이주자택지분양권의 양도가 양도소득세 과세대상인지 여부(기각)

환지처분에 따라 기존의 공공사업에 제공된 주택의 양도대가와 별도로 받은 이주자택지분양권은 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하며, 1세대 1주택으로서 비과세대상이 되는 종전의 주택 및 부수토지로 볼 수 없어 양도소득세 과세대상임

1. 처분개요

가. 청구인은 2003.3.15. 경기도 OOO OOO OOO OOO O OOO를 OOOOOO에 협의이전(양도)하면서 같은 리 104 소재 주택에 대하여는 양도소득세 비과세대상, 농지에 대하여는 8년 이상 자경농지로 양도소득세 감면신청을 하고, 같은 리 105-13(이하 “쟁점토지”라 한다)는 양도소득세 과세대상으로 하여 2003.6.30. 2003년 귀속 양도소득세 2,016,790원예정신고하고, 같은 해 7.10. 이를 납부하였으며, 청구인이 2005.12.8. OOOOOO로부터 취득한 이주자택지분양권(이하 “쟁점분양권”이라 한다)을 계약보증금 10,790,000원을 납부한 상태에서 서OO에게 127,500,000원에 양도하고 2006.2.20. 2005년 귀속 양도소득세 51,394,500원을 예정신고하고, 같은 해 2.27. 26,394,500원, 같은 해 4.10. 25,000,000원을 납부하였다가, 2008.9.5. 쟁점토지를 축사로 사용한 바, 이는 주택의 부수토지이며, 쟁점분양권은 생활근거지를 수용당하고 이를 대신하여 받은 환지로서 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존 주택의 부수토지에 해당하므로 쟁점토지 및 쟁점분양권 양도는 1세대1주택 양도소득세 비과세대상 이라는 이유로 기 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였 다.

나. 처분청은 쟁점토지는 청구인의 동생이 창고용지로 사용한 사실이 확인되어 주택부수토지가 아니므로 양도소득세 과세대상일 뿐만 아니라, 이는 2003년 귀속 양도분으로 「국세기본법」제45조의2 에서 규정하는 경정청구기한(3년)이 지나 같은 법 제55조에서 규정하는 심판청구대상이 아니며, 쟁점분양권은「공공용지의 취득 및 손실보상 등에 관한 특례법」등이 정하는 바에 따라 수립·시행한 이주대책에 의하여 OOOOOO에 협의이전된 주택 등의 대가와는 별도로 취득한 것으로서 「소득세법」제94조 제1항 제2호의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당되어 양도소득세 과세대상이라는 이유로 2008.11.10. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점①·

② 관련 청구인은 쟁점토지를 축사로 사용하였으므로 이는 주택의 부수토지에 해당되어 양도소득세 비과세대상이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.

(2) 쟁점

③ 관련 쟁점분양권은 헌법 제23조 에서 규정하는 국민의 재산권 보장에 따른 주거안정과 인간적인 삶을 보장하기 위한 생활보상차원에서 OOOOOO에서 분양하고 1회에 한하여 명의변경이 허용되는 이주자택지분양권으로 「소득세법」제88조 제2항에서 규정하는 환지에 해당하며, 이를 주택의 양도일부터 2년 이내에 양도한 바, 이는 「소득세법 시행령」제154조 제1항 제2호에 규정된 사업인정고시일 전에 취득한 1세대1주택이 협의매수되는 경우 그 양도일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지에 해당하여 1세대1주택 양도소득세 비과세대상이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점①·

② 관련 쟁점토지는 협의이전(양도) 당시 청구인의 동생이 자신이 운영한 OOOO의 사업장인 창고로 사용하였으며, 주택 및 그 부수토지인 경기도 OOO OOO OOO OOO O OOOOO과 동떨어져 있는 바, 주택부수토지로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 2003년 귀속 양도분으로서 청구인이 경정청구기한(3년)을 도과하여 경정청구를 하였으므로「국세기본법」에서 규정하는 심판청구대상이 아니다.

