대표이사의 배우자에 지급한 인건비 1.2억원의 가공인건비 여부

청구법인은 중소기업으로 21~24사업연도 간 직원 수 및 근로소득 지급액이 지속적으로 감소하고, 중도퇴사자도 많아서 AAA이 법인의 업무를 수행할 수밖에 없었던 것으로 보이고, 연 2,400~3,600만원 수준의 쟁점인건비가 청구법인의 타 직원 인건비(연 5,000만원)와 비교하여 과다하다고 보기도 어려운 바, 쟁점인건비를 가공인건비로 본 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1996.1.11. 성립한 주식회사 B의 조직변경으로 2016.12.2. 설립되어 경상남도 의령군 OOO에서 조선기자재 부품 제조업 등을 영위하는 법인이다.

나. 청구법인은 청구법인의 지분 20%를 보유한 주주이며 등기 사내이사인 A에게 2021∼2024사업연도에 합계 OOO원의 급여(이하 “쟁점인건비”라 한다)를 지급하고 이를 손금으로 산입하여 2021∼2024사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.8.7.∼2025.9.26. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 청구법인의 지분 70%를 보유한 지배주주이자 대표이사인 C의 배우자인 A에게 지급한 쟁점인건비를 가공인건비로 보아 특수관계인 간 부동산임대용역 무상 제공 등 적출내역과 함께 청구법인 및 처분청에게 세무조사결과를 통지하였고, 처분청은 2025.12.4. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원, 2024사업연도 법인세 OOO원, 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인 대표이사 C의 배우자인 A은 청구법인의 주주이자 등기이사로서 물상보증인, 경영연대보증인의 역할을 담당하였다.(가) 법인의 의사결정과 업무집행을 위해 대표이사, 이사, 감사 등 최소한의 임원은 필수적으로 있어야 하고, 이들에게 지급한 경상경비에 해당하는 보수상당액은 그 금액이 과다하거나 부당행위계산 부인의 대상이 아닌 한 당해 법인의 손금으로 산입하는 것이 타당하며, 쟁점인건비가 가공인건비에 해당한다는 점에 대한 입증책임은 과세관청에 있음에도 처분청은 단편적이고 간접적인 증거만 제시하였을 뿐 입증책임을 다하지 못하였다.(나) A은 1996년 주식회사 B 설립 시기부터 현재까지 청구법인의 사내이사로 등기되어 있고, 등기이사로서 금융기관 대출 관련 이사회 결의를 비롯한 이사회의 의사결정에 지속 참여하는 등 실질적으로 이사로서의 직무를 수행하였으며, 청구법인은 A의 4대 보험료를 지속 납부하였다.(다) A은 청구법인의 물상보증인 및 연대보증인으로서 청구법인의 회생절차를 진행하는 과정에서 10년간 총 OOO원에 달하는 채무를 대위변제하였는데, 이는 A의 32년 간의 교직생활 동안 장만한 개인 소유 아파트를 매각하는 등의 막대한 희생을 통해 이루어진 것이고, 이러한 실질적 기여도를 고려할 때 쟁점인건비는 절대 과다한 수준이라고 볼 수 없다.(라) 조사청은 대위변제를 물상보증인으로서의 법적 의무 이행으로만 평가하였으나 A의 대위변제는 청구법인의 존속을 가능케한 경제적 기여이자 청구법인에 대한 실질적 투자에 해당하므로 이에 대한 보상으로서의 보수는 정당성이 인정된다.

