쟁점세금계산서상 거래의 실물거래 여부

쟁점거래처는 자료상 확정업체로, 청구법인이 쟁점거래처로부터 매입하였다는 물품이 쟁점거래처의 매입내역이 나타나고 있지 아니한 반면, 쟁점거래처는 전기 부자재 등을 소매 판매하고 있는 것으로 확인되고 있는 점, 청구법인은 당시 공사현장소장(한??)의 청구에 의해 쟁점세금계산서 관련 금액을 송금하였을 뿐 관련 거래에 대하여 확인한 사실이 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서 관련 물품을 실제 구입하였다고 인정하기는 어려우나, 청구법인의 원재료 원장 및 청구법인의 계좌에서 거래내역이 확인되고 있는 점, 청구법인은 왕십리역 등 2개역 냉방신설 등을 하도급받아 관련 공사용역을 공급한 사실이 하도급계약서 등에 의하여 확인되고 있는 점 등에 비추어 보면, 쟁점세금계산서 관련 물품을 매입 및 판매하였다고 봄이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 2002.3.11. 전기, 설비 및 통신, 소방공사업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 동안에 ㈜OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 OOO,OOO OO(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하는 등 이를 반영하여 2008년 제2기 부가가치세와 2008사업연도 법인세를 각각 신고·납부하였다.

나. OO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2009.4.14.부터 2009.5.26. 까지 쟁점거래처에 대한 자료상 조사를 실시하고 청구법인과 쟁점거래처간 쟁점세금계산서 관련 거래가 가공거래에 해당된다고 보아 관련 자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2012.3.19.부터 2012.4.6.까지 청구법인에 대하여 부가가치세 부분조사를 실시하고 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서 관련 거래를 가공거래로 확정한 다음 2012.7.5. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 OOO을, 쟁점금액을 손금불산입하여 2008사업연도 법인세 OOO을 각각 경정·고지하는 한편, 쟁점금액에 부가가치세를 더한 금액을 대표자상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2009.8.12. 처분청으로부터 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 동안에 전기 및 통신자재 도매업을 영위하는 쟁점거래처로부터 매입한 전기자재에 대하여 실물거래 없는 가공매입 혐의에 대한 소명요청을 받고 2009.8.24. 거래명세표와 대금결제 통장사본 및 쟁점거래처의 대표이사 손OOO의 실거래사실확인서 등 증거서류를 갖추어 소명한바 있는데, 이후 처분청은 2년이 경과하도록 아무런 결정을 하지 못하고 있다가 갑자기 2012.3.19.부터 2012.4.6.까지 가공매입 혐의로 세무조사를 실시하고 가공매입에 따른 이 건 처분을 하였다.

(2) 청구법인은 2008년 1월 ㈜OOO과 ㈜OOO으로부터 지하철 OOO역사 등 2개소 냉방신설 및 기타 전기설치 공사를 수주하여 현장 인력지원과 기술지원 컨설팅 및 자재비를 포함한 일부 하도급계약을 체결하고 업무를 진행하면서 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점거래처로부터 매입한 전기자재를 OOO역사에 투입하고 쟁점세금계산서를 교부받은 후 아래 <표1>과 같이 쟁점거래처 명의의 계좌(OOO 005-0*-2***-0*-0**)로 송금하였는데, 청구법인이 쟁점거래처로부터 전기자재를 구입한 이유는 공사 도중 긴급공사(전기실 공사)로 인해 급히 자재가 필요하였고, 그 과정에서 당시 현장소장으로 있던 한OOO에게 그 지인인 쟁점거래처의 대표자인 손OOO로부터 자재를 공급받을 수 있다는 얘기를 들은 청구법인의 부장 차일권이 이를 승인함으로써 거래가 이루어지게 된 것이다. <표1> 쟁점세금계산서 수취 내역

