공급가액 조정으로 수정세금계산서를 발행할 수 있는지 여부(취소)

정상가격전에 잠정적으로 정한 가격과의 차액정산은 재화의 공급과 대가관계가 있는 것으로서 부가가치세의 수정세금계산서 발행대상이 되는 과세거래라 할 것이며, 그 차액을 손금산입함

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO(네덜란드 법인으로 이하 “OOO”라 한다)의 국내 지점인 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 담배를 공급받아 국내 소매상에게 판매하는 담배도매업을 영위하는 내국법인으로, 「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”이라 한다)상의 거래순이익률법을 원용한 방법으로 OOO로부터 공급받은 담배(이하 “쟁점상품”이라 하고, 동 거래를 이하 “쟁점거래”라 한다)의 매입가액을 산정하여 2001사업연도 법인세 신고시 OOO 관련 영업이익을 4,304,252,413원으로 하였다.

나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, OOO가 국조법상 국외특수관계자에 해당하고 쟁점거래가 국제거래이며 청구법인이 산정한 담배 매입가격이 정상가격을 초과한다는 내용의 통보를 처분청에 하였고, 이에 처분청은 국조법 시행령 제4조 제1호 또는 제3호에 따라 청구법인의 2001사업연도 쟁점상품 관련 영업이익을 10,458,962,962원으로 산정하고 그 차액인 6,154,710,549원을 익금에 산입하여, 2007.3.22. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 3,459,239,220원을 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2007.6.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 정상가격에 의한 과세조정 대상 가능성 관련 주장 국조법은 규정별로 ‘외국법인’과 ‘외국법인의 국내사업장’을 엄격히 구분하여 적용하고 있어 양자를 동일하게 해석할 수 없는데, 구 국조법(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제9호는 국외특수관계자에 외국법인의 국내사업장을 포함하여 규정하지 아니한 점, 기획재정부 예규(OOO, 2008.5.15.)에 의하면 내국법인과 외국법인의 국내사업장간의 거래에 대한 국조법 제4조 에 따른 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정은 개정 국조법(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정된 것) 시행일(2006.5.24.) 이후부터 가능하다고 볼 수 있는 점 등을 종합하면, 처분청이 개정 국조법 시행이전에 이루어진 쟁점거래를 정상가격에 의한 과세조정 대상으로 봄은 위법하다.

(2) 정상가격 산정의 적정성 관련 주장 (가) 청구법인이 산정한 거래순이익률법에 대한 주장 설령 쟁점거래를 정상가격에 의한 과세조정 대상으로 볼지라도 청구법인이 적용한 거래순이익률법이 명백하게 잘못되지 아니한 이상 이익분할법이나 이보다 적용순위가 낮은 기타 합리적인 방법으로 과세처분을 할 수 없는데, 청구법인은 한국표준산업분류에 속하는 외부감사대상 회사에 해당하는 비교가능회사들이 과거연도에 달성한 수익률의 사분위범위 중 중위값을 목표이익으로 하여 거래순이익률을 산정하였고, 청구법인의 직전연도 거래가격도 비교가능회사들이 직전연도에 달성한 정상가격 범위에 속하며, 처분청의 주장과는 달리 거래순이익률법은 정상가격 산정시 자주 쓰이는 방법으로 오히려 처분청이 적용한 이익분할법이 이익률 산정의 어려움으로 거의 사용되지 아니한다 할 것이므로 청구법인이 거래순이익률법으로 산정한 이 건 정상가격은 적법하다. (나) 처분청이 산정한 이익분할법에 대한 주장 처분청이 적용한 이익분할법과 관련하여 국조법 시행령 제4조 제1호는 ‘유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래시 일반적으로 행하여지는 공헌도에 의하여’ 상대적 공헌도를 측정하여야 한다고 규정하고 있음에도, 처분청은 자의적이고 비합리적인 기준으로 수집한 자료에 근거하여 청구법인(60%)과 OOO(40%)의 공헌도를 산정하였던바, 이러한 공헌도를 기준으로 정상가격을 산정한 이 건 과세처분은 위법하다.

