쟁점토지를 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부 등

청구인이 쟁점토지를 취득하여 제2동 근린생활시설 건축을 위하여 00시장으로부터 건축허가를 받은 사실은 확인되나, 양도일 현재 건축허가에 따른 건축물 착공신고를 한 사실이 없는 점, 쟁점토지상에 건축물을 착공하였다는 사실에 대한 객관적인 증명자료를 제출하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 2013.11.6. OOO 소재에서 제조업을 영위하는 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 개업하였고, 2013.12.2. 쟁점사업장 주소지의 전 2,180㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였으며, 2015.3.27. 쟁점사업장의 사업목적에 부동산업을 추가한 뒤 같은 날 쟁점토지를 양도가액 OOO양도하였다. 이후 청구인은 쟁점토지가 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호의 건축물이 착공된 토지에 해당하므로 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 건축설계비 등을 필요경비로 계상하여 2015년 귀속 종합소득세 OOO신고.납부하였다.

나. 처분청은 2019.3.21.부터 2019.4.9.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 쟁점토지가 사업용 건축물 건설을 착공한 토지에 해당하지 아니하여 비사업용 토지에 해당되고 청구인이 필요경비로 OOO과다계상한 것으로 보아 「소득세법」제64조 에 규정에 따라 2019.6.7. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO결정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.8.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호에 규정된 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에 해당하여 비사업용 토지에 해당하지 아니한다. 또한 처분청은 청구인의 쟁점토지 보유기간이 2년 미만이므로 「소득세법」제104조 의 제1항 제2호 규정의 세율을 적용하였으나, 청구인은 부동산매매업자에 해당하므로 토지 등의 보유기간이 2년 미만인 경우에도 「소득세법」제69조 제3항 규정에 따라 같은 법 제104조 제1항 제1호의 세율을 적용하여야 한다.

(2) 처분청은 건설이자비용OOO을 「소득세법」상 필요경비(이를 합한 OOO이하 “쟁점필요경비”라 한다)에 해당하지 아니하는 것으로 보았으나, 청구인이 지출한 건설이자비용은 「소득세법 시행령」제75조 의 건설자금이자에 해당하여 필요경비에 산입하여야 하고, 청구인은 건축허가를 받고 착공신고 후 공장건축을 진행하던 중 쟁점토지를 양도하였는바 건축설계비 등을 건축물과 관련된 경비로서 「소득세법」상 필요경비에 해당한다고 볼 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 과세한 처분청의 이 건 과세처분은 정당하다. (가) 청구인은 쟁점토지상에 건물을 건축하던 중 쟁점토지를 양도하여 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호에 따라 쟁점토지가 비사업용 토지가 아니라고 해당한다고 주장한다. 하지만 청구인은 2013.10.30. 쟁점토지 관할 행정관청에 건축허가 신청을 하여 허가를 받았으나 양도일까지 착공신고를 하지 아니하였고, 그 상태에서 2015.3.27. 쟁점토지를 양도하였다. 따라서 쟁점토지는 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호의 사업용 건축물 건설을 착공한 토지에 해당하지 아니하여 비사업용 토지에 해당한다. (나) 「소득세법 시행령」제168의7에서 ‘법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다’고 규정하였는바, 쟁점토지는 쟁점토지의 공부상 지목인 ‘전’에 해당하는 농지이고, 청구인이 쟁점토지를 보유한 기간 동안 쟁점토지를 직접 경작한 사실이 없으므로 비사업용 토지에 해당한다.

(2) 청구인이 필요경비에 해당한다고 주장하는 쟁점필요경비는 「소득세법」제97조 규정의 양도차익 계산시 공제하는 필요경비에 해당되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지를 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분의 당부

② 청구인이 주장하는 필요경비를 인정할 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2015.3.10. 법률 제13206호로 개정된 것) 제64조(부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례)

① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 "부동산매매업"이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 "부동산매매업자"라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항제8호 및 제10호의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익(이하 이 조에서 "주택등매매차익"이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

1. 종합소득 산출세액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액 가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액 나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액 제69조(부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부)

① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 "토지등 매매차익예정신고"라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조 제1항 제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

④ 부동산매매업자는 제3항에 따른 산출세액을 제1항에 따른 매매차익예정신고 기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10을 더한 세율 제104조의3(비사업용 토지의 범위)

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정된 것) 제67조(즉시상각의 의제)

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 규정하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례)

① 법 제64조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 부동산매매업"이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 "주거용 건물 개발 및 공급업"이라 한다)은 제외한다.