(3) 앞서 언급한 바와 같이 청구법인은 2008년 8월 가공매입 혐의에 대한 소명 당시 충분한 증거자료를 제시하였고, 2012년 3월 세무조사 당시에도 명확한 증거를 제시하였음에도 불구하고 처분청은 조사청의 조사결과 쟁점거래처에 대하여 완전자료상으로 확정하였기 때문에 그 하위기관인 처분청으로서는 이를 받아들일 수밖에 없다는 점과 종전 쟁점거래처에 대한 조사결과 청구법인이 매입한 전기자재에 대한 매입내역이 없다는 점 등을 들어 실물거래로 인정하기가 어렵다고 하였다. 이와 같이 처분청은 가공매입에 대한 입증 자체가 어려워지자 위장거래 또는 세금탈루를 위한 변형된 형태의 거래 등을 의심하였지만 그조차 마땅치 않자 가공매입으로 이 건 부과처분을 하였는바, 가공매입은 실물거래 없이 세금계산서를 발행하고 대금을 받은 후 다시 부가가치세액을 공급받는 자나 그 관련자에게 되돌려주는 형태 등이 그 전형인데, 청구법인과 쟁점거래처는 그러한 사실이 전혀 없을 뿐만 아니라 처분청이나 조사청의 조사결과에도 그러한 사실이 나타나고 있지 아니한다.

(4) 한편, 처분청은 쟁점거래처가 제기한 심판청구가 기각결정되었다는 점과 2008년 거래를 2009년 거래로 기재하였다는 점을 과세근거의 하나로 제시하고 있는데, 쟁점거래처가 제기한 심판청구에 대한 기각결정이 곧바로 청구법인의 가공매입을 입증하는 근거가 될 수는 없고, 청구법인은 조사 당시 거래명세표 제출을 요구받았는데, 공사현장에서 이를 찾지 못하자 한OOO가 쟁점거래처에 요청하여 재발행받음으로써 조사 당시인 2009년으로 출력한 것일 뿐이며, 이후 실제 거래명세표 원본을 제출하였으므로, 이러한 사실을 가공거래의 결정적 증거로 삼을 수는 없다 할 것이다.

(5) 이와 같이 청구법인은 OOO역사 등 관급공사를 시행하면서 엄격한 준공검사 등으로 인해 실물자재 구입 없이 공사한다는 것 자체가 상식적으로 불가능하고, 이 건 심판청구일 현재까지 실물거래에 대한 증거를 줄곧 제시하였을 뿐 가공매입 혐의에 대해 한 번도 인정한 적이 없으며, 처분청 또한 2008년부터 2012년 이 건 부과처분 시점까지 가공매입에 대하여 입증하지 못하고 있으므로, 쟁점세금계산서 관련 거래를 가공거래로 보아 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 조사청과 처분청의 조사내용을 살펴보면, 청구법인은 실제 전기 자재를 사용하여 공사를 진행한 것으로 보이나, 청구법인이 쟁점거래처로부터 한OOO가 현장에서 직접 자재를 구입하고 세금계산서를 청구법인에게 청구한 진술만 있을 뿐, 실제 쟁점거래처로부터 자재를 구입하였다는 관련 서류는 현장뿐만 아니라 청구법인에도 전혀 없는 것으로 나타나고 있고, 조사과정에서 실물거래라고 하면서 제출한 거래명세표의 작성일자가 쟁점세금계산서상 거래시기인 2008년이 아닌 2009년으로 작성되어 있는데, 이에 대하여 한OOO는 조사과정에서 자신이 쟁점매입처에 요청하여 작성한 거래명세표임을 시인하였다.

