신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

「조특법」제99조의3 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있는 점, 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1994.5.3. 취득하여 보유하던 OOOOO OOO OOO OO OOOO아파트 54동 112호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축(임시사용승인일 2001.6.20.)됨에 따라 OOOOO OOO OOO OO OOO아파트 123동 1804호(이하 “신축주택”이라 한다)를 청산금 OOO원을 납입하고 취득한 후 2006.12.22. 김OOO에게 OOO원에 양도하고, 2006.12.22. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 산출세액 OOO원을 100% 감면세액으로 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아당초 감면소득금액에서 차감하여 2012.5.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.20. 이의신청을 거쳐 2012.11.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우조특법 시행령 제99조의3제2항에서 준용하는 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”은 신축주택준공일(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)이며 청구인은 이 해석에 따라 신축주택에 대한 양도소득세를 신고하였는바, 처분청이 변경된 해석(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 의하여 분모의 “취득당시 기준시가”를 “종전부동산의 취득당시 기준시가”로 적용하여 양도소득세를 경정한 것은 소급금지 과세원칙 및 신의성실원칙에 반하는 부당한 처분이다.

(2)예비적 청구로,조특법 시행령 제40조제1항의 감면소득계산식에서 변경된 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 의하여 “분모의 취득당시 기준시가”를 달리 산정하더라도(가)신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 세액감면차감방식이 아닌 “소득금액 차감방식”으로 산정하여야 하고,(나) 청산금을 납부한 신축주택의 경우 ‘종전부동산 취득당시 기준시가’(분모)에 ‘청산금 납부분에 해당하는 토지·건물의 취득당시기준시가를 더한 금액’을 분모의 취득당시 기준시가로 보아 5년간 발생한 양도소득금액을 계산하여야 하고,(다)장기보유특별공제에 있어, 신고분(①청산금 납부분 양도차익, ②종전주택분 양도차익)이외에 청산금 납부분외 양도차익에대하여도 종전주택 취득일부터 신축주택양도일까지 기간을 적용하여 추가공제하여야 한다.(라) 또한, 종전 해석을 바꾸어 양도소득세를 증액결정한 것은 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하고 납세자의 귀책사유가 아니므로 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 2005년 예규(서면인터넷방문상담4팀-2109, 2005.11.8.)는 종전주택을 재개발한 상황에 대한 상정 없이 단순히 신축주택 취득자에 대한 감면을 규정하고 있어 “취득당시”와 “취득일”을 달리보지 않고“사용승인일”로 본 국세청 해석에 오류가 없고,조특법 제99조의3규정은 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 발생한 양도소득금액을 감면한다는 의미가 아니라 신축주택취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 감면한다는 의미가 명백하므로 청구인이 분모·분자의 “취득당시 기준시가”를 모두 “신축주택의 취득당시 기준시가”로 해석하여 100% 감면신고한 것은 청구인이 조세법률의 해석 및 적용을 잘못한 것으로 처분청의 과세처분은 정당하다.

(2) 청구인의 예비적 청구에 대하여는 아래와 같은 이유로 받아들일 수 없다.(가) 감면세액을 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우 세액감면차감방식이 아닌 “소득금액 차감방식”으로 산정하여야 한다고 주장하고 있으나,조특법 시행령 제99조의3등에 의한감면소득의 계산산식은 “양도소득금액 × {(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 종전주택취득당시 기준시가)}”이며, 감면세액 계산식은 “산출세액 × (감면대상 양도소득금액 - 기본공제)/과세표준”으로 되어 있다.(나) 청산금을 납부한 경우 ‘종전부동산 취득당시 기준시가’(분모)에 ‘청산금 납부분에 해당하는 토지·건물의 취득당시 기준시가’를 더한 값으로 계산하여야 한다고 주장하나,조특법 시행령 제40조제1항의 감면소득 계산식에서 분모 값은 “양도당시의 기준시가 - 종전주택취득당시의 기준시가”로 규정하고 있다.(다) 처분청은 청구인이 신축주택의 양도소득세 예정신고시 신고한 장기보유특별공제액을 신고시인하였고, 이 건 불복청구는 감면소득금액 재계산의 당부에 대한 것으로 장기보유특별공제액의 재계산은불복청구의 대상이 아니다.(라) 또한, 이 건은종전해석을 바꾸어 양도소득세를 증액결정한 경우가 아니라청구인이 법률의 해석 및 적용을 잘못한 사항에 대하여 가산세를 적용하여 경정한 것이므로 신의성실원칙에 반한다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 신축주택 취득일 이후 5년 이내 양도소득금액만 감면하여 양도소득세를 경정한 부과처분이 소급과세금지·신의성실원칙을 위배하여 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

