중소기업 판정기준 매출액 산정시 관계기업간 내부거래분은 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

관계기업의 매출액 기준 중소기업 판단은 관계기업 전체의 매출액을 기준으로 하는 것이 그 제도의 취지에 부합하므로 관계기업의 매출액 산정시 내부거래분을 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012사업연도에 대한 법인세 과세표준 및 세액 신고시 중소기업에 해당하는 것으로 보아 연구·인력개발비 세액공제 OOO 및 어음제도개선을 위한 세액공제 OOO을 적용하여 신고·납부하였다.

나. OOO은 청구법인에 대한 법인세 기획분석 결과, 관계기업의 2012사업연도 매출액 총액이 OOO원 이상이므로「조세특례제한법」제2조제1항 제3호를 충족하지 못한 것으로 보아, 연구·인력개발비 세액공제를 재계산하고 어음제도개선을 위한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 배제하여 2014.1.7. 처분청에 과세자료 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2014.1.15. 2012사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.3.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

제조업을 영위하는 중소기업이 기업구조개선을 위한 수직계열화 과정에서 발생한 쟁점 내부거래는 실질 매출액에 해당하지 않음이 분명함에도 내부거래를 실질 매출액으로 보아 중소기업 여부를 판정하는 것은 그 거래의 실질에 비추어 타당하지 아니하다.「조세특례제한법」상 중소기업 판정을 위한 매출액 산정은「조세특례제한법 시행규칙」제2조제4항에 의하여 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액을 의미하며,현행 일반기업회계기준에서는 지배, 종속관계에 있는 관계회사는 연결재무제표를 작성하여야 하는 법인으로서 연결재무제표 작성 시 수익, 비용 및 배당을 포함하는 연결실체 내의 거래와 잔액은 모두 제거되는 바, 관계기업간 내부거래가 제거된 후 매출액을 기업회계기준에 따른 손익계산서 매출액으로 보아야 하며,이렇게 계산하면 청구법인과 관계기업의 2012사업연도 매출액은 OOO 미만이므로 청구법인은「조세특례제한법」에 의한 중소기업에 해당한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 제3호에 따라 실질적인 독립성 기준을 판단하는 경우 연결재무제표가 아닌 개별재무제표를 기준으로 판단하는 것이고,「조세특례제한법 시행규칙」제2조제4항의 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액은 개별 손익계산서에 의한 매출액을 의미하는 것이며, 청구법인의 2012사업연도 관계기업 매출액은 OOO 이상에 해당하여 청구법인은「조세특례제한법」에 의한 중소기업에 해당하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점중소기업 판정을 위한 매출액에 관계회사간 내부거래 매출액을 포함하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)제10조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】①내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액1)중소기업인 경우: 100분의 252)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 : 다음의 구분에 따른 비율가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15나)가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 103)

1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

(2) 조세특례제한법 시행령(2013.2.1. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것)제2조【중소기업의 범위】①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), -(중 략)- 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원 수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.1.상시 사용하는 종업원 수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것3.실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 -(중 략)- 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.다만, 중소기업이다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우2.유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우3.제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우4.창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우④제1항 각 호 외의 부분 단서및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원 수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤제1항을 적용할 때 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(3)조세특례제한법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것)제2조【중소기업의 범위】④영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

(4) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)제2조【정의】이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.3."관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.제3조【중소기업의 범위】①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.1.해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업.다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가.상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업나.자산총액이 5천억원 이상인 기업다.자기자본이 1천억원 이상인 기업라.직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업2.소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업다.관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수 등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업제3조의2【지배 또는 종속의 관계】

① 지배 또는 종속의 관계란 기업 또는 개인이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업 또는 개인(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다.

1. 지배기업, 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 단독으로 또는 합산하여 종속기업의 의결권있는 발행주식 총수 또는 출자총액(이하 "주식등"이라 한다)의100분의 50 이상을 소유하는 경우가.지배기업의 의결권 있는 주식등의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 자로서 그 지배기업의 최대주주 또는 최다지분 소유자(이하 "최다출자자"라 한다)나. 가목에 해당하는 자의 친족[배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다), 8촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척을 말한다]제7조의2【관계회사의 상시근로자수등의 산정】

① 관계회사에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등의 산정은 별표 2에 따른다.

③ 제1항에 따른 상시근로자수 등은 관계회사에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등에 따른다.