(2) 또한, 청구법인이 실물거래임을 주장하면서 제시한 하도급 계약서와 전기자재 사진, 자재를 구입한 경위와 이에 대한 확인서, 준공계와 준공검사원과 이에 관한 사진, 작업일보 등은 실제 공사가 진행되었다는 사실에 대한 증거자료일 뿐이며, 실제공사가 진행되었다는 개연성은 처분청도 인지하고 있지만, 전기자재를 쟁점거래처로부터 실제 구입하였다는 사실을 입증할 수 있는 자료가 될 수 없다. 더구나 청구법인이 실제 거래임을 주장하며 제시한 쟁점거래처로의 송금내용은 공사원자재 대금인지 소비대차인지 확인할 수 없으며, 실제 원자재 대금으로 송금하였다 하더라도 청구법인은 한OOO가 전기자재를 구입한 내용에 관해 실제 매입처, 수량, 금액 등을 확인하지 아니한 채 한OOO의 청구에 의해 쟁점매입처에 송금한 것으로 나타나고 있으므로, 단순히 입금 내용만으로 실제 거래가 있었다고 인정할 수는 없다 하겠고, 이 건과 관련한 쟁점거래처의 심판청구에 대하여 기각결정(결정일 2010.9.29.)이 있었으므로 실제 거래가 있었다고 볼만한 어떠한 이유도 없다 할 것이다.

(3) 이와 같이 청구법인이 쟁점거래처로부터 매입하였다고 주장하는 전기자재에 대한 쟁점거래처의 매입내역이 나타나지 아니하고 있을 뿐만 아니라 쟁점거래처에서도 청구법인에게 공급하였다는 전기자재의 출처(매입처)가 확인되지 아니하고 있으며, 청구법인은 한OOO의 전기자재 구입명세(실제 매입처, 수량, 금액 등)에 대해 확인없이 한OOO의 쟁점세금계산서 수령에 따른 대금청구에 대하여 단순히 송금한 것으로 보이고, 쟁점거래처로부터 실제 전기자재를 매입하였다는 사실을 뒷받침할 어떠한 증빙도 제시하지 못하므로 청구법인과 쟁점거래처와의 거래를 가공으로 확정하여 이 건 부가가치세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 수취한 매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 매입세액을 불공제하고 부가가치세 등을 부과한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인에 대한 처분청의 조사 종결보고서(2012년 4월)와 보충조서를 보면, “청구법인과 그 대표자 권OOO의 금융계좌를 살펴보면, 2008.12.20. OOO을 통하여 쟁점거래처 입금, 2009.1.7. OOO을 통하여 입금하였음이 확인되나 입금일 전후 거래내용에 대한 반환금액 발견하지 못함. 자료상인 쟁점거래처는 기타 생활잡품을 매입하여 영세 소비자 매출분을 기공세금계산서를 발행하여 자료상으로 확정된 자로, 청구법인의 2008년 제2기 가공매입 OOO에 대하여 실물거래 여부 검토결과(세금계산서 발행 2008.11.21. OOO 2008.11.21. OOO) 쟁점거래처의 2008년 제2기 매입분은 OOO으로 금융거래 확인되고, 반환금액을 발견하지 못하였으나, 쟁점거래처 매입품목에 전선량이 극히 소량이고, 쟁점거래처에 입금한 금액이 상품(공사 원자재) 대금인지 소비대차인지를 확인할 수 없고, 실제 공사구간과 원부자재 소요량도 제시하지 못하여 실물거래를 인정할 수 없다”라고 되어 있다.

(2) 쟁점거래처에 대한 조사청의 조사서를 보면, “쟁점거래처는 사업장에 진열해 놓은 건전지 및 전기 부자재(조명기구 등)를 소매 판매하거나 경리담당 정OOO이 거래처로부터 건전지 및 부탄가스 등의 물품을 전화로 주문을 받으면 명의상 대표이사인 손OOO 및 실제 대표이사인 손OOO이 배달하는 형식으로 사업을 영위중에 있음. 2007년부터 2008년까지의 부가가치세 과세기간 중의 품목별 세금계산서 발행 및 수취 내역에 대한 확인결과 OOO) 등으로부터 실제 매입한 건전지, 부탄가스 및 기타 생활잡화 OOO을 도소매업체에 세금계산서 교부 없이 무자료 매출하고, OOO㈜ 등 전기통신공사업체에 실제 거래 없이 가공세금계산서를 발행하여 무자료 및 가공거래를 실질 거래로 위장하는 형식으로 사업을 영위하고 있음.