(3) 대응조정에 대한 주장 국조법에 의하여 정상가격산출방법을 적용하여 청구법인의 이전가격소득을 증액경정하는 것이라면, OOO에 대하여 대응조정을 인정하여야 한다.

(4) 부당행위계산부인에 의한 과세가능성에 대한 주장 청구법인과 OOO는 서로 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 경영에 영향을 미치지 아니하므로 부당행위계산부인 규정의 적용대상인 특수관계자에 해당하지 아니하고 처분청은 이를 입증하지도 아니하였다. 설령 특수관계자에 해당한다고 보더라도 처분청이 시가로 제시한 가격 중 이익분할법으로 산정한 가격은 (2)-(나)에서 주장한 바와 같이 국조법상 기준에도 부합하지 아니할 뿐 아니라 이를 시가로 봄은 조세법률주의에도 반한다. 처분청은 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)의 대리점에 대한 OOO 담배 공급가액을 조정하여 그 평균값을 시가로 제시하나, OOO 담배는 품목별(OOO 브랜드는 레드, 미디움, 라이트, 라이트 멘솔 등 여러 종류가 있음).대리점별.시기별로 그 공급가액이 달라서 계산한 근거도 불분명한 점, OOO은 제조 및 도매를 한꺼번에 수행하는 회사인 반면 청구법인은 제2차 도매기능을 수행하는 회사이므로 유통단계가 다른 OOO의 거래가액을 쟁점거래의 시가로 봄은 부당한 점 등을 고려하였을때, OOO의 OOO 담배 공급가액을 평균한 값으로 시가를 산정함은 부당하다.

(5) 수정세금계산서 발행분 공급가액 손금부인 가능성 관련 주장 쟁점상품의 가격결정은 납세자가 자유로이 선택할 권리가 있다 할 것인데, 청구법인이 2001사업연도 중 쟁점상품을 OOO로부터 잠정가격으로 매입하였다가 기말에 공급가액조정으로 확정가격을 산정하여 차액으로 지급하면서 발행한 수정세금계산서의 공급가액 상당은 소득조정금액이 아니라 쟁점상품의 매출원가로서 청구법인의 업무관련성 있는 손비이므로, 쟁점거래를 국내거래로 보더라도 손금으로 인정될 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 정상가격에 의한 과세조정 대상 가능성 관련 의견 국조법 제2조 제1항 제1호에 의하면 “국제거래”란 거래당사자를 기준으로 하는 것으로 쟁점거래의 일방당사자인 OOO가 외국법인인 이상 설령 외국법인 국내지점 명의로 과세처분을 하였다 하더라도 과세당사자는 외국법인이 되는 것이므로 쟁점거래는 국제거래에 해당한다. 구 국조법(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제9호는 외국법인의 국내사업장을 국외특수관계자로 규정하지 아니하였고 개정 국조법(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정된 것) 제2조 제1항 제9호에 이르러 외국법인의 국내사업장을 국외특수관계자로 규정하였다 하더라도, 같은 법 시행령 제2조 제1항 3호가 계속하여 외국법인의 범위내에 외국법인의 국내사업장을 포함하여 규정하고 있었던 점에 비추어 보았을 때 위 개정입법은 확인적으로 이루어진 것이라 할 것이므로 OOO는 국외특수관계자에 해당한다.

(2) 정상가격 산정의 적정성 관련 의견 (가) 청구법인이 산정한 거래순이익률법에 대한 의견 청구법인이 거래순이익률법을 적용하기 위하여 선정한 비교대상기업은 역할.유통단계.거래규모.영업조직.수익력이 청구법인과 같지 아니하고, 과거의 영업이익률을 청구법인의 당해 사업연도의 영업이익률과 비교함은 불합리하며, 정상가격범위를 벗어나지 아니한 거래에 대하여도 중위값을 적용하여 소득조정함은 부당하다. (나) 처분청이 산정한 이익분할법에 대한 의견 처분청은 OOO지방국세청의 과세쟁점자문위원회, 이전가격심의위원회, 국세청의 이전가격심의위원회의 심의를 거쳐 청구법인에게 60%, OOO에게 40%의 공헌도를 배분하였고, 청구법인이 OOO에게 지급한 로얄티배분금액과 청구법인에 대한 배부이익의 비율(청구법인 : 67.7%, OOO : 37.3%), 2001～2004년 중 총영업비용에 대한 공헌도(청구법인 : 56.4%, OOO : 43.6%)에 비추어 보았을 때, 위와 같은 공헌도 배분은 타당하다.