(2) 쟁점

③ 관련 환지처분이라 함은 사업시행자가 사업완료 후에 사업구역내의 토지소유자에게 종전의 토지 대신에 그 구역 내의 다른 토지로 바꾸어 주고, 그 비용을 체비지로 충당하는 것을 말하는 것으로서, 사업시행자가 토지소유자에게 보상금을 지급하고 소유권을 이전하여 사업을 시행하는 수용과는 구분되는 것인 바, 공공사업의 시행으로 소유 부동산이 수용됨에 따라 보상금을 수령하고 당해 보상금과는 별도로 사업시행자로부터 공급받은 이주자택지에 대한 모든 권리, 즉 쟁점분양권을 제3자에게 양도하는 경우에는 「소득세법」제94조 제1항 제2호의 규정에 의한 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도’에 해당하여 이를 1세대1주택으로서 양도소득세가 비과세되는 종전의 주택 및 그 부수토지로 볼 수 없는 것이므로 청구주장은 이유가 없다(OOO OOOOOOOO OO, OOOOOOOOO O O).

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구인의 2003년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구가「국세기본법」상 경정청구기간을 도과한 것인지 여부

② 쟁점토지가 주택부수토지로서 1세대1주택 양도소득세 비과세대상인지 여부

③ 이주자택지분양권의 양도가 1세대1주택 양도소득세 비과세대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2008.12.26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것) 제45조의2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년 (각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 제55조【불복】

① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

(2) 소득세법(2006.3.3. 법률 제7873호로 개정되기 전의 것) 제88조【양도의 정의】

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것 을 말한다. 이 경우 부담부증여( 상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

② 도시개발법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다. 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득 에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택 ( 가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택 을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율 을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(괄호 생략) 제110조【양도소득과세표준 확정신고】

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지( 제105조 제1항 제1호 단서 의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바 에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

(2) 소득세법 시행령(2006.4.28. 대통령령 제19463호로 개정되기 전의 것) 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다 )의 전부 또는 일부가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①과 관련하여, 쟁점토지가 주택부수토지로서 양도소득세 1세대1주택 비과세대상인지 여부에 대한 심리에 앞서, 이와 관련한 이 건 심판청구가 적법한 것인지 여부에 대하여 본다. (가) 우선, 처분청은 청구인의 경정청구가 경정청구기간(3년)을 도과하여 심판청구대상이 아니라는 의견인 반면, 청구인은 이에 대하여 적극적으로 다투지 아니한다. (나) 청구인이 2003.5.15. 쟁점토지 등을 OOOOOO에 협의이전한 것에 대하여 2003.6.30. 쟁점토지에 대한 양도소득세를 예정신고하고 2003.7.10. 이를 납부한 사실에 대하여는 청구인과 처분청이 이를 다투지 아니하며, 청구인이 2008.9.5. 국세청장에게 쟁점토지가 주택부수토지라는 이유로 기 납부한 양도소득세 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청이 2008.10.6. 거부회신한 사실이 ‘경정청구에 대한 회신’ 공문서(OOO, OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO) 및 청구인이 2008.11.7. 국세청장에게 접수한 ‘부당과세납부 양도소득세 환급 경정청구(2008. 10. 31.)’에 의하여 확인되며, 한편, 청구인은 위 2008.10.31.자 경정청구서에서 2006.12.1.부터 환급신청을 하였다고 주장하였으나, 청구인이 제출한 고충처리결과통지서 2부(2006.12.14., 2007.1.16.)에는 청구인이 2006.12.4. 및 2007.1.12. 쟁점분양권과 관련하여 양도소득세 환급을 청구하였을 뿐, 쟁점토지에 대하여는 고충 또는 경정청구를 한 사실이 없는 것으로 확인된다.

