청구인이 원시취득한 쟁점건물에 대하여 양도인이 원인무효인 소유권보존등기를 경료한 것인바, 청구인이 쟁점건물을 제3자에게 공급한 사실이 없으므로 이를 전제로 한 이 건 부가가치세 부과처분이 위법,부당하다는 청구주장의 당부

청구인이 쟁점건물 도급공사를 체결하여, 공사대금을 지급한 사실이 확인되는 반면, 이 건 처분근거인 쟁점건물의 소유권이전은 현재 소송 중인 점을 고려하면, 그 이전의 유효성을 단정하기 어려워 보이므로, 처분청은 소송 등의 사실관계 등을 재조사할 필요가 있음

1. 처분개요

가.청구인은 2022.1.5. A(이하 “양도인”이라 한다)과 전라남도 함평군 OOO 임야 12,136㎡(2022.10.7. 지목변경 및 2022.11.16. 분할로 현재 전라남도 함평군 OOO 전 7,826㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)을 매수하는 것으로 하여 매매계약을 체결한 후, 2022.6.29. 쟁점토지 소재에서 곤충사육업을 영위하는 것으로 사업자등록을 하였고, 쟁점토지 지상에 동식물관련시설 7동(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 건축공사에 대한 도급계약을 체결하여 쟁점건물 신축공사를 청구인의 자금으로 진행한 후 2022.9.27. 쟁점건물에 대한 사용승인을 받았으나, 2022.10.14. 양도인이 자신의 명의로 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 마쳤다.

나.광주지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 양도인 소유의 쟁점토지에 쟁점건물을 신축하여 양도인에게 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 하였는바, 이는 「부가가치세법」제9 조에 따른 재화의 공급에 해당하므로, 쟁점건물의 시가를 과세표준으로 하여 쟁점건물 완공시점에 부가가치세를 부과하여야 한다는 취지의 감사지적을 하였고, 이에 따라 처분청은 청구인이 2022년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 양도인에게 쟁점건물을 공급하였음에도 관련 부가가치세 신고를 누락한 것으로 보아 2024.8.29. 청구인에게 2022년 제2기 부가가치세 OOO원을 결정.고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2024.11.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점건물을 양도인에게 공급한 사실이 없다. (가) 일반적으로 자기의 노력과 재료를 들여 건물을 건축한 사람은 그 건물의 소유권을 원시취득하는 것이고, 도급계약에 있어서는 수급인이 자기의 노력과 재료를 들여 건물을 완성하더라도 도급인과 수급인 사이에 도급인명의로 건축허가를 받아 소유권보존등기를 하기로 하는 등 완성된 건물의 소유권을 도급인에게 귀속시키기로 합의한 것으로 보여질 경우에는 그 건물의 소유권은 도급인에게 원시적으로 귀속되며(대법원 1990.4.24. 선고 89다카18884 판결 참조), 건축허가는 행정관청이 건축행정상 목적을 수행하기 위하여 수허가자에게 일반적으로 행정관청의 허가 없이는 건축행위를 하여서는 안된다는 상대적 금지를 관계법규에 적합한 일정한 경우에 해제하여 줌으로써 일정한 건축행위를 하여도 좋다는 자유를 회복시켜주는 행정처분일 뿐 수허가자에게 어떤 새로운 권리나 능력을 부여하는 것이 아닌바, 자기 비용과 노력으로 건물을 신축한 자는 특별한 사정이 없는 한 그 건축허가가 타인의 명의로 된 여부에 관계없이 그 소유권을 원시취득한 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2002.4.26. 선고 2000다16350 판결, 같은 뜻임). (나) 이 건의 경우 청구인은 2021.12.9. 쟁점건물의 신축공사에 대한 도급계약을 유한회사 B과 체결하고, 쟁점건물의 신축 공사에 필요한 공사대금을 금융기관으로부터 청구인 명의로 차입하여 도급계약에 따른 공사대금을 지급하였으며, 청구인과 공사업자간에 쟁점건물의 원시취득자를 청구인으로 한다는 내용의 협의도 존재하였는바, 청구인이 쟁점건물 신축공사가 완료된 후 원시취득자에 해당하였다고 볼 수 있다.

(다) 청구인은 쟁점건물에 대하여 양도인에게 증여하거나 명의신탁을 하여 양도인 명의로 소유권보존등기를 하도록 하는 등의 사실이 없었으나, 부동산 개발 임대 사업의 실패로 인해 쟁점건물에 대한 보존등기시 납부하여야 할 제세공과금(취ㆍ등록세 등)을 납부하지 못하여 쟁점건물에 대한 소유권보존등기 관련 절차를 미루던 중 양도인이 원인무효인 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 마친 것이다. (라) 이러한 사실관계를 고려할 때 처분청은 청구인이 쟁점건물을 양도인에게 공급한 사실이 없음에도 이 건 부가가치세 부과처분을 청구인에게 하였는바, 이는 위법ㆍ부당한 처분이다.