(3) 대응조정에 대한 의견 과세조정에 대응하는 조정은 체약상대국의 과세관청이 하는 것으로 처분청이 OOO의 소득을 조정해야 하는 법적근거가 없으며, 이론상 대응조정할 필요가 있다 할지라도 상호합의 절차가 종결된 후에나 대응조정여부를 판단하는 것이므로 청구법인의 주장은 부당하다.

(4) 부당행위계산부인에 의한 과세가능성에 대한 의견 청구법인과 OOO의 대표자가 동일한 점 등에 비추어 보았을 때 임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 서로 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하므로 청구법인과 OOO는 「법인세법」제87조 제1항 제1호에 의한 특수관계자에 해당하고, 처분청이 (2)-(나)에서 이익분할법으로 산정한 정상가격 또는 경쟁업체인 OOO이 특수관계가 없는 4개 도매법인에게 OOO 담배를 공급한 거래가격을 유통단계 조정한 가액을 시가로 볼 수 있다.

(5) 수정세금계산서 발행분 공급가액의 손금부인 가능성에 대한 의견 쟁점거래를 국제거래로 보지 아니하는 경우 청구법인이 수정세금계산서를 수취하면서 이전가격조정 명목으로 OOO로 소득이전하고 손비처리한 수정세금계산서의 공급가액 상당은 업무무관비용이므로 손금불산입하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 청구법인(내국법인)과 외국법인의 국내 지점인 OOO사이의 쟁점거래에 대하여 국조법 제4조 의 정상가격에 의한 과세조정을 할 수 있는지 여부

② 정상가격에 의한 과세조정 대상으로 보는 경우 ㉮ 청구법인이 적법하게 거래순이익률법( 국조법 시행령 제4조 제2호)을 적용하여 정상가격을 산정하였다고 볼 수 있는지 여부 ㉯ 처분청이 산정한 정상가격이 이익분할법( 국조법 시행령 제4조 1호)을 적법하게 적용하였거나, 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적(같은 조 제3호)이라고 볼 수 있는지 여부 ㉰ OOO에 대한 대응조정이 인정될 수 있는지 여부

③ 정상가격에 의한 과세조정 대상으로 보지 아니하는 경우 「법인세법」상 규정에 의한 과세유지 가능성 ㉮ 조세심판에 있어 처분사유의 추가.변경의 범위 ㉯「법인세법」상 부당행위계산부인 규정에 의한 과세가능성 ㉰ 수정세금계산서 발행분 공급가액의 손금부인 가능성

나. 관련법령

(1) 국제조세조정에 관한 법률(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “국제거래”라 함은 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래로서 유형자산 또는 무형자산의 매매ㆍ임대차, 용역의 제공, 금전의 대부ㆍ차용 기타 거래자의 손익 및 자산에 관련된 모든 거래를 말한다.

8. “특수관계”라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 관계를 말하며 그 세부기준은 대통령령으로 정한다.

다. 거래당사자의 일방이 타방의 사업방침을 실질적으로 결정할 수 있는 관계 라. 자본의 출자관계, 재화·용역의 거래관계, 자금의 대여 등에 의하여 거래당사자 사이에 공통의 이해관계가 있는 것으로 인정되는 관계

9. “국외특수관계자”라 함은 거주자·내국법인 또는 국내사업장과 특수관계에 있는 비거주자·외국법인 또는 이들의 국외사업장을 말한다. ＜비교＞

9. “국외특수관계자”라 함은 거주자·내국법인 또는 국내사업장과 특수관계에 있는 비거주자·외국법인(국내사업장을 포함한다) 또는 이들의 국외사업장을 말한다.(2006.5.24. 개정)

ㅇ 부칙(2006.5.24. 법률 제7956호) 제2조 【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행일이 속하는 과세연도부터 적용한다. 제3조【다른 법률과의 관계】

① 이 법은 국세 및 지방세에 관하여 정하고 있는 다른 법률에 우선하여 적용한다.

