쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과세한 처분의 당부

쟁점토지의 실제 지목은 농지, 임야나 목장용지가 아니므로 쟁점토지가 비사업용 토지에서 제외되려면 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호의 각 목에 규정하는 토지이어야 하나, 처분청 심리자료에 의하면 쟁점토지는 제외조항 가목 및 나목에 따라 재산세가 비과세.면제되거나 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지가 아니라, 종합합산과세대상 토지인 것으로 나타나고, 비사업용 토지에서 제외되는 주차장용 토지는「주차장법」에 따라 허가받은 부설주차장을 의미하는 것으로 청구인은 그 허가와 관련된 자료를 제시하지 못하고 있는바, 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 소속의 종교단체로서 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2003.8.26. 매매를 원인으로 취득하였다가 2015.12.11. 교환을 원인으로 양도하였고, 2016.3.31. 쟁점토지의 양도로 인하여 발생한 소득을「법인세법」상 비영리내국법인이 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입으로 보아 비과세로 신고(비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고)하였다.

나. 처분청은 2018.10.29.∼2018.11.17. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이「소득세법」상 거주자로 보는 종교단체로서 쟁점토지의 양도로 인하여 발생하는 소득을「소득세법」상 양도소득세 과세대상으로 보는 한편, 쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 산정하고 동 토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 2019.2.12. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO을 결정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 취득시부터 OOO의 주차장 및 행사장 용도로 사용한 토지로서 비사업용 토지에 해당하지 않으므로 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.

(1) 쟁점토지는 취득시부터 OOO의 주차장이 협소하여(6대 정도의 주차공간만 확보되어 있음) OOO의 주차장 및 행사장 용도로 사용하였다.

(2) 처분청 조사 당시에도 이에 대하여 충분히 소명하여 당시 조사자도 쟁점토지를 주차장 및 행사장으로 사용한 것이 맞다고 인정하였으며, 이는 OOO, 행사 사진, 확인서 등을 통해서도 확인할 수 있다.

(3) 처분청은 쟁점토지의 취득시 취득세 감면신청을 하지 않았다는 이유를 들어 쟁점토지가 비사업용토지라는 의견이나, 이는 청구인이 무지로 인하여 감면신청을 하지 못한 것이므로 이를 근거로 하여 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 재산세 과세현황 및 부설주차장으로 등록된 사실이 없는 점 등으로 볼 때 쟁점토지를 주차장으로 사용하였다는 청구주장을 받아들이기 어려우므로 비사업용 토지에 해당한다.

(1)「소득세법」제104조의3제1항 제1호는 농지로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나, 자기가 경작하지 아니하는 농지와 특별시.광역시.특별자치시.특별자치도 및 시지역 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역에 있는 농지를 비사업용 토지에 해당하는 토지로 규정하고 있고,「소득세법 시행령」제168조의11제1항 제2호 가목에서는 주차장용 토지로「주차장법」에 따른 부설주차장으로서 같은 법에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지를 사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위에 규정하고 있다.또한「지방세특례제한법」제50조제1항은 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 및「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 취득할 때부터 OOO의 주차장 및 행사장 용도로 사용했으므로 비사업용 토지가 아니라고 주장하나, 쟁점토지는 지목이 ‘전’으로 쟁점토지 취득시 청구인은 종교단체가 사용하는 토지 등으로 취득세를 감면받은 사실이 없는 점, 이후 종합합산대상 토지로 재산세가 과세되어 왔음이 확인되는 점,「주차장법」에 따른 부설주차장으로 등록된 사실이 없는 점 등으로 미루어 OOO주차장으로 사용하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(3) 또한 비사업용 토지에 대하여 장기보유특별공제 배제 등으로 양도소득세를 중과세하는 이유는 토지를 실수요자에 따라 생산적으로 사용할 수 있도록 유도하기 위한 것이므로 OOO로부터 일정거리에 있는 쟁점토지가 전적으로 OOO만을 위해서 사용되었는지 또는 OOO에 필수적으로 필요한 것인지 등을 객관적으로 확인할 수 없는 것으로 보이므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 104조의3에 따른 비사업용토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.제104조의3(비사업용토지의 범위)

① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지(단서 생략)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지가.「지방세법」 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지나.「지방세법」제106조제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

(2) 소득세법 시행령제168조의8(농지의 범위 등)

③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 “「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다.8.「지방세특례제한법」제11조·제41조·제50조 및 제89조에 따른 사회복지법인 등, 학교 등, 종교·제사 단체 및 정당이 그 사업에 직접 사용하는 농지제168조의11(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위)

① 법 제104조의3 제1항 제4호 다목에서 “거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 말한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가.「주차장법」에 따른 부설부차장(주택의 부설주차장을 제외한다. 이하 이목에서 같다)으로서 동법에 따른 부설부차장 설치기준면적 이내의 토지. 다만, 제6호의 규정에 따른 휴양시설업용 토지 안의 부설주차장용 토지에 대하여는 제6호에서 정하는 바에 의한다.