(2) A은 청구법인의 경영 악화에 따른 사무직 인원 감축으로 2021년부터 청구법인에서 실제로 근무하였고, 2023년 하반기에 경리직원이 퇴사한 후에는 시설담당자 외의 사무직 사원이 전무한 상태가 되었으므로 A이 대표이사와 함께 도장 영업, 부동산 임대 및 시설 관리, 재무관리 업무 등 회사 업무 전반을 실제로 수행하였다.(가) 등기이사는 일반직원과 달리 출퇴근 기록을 남기지 않는 것이 일반적이고, 이사회 참여 등 의사결정이 주된 직무로서 일상적인 업무서류는 많지 않을 수 있으며, 청구법인은 회생절차를 거친 영세 중소기업으로서 당시 출퇴근기록을 엄격하게 관리할 여유도 없었다.(나) A은 주말 출근 등 비정기적으로 근무하였으므로 사무실 책상 등 고정좌석이 필요하지 아니하였고, 주식회사 D의 품질관리부장 E가 A이 실제로 근무하지 않는다고 한 것은 청구법인의 직원도 아닌 타 업체의 직원이 A의 주말 출근 등 사실관계를 잘 알지 못하고 즉흥적으로 잘못 답변한 것에 불과하다.(다) 만일 쟁점인건비를 전부 인정할 수 없다면, 중소기업 비상근 이사의 보수 수준이 연간 OOO원 정도이며 별도 출자비 등이 지급되는 것이 일반적인 점 등에 비추어 등기이사인 A에 대한 최소한의 보수로서 연 OOO원, 4년간 합계 OOO원은 인정되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) A은 청구법인에서 실제로 근무한 사실 없이 가공 급여를 수령하였고, 청구법인은 이러한 쟁점인건비를 손금 산입하였다.(가) 조사청 담당자가 2025.8.7. 청구법인에 대한 세무조사를 착수하면서 현장에 출장하여 A의 실제 근무여부를 확인하였으나, 청구법인의 사무실에는 A의 책상 등 근무공간이 마련되어 있지 않았고 사무실에 보관된 서류나 조사 당시 확보한 전산자료에서도 A의 근무 기록을 확인할 수 없었다.(나) 조사청 담당자의 사무실 방문 당시 청구법인과 주식회사 D이 같은 사무실을 사용하고 있었는데, 사무실에서 근무하고 있던 주식회사 D의 직원인 품질관리부장 E에게 청구법인에서 A이 근무하는지, 어떤 일을 하는지 등을 질의한바, ‘A은 사내이사로 등재만 되어 있을 뿐 실제로 근무하지 않습니다. 자세한 내용은 대표님이 오시면 직접 여쭤보십시오.’라고 답변하였다.

(2) 조사청은 조사과정에서 A의 근무사실을 확인할 증빙을 제출할 것을 청구법인에게 요구하였으나, 청구법인의 대표이사 C는 세무대리인의 입회 하에서 A의 근무사실 여부에 대하여 출퇴근기록부, 업무서류 등 근무사실을 입증할 객관적인 증빙서류가 없음을 확인하였고, 조사기간 중 또는 조사종결 이후에도 청구법인은 A의 실제 근무사실을 입증할 자료를 제출하지 않았다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 대표이사의 배우자이자 청구법인의 등기이사·주주인 A에게 실제 업무 수행과 관련 없이 쟁점인건비를 지급하였는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제19조【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.제27조【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

3. 인건비[내국법인{「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 및 같은 영 제6조의4 제1항에 따른 중견기업으로 한정한다. 이하 이 호에서 같다}이 발행주식총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 해외현지법인에 파견된 임원 또는 직원의 인건비(해당 내국법인이 지급한 인건비가 해당 내국법인 및 해외출자법인이 지급한 인건비 합계의 100분의 50 미만인 경우로 한정한다)를 포함한다]제43조【상여금 등의 손금불산입】

① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관·주주총회·사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기부등본에 따르면, 청구법인은 1996.1.11. 성립한 주식회사 B(구 주식회사 F)를 2016.12.2. 조직변경하여 설립되었고, 자본금은 OOO원, 목적사업은 기계·기계부품·제관·조선기자재 부품 등 제조업, 철강 도장업, 부동산임대업 등이며, 대표이사 C 및 이사 A(C의 배우자)은 설립 당시부터 임원으로 등기되어 있었던 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 과세전적부심사결정서(2025.10.24. 청구, 2025.11.26. 결정)에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 국세통합전산망 조회자료 및 청구법인의 장부에 따르면 청구법인은 2021∼2024사업연도에 아래 ＜표1＞과 같이 A에게 쟁점인건비를 지급하고 이를 손금에 산입하여 법인세를 신고하였다.

＜표1＞

쟁점인건비 지급내역

○○○

(나) 청구법인은 법원으로부터 2009.9.18. 회생계획 인가결정(창원지방법원 OOO), 2014.5.12. 회생절차 종결 결정 등을 받았고, A은 물상보증인으로서 법원의 허가를 득하여 본인 소유의 부산광역시 금정구 OOO를 경매를 통해 2013.9.16. 매각한 대금으로 청구법인의 회생채무 OOO원을 대위변제한 것으로 나타난다.(다) 조사청이 세무조사를 개시하면서 청구법인의 사무실을 방문하였을 당시 사무실 좌석배치도(아래 ＜표2＞ 참고)에 A의 좌석은 없었고, 주식회사 D의 품질관리부장 E는 A에 대하여 실제로 근무하지 않는 등기이사라고 진술한 것으로 나타난다.