(2) 한편, 청구인이 양도인을 상대로 양도인이 마친 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 말소등기하고, 쟁점토지에 대하여 2021.12.30.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행해달라는 취지의 소유권보존등기말소등기청구 등 소송을 제기하여 위 소송이 진행중임에도, 처분청은 쟁점건물의 등기사항전부증명서상 양도인이 소유권보존등기를 마친 것으로 확인되고, 위 소송이 진행 중이어서 그 결과를 알 수 없으므로 청구인에 대한 이 건 부가가치세 부과처분을 취소할 수 없다는 의견이나, 「민법」상 법률행위로 인한 부동산 물권의 득실변경에 관하여 등기라는 공시방법을 갖추어야만 비로소 그 효력이 생기는 형식주의를 채택하고 있음에도 불구하고 등기에 공신력이 인정되지 아니하고, 법 생활의 실태에 있어서는 상당기간 동안 의사주의를 채택한 구 「민법」에 따른 부동산 거래의 관행이 잔존하고 있었던 점에 비추어 볼 때, 「국세기본법」상 실질과세의 원칙에 따라 등기사항전부증명서상 내용이 아닌 실질을 고려하여 청구인이 쟁점건물을 원시취득한 것으로 보아야 할 것이므로 이 건 부과처분은 위법ㆍ부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「부가가치세법」제9조 제1항은 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 청구인은 자신의 책임하에 쟁점건물을 신축하여 관련 매입세액을 공제받은 후 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 양도인 명의로 마친 이상 이는 쟁점건물을 양도인에게 재화를 공급한 것으로 볼 수 있는바, 쟁점건물의 공급에 대하여 청구인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 한편, 청구인은 양도인이 원인없이 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 마친 것이므로 이를 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당한다고 볼 수 없다고 주장하나, 「부가가치세법 시행령」제18조 제3항 각 호에서 규정한 경매ㆍ공매 등을 원인으로 재화의 소유권을 양도하거나 인도한 경우로서 재화의 공급으로 보지 않는 경우에 해당하지 않으므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 원시취득한 쟁점건물에 대하여 양도인이 원인무효인 소유권보존등기를 마친 것인바, 청구인이 쟁점건물을 양도인에게 공급한 사실이 없으므로 이를 전제로 한 이 건 부가가치세 부과처분이 위법.부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.(가) 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 2022.1.5. 양도인과 쟁점토지에 대한 매매계약을 체결하였으나, 쟁점토지 등기사항전부증명서상 청구인에게 쟁점토지의 소유권이 이전된 내역은 확인되지 않는다.

＜표1＞

쟁점토지 매매계약서

○○○

＜표2＞ 쟁점토지 등기사항전부증명서(일부 발췌)

○○○

(나) 쟁점건물의 건축물대장상 건축주 및 시공자는 양도인으로 확인되고, 사용승인일은 2022.9.27.로 나타나며, 쟁점건물의 등기사항전부증명서상 2022.10.14. 양도인이 소유권보존등기를 마친 것으로 확인된다.

＜표3＞

쟁점건물 건축물대장(일부 발췌)

○○○

＜표4＞ 쟁점건물 등기사항전부증명서(일부 발췌)

○○○

(다) 청구인은 쟁점건물 신축공사와 관련하여 유한회사 B로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서를 수취한 후 위 세금계산서상 매입세액 OOO원을 공제대상 매입세액으로 신고하여 2022.8.18. 2022년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급받은 것으로 확인된다.

(2) 청구인이 자신이 쟁점건물의 원시취득자이므로 쟁점건물을 양도인에게 공급한 사실이 없다고 주장하면서 제출한 자료는 다음과 같다.(가) 청구인은 쟁점건물 신축공사와 관련하여 유한회사 B과 아래 ＜표5＞와 같이 도급계약을 체결하고, 쟁점토지를 담보로 금융기관에서 자금(＜표2＞ 및 ＜표4＞ 기재 쟁점토지 및 쟁점건물 등기사항전부증명서상 근저당권 설정내역 참고)을 차입한 후 도급계약에 따른 공사대금을 지급하여 쟁점건물에 대한 신축공사를 완료하였다고 주장하면서 도급계약서 및 시공자의 사실확인서 등을 제출하였다.