(다) 「소득세법」제110조 에 의하면, 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 신고하도록 규정하고 있는 바, 청구인의 이 건 쟁점토지에 대한 2003년 귀속 양도소득세과세표준 확정신고기한은 2004.5.31.이며, 「국세기본법」제45조의2 에 의하면, 과세표준신고서를 제출한 자는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 관할세무서장에게 경정 등을 청구할 수 있는 바, 청구인의 쟁점토지 관련 경정청구기한은 2007.5.31.임에도 불구하고, 청구인이 2008.9.5. 국세청장에게 한 쟁점토지 관련 경정청구는「국세기본법」에서 정하는 경정청구기한을 도과한 것으로 확인되어 정당한 경정청구로 보기 어렵고 청구인의 2008.9.5.자 경정청구에 대한 처분청의 2008.10.6.자 거부처분(회신)은 민원회신에 불과하여 이를 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다 할 것이므로, 이를 각하하는 것이 타당하다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO O).

(2) 쟁점②와 관련하여서는 위 쟁점①에서 심리한 바와 같이, 쟁점토지와 관련한 처분청의 경정청구 거부처분은 심판청구의 대상이 아니어서 쟁점토지가 주택부수토지로서 양도소득세 1세대1주택 비과세대상인지 여부에 대한 심리는 그 심리의 실익이 없다 할 것인 바, 쟁점토지 등에 대한 보상과 관련하여 OOOOOO의 지장물건조사서(2002년)를 살펴보더라도, 쟁점토지가 OOOO의 창고 즉, 사업장으로 사용된 사실이 확인되고, 쟁점토지 등에 대한 지적도에 의하면, 쟁점토지는 주택 및 그 부수토지와는 떨어져 있는 토지로 나타날 뿐만 아니라, 쟁점토지 등의 건축물 대장에 의하면, 쟁점토지 소재지 OOO OOO의 용도는 단독주택(94.17㎡)과 축사(55.2㎡)이며, OOOOOO의 보상토지내역에는 OOO OOOO OO OOOOO OO O OOOOOO(OOOO)O OO OOOO에 대하여 각각 보상한 것으로 나타나는 반면, 청구인은 쟁점토지(OOOO, O OOO OOOOOO) O OOOOO를 축사로 사용하였으며, 이는 경기도 OOO OOO OOO OOO의 건축물 대장에 등재하였다고 주장하면서도 쟁점토지가 주택부수토지라는 청구주장을 입증할 만한 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있어, 쟁점토지가 주택부수토지로서 양도소득세 비과세대상이라는 청구주장을 받아들이기 어려워 보인다.

(3) 쟁점③과 관련하여, 청구인은 쟁점분양권이 주거안정과 인간적인 삶을 보장하기 위한 생활보상차원에서 OOOOOO에서 분양하고 1회에 한하여 명의변경이 허용되는 이주자 택지분양권으로서 「소득세법」제88조 제2항에서 규정하는 환지에 해당하여, 이는 「소득세법 시행령」제154조 제1항 제2호에 규정된 사업인정고시일 전에 취득한 1세대1주택이 협의매수되는 경우 그 양도일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지로서 1세대1주택 양도소득세 비과세대상이라고 주장하는 바, 이에 대하여 본다. (가) OOOOOO의 토지수용확인원(2003.5.15.)에 의하면, OOOOOO는 OOOOOO 택지개발사업에 편입된 청구인의 쟁점토지를 비롯하여 청구인 소유 토지 7필지를 사업인정 고시일(2002.2.7.) 이후인 2003.5.15. 보상액 464,450,500원에 수용하기로 청구인과 계약을 체결한 것으로 확인되며, 처분청은 쟁점토지 등에 대한 보상토지내역에는 각 7필지에 대하여 보상금액이 구분기재된 바, 처분청은 청구인이 쟁점분양권을 기존의 주택에 대신하여 환지처분받은 것이 아니고, 청구인이 각 필지에 대하여 모두 보상을 받았고, 쟁점분양권은 이와는 별도로 취득한 것이므로 「소득세법」제94조 에서 규정하는 “부동산을 취득할 수 있는 권리”로서 양도소득세 과세대상이라는 의견이다. (나) 쟁점분양권 양도와 관련하여 청구인과 양수자 서OO는 권리의무승계 계약서(2005.12.30.)를 작성하여, 갑(OOOOOO)과 을(청구인)간에 2005.12.8.자로 체결된 쟁점분양권에 대한 용지매매계약서상의 일체의 권리의무를 서OO가 그대로 승계하기로 하였으며, 이 승계계약서에는 이주자택지의 명의변경은 1회에 한하여 인정되며, 전득자의 경우 소유권이전등기시까지 명의변경이 허용되지 아니한다고 되어 있다.

