쟁점토지가 고유목적사업에 3년 이상 사용되어 그 양도차익이 비과세대상인지 여부 등

쟁점토지가 제3자에게 임대되어 청구법인의 고유목적사업과는 무관하게 사용되었다면 비록 청구법인의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 경비에 사용되었다 하더라도 이는 청구법인의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997년 증여받은 OOO 소재 잡종지 997.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2017.2.28. OOO에 양도하였으나 이에 대한 토지등 양도소득에 대한 법인세를 신고.납부하지 않았다.

나. OOO지방국세청장은 2019년 7월 처분청에 대한 정기종합감사를 실시하면서 청구법인이 양도한 쟁점토지는 법인세 과세 대상에 해당하는 것으로 판단하여 종합감사결과 시정 조치하였고, 이에 처분청은 2020.2.17. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO을 결정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.5.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 비영리 공익법인으로서 쟁점토지는 장학금을 지급하기 위한 재원을 조달하기 위한 목적사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보아야 한다.청구법인은 1997.9.2. 설립되어 학자금과 장학금 지급사업을 주된 목적으로 하고 있으며 설립 이후 2019년 말까지의 장학금 총액은 OOO이고 2020년도 장학금으로 지급할 예산액은 OOO으로 쟁점토지는 법인 설립시에 출연받아 보유해 온 토지로서 청구법인의 유일한 수입창출 재산으로 목적사업용 재산이다.고유목적사업을 수행하기 위하여 별도의 수익사업을 수행하지 않는 비영리법인의 경우에 그 재원 마련을 위해 법인 소유의 재산을 활용하여 수입창출을 도모할 수밖에 없고 청구법인 역시 쟁점토지를 임대하여 수익을 얻고 그것을 재원으로 하여 고유목적사업인 장학사업을 수행해 왔으며 「민법」상 비영리법인 또는 공익법인의 기본재산은 그 관리와 처분이 엄격하고 주무관청의 관리감독을 받는 재산이므로 목적사업에 사용하고 있는 재산을 영리기업을 대상으로 하는 「법인세법」상 개념인 ‘비사업용 토지’라고 하여 과세 대상으로 하는 것은 불합리하다.

(2) 쟁점토지는 임차인이 사업자등록을 하고 셀프세차장 영업을 하고 있는 토지로 사업용 토지에 해당된다.‘비사업용 토지’라는 개념은 「소득세법」에 규정된 것으로서 비사업용 토지에 대하여 양도소득세를 중과하기 위한 제도이며 입법취지는 토지를 실수요에 따라 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식수단으로 사용하는 경우 양도소득세를 중과함으로써 부동산투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 철저히 환수하고자 하는 것인바 청구법인의 쟁점토지는 셀프세차장업 용도로 임대하여 실수요에 맞게 생산적 용도로 사용하다 양도한 것으로 단순히 재산증식을 위한 목적으로 보유하고 있던 재산이 아니다.세차장으로 사용했던 사실은 임차인의 사업자등록 상황과 OOO 지도 등 인터넷상으로도 확인 가능하며 쟁점토지는 나대지 상태가 아니라 구조물이 설치되어 셀프세차장으로 이용되고 있었으므로 쟁점토지를 나대지로 판단하고 비사업용토지로 보아 이 건 법인세를 과세하는 것은 부당하다.쟁점토지 세차장업의 경우 차량을 주차한 상태에서 이루어질 수 밖에 없으므로 주차장업종과 유사한 기준을 적용해야 하는데 「주차장법」에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지로서 토지가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령으로 정하는 율(100분의

3) 이상인 토지에 대하여는 사업용 토지로 인정하고 있는바, 쟁점토지의 1년 임대수입은 OOO이고 토지의 2016년도 재산세 과세 당시의 기준시가가 OOO이므로 그 비율은 7.5%를 초과하여 사업용 토지로 분류되는 것이 타당하다.