＜표5＞

쟁점건물 도급계약서

○○○

(나) 청구인은 쟁점토지에 대하여 양도인의 주식회사 OOO은행에 대한 금융채무를 대위변제하여 ＜표1＞의 쟁점토지 매매계약상 매매대금을 양도인에게 지급하였으나 양도인이 쟁점토지에 대한 소유권이전등기절차를 이행하지 않아 쟁점토지의 소유권을 이전받지 못한 것이고, 쟁점건물 또한 양도인이 원인없이 자신의 명의로 소유권보존등기를 마친 것이라고 주장하면서 송금증 및 양도인을 상대로 소유권보존등기말소등기청구 등의 소송을 제기하면서 작성한 소장을 제출하였다.

＜표6＞

청구인이 제출한 송금증

○○○

＜표7＞ 청구인이 제기한 민사소송 소장

○○○

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 양도인 소유의 쟁점토지를 무상으로 사용하면서 쟁점토지 지상에 자신의 자금으로 쟁점건물을 신축한 뒤 이를 양도인 명의로 소유권보존등기를 마친 이상 이는 양도인에게 쟁점건물을 공급한 것으로서 「부가가치세법」제9조 제1항에 따른 재화의 공급에 해당한다는 의견이나, 쟁점토지 등기사항전부증명서에 따르면 양도인이 2017.8.1. 쟁점토지를 담보로 하여 채무자를 양도인으로 하고 OOO은행 주식회사를 근저당권자로 하여 설정된 근저당권이 2020.9.17. 근저당권설정등기말소등기가 마쳐진 것으로 확인되고, 청구인이 제출한 송금증에 따르면 위 근저당권설정등기말소등기가 마쳐진 2020.9.17. OOO은행 주식회사에 OOO원이 송금된 것으로 나타나는바, 청구인이 양도인과의 쟁점토지 매매계약상 매매대금을 양도인의 금융채무를 대위변제하는 방식으로 지급하였다는 청구인의 주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구인이 쟁점토지에 관한 양도인과의 매매계약에 따른 매매대금을 지급하여 사실상 쟁점토지의 소유자로 볼 수 있다면, 청구인이 양도인에게 쟁점토지를 무상으로 사용하는 조건 등에 기인하여 계약상 또는 법률상 원인에 따라 쟁점건물에 대한 소유권을 양도인에게 이전할 이유가 없어 보이는 점, 또한 청구인이 쟁점건물의 신축공사에 대한 도급계약을 체결한 후 공사대금을 지급한 사실이 쟁점건물 도급계약상 시공사가 작성.

제출한 사실확인서 및 관련 매입세금계산서 등을 통해 확인되는 점, 청구인이 양도인을 상대로 쟁점건물의 소유권보존등기말소등기 청구 등의 소송을 제기한 상황에서 양도인에게 계약상 또는 법률상 원인에 따라 쟁점건물을 공급한 사실이 확정되었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지 및 쟁점건물의 소유권과 관련된 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 처분의 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령(1)부가가치세법제9조(재화의 공급)

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)부가가치세법 시행령제18조(재화 공급의 범위)

① 법 제9조 제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 현금판매, 외상판매, 할부판매, 장기할부판매, 조건부 및 기한부 판매, 위탁판매와 그 밖의 매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

2. 자기가 주요자재의 전부 또는 일부를 부담하고 상대방으로부터 인도받은 재화를 가공하여 새로운 재화를 만드는 가공계약에 따라 재화를 인도하는 것

3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

5. 국내로부터 보세구역에 있는 창고(제2항제1호 및 제2호에 따른 창고로 한정한다)에 임치된 임치물을 국내로 다시 반입하는 것

③ 제1항 제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 않는다.

1. 「국세징수법」 제66조에 따른 공매(같은 법 제67조에 따른 수의계약에 따라 매각하는 것을 포함한다)에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

2. 「민사집행법」에 따른 경매(같은 법에 따른 강제경매, 담보권 실행을 위한 경매와 「민법」ㆍ「상법」 등 그 밖의 법률에 따른 경매를 포함한다)에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

3. 「도시 및 주거환경정비법」, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우

4. 「도시 및 주거환경정비법」 제64조 제4항에 따른 사업시행자의 매도청구에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

(3) 민법제186조(부동산물권변동의 효력) 부동산에 관한 법률행위로 인한 물권의 득실변경은 등기하여야 그 효력이 생긴다.제187조(등기를 요하지 아니하는 부동산물권취득) 상속, 공용징수, 판결, 경매 기타 법률의 규정에 의한 부동산에 관한 물권의 취득은 등기를 요하지 아니한다. 그러나 등기를 하지 아니하면 이를 처분하지 못한다.