② 국제거래에 대하여는 「소득세법」제41조 및 「법인세법」제52조 의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 자산의 증여 등에 대하여는 그러하지 아니하다. 제4조【정상가격에 의한 과세조정】

① 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다.

② 제1항의 규정은 납세자가 제2조 제1항 제8호 다목 및 라목의 규정에 의한 특수관계에 해당하지 아니한다는 명백한 사유의 제시가 있는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 제5조【정상가격의 산출방법】

① 정상가격은 다음 각호의 방법 중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다.

1. 비교가능 제3자 가격방법 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

2. 재판매가격방법 거주자와 국외특수관계자가 자산을 거래한 후 거래 일방인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 동 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 차감하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법

3. 원가가산방법 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산의 판매자나 용역의 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 가산하여 산출한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4. 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법

② 제1항의 규정에 의한 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다. 제10조【소득금액계산의 특례】

① 체약상대국이 거주자와 국외특수관계자의 거래가격을 정상가격으로 조정하고, 이에 대한 상호합의절차가 종결된 경우에는 과세당국은 그 합의에 따라 거주자의 각 과세연도 소득금액 및 결정세액을 조정하여 계산할 수 있다.

(2) 국제조세조정에 관한 법률(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정된 것) 제2조【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

9. “국외특수관계자”라 함은 거주자·내국법인 또는 국내사업장과 특수관계에 있는 비거주자·외국법인(국내사업장을 포함한다) 또는 이들의 국외사업장을 말한다. 부칙 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행일이 속하는 과세연도부터 적용한다.

(3) 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조【특수관계의 세부기준】①「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제8호에서 “특수관계”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계를 말한다.

1. 외국에 거주하거나 소재하는 자(주주 및 출자자를 포함하며, 이하 “외국주주”라 한다)가 내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인의 의결권있는 주식(출자지분을 포함한다. 이하 같다)의 100분의 50 이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우 당해 내국법인ㆍ국내사업장과 외국주주와의 관계

2. 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인이 다른 외국법인의 의결권있는 주식의 100분의 50이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우에 그 거주자ㆍ내국법인 또는 국내사업장과 다른 외국법인과의 관계

3. 내국법인 또는 국내사업장을 두고 있는 외국법인의 의결권있는 주식의 100분의 50이상을 직접 또는 간접으로 소유하고 있는 자가 제3의 외국법인의 의결권있는 주식의 100분의 50이상을 직접 또는 간접으로 소유한 경우에 그 내국법인 또는 국내사업장과 제3의 외국법인(그 외국법인의 국내사업장을 포함한다)과의 관계 (4호 이하 생략) 제4조【정상가격의 산출방법】법 제5조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법”이라 함은 다음 각호에서 정하는 방법을 말한다.

1. 이익분할방법 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어, 거래쌍방이 함께 실현한 거래순이익(제3자와의 거래에서 실현한 매출액에서 매출원가 및 판매와 일반관리비를 차감한 금액)을 다음 각목에서 정하는 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들간의 상대적 공헌도에 따라 배부(거래형태별로 거래당사자들의 적절한 기본수입을 우선 배부하는 경우를 포함한다. 이하 같다)하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 이 경우 상대적 공헌도는 유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래시 일반적으로 행하여지는 공헌도에 의하여 측정한다.

가. 자산의 매입ㆍ제조ㆍ판매 또는 용역의 제공을 위하여 지출하였거나 지출할 비용 나. 자산의 개발 또는 용역의 제공을 위하여 소요된 자본적 지출액, 사용된 자산총액 또는 부담한 위험정도 다. 각 거래단계에서 수행된 기능의 중요도 라. 기타 측정가능한 합리적인 배부기준

2. 거래순이익률방법 거주자와 국외특수관계자간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자간의 거래 중 당해 거래와 유사한 거래에서 실현된 다음 각목에서 정하는 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법. 다만, 당해 거래와 유사한 거래를 특수관계가 없는 자와 행하지 아니한 경우에는 특수관계가 없는 제3자간의 국제거래중 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래의 거래순이익률을 사용할 수 있다.

