쟁점금액이 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부

처분청이 청구법인을 현장확인한 결과 연구소가 있는 1층에 1명의 사무원 외에 직원이 근무하지 않고, 연구시설 및 연구 관련 자료ㆍ서류 등이 없으며, 연구원으로 등재된 직원들은 모두 2층 사무실 설계팀에서 근무하고 있고, 연구전담요원인

○○○

부장은 연구실적이 없어 보고서 등 연구 관련 증빙 서류가 존재하지 않는다고 진술한 점, 청구법인은 한국산업기술진흥협회로부터 기술연구소가 취소된 이력이 있는 점 등에 비추어 쟁점금액에 대하여 연구개발비 세액공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가.청구법인은 2002.1.5. OOO에 설립되어 공업용 필터, 스크린 및 여과기 등의 제조업을 영위하는 법인으로서, 2013사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제(이하 “연구·인력개발비 세액공제”라 한다)로 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 신청하였다.

나.처분청은 법인감면 사후관리 과정에서 청구법인을 현장방문한 결과, 청구법인이 연구개발한 사실이 확인되지 않고, 연구원들이 연구개발에 전담하지 않은 것으로 확인되었다 하여 청구법인이 신고한 쟁점금액에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 부인하고 2015.4.9. 청구법인에게 2013사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2015.5.6. 이의신청을 거쳐 2015.8.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 기술연구소가 OOO로부터 취소된 이유는 연구실적이 없어서가 아니라 연구개발 전담부서를 연구소로 격상하기 위해서는 OOO규정에 따라 기존의 연구개발 전담부서를 취소하고 새로이 연구소를 설립하여야 하기 때문인바, 이를 근거로 연구실적이 없다고 볼 수 없고, OOO 신청서(2013.5.21.) 및 OOO인정서(2013.6.5)를 통해 이러한 청구주장이 사실로 확인된다.처분청은 청구법인의연구실적 및 연구개발 활동보고서 등 연구 관련 증빙자료 등을 제출한 사실이 없다는 의견이나, 통상 벤처확인기업의 경우 연구전담요원 2명으로 연구소 설립이 가능하고, 연구실적은 특허출원서, 연구활동조사 보고서, 설계도면, 연구원회의록 등에 의해 확인되며, OOO승인하는 OOO엄격한 요건과 까다로운 심사를 통과하여야만 가능한바, 이를 거쳐 설립된 청구법인의 연구소를 연구·인력개발비 세액공제 대상으로 봄이 타당하다.처분청은 연구전담원 및 연구보조원으로 등재된 직원들의 실제 근무부서가 설계팀이라는 의견이나, 처분청 소속 세무공무원이 청구법인을 현장조사한 시점이 11월인바, 청구법인은 에너지절약차원에서 1층 연구소 직원들을 2층에서 근무하도록 하였고, 조직도에 OOO(소장은 대표이사 OOO연구전담요원 OOO외 1명, 연구보조원 OOO외 2명)가 확인되는 등 연구소의 실체가 확인됨에도, 청구법인의 독자적인 연구개발활동을 부인하는 것은 청구법인의 제품 생산 과정을 인지하지 못한 처분청의 착오에 불과하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 OOO에 연구실적 자료, 연구개발 보고서 및 연구 관련 증빙서류 등을 제출한 사실이 없어 2013.4.15. 기술연구소가 취소된 이력이 있고, 기술연구소 명판이 부착되어 있는 1층 건물에서 연구활동을 하였다는 사실을 입증할 객관적 자료가 없으며, 연구시설이 없고, 연구원(연구전담요원, 연구보조원)으로 등재된 직원들의 실제 근무부서를 확인하기 위해 내선 전화번호를 확보하여 해당 직원들과 통화한 결과, 실제 근무부서가 설계팀임이 확인되었고, 연구전담요원이라는 OOO부장이 2013년에는 연구실적이 없어 보고서 등 연구 관련 증빙서류가 존재하지 않는다고 진술하는 등 청구법인에 연구원으로 등재된 직원들이 연구개발에 종사하지 않거나 연구개발에 전담하지 않은 것으로 나타나므로, 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액이「조세특례제한법」제10조에 따른 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인이 제출한 자료에 대하여 살펴본다. (가)OOO발급한 벤처기업확인서에 따르면, OOO2013.4.22. 청구법인을「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」제25조에 따라 벤처기업임(유효기간 2013.3.11.～2015.3.10.)을 확인하고 있다. (나)청구법인의 OOO신고서에 따르면, 청구법인은 2013.5.21. OOO신고하였고, 첨부된 연구개발 인력 및 연구시설 현황에서 연구소장은 대표이사 OOO, 연구전담요원은 OOO연구보조원은 OOO및 OOO로, 연구시설은 오토캐드(Autocad) 1대, 노트북 1대 및 컴퓨터 1대로 나타난다. (다)OOO발급한 OOO인정서에 따르면, OOO2013.6.5. 청구법인의 OOO를「기초연구진흥 및 기술개발진흥에 관한 법률」제14조, 같은 법 시행령 제16조 및 제27조 제1항에 따라 OOO로 인정(유효기한 2015.3.10.)한 것으로 나타난다. (라)연구전담요원 OOO작성한 2013년도 연구진행개요보고서(회의일 2013.7.26., 2013.8.8., 2013.10.17., 2013.12.19.) 사본의 주요내용은 다음 <표1>와 같고, 동 서류에 따른 2013년 연구기간은 52일로 나타난다.

