부동산매매업자가 토지거래허가 대상 토지를 매매하여 발생한 사업소득에 대하여 양도소득세 신고에 관한 특례규정이 적용되는지 여부

「국세기본법」은 「소득세법」등 개별세법에 우선하여 적용되는데, 「국세기본법」제26조의2 제1항에서 국세부과 제척기간의 기산일을 “국세를 부과할 수 있는 날”로 규정하고 있고, 토지거래허가대상 토지는 허가 받은 날부터 국세의 부과가 가능하므로, 허가받은 날부터 국세부과 제척기간의 기산일이 기산되는 것으로 봄이 타당한 점 등에 비추어, 쟁점거래에 대하여 부과제척기간이 이미 도과하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.

1. 처분개요

가. 부동산매매업자인 청구인은 2009.2.19. 토지거래허가 대상인 OOO 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에 취득하여, 재단법인OOO에 OOO에 양도하기로 하고, 2009.10.30. 대금청산(이하 “쟁점거래”라 한다)하였으나 소유권이전등기와 종합소득세 신고는 하지 못한 채, 다음날 OOO에 쟁점토지를 OOO하였다.

나. 쟁점토지에 대한 토지거래허가 지정이 해제되어, 2013.6.24. 쟁점토지의 소유권이 양수인에게 이전되었음에도, 청구인의 종합소득세 신고가 없자, 처분청은 2019.3.12. 청구인에게 2009년 귀속 종합소득세 OOO을 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 부동산매매업자의 토지매매차익에 대한 국세부과권은 해당 거래에 대한 신고기한의 다음날부터 5년간(무신고는 7년간) 행사할 수 있는데, 쟁점거래에 대한 종합소득세 신고기한은 2010.5.31.이므로, 2015.5.31.(무신고는 2017.5.31.) 부과제척기간이 만료되었음에도 처분청은 위법하게 이 건 처분을 하였다.

(2) 처분청은 쟁점토지가 토지거래허가 대상이므로 신고기한에 대한 특례규정(이하 “특례규정”이라 한다)이 적용된다는 의견이나, 쟁점거래에서 발생한 소득은 양도소득이 아니라 사업소득이므로 특례규정이 적용될 여지는 없다.

(3) 또한, 처분청은 「소득세법」 제69조 제4항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 쟁점거래에도 양도소득 관련 규정이 준용된다는 의견이나, 이는 세액의 계산구조 및 가산세 관련 사항을 준용하라는 것일 뿐, 양도소득 신고기한까지 준용하라는 것은 아니다. 조세는 국민재산권 침해소지가 있으므로, 조세법규는 법적안정성과 예측가능성이 보장되도록 명확하여야 함은 물론, 엄격하게 해석하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 토지거래허가 대상 토지의 매매대금이 청산되었다 하더라도, 그에 따른 실질소득(매매차익)은 허가 또는 해제되어야 비로소 실현되는바, 해당 소득이 양도소득이든 사업소득이든 달리 볼 것은 아니다.

(2) 「소득세법」 체계상 부동산매매업자의 토지 등 매매차익에 대한신고, 결정.경정에 관하여는 종합소득에 대한 규정 외에도 양도소득에 관한 규정을 준용(쟁점규정)하도록 하고 있는바, 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부동산매매업자가 토지거래허가대상 토지를 매매하여 발생한 사업소득에 대하여 양도소득세 신고에 관한 특례규정이 적용되는지 여부나. 관련 법률 등 : ＜별지＞

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 청구인이 쟁점토지를 취득하여, 이 건 심판청구를 제기할 때까지의 경과는 다음과 같다.