(3) 주차장법제19조(부설주차장의 설치) ①「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역, 제2종 지구단위계획구역 및 지방자치단체의 조례로 정하는 관리지역에서 건축물, 골프연습장, 그밖에 주차수요를 유발하는 시설(이하 “시설물”이라 한다)을 건축하거나 설치하려는 자는 그 시설물의 내부 또는 그 부지에 부설주차장(화물의 하역과 그 밖의 사업 수행을 위한 주차장을 포함한다. 이하 같다)을 설치하여야 한다.

② 부설주차장은 해당 시설물의 이용자 또는 일반의 이용에 제공할 수 있다.

③ 제1항에 따른 시설물의 종류와 부설주차장의 설치기준은 대통령령으로 정한다.

(4) 지방세법제106조(과세대상의 구분 등)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지(단서 생략)

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지(단서 생략)가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지다. 철거ㆍ멸실된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

(5) 지방세법 시행령제101조(별도합산과세대상 토지의 범위)

③ 법 제106조 제1항 제2호 나목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.11.「주차장법 시행령」제6조에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지 안의 부설주차장은 제외한다). 다만,「관광진흥법 시행령」제2조제1항 제3호 가목ㆍ나목에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업 및 같은 항 제5호에 따른 유원시설업에 해당하는 시설의 부설주차장으로서「도시교통정비 촉진법」제15조및 제17조에 따른 교통영향평가서의 심의 결과에 따라 설치된 주차장의 경우에는 해당 검토 결과에 규정된 범위 이내의 주차장용 토지를 말한다.

(6) 지방세특례제한법제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제)

① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다(단서 생략).

② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래 사실이 나타난다.(가) 쟁점토지의 등기부등본 및 교환계약서에 의하면 쟁점토지의 지목은 ‘전’으로 나타나고, 청구인은 2003.8.26. 매매로 쟁점토지를 취득하였다가 2015.12.11. 교환으로 양도하였고, 처분청의 심리자료에 의하면 쟁점토지에 대하여「지방세법」상 종합합산과세대상으로 재산세가 과세된 것으로 나타난다.(나) 청구인은 쟁점토지를 OOO의 주차장 및 행사장 용도로 사용하였으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하며 쟁점토지에서 2014 OOO 한마음 대축제 행사를 진행한 사진 및 확인서를 제출하였는바, 동 확인서에는 “본 OOO는 2015년 12월에 OOO가 소유하고 있던 땅과 현재의 주차장 부지를 교환하였는데, OOO가 교환 이전에 소유하고 있던 땅을 OOO주차장과 OOO 행사와 관련된 종교 행사에 사용하였음을 확인합니다”는 내용으로 되어 있고 청구인 외 124명의 이름, 주소, 연락처, 서명이 기재되어 있다.(다) 처분청의 과세전적부심사청구 심리시 처분청에서 청구인OOO 소재지 및 쟁점토지의 부설주차장 설치 신고사실에 대하여 경기도 OOO에 문의한바, “청구인(OOO) 소재지는 건축허가 및 준공시 해당번지 내 법정 주차대수[총 9대-당초 3대, 증축시(2018.12.26.) 추가 6대]를 확보한 것으로 별도의 부설주차장 설치신고 사항은 없음”으로 회신한 것으로 나타난다.(라) 처분청의 심리자료에 의하면 청구인은 쟁점토지를 구입하고 2003.8.29. 취득세 OOO을 납부한 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 교인들에게 쟁점토지를 주차장 또는 행사장으로 안내하는 내용의 OOO주보(뒷면 OOO소식 부분)를 제출하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지가 취득시부터 OOO의 주차장 및 행사장 용도로 사용한 토지이므로 이를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과세한 이 건 처분은 부당하다고 주장한다.그러나 쟁점토지의 실제 지목은 농지, 임야나 목장용지가 아니므로 쟁점토지가 비사업용 토지에서 제외되려면「소득세법」제104조의3제1항 제4호(이하 “제외조항”이라 한다)의 각 목에 규정하는 토지이어야 하나, 처분청 심리자료에 의하면 쟁점토지는 제외조항 가목 및 나목에 따라 재산세가 비과세ㆍ면제되거나 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지가 아니라, 종합합산과세대상 토지인 것으로 나타난다.또한 제외조항 다목 및「소득세법 시행령」제168조의11제1항 제2호 가목에 따라 비사업용 토지에서 제외되는 주차장용 토지는「주차장법」에 따라 허가받은 부설주차장을 의미하는 것으로 청구인은 그 허가와 관련된 자료를 제시하지 못하고 있는바, 처분청이 쟁점토지를「소득세법」제104조의3에 따른 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.