입주권 양도 감면소득과 장기보유공제는 어떻게 계산하나?

신축주택 취득기간 안에 취득한 주택이 재개발 등으로 조합원입주권으로 전환되어 양도된다. 재건축조합원은 기존 건물과 부수토지를 제공하고 받은 조합원입주권을 양도한다.

조합원입주권 양도 시 조특법§99의3에 따른 감면대상 소득금액은 당초 취득한 신축주택에 대한 양도소득 범위내에서 감면하는 것임

법령해석과-4034

귀 사전답변의 신청의 (질의1)의 경우 기획재정부 재산세제과-694, 2009.04.02.를 참고하시기 바랍니다.

※ 기획재정부 재산세제과-694, 2009.04.02.

1. 「조세특례제한법」 제99조의 3에 따른 신축주택을 신축주택 취득기간안에 취득한 후 재개발 등으로 당해 신축주택이 조합원입주권으로 전환되어 양도되는 경우에도 양도소득에 대한 양도소득세를 감면할 수 있는 것이나, 당초 취득한 신축주택에 대한 양도소득 범위내에서 감면하는 것입니다.

2. 이 경우 당초 취득한 신축주택에 대한 양도소득은 조합원입주권 양도에 따른 양도차익을 관리처분계획 인가일 현재 당해 신축주택의 평가액에 해당하는 금액으로 안분한 금액을 말하는 것입니다.

또한, (질의2)의 경우와 같이 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 조합원입주권의 양도소득금액을 산정할 때

「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유특별공제액은 같은 조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제1항에 따라 기존건물과 그 부수토지의 관리처분계획인가일까지의 양도차익에 대하여 해당 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간에 해당하는 공제율을 곱하여 계산한 금액을 적용하는 것이며, 이 경우 같은 법 제89조제1항제4호의 요건을 충족하여 1세대1주택에 해당하는 조합원입주권으로서, 주택의 보유기간 중 2년 이상 거주한 경우에는 같은 법 제95조제2항 [표2]에 따른 보유기간·거주기간별 공제율을 적용하는 것입니다.

질의

1. 조합원입주권 양도 시 「조세특례제한법」상 감면대상 소득금액의 계산 방법.

2. 재건축조합원이 조합원입주권을 양도할 때 장기보유특별공제액의 계산 방법.

회답

1. 「조세특례제한법」 제99조의 3에 따른 신축주택을 신축주택 취득기간안에 취득한 후 재개발 등으로 당해 신축주택이 조합원입주권으로 전환되어 양도되는 경우에도 양도소득에 대한 양도소득세를 감면할 수 있는 것이나, 당초 취득한 신축주택에 대한 양도소득 범위내에서 감면하는 것입니다.

이 경우 당초 취득한 신축주택에 대한 양도소득은 조합원입주권 양도에 따른 양도차익을 관리처분계획 인가일 현재 당해 신축주택의 평가액에 해당하는 금액으로 안분한 금액을 말하는 것입니다.

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 조합원입주권의 양도소득금액을 산정할 때 「소득세법」 제95조제1항에 따른 장기보유특별공제액은 같은 조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 제1항에 따라 기존건물과 그 부수토지의 관리처분계획인가일까지의 양도차익에 대하여 해당 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간에 해당하는 공제율을 곱하여 계산한 금액을 적용하는 것이며, 이 경우 같은 법 제89조제1항제4호의 요건을 충족하여 1세대1주택에 해당하는 조합원입주권으로서, 주택의 보유기간 중 2년 이상 거주한 경우에는 같은 법 제95조제2항 [표2]에 따른 보유기간·거주기간별 공제율을 적용하는 것입니다.

국세청 법령해석 사전-2021-법령해석재산-1339 (2021.11.18 회신), "입주권 양도 감면소득과 장기보유공제는 어떻게 계산하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000524717/