(3) 과도한 과세는 비영리 공익법인의 설립취지에 반한다.비영리 공익법인은 자선이나 장학사업 등 공익목적을 수행하기 위해 설립된 법인이고 이에 소요되는 재원을 개인이나 단체가 출연하는 것을 지원하기 위해 공익법인 출연 자산에는 상속세 및 증여세가 과세되지 않는 점, 「법인세법」과 「조세특례제한법」상 비영리법인의 고유목적사업준비금을 통해 조세부담을 줄여주고 있는 취지 등을 고려하면 장학사업을 고유목적사업으로 오랜 기간 장학금을 지급해 온 청구법인은 이번 과세로 재원을 소요하게 되면 장학금 지급사업이 위축될 수 있다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당하지 않는다.고유목적사업에 직접 사용한 ‘고정자산’이라 함은 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로서「법인세법 시행령」 제2조제1항에 규정하는 수익사업 외의 사업에 직접 투입되어 사용하는 자산을 의미하며 청구법인이 고유목적사업인 ‘장학사업에 직접 사용한 자산’으로서의 토지는 장학사업 자체에 직접 사용하는 자산을 의미하는 것으로, 장학회 사무실의 대지로 사용하는 토지, 장학사업을 위한 시설물의 부지로 사용하는 토지로 한정하여 해석하여야 하는데 청구법인과 같이 토지를 제3자에게 임대하고 발생한 수입금을 장학사업에 사용한 것은 임대사업에서 발생한 수입금을 고유목적사업의 경비에 충당하여 사용한 것이지 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다.비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적 사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 것이 관계 법령의 취지이고, 이와 같은 예외적 감면규정은 엄격하게 해석되어야 할 것이다.

(2) 쟁점토지는 사업용 토지에 해당하지 않는다.청구법인은 쟁점토지를 임차인이 사업자등록을 하고 셀프세차장 부지로 사용하였기 때문에 사업용 토지에 해당한다고 주장하고 있으나, 사업용 토지 여부에 대한 판정은 토지 소유자, 즉 청구법인을 기준으로 판정하여야 하는 것이지 임차인의 사용 용도와는 전혀 관계가 없다.청구법인은 세차장업이 주차장업종처럼 차량을 주정차한 상태에서 서비스가 제공되는 업종으로 주차장업종에 적용되는 것과 유사한 기준을 적용해야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인의 위 주장들은 감면규정에 있어 법령을 엄격히 해석해야 하는 것을 간과하고 법령을 확대해석한 주장으로 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.설령 청구법인의 주장을 받아들인다 하더라도 청구법인이 직접 세차장이나 주차장으로 사용한 것이 아니기 때문에 청구법인 입장에서는 비사업용 토지를 양도한 것으로「법인세법」 제55조의2규정에 따르면 농지, 임야, 목장용지 이외의 토지에 대해서 원칙적으로 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세하는 것으로 규정하면서 예외적으로 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 범위에 대해 규정하고 있으나 청구법인이 양도한 쟁점토지는 열거된 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지가 고유목적사업에 3년 이상 사용되어 그 양도차익이 비과세대상인지 여부

② 쟁점토지가 사업용 토지로 사용되었다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 (2017.1.1. 법률 제14386호로 개정된 것)제3조(과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득(중 략)

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것2.「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득3.「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.6.「소득세법」 제94조제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것제55조의2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.(중 략)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.(중 략)

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지나.「지방세법」 제106조제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것(중 략)

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

(2) 법인세법 시행령 (2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정된 것)제2조(수익사업의 범위)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.제92조의8(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위)

① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가. 「주차장법」에 따른 부설주차장(주택의 부설주차장을 제외한다. 이하 이 목에서 같다)으로서 동법에 따른 부설주차장 설치기준면적 이내의 토지. 다만, 제6호의 규정에 따른 휴양시설업용 토지 안의 부설주차장용 토지에 대하여는 제6호에서 정하는 바에 의한다.