가공거래 위장을 위한 대금 반환관리 계좌내역을 보면, 가공 매출한 거래처로부터 대금을 해당 계좌에 입금받은 후 가족, 직원 및 관리인 명의의 차명계좌를 사용하여 반환하는 형식으로 가공세금계산서 발행을 실질 거래로 위장한 것으로 확인됨”으로 되어 있고, 그 외 청구법인의 대표자 권OOO에 대하여는 “2008년 하도급받아 진행중이던 OOO 지하철 내부 전기공사 현장을 책임지고 있던 한OOO를 통해 쟁점거래처에 대하여 처음 알게 되었고, 진술과정에서 사실거래라고 주장하면서 제출한 거래명세표와 작성일자를 보면, 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서상 거래시기인 2008년이 아닌 2009년으로 작성되어 있는 것으로 확인되며, 청구법인의 지하철공사 관련 원청업체와의 하도급계약서를 보면 공사에 필요한 인력만을 지원하고 공사시공 중 필요한 자재 구입 등은 원청업체가 직접 관리하는 것으로 되어 있다”라는 내용으로, OOO역 지하철공사 현장소장 한OOO에 대하여는 “한OOO는 ‘OOO’라는 개인사업체를 운영하고 있으며, 청구법인과 OOO역 지하철공사에 대한 기술지원 및 인력관리 등에 대하여 약정을 맺고 공사 전반에 대 하여 관리 책임을 맡고 있음. 쟁점거래처로부터 실제 전기자재를 구입 하였다 주장하나 이에 대하여 입증할 수 있는 서류를 전혀 제출하지 못함. 또한, 청구법인의 대표자 권OOO가 당초 제출한 거래명세표는 한OOO 본인이 현지 확인일(2009.5.8.) 이후에 쟁점거래처에 요청하여 작성한 거래명세표임을 시인하였다”라는 내용으로 각각 기재되어 있다.

(3) 청구법인이 제출한 그 대표자 권OOO의 2009.8.24.자 거래내용설명서에는 “청구법인은 2008년 1월 지하철 OOO역사 등 2개소 냉방신설 및 기타 전기 설치공사를 ㈜OOO, ㈜OOO으로부터 수주하여 현장의 인력지원 및 기술지원컨설팅 자재지를 포함한 일부 하도급을 받아 업무를 진행하였으며, 공사 도중 쟁점거래처로부터 전기 자재를 OOO역사에 투입하고, 전기 자재대금은 쟁점거래처 명의의 OOO 계좌번호(005-0*-2***-0*-0**)에 입금한 사실이 있으며 쟁점거래처와의 거래는 정상적인 사실거래일 뿐만 아니라 자료상으로 고발된 쟁점거래처는 현재도 영업을 하고 있다(2009.8.19. 통화). 2008.12.10.과 2009.1.7. 쟁점거래처 명의의 계좌(OOO 005-0*-2***-0*-0**)로 결제대금을 입금하였다”라는 내용이 들어 있고, 2009년 9월경 작성한 확인사항에는 “청구법인은 쟁점거래처로부터 사업자등록증 사본을 제시받고 2008년도에 투광기 등을 거래하였으며, 거래시 거래명세표를 받고 이에 따른 세금계산서를 발급받아 관할 세무서에 정상적으로 신고를 하였다. 또한 이에 따른 물품대금은 전액 은행을 통하여 결제하였다. 이와 같이 청구법인은 물품을 구입하고 이에 따른 세금계산서 등도 정상적으로 교부받고, 이에 따른 대금도 은행을 통하여 결제한 정상거래이다”라는 내용이 들어 있다. 한편, 청구법인은 2008.12.10.에 OOO 계좌(52****-01-0****2)를 통하여 OOO을, 2009.1.7.에 OOO 계좌(5**-8****1-7****)를 통하여 OOO을 쟁점거래처 명의의 계좌로 각각 송금한 사실이 청구법인의 해당 계좌 거래내역에 의하여 확인되고 있다.

