라 무신고가산세 및 납부지연가산세를 부과한 처분은 정당하다. (가) 청구법인은 쟁점부동산을 양도하고 종중의 명의로 양도소득세를 예정신고·납부하였을 뿐 「법인세법」제62조의2 에 따라 「소득세법」상 양도소득세 규정을 준용하여 법인세를 신고·납부한 사실이 없다. (나) 청구법인은 법인세 기한후신고시 종중의 명의로 신고·납부한 양도소득세를 기납부세액으로 공제하였으나, 양도소득세와 법인세는 각각 별개의 세목이므로 법인세로 신고납부하지 아니한 쟁점양도소득세액을 법인세 기납부세액으로 볼 수는 없다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제제로서 납세자의 고의.과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지.착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한 바 청구법인이 법인세 신고를 기한 내에 하지 못한 데에 정당한 사유가 없으므로 가산세 감면을 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 법인으로 보는 단체로 승인을 받기 전 종중의 명의로 예정신고 납부한 양도소득세를 기한후신고에 따른 법인세 결정시 기납부세액으로 하여 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

② 법인세 기한후신고에 따른 무신고·납부지연가산세 감면에 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2019.3.26. 「국세기본법」제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받았는데, 국세통합전산망상 청구법인의 사업자등록내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 국세통합전산망상 청구법인의 사업자등록내역 (나) 청구법인이 2018.12.31. 양도한 쟁점부동산의 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 쟁점부동산의 내역 (다) 청구법인은 2019.2.28. 쟁점부동산의 양도에 대하여 종중의 명의로 2018년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고, 이후 2차례에 수정신고를 하였는데, 이에 따라 최종 확정된 양도소득세 예정신고내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 양도소득세 예정신고내역 (라) 청구법인은 2020.7.3. 아래 ＜표5＞와 같이 2018사업연도(사업연도 2018.12.31.~2019.6.30.로 기재)에 대한 법인세 기한후신고서를 제출하면서 종중명의로 신고납부한 양도소득세 OOO원을 기납부세액으로 기재하여 OOO원의 법인세환급을 신청하였다. ＜표5＞ 청구법인의 2018사업연도 법인세 기한후신고 내역 (마) 처분청은 청구법인의 법인세 기한후신고를 결정하면서 기납부세액을 OOO원으로 하였고, 이에 따라 아래 ＜표6＞과 같이 무신고·납부지연가산세 합계 OOO원이 부과되었다. ＜표6＞ 처분청의 결정내역 (바) 청구법인은 2020.10.16. 종중의 명의로 신고납부한 2018년 귀속 양도소득세 예정신고세액 전부를 환급하여 달라고 경정청구를 하였고, 이에 따라 처분청은 아래 ＜표7＞과 같이 환급경정하면서 환급세액 중 일부는 청구법인에게 부과된 2018사연도 법인세에 충당하고 OOO원을 청구법인에게 환급하였다. ＜표7＞ 국세환급금 결의내역

(2) 사업소득이 없는 비영리내국법인은 부동산을 양도한 경우 자산 양도소득에 대하여 「법인세법」제60조 제1항에 따라 각 사업연도소득에 대한 법인세로 신고납부하거나, 같은 법 제62조의2에 따라 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고특례를 적용하여 “「소득세법」의 규정을 준용해 계산한 양도소득세 상당액을 법인세”로 납부할 수 있는데, 비영리내국법인의 자산양도소득세 대한 신고특례를 적용하는 경우 「소득세법」상 서식이 아닌 「법인세법 시행규칙」서식에 의하여 법인세를 신고하여야 한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「법인세법」제64조 제1항에서 내국법인은 법인세 산출세액에서 각 호에서 열거한 법인세를 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 납부하도록 규정하고 있다. 이 건의 경우, 청구법인은 종중명의로 신고·납부한 쟁점양도소득세액을 법인세 기납부세액으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 법인으로 보는 단체로 승인을 받기 전 종중의 명의로 소득세법령에 따른 양도소득세과세표준 예정신고를 하고 그에 따라 양도소득세 예정신고세액을 납부한 점, 「소득세법」에 따른 양도소득세와 「법인세법」에 따른 법인세는 각각 별개의 세목이므로 종중이 이 건 양도소득세를 신고·납부하였다 하더라도 법인세를 신고·납부한 것으로 보기 어려운 점, 처분청은 청구법인의 2018사업연도에 대한 법인세를 결정한 이후 청구법인이 종중 명의로 납부한 양도소득세를 전액 환급하여 준 점 등에 비추어 처분청이 법인세 산출세액에서 쟁점양도소득세액을 공제하지 아니하고 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 법인세를 기한후신고한 데 정당한 사유가 있으므로 가산세를 전액 감면해야 한다고 주장하나, 청구법인은 2019.3.26. 법인으로 보는 단체로 승인되어 쟁점부동산의 양도손익을 2018사업연도의 손익에 포함하여 「법인세법」상 신고기한인 2019.9.30. 이내에 법인세 신고를 할 수 있었음에도 이를 이행하지 않은 것은 단순한 법령의 부지 또는 오인 등에 해당한다고 보이는 점, 청구법인이 종중으로 양도소득세를 납부한 후 법인세를 기한후신고한 데 대하여 정당한 사유가 있었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 기한후신고에 대하여 가산세를 포함하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 16841호로 개정되기 전의 것) 제13조 [법인으로 보는 단체]

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. 제47조의2 [무신고가산세]

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조 에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」 및 「종합부동산세법」에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "무신고납부세액"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다. (각 호 생략) 제47조의4 [납부지연가산세]

① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 이 법 및 세법에 따른 납부기한(이하 "법정납부기한"이라 한다)까지 국세(인지세는 제외한다)의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납세고지일부터 납세고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조 [가산세 감면 등]

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 법인세법(2019.12.31 법률 제16833호로 일부개정되기 전의 것) 제4조 [과세소득의 범위]

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다

1. 각 사업연도의 소득

③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제6조 [사업연도]

① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

② 법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장(제12조에 따른 세무서장을 말한다. 이하 같다)에게 사업연도를 신고하여야 한다.

⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제60조 [과세표준 등의 신고]

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조의2 [비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례]

① 비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. (후단 생략)

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」 제96조 부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. (이하 생략)

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의3을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. (단서 생략) 제64조 [납부]

① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조에 따른 신고기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 해당 사업연도의 감면세액·세액공제액

2. 제63조의2에 따른 해당 사업연도의 중간예납세액

3. 제69조에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액

4. 제73조 및 제73조의2에 따라 해당 사업연도에 원천징수된 세액

(3) 법인세법 시행령(2019.7.1. 대통령령 제29933호로 일부개정되기 전의 것) 제3조 [수익사업의 범위]

② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일( 「국가균형발전 특별법」 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제4조 [사업연도의 개시일]

① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제2조 제2호 다목에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다.

라. 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다. 제99조의2 [비영리내국법인의 자산양도소득 신고 특례]

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다.

⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다.

(4) 법인세법 시행규칙 제99조의2 [서식]

① 법인세 및 법인세에 부가되는 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식은 다음 각 호와 같다. 56의

2. 영 제99조의2 제6항의 규정에 의한 별지 제57호의2서식의 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서