가. 거래순이익의 매출에 대한 비율 나. 거래순이익의 자산에 대한 비율 다. 거래순이익의 매출원가 및 판매와 일반관리비에 대한 비율 라. 기타 합리적이라고 인정될 수 있는 거래순이익률

3. 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법 제5조【정상가격산출방법의 선택】

① 법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.

1. 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각목의 1에 해당하는 경우를 말한다.

가. 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우 나. 비교되는 상황간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우

2. 사용되는 자료의 확보ㆍ이용 가능성이 높을 것

3. 특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래를 비교하기 위하여 설정된 경제여건ㆍ경영환경 등에 대한 가정이 현실에 부합하는 정도가 높을 것

4. 사용되는 자료 또는 설정된 가정의 결함이 산출된 정상가격에 미치는 영향이 작을 것

② 제1항 제1호의 규정에 의하여 비교가능성이 높은지의 여부를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을 미칠 수 있는 사업활동의 기능, 계약조건, 거래에 수반되는 위험, 재화나 용역의 종류 및 특성, 시장여건의 변화，경제여건 등의 요소를 분석하여야 한다.

④ 제4조 각호의 규정에 의한 정상가격산출방법을 적용하는 경우 동조 제3호의 방법은 동조 제1호 또는 제2호의 방법을 적용할 수 없는 경우에 한하여 이를 적용한다.

⑤ 과세당국은 특수관계가 없는 자간의 국제거래가 거래당사자에 의하여 임의로 조작되어 정상적인 거래로 취급될 수 없는 경우에는 동 거래를 비교가능한 거래로 선택하지 아니할 수 있다.

(4) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(5) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원ㆍ사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인

6. 당해 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 당해 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인 제88조【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제89조【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을 「한국증권선물거래소법」에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(6) 국세기본법 제16조 【근거과세】

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

(7) 행정절차법 제23조 【처분의 이유제시】

① 행정청은 처분을 하는 때에는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 당사자에게 그 근거와 이유를 제시하여야 한다.

1. 신청내용을 모두 그대로 인정하는 처분의 경우

2. 단순.반복적인 처분 또는 경미한 처분으로서 당사자가 그 이류를 명백히 알 수 있는 경우

3. 긴급을 요하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점거래를 정상가격에 의한 과세조정 대상으로 볼 수 있는지 여부(쟁점①)에 대하여 살펴보기로 한다. (가) 이 건 과세연도에 적용되는 국조법(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것) 제4조에 의하면 “거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준”으로 과세 할 수 있는데, 같은 법 제2조 제1항 제1호는 “국제거래”의 전제로서 거래당사자의 일방 또는 쌍방이 비거주자 또는 외국법인인 거래일 것으로 규정하고, 같은 항 제9호는 “국외특수관계자”라 함은 거주자·내국법인 또는 국내사업장과 특수관계에 있는 비거주자·외국법인 또는 이들의 국외사업장을 말한다고 규정하여 내국법인과 외국법인의 국내지점 사이의 관계를 국외특수관계자로 볼 것인지 여부에 대하여는 명문으로 규정하고 있지 아니하였으나, 개정 국조법(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정된 것) 제2조 제1항 제9호는 외국법인의 범위에 외국법인의 국내사업장을 포함하는 것으로 개정되면서, 같은 법 부칙 제2조는 “이 법 시행일이 속하는 과세연도부터 적용한다”라고 규정하였다.

(나) 정상가격에 의한 과세조정은 국내에서 발생한 소득을 부당하게 외국으로 이전함을 방지하기 위한 제도로서 명문의 규정이 없는 이상 원칙적으로 국내과세권내에 존재하는 내국법인과 외국법인의 국내 고정사업장 사이의 거래에는 적용하기 어렵다 할 것인데, 위에서 살펴본 바와 같이 이 건 거래당시 적용되는 국조법(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제9호는 국외특수관계자의 범위에 외국법인만을 규정하였고, 이후 개정 국조법(2006.5.24. 법률 제7956호로 개정된 것) 제2조 제1항 제9호가 국외특수관계자의 범위에 외국법인의 국내사업장을 포함하여 입법하면서 2006.5.24.이 속하는 과세연도부터 적용한다고 규정하였던바, 내국법인과 외국법인의 국내사업장간의 거래에 대한 국조법 제4조 에 따른 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정은 2006.5.24. 법률 제7956호로 개정된 동법 부칙 제2조에 따라 동법 시행일이 속하는 과세연도부터 적용된다고 해석함이 타당하다. (다) 그렇다면, 2001사업연도 당시 청구법인과 OOO가 국외특수관계자에 해당한다고 보아, 쟁점거래에 대하여 국조법 제4조 소정의 정상가격에 의한 과세조정을 함은 부당하다 할 것이다.