(4) 청구법인이 제출한 2008년부터 2009년까지 쟁점거래처 관련 거래처 원장 내역과 2008년도 계정별(원재료) 원장 내역은 각각 아래 <표2>, <표3>과 같다. <표2> 거래처 원장 <표3> 계정별(원재료) 원장(2008년도)

(5) 청구법인이 제출한 ㈜OOO과의 2008.6.10.자 하도급계약서에는 “공사명은 2호선 OOO역 등 2개역 냉방신설 전기공사(배관, 배선설치), 발주처는 ㈜OOO, 계약금액은 OOO(부가가치세 별도), 시공연월일과 준공예정일은 각각 2008.6.10.과 2009.9.22., 위 시설 공사계약을 체결함에 있어 청구법인은 공사에 필요한 모든 노력과 기계, 기구 및 재료를 구비하고 시방서, 시설공사계약일반조건, 등록수조건, 설계서 및 내역서 등의 모든 조건이 이 계약의 일부가 됨을 수락하고, 위의 금액으로 준공 기한 내에 이 공사를 완공할 것을 확약한다”라는 내용이 기재되어 있고, 청구법인과 ㈜OOO간 건설공사 표준하도급계약서(2008년 6월)를 보면, 청구법인은 ㈜OOO과 OOO역 등 2개역 냉방신설 및 기타공사(동력, 임시동력, 영업전등 배관배선에 따른 장비 및 인력지원, 공사기간 2008.6.10.～2009.2.17., 계약금액 OOO(부가가치세 포함) 및 OOO역 등 2개역 냉방신설 및 기타공사(전기실, 전력간선설비공사에 따른 장비 및 인력지원, 공사기간 2008.6.10.～2009.2.17., 계약금액 OOO(부가가치세 포함) 관련 계약을 각각 체결한 것으로 나타나고 있으며, 한편 청구법인이 2009.9.22. ㈜OOO에 제출한 준공계 및 준공검사원은 아래 <표4>와 같다. <표4> 준공계 및 준공검사원(2009.9.22.)

(6) 청구법인이 제출한 쟁점거래처의 실 대표자인 손OOO에 대한 전말서(27-59)를 보면, 손OOO는 청구법인과의 쟁점세금계산서 관련 거래경위 등에 대하여 “한OOO을 통해 알게 된 거래처로 전선 등을 납품하였고, OOO지하철 공사현장에 투입된 건이며 자재는 직원인 홍OOO이 배달하였으며, 대표자는 잘 모르고 청구법인의 한OOO을 통하여만 거래하였다”라고 하면서 “청구법인과의 거래는 정상적으로 물품을 납품한 정상거래이다”라는 취지의 진술을 한 것으로 되어 있다. 한편, 한OOO에 대한 2009.5.13.자 조사청 문답서를 보면, 한OOO는 청구법인의 현장관리소장으로서 “청구법인과 일정금액 범위 안에서 공사를 수행하고 차익이 발생하는 경우에는 성과금 형식으로 대금을 수령하고 지하철역사 공사현장에 기술인력을 공급하고 있다”라고 하면서 쟁점거래처에 대하여는 “손OOO을 알고 있고, OOO 공장 일을 할 때 직원으로부터 소개를 받아 이후 조금씩 거래를 하게 되었다”라고 진술하였고, 지하철공사 착공은 2008년 2월부터 시작되었는데 쟁점거래처와의 거래에 대하여는 “2008년 9월경에 유선상 통화하여 거래를 하였다”라고 하면서 “거래 당시 쟁점거래처로부터 견적서를 받은 적은 없다”라고 진술하였으며, 청구법인의 대표자 권OOO가 제출한 거래명세표에 대하여는 “거래명세표가 없어 제가 쟁점거래처에 요청하여 거래명세표를 새로 작성하여 받아서 청구법인 사무실에 보냈다”라고 하면서 청구법인과 OOO 전기통신공사와 관련하여 맺은 약정에 대하여는 “OOO역은 OOO 정도이고, OOO역은 OOO 정도에 공사를 마무리하는 약정을 맺은바 있으며, 공사기간이 1년 6개월 정도 걸리기 때문에 청구법인과는 1년에 1건 정도 약정을 맺고 있다”라는 취지의 진술을 한 것으로 되어 있다.