＜표2＞

청구법인 사무실 좌석배치도

○○○

(라) 청구법인의 대표이사 C는 2020.9.1. 조사청에 ‘청구법인의 등기부상 임원으로 등재되어 있는 A에게 급여를 지급하고 법인세 신고 시 손금에 산입하였으나, A에 대한 출퇴근기록부, 업무서류 등 근무사실을 입증할 수 있는 객관적 증빙서류가 없음을 확인한다’는 내용의 확인서를 제출하였다.

(3) 청구법인은 A이 2010∼2020년에 청구법인의 채무 OOO원을 대위변제하고, 2013.9.16. A 소유의 아파트 매각대금으로 채무 OOO원을 대위변제하였으므로 총 대위변제액이 OOO원에 달한다고 주장하며, 회생채권 변제계획 총괄표를 아래 ＜표3＞과 같이 작성하여 제출하였다.

＜표3＞

청구법인의 회생채권 변제계획 총괄표(채무자 A)

○○○

(4) 청구법인은 A이 이사회의 의사결정에 지속적으로 참여해왔다고 주장하며, OOO의 OOO원 대출 관련 사원총회의사록(2025.11.17.자, 출석사원 총수 4명으로 기재되어 있으나 서명은 이사인 C 및 A만 하였음) 및 OOO의 OOO원 대출 관련 이사회 의사록(2025년 11월)을 제출하였다.

(5) 청구법인의 2021∼2024사업연도의 근로·사업소득지급명세서에 따르면, 청구법인에서 근무한 직원들의 세부내역은 아래 ＜표4＞와 같은바, 대표이사 C의 연간 급여는 OOO원이고, 2021.1.1.부터 2022.6.30.까지 근무한 G의 2021년 급여는 OOO원이며(비상근 임원은 A이 유일하다), 2024사업연도에는 C, A, H(위 ＜표2＞의 좌석배치도상 도장사업 담당 이사로서, 2023.6.1.부터 2024.11.30.까지 총 OOO원의 급여를 수령하였다) 외의 직원은 없었던 것으로 나타난다.

＜표4＞

2021∼2024사업연도의 청구법인 직원 현황

○○○

(6) 청구법인의 대표이사 C는 2026.7.14. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 청구법인은 영세한 중소기업으로서 경영 상황이 좋지 않고 직원들도 계속 그만두었기 때문에, 업무 공백이 발생하면 청구법인의 주주이자 이사인 A이 회사의 정상적인 운영을 위해 업무를 할 수밖에 없던 상황이었고, A은 다른 직원들이 없는 시간에 사장실에서 자료정리, 회계장부 관리 등을 하였으므로 출근부의 유무로 실제 근무가 없었다고 단정짓는 것은 부당하며, 퇴사자가 늘어나면서 A의 업무도 늘어나 월 급여를 OOO원에서 OOO원까지 점차 인상하게 되었다는 취지로 진술하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 사무실에 A의 근무공간이 마련되어 있지 않고 출근기록 등 실제 근무사실을 입증할 자료가 확인되지 아니하므로 쟁점인건비를 청구법인의 손비로 인정할 수 없다는 의견이나,「법인세법 시행령」 제19조 제3호에 따르면 법인의 인건비는 손비에 포함되고, 같은 영 제43조 제4항에 따르면 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 「법인세법」 제52조에 의한 부당행위계산 부인에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다고 규정한바, 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되는 것인 점,A은 청구법인의 설립 당시부터 이사로 등기되어 있었고, 청구법인은 중소기업으로서 2021∼2024사업연도의 직원 현황상 직원의 수 및 근로소득 지급금액이 대체적으로 지속 감소하였을 뿐 아니라 연내 중도 퇴사자도 많았던 것으로 나타나므로, 청구법인의 이사이자 주주인 A이 비상근임원으로서 실제로 법인의 업무를 수행할 수밖에 없었다는 청구주장이 불합리하다고 보기 어려운 점, 조사청의 세무조사(2025.8.7.∼2025.9.26.) 당시 확보한 사무실 좌석배치도에서도 대부분의 좌석이 비어있는 것으로 나타나는 점, A은 청구법인의 유일한 비상근 임원으로서 다른 비상근 임원의 급여수준은 확인되지 아니하나, 청구법인의 직원인 G, H 등의 급여 수준(연 OOO원 이상)과 비교할 때 연 OOO원 수준의 쟁점인건비가 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 금액을 초과하여 과다하다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점인건비를 가공인건비로 보아 손금불산입하여 청구법인에게 이 건

법인세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.