(2) 쟁점①에서 쟁점거래가 국조법 제4조 소정의 정상가격에 의한 과세조정의 대상이 되지 아니한다고 보는 이상 쟁점②에 대하여는 판단하지 아니하기로 한다.

(3) 처분청은 설령 쟁점거래가 정상가격에 의한 과세조정 대상이 되지 아니한다 할지라도 청구법인과 OOO는 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제1호 소정의 특수관계자에 해당하므로 「법인세법」제52조 에 의한 부당행위계산부인에 의한 과세가 가능하고, 쟁점거래를 국제거래로 보지 아니하는 경우에는 청구법인이 OOO로부터 수정세금계산서를 교부받으면서 손비처리한 수정세금계산서의 공급가액 상당을 손금불산입하여야 하므로, 그 범위내에서는 과세표준 및 세액이 유지될 수 있다고 예비적으로 처분사유를 추가.변경하였던바, 먼저 심판청구 이후에 과세사유와 다른 처분사유를 추가.변경할 수 있는지 여부(쟁점③-㉮)에 대하여 살펴본다. (가) 조세심판의 목적물은 과세관청이 결정한 소득금액의 존부라고 할 것이므로 과세관청으로서는 그 처분의 동일성을 해하지 아니하는 범위 내에서 조세심판의 심리종결시까지 당해 과세처분에서 인정한 과세표준액 등이 객관적으로 존재함을 긍인하게 할 모든 주장과 자료를 제출할 수 있다(대법원 1992.9.22. 선고 91누13205 판결, 같은 뜻). (나) 처분청이 예비적으로 추가.변경한 처분사유가 기존의 과세처분과 동일성이 인정된다고 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 처분청은 당초 청구법인의 쟁점상품 매입에 관한 쟁점거래가 국조법 제4조 소정의 정상가격에 의한 과세조정대상이 된다고 보아 과세하였고, 예비적으로 추가.변경한 처분사유인 「법인세법」상 부당행위계산부인.수정세금계산서 발행분 공급가액의 손금부인 가능성은 모두 쟁점거래와 동일한 사실관계인 쟁점상품 매입과 관련하여 단지 국조법이 아닌 「법인세법」상 사유를 적용한 것에 불과하다고 보이므로, 조세심판의 심리종결전에 추가.변경된 이러한 처분사유는 심리의 대상으로 볼 수 있다 할 것이다.

(4) 청구법인과 OOO사이의 쟁점거래에「법인세법」상 부당행위계산부인 규정에 의한 과세가 가능한지 여부(쟁점③-㉯)에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 청구법인과 OOO가 특수관계자에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

1) 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제1호는 “임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자”는 당해 법인의 특수관계자에 해당한다고 규정하고 있다.

2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인과 OOO는 대표자가 외국인으로 항상 동일한 사실, OOO는 임직원이 없다가 2004년부터 3명의 임원이 생겼는데 이들은 모두 청구법인의 소속이었다가 OOO로 전직한 사실, OOO 소속 임원도 청구법인의 명함 및 E-MAIL 주소를 사용하면서 업무도 구분하지 아니한 사실, 청구법인이 법인세신고시 첨부서류로 제출한 「법인세법 시행령」 제90조 제1항 소정의 특수관계자간 거래명세서에 OOO를 특수관계자로 기재한 사실, 청구법인과 OOO는 ‘Agreement on allocation of M＆P Expenses’를 체결하여 청구법인이 자신의 판단으로 지출한 M＆P비용을 OOO가 보전해주기로 약정한 사실, OOO는 취급제품의 전량을 청구법인에게 판매하고 청구법인은 판매물량의 거의 대부분을 OOO로부터 매입하는 사실이 나타난다.