(7) 청구법인의 부장 차일권의 2009.5.8.자 확인서에는 “청구법인의 쟁점거래처와의 거래는 2008년도 OOO 지하철 전기공사 관 련으로, 거래 당시 현장소장OOO이었던 한OOO 소장이 현장에서 직접 자재를 구입한 후 세금계산서를 본사로 청구한 것이고, 본사에는 별도 자재 구입서류가 보관되어 있지 않다”라고 되어 있다.

(8) 청구법인은 청구주장에 대한 근거자료로 앞서 언급한 내용 외에 청구법인의 거래명세표, 쟁점거래처로부터 매입한 자재 및 준공검사 사진, 작업일보 등을 제출하고 있는데, 작업일보에는 공종별 공정율 및 작업내용, 동원인원 현황 등이 기재되어 있다.

(9) 「부가가치세법」 제16조 제1항 전단 및 제1호부터 제5호까지는 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기)에 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일, 그 외에 대통령령으로 정하는 사항을 적은 계산서를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제1항 제1호·제2호와 제2항 제1호부터 제7호까지는 사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되, 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액 등은 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

(10) 그 외 관련법령은 별지 기재와 같다.

(11) 살피건대, 청구법인은 거래명세표 등을 제시하면서 쟁점세금계산서 관련 거래가 정상거래라고 주장하나, 매입거래처로부터 수취한 세금계산서상의 거래를 실물이 수반된 정상적인 거래로 보려면 해당 거래처가 정상사업자로서 실지거래에 따른 것임을 납세의무자가 객관적으로 입증한 경우에만 인정할 수 있다고 봄이 타당하다 할 것인바, 이 건의 경우 처분청 및 조사청의 세무조사 결과 쟁점거래처는 자료상으로 확정된 업체로, 청구법인이 쟁점거래처로부터 매입하였다는 쟁점세금계산서 관련 물품에 대한 쟁점거래처의 매입내역이 나타나고 있지 아니한 반면에 쟁점거래처는 단순히 사업장에 진열해 놓은 건전지 및 전기 부자재 등을 소매 판매하고 있는 것으로 나타나고 있는 점, 청구법인은 당시 공사현장소장인 한OOO의 청구에 의해 쟁점세금계산서 관련 금액을 쟁점거래처로 송금하였을 뿐 관련 거래에 대하여 확인한 사실이 없는 점, 처분청은 위 한OOO가 당시 다른 업체를 운영하고 있었다고 확인하고 있을 뿐만 아니라 청구법인의 부장 차OOO은 해당 거래에 대한 서류가 보관되어 있지 않다고 진술하고 있어 쟁점세금계산서 관련 거래가 쟁점매입처와 한OOO간 거래로 볼 수 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점거래처에 대금을 지급하였다는 사정만으로는 청구법인이 쟁점거래처로부터 전기자재 등 쟁점세금계산서 관련 물품을 실제 구입하였다고 인정하기는 어렵다 하겠으므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다만, 청구법인의 원재료 원장(2008년도)에 쟁점세금계산서 관련 물품의 매입내역이 나타나고 있고, 청구법인의 계좌거래내역에 이에 대한 공급대가를 대금으로 지급한 사실이 확인되고 있는 점, 청구법인은 ㈜OOO과 OOO역 등 2개역 냉방신설 및 기타공사와 관련한 계약을 체결한 후 공사용역을 ㈜OOO에게 공급한 사실이 청구법인이 제출한 하도급계약서, 준공계 및 준공사진, 작업일보 등에 의하여 확인되고 있는 점 등에 비추어 보면, 비록 쟁점거래처가 자료상으로 판명되었다 하더라도 다른 매입처로부터 쟁점세금계산서 관련 물품을 매입 및 판매하였다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 가공거래에 의한 것으로 보아 쟁점금액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분과 대표자에게 상여로 소득처분한 것에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별지] 관련 법령