나.「지방세법 시행령」 제101조제3항 제1호에 따른 사업자 외의 법인으로서 업무용자동차(승용자동차·이륜자동차 및 종업원의 통근용 승합자동차를 제외한다)를 필수적으로 보유하여야 하는 사업에 제공되는 업무용자동차의 주차장용 토지. 다만, 소유하는 업무용자동차의 차종별 대수에 「여객자동차 운수사업법」 또는 「화물자동차 운수사업법」에 규정된 차종별 대당 최저보유차고면적기준을 곱하여 계산한 면적을 합한 면적(이하 "최저차고기준면적"이라 한다)에 1.5를 곱하여 계산한 면적 이내의 토지에 한한다.

다. 주차장운영업용 토지주차장운영업을 주업으로 하는 법인이 소유하고, 「주차장법」에 따른 노외주차장으로 사용하는 토지로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지(중 략)

13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 등기부사항은 아래와 같다.OOO

(2) 쟁점토지의 등기사항전부증명서는 아래와 같다.OOO

(3) 청구법인은 쟁점토지에 대한 임대계약의 입증을 위해 아래와 같은 임대차계약서 및 셀프세차장 건축물의 현장사진을 제출하였다.OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대해 살펴보면, 청구법인은 쟁점토지가 고유목적사업에 직접 사용된 자산이라고 주장하나, 「법인세법」상 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상 소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되 고정자산의 처분일을 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하였다는 객관적인 사실관계가 인정된다면 비영리법인의 활동목적을 존중하여 예외적으로 비과세대상으로 삼겠다는 것이 관계 법령의 취지로, 이와 같은 예외적인 감면규정은 엄격하게 해석하여야 하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다고 할 것인 점, 쟁점토지가 제3자에게 임대되어 청구법인의 고유목적사업과는 무관하게 사용되었다면 비록 청구법인의 고유목적사업을 수행하는 데 필요한 경비에 사용되었다고 하더라도 이는 청구법인의 고유목적사업 수행에 간접적으로 기여한 것에 불과한 점, 설령 목적사업이 인정된다고 하더라도 쟁점토지의 임대차계약서의 날짜가 2015.10.6.으로 양도시점인 2017.2.28.까지 3년 이상 사용되었다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴보면, 청구법인은 임대해준 쟁점토지가 셀프세차장영업으로 사용되고 있고 셀프세차장은 차량을 주차한 상태에서 이루어지므로 주차장운영업용 토지와 같은 기준을 적용해야 한다고 주장하나,「법인세법 시행령」제92조의8제1항 다목에 “주차장운영업을 주업으로 하는 법인이 토지를 소유”할 것을 규정하고 있어 임차인의 사용용도를 청구법인의 사업용 토지 주장에 원용할 수 없는 점,「법인세법」제55조의2제2항 제4호 다목 및「법인세법 시행령」제92조의8제1항 각 호에서 사업용 토지로 인정하는 것은 체육시설용 토지, 주차장용 토지, 청소년수련시설용 토지 등 일부 한정적인 목적 시설에 대해서만 사업용 토지로 인정하고 있으며 예외적인 감면규정은 엄격하게 해석하여야 한다는 취지에 따라 청구법인의 사업용 토지 주장을 인정하기 어려운 점,「법인세법 시행령」제92조의8제1항 제13호에서는 “법인의 업무와 직접 관련있을 것”을 요하고 있으므로 이는 청구법인이 장학사업에 직접 사용한 자산으로서 장학사업자체에 사용하는 자산을 의미하는 것으로 장학회 사무실의 대지로 이용하거나 장학사업을 위한 시설물의 부지로 사용하는 토지에 한정하여 해석하는 것이 타당한 점, 청구법인의 설립연도인 1997년에 쟁점토지를 증여받았으나 청구법인이 쟁점토지를 임대한 시점은 2015.10.6.로 양도시점인 2017.2.28.까지 1년 6개월에 불과하여 지속적. 계속적인 사업활동을 해왔다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.