3) 위와 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제1호의 ‘사업방침의 결정 등’과 관련하여 청구법인이 사실상 마케팅전략, 광고선전비의 지출규모 등 OOO의 중요한 영업방침을 결정한다고 볼 수 있는 점, 청구법인과 OOO는 국외관계회사의 지시.통제 또는 각자 판단에 따라 서로의 경영에 사실상 영향력을 행사한다고 볼 수 있는 점 등을 고려하였을 때 청구법인과 OOO는 「법인세법 시행령」 제87조 소정의 특수관계자에 해당한다고 보인다. (나) 다음으로 처분청이 제시한 가격을 시가로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

1) 처분청은 ＜표1＞과 같이 청구법인의 상대적 공헌도를 60%, OOO의 상대적 공헌도를 40%로 산정하여 ＜표2＞와 같이 정상가격을 계산한 후, 이를 부당행위계산부인을 위한 시가로 제시하였다. OOO 그러나, 「법인세법」 제52조 제1항, 제2항, 제4항, 같은 법 시행령 제89조 제1항, 제2항은 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격, 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액, 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 규정하고 있을 뿐, 국조법 시행령 제4조 제1호 소정의 이익분할방법 내지 제3호 소정의 기타 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 시가 평가방법으로 규정하고 있지 아니한 점, 국조법상 정상가격을 산정함에 있어서도 처분청은 청구법인과 OOO의 내부 업무 분담을 기준으로 청구법인의 공헌도를 60% OOO의 공헌도를 40%로 산정하였으나, 이러한 방법은 “상대적 공헌도는 유사한 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자간의 거래시 일반적으로 행하여지는 공헌도에 의하여 측정”하도록 규정한 국조법 시행령 제4조 제1호 후문에 합치되지 아니하는 점, 상대적 공헌도를 산정함에 있어서도 사업권(40%), 영업권(50%), 관리권(10%)의 배정 비율 및 청구법인과 OOO의 분담비율의 배분이 객관적인 자료 없이 자의적으로 이루어졌다고 보여 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정하기도 어려운 점 등을 종합하였을 때, 처분청이 이익분할법을 원용하여 산정한 가격을 시가로 보기는 어렵다고 보인다.

2) 처분청은 위 정상가격을 시가로 볼 수 없는 경우에도 아래 ＜표3＞과 같이 경쟁업체인 OOO이 특수관계가 없는 대리점에게 OOO 담배를 공급한 거래가격에서 대리점에게 보장하는 이윤(100원) 및 OOO가 OOO보다 적게 지출하는 일반관리비 차액(38∼51원)을 조정하여 산출한 가액을 시가로 볼 수 있다고 제시하였다. OOO 그러나, 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인은 던힐 담배에 대한 상표사업권자(Licensee)인 OOO로부터 쟁점상품을 매입하여 대리점 및 소매점에 판매함에 반하여, OOO은 OOO 담배에 대한 상표사업권자(Licensee)로서 직접 대리점에 상품을 판매하는 사실이 나타나는 점, 위에서 본 바와 같이 「법인세법」은 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격, 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액, 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 시가로 규정하고 있을 뿐, 유통단계가 다른 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 조정하여 시가로 산정하는 방법을 규정하고 있지 아니한 점, OOO의 대리점에 대한 공급단계와 OOO가 청구법인에게 쟁점상품을 공급하는 단계가 상이하여 비교대상이 되기 어렵다고 보이는 점 등을 종합하였을 때, 처분청이 제시한 OOO의 대리점 공급가액을 조정하여 산출한 가액을 시가로 보기도 어렵다고 보인다. (다) 그렇다면, 쟁점거래가 「법인세법」제52조 소정의 부당행위계산 부인에 의한 소득금액의 조정대상이 된다고 보기는 어렵다 할 것이다.