(1) 부가가치세법(2008.12.26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제16조【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성년월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

⑤ 제1항 및 제3항 외에 세금계산서의 작성·교부에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의

2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호부터 제3호까지 외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

2. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모·종업원수와 원자재·상품·제품 또는 각종요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량·동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때

(2) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제66조【결정 및 경정】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조의 규정에 의한 매출·매입처별계산서합계표 또는 매출·매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설규모나 업황(業況)으로 보아 신고내용이 불성실하다고 판단되는 경우 가. 제117조 제1항에 따른 신용카드가맹점 가입 요건에 해당하는 법인이 정당한 사유 없이 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드가맹점(법인에 한한다. 이하 “신용카드 가맹점”이라 한다)으로 가입하지 아니한 경우 나. 신용카드가맹점이 정당한 사유 없이 제117조 제2항의 규정에 따른 신용카드매출전표의 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우 다. 제117조의2 제1항의 규정에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 법인 및 「부가가치세법」 제32조의2 의 규정에 따라 현금영수증가맹점 가입대상자로 지정받은 법인이 정당한 사유 없이 「조세특례제한법」 제126조의3 의 규정에 따른 현금영수증가맹점(이하 “현금영수증가맹점”이라 한다)으로 가입하지 아니한 경우 라. 현금영수증가맹점이 정당한 사유 없이 현금영수증의 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우

4. 내국법인이 「증권거래법」 제186조의2 의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의외부감사에관한법률 제8조 의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인·그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고·주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 「국세기본법」 제45조의2 의 규정에 의하여 경정을 청구한 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제67조【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제103조【결정 및 경정】

① 법 제66조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 납세지 관할세무서장이 행한다. 다만, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것에 대하여는 납세지 관할지방국세청장이 이를 결정 또는 경정할 수 있으며, 이 경우 납세지 관할세무서장은 당해 과세표준을 결정 또는 경정하기 위하여 필요한 서류를 납세지 관할지방국세청장에게 지체없이 송부하여야 한다.

② 법 제66조의 규정에 의한 결정 또는 경정은 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 비치기장된 장부 기타 증빙서류에 의한 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

③ 법 제66조 제1항의 규정에 의한 결정은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한부터 1년 내에 완료하여야 한다. 다만, 국세청장이 조사기간을 따로 정하거나 부득이한 사유로 인하여 국세청장의 승인을 얻은 경우에는 그러하지 아니하다. 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조 의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호의 규정에 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것 가. 삭제 나. 법 제24조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 다. 법 제25조 및 「조세특례제한법」 제136조 의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 라. 법 제28조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 익금에 산입한 이자·할인액 또는 차익에 대한 원천징수세액에 상당하는 금액 마. 법 제28조 제1항 제4호의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 사. 「조세특례제한법」 제138조 의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액 아. 제1호 본문의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액이 대표자에게 귀속된 것으로 보아 처분한 경우 당해 법인이 그 처분에 따른 소득세 등을 대납하고 이를 손비로 계상하거나 그 대표자와의 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 아니함에 따라 익금에 산입한 금액 자. 제88조 제1항 제1호·제3호·제8호·제8호의2 및 제9호(제1호·제3호·제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액으로서 귀속자에게 「상속세 및 증여세법」에 의하여 증여세가 과세되는 금액 차. 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 동 외국법인 본점등에 귀속되는 소득

② 제104조 제2항의 규정에 의하여 결정된 과세표준과 법인의 대차대 조표상의 당기순이익과의 차액(법인세상당액을 공제하지 아니한 금액을 말한다)은 대표자에 대한 이익처분에 의한 상여로 한다. 다만, 법 제68조 단서의 규정에 해당하는 경우에는 이를 기타 사외유출로 한다.

③ 제2항의 경우 법인이 결손신고를 한 때에는 그 결손은 없는 것으로 본다.

④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.