<별표 1>

중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1호 관련)<별표 2> 관계회사의 상시근로자수 등의 산정기준(제7조의2 관련)

3. 지배기업이 종속기업에 대하여 직접 지배로서 실질적 지배를 하는 경우에는 지배기업 또는 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 다음 각 목에 따라 계산한다.

가. 지배기업의 전체 상시근로자수 등은 그 지배기업의 상시근로자수 등에 종속기업의 상시근로자수 등을 합산한다.

나. 종속기업의 전체 상시근로자수 등은 그 종속기업의 상시근로자수 등에 지배기업의 상시근로자수 등을 합산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 주식회사 OOO(이하 OOO이라 한다)은 1976년 국내 최초로 OOO 시험재배에 성공한 후 1978.7.20. 설립된 OOO를 기반으로 한 건강식품 및 화장품 제조기업이며,청구법인은 2000.5.1. OOO으로부터 인적분할의 방법으로 설립되어, OOO를 비롯한 천연식물을 이용한 건강식품 및 OOO 화장품의 제조 및 판매 사업을 영위하고 있으며, OOO은 2012.1.2. 투자부문과 제조부문이 혼재되어 기능별 전문성을 강화할 목적으로 지주부문으로 영위할 존속법인 OOO과 제조부문으로 영위할 분할신설법인인 주식회사 OOO으로 물적분할하였다. 청구법인은 2012년 중 지배구조 개편을 위해 개인주주 지분을 정리하여 2012.12.31. 현재 청구법인의 관계기업 현황은 아래 <표1>과 같다.

<표1>

관계기업 현황(2012.12.31. 현재)

(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구법인은 2011사업연도에 중소기업요건에 해당하였으나, 2012.1.1. 시행「중소기업기본법 시행령」의 개정에 의한 관계회사간 합산 매출액 OOO을 기준으로 하여 볼 때, 처분청은 2012사업연도 감사보고서에 따른 관계회사의 매출액은 아래<표2>와 같이 OOO으로 보아야 하므로 중소기업에 해당하지 않는다는 의견이고 청구법인은 관계회사간 내부거래를 제거하면 OOO으로 보아야 하므로 중소기업에 해당한다는 주장이다.

<표2>

2012사업연도 청구법인과 그 관계기업의 매출액

(3) 실질적으로 중소기업의 범위를 넘는 관계기업을 중소기업에서 제외함으로써 공정하고 경쟁 촉진적인 중소기업 경영환경을 조성하기 위하여 2011.12.28. 「중소기업기본법 시행령」이 개정되었고,「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호 다목은 “관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수 등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업”이라는 내용으로 신설되어 이에 해당할 경우 제3조 제1항 제2호 본문에 따라 중소기업에서 제외하도록 소유와 경영의 실질적 독립성 요건이 강화되었으며, 이와 관련하여「조세특례제한법 시행령」제2조제1항이 개정되었고, 2012.2.2. 기획재정부가 발간한 2011 간추린 개정세법(314쪽)의 관련 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3>

2011 간추린 개정세법(314쪽)

(4) 처분청은 청구법인의 중소기업 요건 충족 여부에 대하여「조세특례제한법 시행규칙」제2조제4항의 ‘기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액’은 개별재무제표의 매출액 기준에 의하는 것으로 하여 2012.12.31. 청구법인의 매출액은 OOO이나 관계기업 전체를 합산할 경우 OOO이 되어 결과적으로 중소기업 요건인 매출액 OOO을초과하게 됨으로써 중소기업에서 제외한 것으로 나타난다.

(5)2012.2.2. 대통령령 제23590호로「조세특례제한법 시행령」제2조제5항이 개정되면서 종전에 “「중소기업기본법 시행령」제3조제2호 가목·나목 및 별표 1의 개정”이라는 부분이 “「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정”으로 개정되었으며, 이와 관련하여 기획재정부가 발간한 2011 간추린 개정세법 215쪽의 관련 내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4>