(5) 청구법인이 OOO로부터 수정세금계산서를 교부받으면서 손비처리한 수정세금계산서의 공급가액 상당을 손금불산입할 수 있는지 여부(쟁점③-㉰)에 대하여 살펴본다. (가) 「부가가치세법 시행령」제59조 단서는 “당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다”라고 규정하고 있는바, 국내법인인 판매회사와 제품공급사인 외국법인의 국내지점간에 유통매매계약서를 맺고 재화의 가격을 제3의 독립법인이 국조법에서 규정하는 정상가격산출방법 중의 하나를 선택하여 제시하는 자료를 근거로 재화의 매입가격을 확정하였다면, 「부가가치세법」 제13조 제3호의 부당하게 낮은 대가를 받은 경우에 해당되는지 여부는 별론으로 하더라도 정상가격(확정가격) 전에 잠정적으로 정한 가격과의 차액정산은 재화의 공급과 대가관계가 있는 것으로서 부가가치세의 수정세금계산서 발행대상이 되는 과세거래라 할 것이다.

(나) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인은 OOO로부터 구입하는 제품의 적정한 가격을 독립된 제3의 컨설팅법인에서 제시하는 방법으로 결정하여 기중 또는 기말에 조정한다는 내용의 유통판매계약(Distribution Agreement)을 OOO와 체결한 사실, 이에 따라 공급자인 OOO는 제품의 판매시점에 상호합의하에 추정에 의한 판매가격을 잠정적으로 결정(이하 “잠정가격”이라 한다)하여 세금계산서를 교부한 사실, 청구법인과 OOO는 제3의 컨설팅법인이 국조법에서 규정하는 정상가격산출방법 중의 하나인 거래순이익률법을 원용하여 제시한 영업이익률에 따라 제품의 판매가격을 확정적으로 결정(이하 “확정가격”이라 한다)한 사실, 기말에 잠정가격과 확정가격과의 차액을 정산하면서 OOO가 청구법인에게 그 차액에 대한 수정세금계산서(품목 : 공급가액 조정)를 교부한 사실이 나타나는바, 청구법인은 「부가가치세법 시행령」제59조 단서에 따라 공급가액의 조정에 따라 수정세금계산서를 수취하였다고 봄이 합리적이므로, 거래순이익률법을 원용하여 제시된 영업이익률이 부당하게 산정되지 아니한 이상 위 공급가액은 손금에 해당한다 할 것이다. (다) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 비교가능회사의 과거 영업이익률에 대하여 청구법인의 자본을 감안하여 조정(청구법인의 매출에 비하여 매출채권. 재고자산. 매입채무 비율이 실질적으로 낮다고 보아 그 비율을 0으로 산정)한 후, 그 중위값을 목표 영업이익률로 산정하였음이 나타난다.

OOO (라) 청구법인은 비교가능회사의 대상사업연도 이전의 영업이익률을 기초로 하여 거래순이익률을 산정하였으나, 비교가능회사들의 재무제표는 사업연도말 이후의 감사보고서 공시이후에 이용가능하므로 영업이익률 산정시 과거연도의 평균 재무자료를 이용할 수밖에 없는 점, 국조법 시행령 제5조 제1항 제2호에 의하면 정상가격 산출시 사용되는 자료의 확보ㆍ이용 가능성이 높을 것을 요구하고 있는바, 청구법인과 비교가능회사의 역할. 유통단계. 거래규모. 영업조직. 수익력이 다르다 할지라도 청구법인은 이용가능한 자료의 범위내에서 한국표준산업분류코드상 유사한 업종(기능도매업)을 기준으로 모집단을 선정하였다고 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 청구법인이 거래순이익률법을 원용하여 제시한 영업이익률이 부당하게 산정되었다고 보기 어렵다 할 것이다. (마) 그렇다면, 청구법인이 기말에 OOO로부터 수정세금계산서를 교부받으면서 손비처리한 수정세금계산서의 공급가액 상당을 손금불산입하기는 어렵다고 보인다.

(6) 따라서, 쟁점거래에 대하여 정상가격에 의한 과세조정 대상이 된다고 본 이 건 과세처분은 위법하고, 처분청이 예비적으로 추가.변경한 부당행위계산부인에 의하여 처분유지가 가능하고 수정세금계산서의 공급가액을 손금불산입하여야 한다는 과세사유도 받아들기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.