② 신축주택의 양도에 따른 감면세액을 계산함에 있어 양도소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하여 양도소득세 과세표준과 세액을 계산하여야 하는 지, 아니면 산출세액에 과세표준에서 기본공제 후의감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하는 방법으로 하여야 하는 지 여부

③ 청산금을 납부한 경우조특법 시행령 제40조제1항의 감면소득금액 계산 산식에 있어 분모의 취득당시의 기준시가에 청산금납입액을 포함하여야 한다는 청구주장의 당부④장기보유특별공제에 있어 종전주택분 양도차익과 청산금 납부분양도차익 이외에 ‘청산금 납부분외 양도차익’에 대하여도 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

⑤ 이 건납부불성실가산세를 부과처분한 것이 신의성실의 원칙에 반한다는청구주장의 당부

나. 관련법령

별지와 같다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 양도소득세 신고서 및 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 신축주택은 OOO아파트재건축조합에 종전주택을 출자하고 1998.1.5. 재건축조합원으로서 분양받은 것으로조특법 제99조의3의 ‘신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)’에 사용승인(2001.6.21.)받은 사실이 아파트공급계약서 및 임시사용승인서(2001.6.20. OOO구청장)에 의하여 확인되므로 ‘양도소득세 과세특례’적용을 받는 신축주택에 해당된다.(나) 청구인은 2006.12.22. 신축주택을 OOO원에 양도하고 실지거래가액에 의하여 양도차익OOO을 계산하고 장기보유특별공제액OOO을 차감한 OOO원을 양도소득금액으로 산정한 후조특법 제99조의3에 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 이유로 전액 감면소득으로 신고하였고, 처분청은 쟁점주택이조특법 제99조의3에 규정한 신축주택취득기간에 사용승인받은 주택에 해당되어 신축주택 감면요건은 충족하나, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상소득이 아니라고 보아 청구인이 신고한 감면소득금액 OOO원 중조특법 시행령 제40조제1항의 산식을 준용하여 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액이 신축주택 양도 당시 기준시가에서 종전주택 취득 당시 기준시가를 차감한 금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 감면소득금액 OOO원을 초과한 OOO원에 대하여는 감면부인하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가)종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조특법 제99조제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(「주택법」에 의한 주택조합 또는 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는「소득세법 시행령」제162조제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일 : 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조특법 제99조의3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(나)살피건대, 청구인은 신축주택의 양도일 이후인 2009.1.20. 생산된 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 의한 부과처분이 신의성실 및 소급과세 금지의 원칙에 반하는 등 처분청의 과세처분은 부당하다는 주장이나,조특법 제99조의3소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조특법 제99조의3제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청의 종전해석(국세청 서면4팀-2109, 2005.11.8.)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 처분청의 이 건 부과처분이 소급금지 과세원칙 및 신의성실원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다(조심2012서, 2012.2.23. 등 다수 같은 뜻).

(3) 쟁점②에 관하여 본다. (가) 이 건 신축주택은 청구인이 2001.6.20. 취득하여 5년이 경과한 2006.12.22. 양도한 것으로써, 청구인은 처분청이 결정한 감면대상소득을 기준으로 결정세액을 산출하면 양도소득금액 OOO원에서 감면소득금액 OOO원과 기본공제 OOO원을 차감한 과세표준 OOO원에 세율(36%)을 적용한 산출세액 OOO원을 결정세액으로 산정하여야 한다는 주장하고, 이에 처분청은「소득세법」 제90조에서 양도소득금액에 「소득세법」 또는 「소득세법」 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득과세표준에 따른 산출세액에 당해 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있다는 이유로 이 건 양도소득세 계산방식이 정당하다는 의견이다. (나) 한편 2010.5.14. 법률 제10285호로 신설된조특법 제98조의5(2010.2.11. 현재 수도권을 제외한 지방의 미분양주택으로서 2011.4.30.까지 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택에 대한 양도소득세 과세특례 규정)에 의하면, 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 산출세액에 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 감면율을 곱하여 계산한 감면소득금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼도록 규정하였고, 이에 대하여 기획재정부는 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 감면율에 따라 계산한 감면소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과소표준과 세액을 계산하여야 한다는 취지의 보도자료를 2010.4.22. 배포하여 안내하였다.