(2) 쟁점토지 매매차익에 대한 양측의 입장은 다음과 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 특례규정이 양도소득에 대하여만 적용되는 것으로 사업소득이 발생한 쟁점거래에는 적용될 수 없기 때문에, 이 건 처분 당시 쟁점거래에 대한 부과제척기간은 이미 도과하였다고 주장하나,토지거래허가대상 토지는 허가받기 전에는 매매의 효력이 없고, 그 조건이 성취(허가. 해제)된 날에 비로소 매매의 효력이 발생하여 과세사실이 확정되는바OOO, 이러한 매매의 효력은 세법상 소득구분(양도소득 또는 사업소득)에 따라 달리 판단할 것이 아닌 이상, 사업소득(부동산매매업자)에 해당한다 하여 달리 취급될 수 없는 점,민사법상 매매(토지거래)의 효력이 인정되지 않는 이상, 세법상 특례규정 유무와 관계없이 허가받기 전에는 신고 자체가 불가한바, 특례규정은 매매의 효력에 따른 사후적. 결과적 규정일 뿐, 규정이 있다하여 신고가 늦춰지고, 없다하여 늦춰지지 않는 것이 아닌 점,동일한 부동산매매차익에 해당함에도 「소득세법」상 소득구분을 달리함에 따라 나타나는 조세불형평 문제를 해소하기 위해 사업소득 중 부동산매매차익에 대하여는 광범위하게 양도소득의 규정을 준용하고 있는 점을 고려하면, 쟁점규정의 준용범위에 특례규정도 포함된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이고, 설령 쟁점규정을 문리 해석하더라도, 결정.

경정(부과권)에 대하여는 양도소득세의 관련 규정을 준용한다고 명시적으로 규정하고 있는 점,「국세기본법」은 「소득세법」등 개별세법에 우선하여 적용되는데, 「국세기본법」 제26조의2 제1항에서 국세부과 제척기간의 기산일을 “국세를 부과할 수 있는 날”로 규정하고 있고, 토지거래허가대상 토지는 허가받은 날부터 국세의 부과가 가능하므로, 허가받은 날부터 국세부과 제척기간의 기산일이 기산되는 것으로 봄이 타당한 점 등에 비추어, 쟁점거래에 대하여 부과제척기간이 이미 도과하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련법령

(1) 국세기본법(2009.2.6. 법률 제9412호로 개정된 것)제3조(세법등과의 관계) ①이 법은 세법에 우선하여 적용한다. 다만, 세법이 이 법 제2장 제1절, 제3장 제2절·제3절 및 제5절, 제4장 제2절(「조세특례제한법」 제104조의7 제4항의 규정에 따른 제2차 납세의무에 한한다), 제5장 제1절·제2절 제45조의2·제3절(「조세특례제한법」 제100조의10 및 같은 법 제100조의34에 따른 가산세에 한한다), 제6장제51조 및 제52조와 제8장에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법이 정하는 바에 의한다.제26조의2(국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. ＜개정 2008.12.26＞

2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5연간⑤제1항 각호의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법 시행령제12조의3(국세부과제척기간의 기산일)

① 법 제26조의2 제5항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(「종합부동산세법」 제16조 제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

(3) 소득세법 (2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)제39조(총수입금액과 필요경비의 귀속연도 등)

① 거주자의 각 과세기간 총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.제64조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례)

① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 “부동산매매업”이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 “부동산매매업자”라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제4호부터 제8호까지 및 제10호의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익(이하 이 조에서 “주택등매매차익”이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

1. 종합소득 산출세액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세제69조(부동산매매업자의 토지등 매매차익예정신고와 납부)

① 부동산매매업자는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 토지등의 매매차익이 없거나 매매차손이 발생하였을 때에도 또한 같다.

② 제1항에 따른 신고를 “토지등 매매차익예정신고”라 한다.

③ 부동산매매업자의 토지등의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매가액에서 제97조를 준용하여 계산한 필요경비를 공제한 금액에 제104조 제1항 각 호에서 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 다만, 토지등의 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제104조 제1항 제2호 및 제3호에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

④ 토지등의 매매차익에 대한 산출세액의 계산 및 결정.경정에 관하여는 제107조 제2항 및 제114조를 준용한다.

⑤ 토지등의 매매차익과 그 세액의 계산 및 예정신고납부 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제70조(종합소득과세표준 확정신고)

① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.제80조(결정과 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.2의

7. 제104조의3의 규정에 의한 비사업용 토지제105조(양도소득과세표준 예정신고)

① 제94조 제1항 각 호에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.제110조(양도소득과세표준 확정신고)

① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정.경정 및 통지)

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

(4) 소득세법 시행령제48조(사업소득의 수입시기) 사업소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각 호에 규정하는 날로 한다. ＜개정 2009. 2. 4.＞

11. 제1호 내지 제10호의4에 해당하지 아니하는 자산(주택신축판매업의 경우의 주택과 부동산매매업의 경우의 부동산을 포함한다)의 매매 : 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권등의 이전에 관한 등기 또는 등록을 하거나 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 등기·등록일 또는 사용수익일로 한다.