2011 간추린 개정세법(215쪽)(6)이에 대하여 청구법인의 주장은 아래와 같다.(가) 청구법인은 OOO브랜드의 건강식품 및 화장품을 OOO제조를 의뢰하여 매입한 후 최종적으로 한국내 고객에게 판매하는 수직계열화 방식의 기업구조로서 제품 대부분을 OOO으로부터 매입해야 하는바, 물적분할 전인 2011년 중에는 OOO으로부터 OOO, 2012년 중에는 OOO을 매입하는 내부거래를 한 바 있다.(나) 지주회사 체제는 과거 우리 경제의 뿌리깊은 문제점이 있던 기업집단내의 순환출자 문제와 국내·외의 경제 위기 발생 시 신속한 기업구조조정의 편리함으로 인하여 정부에서 적극 장려하던 정책으로 중소기업이었던 OOO도 이를 위하여 지주회사 체제로 적극 개편하면서 순환출자의 문제도 해소키 위해 개인주주 지분까지 정리한 것이다.(다) 지주회사 체제로의 구조변경으로 제조법인과 판매법인을 분리한 결과 필연적으로 발생하는 OOO제조법인과 판매법인간 내부거래는 그 실질이 소비자에 대한 진정한 매출에 해당하지 아니하므로 형식에 치우쳐 그 실질을 무시하고 관계회사 매출액을 단순 합산하여 중소기업 여부를 판정한 이 건 부과처분은 실질과세의 원칙에 반하는 부당한 부과처분인 것이다.(라)「조세특례제한법 시행규칙」제2조제4항에서는 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액이라고만 제시하고 있고 이를 별도재무제표를 말하는 것인지, 연결재무제표를 말하는 것인지 명확하지 않으므로,기업실체에 대한 보다 정확한 재무정보를 제공하여야 하는 기업회계기준의 기본원칙으로 볼 때 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상 매출액은 마땅히 연결재무제표 기준 매출액이어야 하는 것이며 관계회사 매출액을 단순합산하여 중소기업이 아닌 것으로 판정한 이 건 부과처분은 그 사실관계의오해에서 비롯된 부당한 과세처분인 것이다.

(7) 처분청의 의견은 아래와 같다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 법규상 동일한 법문에 대하여는 동일한 의미로 해석하여야 하며 다르게 해석하거나 적용하여서는 아니 된다. (나)「법인세법」제25조는 접대비 한도액을 계산할 때, 해당 사업연도의 수입금액에 일정률을 곱하여 계산하도록 규정되어 있고,「법인세법 시행령」제40조제1항은 접대비 한도액 계산시 수입금액은 “기업회계기준에 따라 계산한 매출액”을 말한다고 규정되어 있다. 이는 기업회계기준에 의하여 작성된 개별기업 손익계산서 상의 매출액을 말하는 것이고,「법인세법」제52조제1항에 따른 특수관계인과의 거래에서 발생한 수입금액에 대하여는 별도의 규정을 두어 그 수입금액에 일정한 적용률을 곱하여 산출한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 접대비 한도액을 계산하도록 되어 있다. (다) 그러나,「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 단서규정 및「조세특례제한법 시행규칙」제2조제4항은 관계기업 요건 판단시 매출액은 ‘기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액’이라고 규정되어 있을 뿐 특수관계인과의 거래에서 발생하는 수입금액이나연결법인간 내부거래로 발생한 수입금액에 대하여는 차감한다는 별도의 규정이 없으므로, ‘기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액’은 개별기업의 손익계산서 상의 매출액을 의미한다고 보아야 한다.

(라) 국세청 법인세과에서는「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 제3호에 따라 실질적인 독립성 기준을 판단하는 경우,「중소기업기본법 시행령」제3조제1호 나목에서 규정한 ‘직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액’은 연결재무제표가 아닌 개별재무제표를 기준으로 판단하는 것(법인세과-1205, 2010.12.30.)이라고 해석한 바 있으므로,청구법인의 2012사업연도 관계기업 매출액은 OOO으로 매출액기준 OOO 이상에 해당하므로 청구법인은「조세특례제한법」제3조제1항 제2호에 의하여 중소기업에 해당하지 아니한다.

(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 관계기업 제도는 대기업 또는 중소기업 규모로 그룹을 형성하여 계열사와 합하면 실질적으로 대기업 규모인 기업들이 각각 중소기업으로 분류되어 각종 지원을 받는 불합리한 사례가 발생하여 이러한 기업들을 중소기업에서 제외하고자 하는 취지로 보이는 점, 관계기업에 대한 매출액 기준 중소기업 판단은 관계기업을 구성하는 기업 전체의 매출액을 기준으로 하는 것이 그 제도의 취지에 부합하는 점 등에 비추어 관계기업의 매출액 산정 시 관계기업간 내부거래를 차감하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.