② 법 제64조 제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 주택 또는 토지의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.

1. 제163조 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비

2. 법 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제금액

3. 법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액 제163조(양도자산의 필요경비)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액 2의

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 토지 등이 협의 매수 또는 수용되는 경우로서 그 보상금의 증액과 관련하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액. 이 경우 증액보상금을 한도로 한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 3의

2. 「개발이익환수에 관한 법률」에 따른 개발부담금(개발부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 개발부담금상당액을 말한다) 3의

3. 「재건축초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금(재건축부담금의 납부의무자와 양도자가 서로 다른 경우에는 양도자에게 사실상 배분될 재건축부담금상당액을 말한다)

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

④ 삭제

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용 가. 「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용 다. 공증비용, 인지대 및 소개비 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 기획재정부령으로 정하는 금융기관(이하 이 호에서 "금융기관"이라 한다) 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융기관에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다. 제168조의7(토지지목의 판정) 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

(3) 소득세법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제479호로 개정된 것) 제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등)

① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인이 쟁점토지를 취득하여 양도한 것과 관련된 사실관계는 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 사실관계 개요 (나) 청구인은 2013.9.16. 쟁점토지 관할 행정관청에 쟁점토지상에 제2종 근린생활시설 건축허가를 신청하여 2013.10.30. 건축허가를 받았으나, 착공신고를 한 사실이 확인되지 않는다. 이후 2015.3.27. 쟁점토지를 매수한 OOO2016.5.31. 쟁점토지 관할 행정관청에 건축물 착공신고를 하였다. (다) 청구인은 쟁점토지가 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호의 건축물이 착공된 토지에 해당하므로 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보았고, 취득가액 및 필요경비를 OOO백만원으로 하여 2016.5.29. 처분청에 2015년 귀속 종합소득세 OOO신고.납부하였다. ＜표2＞ 청구인이 신고한 필요경비 내역 (단위 : 원) * 청구인이 「소득세법」제97조 의 필요경비로 인정해달라고 주장하는 쟁점필요경비 (라) 처분청은 2019.3.21.부터 2019.4.9.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인이 착공신고를 한 사실이 없고 쟁점토지상에 건축물을 건축하였다는 객관적인 증빙자료를 제출하지 아니하여 쟁점토지가 「소득세법」제104조의3 제1항 제1호 가목에 따른 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보았고, 쟁점필요경비가 「소득세법」제97조 의 필요경비에 해당하지 아니한 것으로 보아 「소득세법」제64조 에 따라 2019.6.10. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO결정.고지하였다. (마) 한편 청구인은 2019.4.9. 쟁점필요경비가 「소득세법」제97조 의 필요경비에 해당하지 않는 비용을 계상하였다는 취지의 확인서를 작성하여 처분청에 제출한 사실이 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제5호에 의거 부득이한 사유가 있어 비사업용토지로 보지 아니하는 토지의 판정을 위해서는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 해당하여야 하는바, 청구인이 쟁점토지를 취득하여 제2종 근린생활시설 건축을 위하여 OOO으로부터 건축허가를 받은 사실은 확인되나, 양도일 현재 건축허가에 따른 건축물 착공신고를 한 사실이 없는 점, 쟁점토지상에 건축물을 착공하였다는 사실에 대한 객관적인 증명자료를 제출하지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 「소득세법」 제64조 제1항의 부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례를 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 건축설계비, 컨설팅 비용, 건설자금이자비용 등 쟁점필요경비를 「소득세법」상 필요경비로 인정해달라고 주장하나, 청구인은 쟁점필요경비가 「소득세법」제97조 의 필요경비에 해당하지 아니한다는 취지의 확인서를 작성한 점, 건설자금이자비용은「소득세법」상 양도가액에서 공제할 필요경비로 규정하고 있지 아니한 점, 쟁점토지에 대한 건축허가만 받았을 뿐 착공한 사실 없이 동 토지를 나대지 상태로 양도한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.