(마)그 밖에 청구법인은 청구법인의 조직도, 연구전담요원 OOO가 작성한 2013사업연도분 연구개발활동조사표 사본, OOO작성한 2014·2015년도 연구진행개요보고서(회의일 2014.1.24., 2014.2.14., 2014.6.20., 2014.8.21., 2014.10.17., 2015.1.16.) 사본 및 이에 첨부된 회의자료, OOO소장 변리사 OOO이 청구법인에게 송부한 OOO에 대한 특허출원 완료 보고’ 문서(2014.1.25.) 및 이에 첨부된 특허출원서(2014.1.24.)·특허청장의 출원번호통지서(2014.1.24.), 연구보조원 OOO작성한 OOO사무실 전화 공사 및 기타 라인작업’ 문서(공사가격 OOO기안일 2012.12.9., 시행일 2014.12.9.) 및 이에 첨부된 작업지시서·업체 견적서 등을 제출하였다.

(2)처분청 소속 세무공무원이 작성한 법인감면 사후관리 현장확인 보고서(2014년 12월)의 주요내용은 다음 <표2>와 같다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청 소속 세무공무원이 청구법인에 출장하여 현장확인한 결과, OOO명판이 부착되어 있는 건물 1층에는 1명의 사무원 외에 직원이 근무하지 않고, 연구시설 및 연구 관련 자료·서류·문구·비품 등이 없으며, 연구원으로 등재된 직원들은 모두 2층 사무실의 설계팀에서 근무하고 있는 것으로 확인되고, 연구전담요원으로 등재된 OOO부장은 2013년에는 연구실적이 없어 보고서 등 연구 관련 증빙서류가 존재하지 않는다고 진술한 점, 설령, OOO작성한 2013년도 연구진행개요보고서를 인정하여 2013년에 연구활동이 있었던 것으로 본다 하더라도, 2013년 중 실제 연구기간은 52일에 불과한 점, 청구법인은 2013.4.15. OOO가 취소된 이력이 있는 점 등에 비추어 쟁점금액에 대해 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령(1)조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입]

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제]

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액1) 중소기업인 경우 : 100분의 252) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 15나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지 : 100분의 103) 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우 : 100분의

84) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 4를 한도로 한다)100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1(2)조세특례제한법 시행령(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등]

① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체,「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

② 제1항의 연구개발에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 (제8조 제1항 관련)

구분

비용

1. 연구 개발

가. 자체연구개발

1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.

가) 「소득세법」제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액

나) 「소득세법」제29조 및 「법인세법」제33조 에 따른 퇴직급여충당금

다) 「법인세법 시행령」제20조 제1항 각 호에 따른 성과급 등

2) 전담부서등에서 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

3) 전담부서등에서 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조 제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

별표 6(3)조세특례제한법 시행규칙(2014.3.14. 기획재정부령 제406호로 개정되기 전의 것)제7조[연구 및 인력개발비의 범위]

① 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말한다.1.「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조 제1항 및 제2항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

2. 당해 법인의 주주로서「법인세법 시행령」제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와「소득세법 시행령」제98조제1항 또는「법인세법 시행령」제87조제1항에 따른 특수관계인. 이 경우「법인세법 시행령」제87조제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.