(다)살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2003.1.24. 선고, 2002두9537 판결 참조),조특법(2006.12.30. 법률 제8138호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합의 조합원으로서 신축주택취득기간((2001.5.23.～2003.6.30.)내에 취득한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는바(이하 “이 건 특례조항”이라 한다), 위 조특법 및 시행령에서는 세액의 감면 뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는 데, 이 건 특례조항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 이 건 특례조항의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 이 건 특례조항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한

후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니라고 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고, 2010두3725 판결, 조심 2012서3421, 2012.12.31., 조심 2012서4640, 2013.1.7. 같은 뜻). (라) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액OO,OOO,OOO원을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(4) 쟁점③에 관하여 본다.(가) 청구인은조특법 시행령 제40조제1항의 감면소득 계산식에서 감면되는 분자의 양도소득은 분모의 값인 양도물건 전체의 기준시가 차액에 대한 감면기간의 감면비율인 바, 납부한 청산금에 대한 신축주택의 취득당시 기준시가는 당연히 분모의 값을 정하는 취득당시의 기준시가에 포함되는 것이 합리적이라고 주장한다.(나) 살피건대 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 따른 감면소득금액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하는 바, 이는 같은 법 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당한 바(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.), 납부한 청산금을 분모의 기준시가에 합산하여 감면소득금액을 산정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9., 조심 2012중964, 2012.4.17. 외 다수 같은 뜻임).

(5) 쟁점④에 관하여 본다.청구인은 장기보유특별공제를 함에 있어 청산금 납부분 양도차익과 종전주택분 양도차익 이외에 ‘청산금 납부분외 양도차익’에 대하여도 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지 기간을 적용하여 추가공제하여야 한다고 주장하나, 동 ‘청산금 납부분외 양도차익’에 대한 장기보유특별공제 적용 관련조항이 2007.2.28. 신설(「소득세법 시행령」 제166조제5항)되어 2007.2.28.이후 양도분부터 적용(「소득세법 시행령」부칙 제3조 참조)되므로 2006.12.22. 양도된 이 건에 대하여는 적용할 수 없어 청구주장을 받아들이기는 어렵다.

(6) 쟁점⑤에 관하여 본다.(가) 청구인은 이 건 부과처분이 종전 해석을 바꾸어 양도소득세를 증액결정한 것으로 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하여 취소하여야 한다고 주장하고, 처분청은 청구인이 법률의 해석 및 적용을 잘못하여 신고한 것에 대한 정당한 경정이라는 의견이다.(나) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는바(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결 참조),이 건의 경우 앞에서 살펴본 바와 같이 과세관청의 종전해석(국세청서면4팀-2109, 2005.11.8.)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산한 처분청의 이 건 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심2012서, 2012.2.23. 등 다수 같은 뜻).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 3호에 의하여 주문과 같이결정한다.[별지] 관련 법령

1. 국세기본법제15조 [신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지]

① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

2. 조세특례제한법제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례](2001.12.29. 법률 제6538호로 개정된 것)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3. 조세특례제한법 시행령제99조의3 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례]

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등]

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은「소득세법」제95조제1항의규정에 의한 양도소득금액 또는「법인세법」제99조제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도

소득

금액

×

취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시 기준시가

양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가

4. 소득세법제90조 [양도소득세액의 감면] (법률 제6292호, 2000.12.29. 개정)제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.제95조 [양도소득금액] (법률 제7837호, 2005.12.31. 개정)

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.(이하 생략)

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.5.소득세법 시행령 제166조[양도차익의 산정 등]①법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1. 청산금을 납부한 경우[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가 후 양도차익”이라 한다) ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항에 따른 필요경비](이하 이 조에서 “관리처분계획인가 전 양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받은 경우[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조 제1항 제2호 및 제3호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비] × (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.(2007.2.28. 신설)

1. 청산금을 납부한 경우[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 “청산금납부분 양도차익”이라 한다) + {[관리처분계획 인가 후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액+ 납부한 청산금)] + 관리처분계획 인가 전 양도차익}( 이하 이 조에서 “기존건물분 양도차익”이라 한다)

2. 청산금을 지급받는 경우제1항 제2호에 따른 가액

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.

기존건물과

그 부수토지의

평가액

×

취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 및 제2항 제1호의 규정에 의한 기준시가

관리처분계획인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 및 제2항 제1호의 규정에 의한 기준시가

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.

<개정 2007.2.28>

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일 전후”는 “관리처분계획인가일 전후”로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

<신설 2007.2.28.>

1. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

2. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는「부가가치세법 시행령」 제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산 한다.

<개정 2007.2.28.>

⑦ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비