청구법인이 관계기업에 해당하여 중소기업 유예기간이 적용되지 아니한다고 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

청구법인과 ㈜＊＊＊＊＊＊＊＊는 「중소기업기본법 시행령」 제2조 제3호에 의한 관계기업으로서 2013사업연도 자기자본의 합계액이 1천억원 이상인 경우에 해당되어 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제3호의 실질적인 독립성 요건을 충족하지 못하므로 처분청이 청구법인에게 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하고 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 의약품 제조업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2013 사업연도에 자기자본이 OOO을 초과하여 중소기업에 해당하지 아니하나, 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항에 따라 중소기업으로 유예되는 것으로 보아 중소기업에 대한 조세특례를 적용하여 법인세를 신고하였다.

나. OOO국세청장은 법인세 신고내용을 확인한 결과, 청구법인이 주식회사 OOO의 발행주식 85.71%를 소유하여 청구법인과 OOO는 「중소기업기본법 시행령」제2조 제3호 따른 관계기업에 해당하고 청구 법인과 OOO의 2013사업연도 자기자본 합계액이 OOO을 초과하므로 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 “실질적인 독립성” 요건에 위배되어 중소기업에 해당하지 않는다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청 은 이에 따라 청구법인이 2013 사업연도 법인세 신고시 최저한세 적용제외대상에 포함하였던 연구 및 인력개발비 세액공제분OOO을 최저한세 적용대상 공제감면세액 으로 재분류하여 2014.11.12. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2015.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2013사업연도 자기자본이 OOO을 초과하나, 조특 법 시행령 제2조 제2항에 따라 유예기간을 적용받을 수 있는 중소 기업임에도 총 자기자본의 약 6.1%에 불과한 관계기업이 있다는 이유로 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 “실질적인 독립성”이 위배되었다 하여 중소기업 유예기준 적용을 배제하는 처분은 과잉금지원칙에 위배되고, 「중소기업기본법」이 독립성 기준을 미충족하더라도 유예기간을 적용할 수 있도록 개정 (시행일 : 2014.1.1.)되었음에도 「조세특례제한법」에서 이를 준용하지 아니하는 것은 입법미비에 해당하므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

관계기업제도는 규모가 큰 기업으로부터 출자를 받는 다른 중소기 업이 현실과 다르게 중소기업의 적용을 받음으로써 초래될 수 있는 자원배분의 왜곡을 방지하고, 나아가 규모 초과 등으로 중소기업에 해당되지 아니하게 된 기업이 무분별한 분할 등으로 중소기업에 안주 하는 것을 방지하기 위한 취지에서 도입된 제도로서 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업기준을 적용하여 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 “실질적인 독립성” 요건을 갖추지 못하게 된 경우에 중소기업 유예규정을 배제하는 것은 과잉금지원칙에 위배되지 아니하고, 조특법 시행령에서 관계회사제도 도입에 따라 독립성 기준을 미충족하더라도 유예기간을 적용할 수 있도록 허용하는 규정은 2015.1.1. 이후 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우에 적용하고 있으므로 2013사업연도에 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 충족하지 못하여 중소기업에 대한 조세특례 적용을 배제한 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「중소기업기본법 시행령」제2조 제3호에 따른 관계기업에 해당 하는 것으로 보아 중소기업 유예기간의 적용을 배제하여 법인세를과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO국세청장은 청구법인에 대한 2013사업연도 법인세 신고사항을 검토한 결과, 청구법인이 2013사업연도에 중소기업에 해당하지 않고 유예기간이 적용되지 않는 것으로 보아 처분청에 다음과 같은 내용의 과세자료를 통보하였다. (가) 청구법인은 2013사업연도에 OOO 발행주식의 85.71%를 소유하고 있어 청구법인은 지배기업, OOO는 종속기업이 되는 지배·종속관계의 관계기업이다. (나) 청구법인의 2013사업연도 자기자본 OOO과 종속 기업인 OOO의 자기자본 OOO의 합계는 OOO으로 자기자본이 OOO을 초과하였다.

(2) 처분청은 청구법인이 2013사업연도부터 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 다목의 관계기업에 해당함으로써 중소기업 유예기간의 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 이 건 법인세를 과세하였다.

(3) 조특법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조 제1항에 의하면, 중소기업은 제조업 등의 중소기업 해당사업을 주된 사업으로 영위하고(본문, 업종기준), 종업원수·자본금 또는 매출액의 범위기준(제1호, 규모기준)과 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 따른 기준(제3호, 독립성기준)을 모두 충족한 기업을 말한다고 규정되어 있고, 부칙 제1조에 의하면 제2조 제1항 제3호의 개정규정은 2012.1.1.부터 적용되는 것으로 되어 있으며, 같은 법 시행령 제2조 제2항에 의하면, 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보되, 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우OOO에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 중소 기업이 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호에 위배되어 실질적 독립성이 없는 기업으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하지 아니하도록 조특법 시행령 제2조 제2항 본문 단서에서 규정하고 있는바, 청구법인과 OOO는 「중소기업기본법 시행령」제2조 제3호에 의한 ‘관계기업’이면서 청구법인과 OOO의 2013사업연도 자기자본의 합계액이 OOO 이상인 경우에 해당되어 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못한 경우에 해당한다 할 것이므로 2013사업연도에 대해 중소기업 유예기간을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위)

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다.

이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기 업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목 부터 다목까지의 규정에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조제2호다목을 적용할 때 "제1호에 따른 기준을 초과하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보 고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. 부칙 <대통령령 제22583호, 2010.12.30.> 제1조(시행일) 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제106조제7항 제49호의 개정규정은 2011년 3월 1일부터 시행하고, 제16조의2제2항 및 제108조 제3항부터 제5항까지의 개정규정은 2011년 4월 1일부터 시행하며, 제69조 제3항 및 제69조의2의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행하고, 제2조 제1항 제3호 전단(「중소기업기본법 시행 령」 제3조 제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2012.12.28. 대통령령 제24271호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위)

① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기 업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다.

이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「노인장기요양보험법」 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업, 「에너지이용 합리화법」 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 「근로자직업능력 개발법」에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기 업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 " 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과 함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소 기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소 기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(3) 중소기업기본법(2011.7.25. 법률 제10952호로 개정된 것) 제2조(중소기업자의 범위)

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소 기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2012.1.25. 대통령령 제23527호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위)

① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 부칙 <대통령령 제23412호, 2011.12.28.> 제1조(시행일) 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제2항, 제10조의2 및 제15조부터 제18조까지의 개정규정은 2012년 1월 26일부터 시행한다.