(다) 위 갑과 을이 체결한 용지매매계약서(2005.12.8.)의 내용은 아래 <표>와 같으며, 청구인은 2005.12.8. 계약보증금 10,790,000(취득가액)원만을 납부한 것으로 되어 있고, 특약사항에는 아래 가지번의 목적용지에 대한 명의변경은 1회에 한하여 가능한 것으로 되어 있다. (라) 대법원 판례(OOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO)에 의하면, 공공사업 시행자에게 주택을 매도하고 이주대책의 일환으로 부여받은 이주자택지분양권이 1세대 1주택인 종전의 주택 및 그 부속토지에 포함되는지 여부에 대하여 “택지개발지구 용지조성사업 시행자에게 주택 및 그 대지권을 매도하고 부여받은 이주자택지분양권은「공공용지의취득 및 손실보상 등에 관한 특례법」등이 정하는 바에 따라 수립·시행한 이주대책에 의하여 그 주택 등의 대가와는 별도로 제공되는 것으로서 구「소득세법」(1990.12.31. 법률 제4281호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항 제2호, 같은 법 시행령(1990.12.31. 대통령령 제13194호로 개정 되기 전의 것) 제44조 제4항 제2호 소정의 '부동산을 취득할 수 있는 권리'에 지나지 아니하고, 이를 1세대 1주택으로서 양도소득세 비과세대상이 되는 종전의 주택 및 이에 부수하는 토지로 볼 수 없다”고 판시하고 있다 (OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O).

(마) 살피건대, 쟁점분양권 즉 이주자택지분양권은 환지처분에 따라 기존의 공공사업에 제공된 주택 등에 대한 양도대가와는 별도로 소득세법령상 “부동산을 취득할 수 있는 권리”에 해당하므로 양도소득세 과세대상이 되는 것이며, 청구인 또한 2003.5.15. OOOOOO로부터 쟁점토지 등에 대하여 각 필지별로 보상을 받은 사실이 확인되고, 이후인 2005.12.8. OOOOOO로부터 이주자 대책의 일환으로 이주자택지를 분양받았다가 이에 대하여 계약보증금 1회만을 납부한 채 이에 대한 소유권 취득의 권리 즉, 쟁점분양권을 다시 2005.12.30. 서OO에게 양도한 사실이 확인되는 바, 처분청이 쟁점분양권의 양도를 「소득세법」제94조 에서 규정하는 “부동산을 취득할 수 있는 권리”로서 양도소득세 과세대상이라는 이유로 청구인의 경정청구를 거부한 처분(회신)은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 청구인은 이 건 심판청구서 및 2009.3.26. 조세심판관회의에 출 석하여 행한 의견진술에서, 상속받은 쟁점토지 등의 소재지가 1997.2. 27. 택지계발예정지구 지정되어 7년 여 동안 재산권 행사에 제한을 받다가 OOOOOO에 쟁점토지 등을 협의이전함에 있어서 OOOOOO로부터「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 보상을 받았으나, 이는 OOOOOO가「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법」을 적용하지 아니하여 터무니없이 낮은 보상가액이 산정된 것이므로 부당하다고 주장하나, 이 부분은 「국세기본법」제55조 에서 규정하는 바, 청구인이「국세기본법」또는 관련 세법에 의한 처분을 받은 것으로 볼 수 없어 심판청구의 대상이 아닌 것으로 판단된다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점토지와 관련하여 청구인이 2008.9.5. 한 2003년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 각하하는 것이 타당하고, 이 외에 쟁점분양권과 관련하여 청구인이 같은 날 한 2005년 귀속 양도소득세 경정청구에 대하여 처분청이 한 거부처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.