청구종중이 조특법 제69조 의 자경농지 감면규정을 적용하여 양도소득세를 신고·납부한 데 대해 8년 자경 감면을 부인하고 법인세를 과세한 처분의 당부

청구종중 스스로 신청하여 법인격을 승인받은 이상, 세법상 법인으로 취급한 것은 정당하며, 이후 청구종중이 이에 대한 이의 등을 제기하거나 법인으로 보는 단체의 승인이 취소된 사실도 없는 점, 청구종중이 「국세기본법」제13조 제2항에서 법인으로 보는 단체로 보는 요건으로 규정한 세 가지를 모두 갖춘 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청에서 청구종중이 신고한 양도소득세 예정신고 및 8년 자경감면을 부인하고 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구종중은 선조를 숭앙하고 묘사 및 묘소관리와 친척간 화목을 도모함을 목적으로 설립된 종중으로 2016.5.2.「국세기본법」제13조제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인을 받았다.

나. 청구종중은 1991.8.1. 취득한 OOO전 512㎡(이하 “쟁점토지1”이라 한다)와 OOO 답 1,111㎡(이하 “쟁점토지2”라 하고, 쟁점토지1·2를 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 각각 2017.7.21., 2018.12.14. 양도한 후 2017.8.25., 2018.12.26. 각각의 산출세액 OOO에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 자경농지에 대한 감면(이하 “8년 자경감면”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. OOO지방국세청장이 2020년 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구종중이 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리내국법인으로서 8년 자경감면 및 양도소득세 예정신고를 부인하고 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과하도록 통보하자, 처분청은 2020.8.11. 2017사업연도 법인세 OOO과 2018사업연도 법인세 OOO을 각각 경정·고지하였다.

라. 청구종중은 이에 불복하여 2020.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견가. 청구종중 주장

(1) 청구종중이 은행에 예치하고 있는 예금의 명의가 법적으로 대표자의 개인재산으로 간주되어 대표자가 건강보험료 등 재정적으로 불이익을 받고 있어 예금과 묘제를 단체의 재산으로 하기 위해 처분청에 관련 신청서를 접수하였던 것으로 이 신청으로 인해 청구종중이 법인으로 의제되는지 알지 못하였다.

(2) 쟁점토지는 1980.9.27. 이전부터 청구종중이 소유해왔고 고유번호증을 발급받을 때까지 8년 이상 경작하였으며, 법인으로 의제받기 전에는 문중원간 이익의 분배 방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않는 관계 등으로 보아 법인이 아닌「소득세법」상 1거주자 단체에 해당하므로 2016.5.10. 이전의 양도소득은「소득세법」과 조특법을 적용해야 하며, 비영리법인으로 의제된 2016.5.10. 이후부터 쟁점토지의 양도일까지「법인세법」을 적용해야 함에도, 청구종중에 대해 쟁점토지의 취득일부터「법인세법」을 적용하는 것은 법률의 불소급원칙에 반한다.

(3)「법인세법」제62조의2제4항에서는 자산의 양도소득 계산과 관련하여 양도가액과 필요경비 및 양도차익의 계산은「소득세법」제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용하고, 승인의제 비영리법인의 경우에는 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다고 되어 있으며, 같은 법 제5항에서는 과세표준의 계산은「소득세법」제101조및 제102조를 준용한다고 되어 있다.

(4) 감면소득의 안분계산은 1거주자에서 법인으로 바뀌는 것을 농지가「도시계획법」에 따라 주거지역에 편입되는 것과 같은 것으로 보아조특법 시행령 제66조제7항을 적용하여 계산하며, 위에 열거한「법인세법」과「소득세법」에 따라 법인세와 소득세의 감면세액을 산정해 보면 법인세 납부할 세액은 OOO이 되고, 소득세 감면세액은 OOO으로 계산된다.

(5)「국세기본법」제13조제2항에는 “단체 대표자가 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다”라고 되어 있으나 이 조항은 법인으로 의제된 후부터 적용하는 것으로 보는 것이 타당하다.「소득세법」상 1거주자인 단체가 종료되지 않고서「법인세법」을 적용할 수 없는 것이다. 따라서 처분청이 청구종중에 대해 쟁점토지를 취득할 때부터 비영리법인으로 의제하는 것은 법률을 소급하여 적용한 것이며, 2016.5.10. 이전의 쟁점토지의 양도소득은「소득세법」과 조특법을 적용해야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 비영리내국법인이 자산을 양도하고 자산의 양도소득에 대해 과세특례규정에 따라 신고하는 경우조특법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정은 적용이 불가하다.

(2) 청구종중은 2016.5.2. 법인으로 보는 단체로 승인된 이후 2017년 7월과 2018년 12월에 법인의 지위에서 쟁점토지를 양도하였으며,「국세기본법」제13조제2항에서 종중과 같은 법인격 없는 단체는 신청에 따라 법인으로 인정되는 것으로 규정하고 있고, 청구종중은 2016.4.28. 김종진을 대표자로 하여 법인으로 보는 단체로 신청한 사실이 확인되는 등 청구종중 스스로 신청하여 이를 승인받은 이상 세법상 청구법인을 법인으로 취급한 것은 정당하고 이는 법률을 소급 적용한 것으로 볼 수 없다.

(3) 따라서 처분청이 청구종중에 대해 상기와 같이 법인으로 보는 단체로 승인한 후, 쟁점토지를 양도하여 거주자에 적용하는 조특법 상 감면규정을 부인하여 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구종중이조특법 제69조의 자경농지 감면규정을 적용하여 양도소득세를 신고·납부한 데 대해 8년 자경 감면을 부인하고 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제13조(법인으로 보는 단체)

① 법인(「법인세법」제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는「소득세법」에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

(2) 국세기본법 시행령제8조(법인으로 보는 단체의 신청·승인 등)

① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(「법인세법」제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 그 밖에 필요한 사항

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에「부가가치세법 시행령」제12조제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서「법인세법」제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.

(3) 법인세법제1조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

다.「국세기본법」제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)제3조(과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입제6조(사업연도)

① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

② 법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장(제12조에 따른 세무서장을 말한다. 이하 같다)에게 사업연도를 신고하여야 한다.

⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제60조(과세표준 등의 신고)

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례)

① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. (이하 생략)

③ 제2항을 적용할 때「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서「소득세법」제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.

④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는「소득세법」제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만,「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며,「국세기본법」제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는「소득세법」제101조및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.제66조(결정 및 경정)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

(4) 법인세법 시행령제2조(수익사업의 범위)

② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구종중이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실관계가 나타난다.(가) 청구종중은 2016.4.28. 처분청에 대표자를 OOO으로 하여 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하였고, 2016.5.2. 처분청으로부터 승인을 받은 것으로 나타난다.(나) 청구종중의 회칙과 회의록의 주요내용은 다음 ＜표1·2＞와 같고, 청구종중의 재산분배에 관한 규정은 확인되지 않는다.OOO(다) 처분청이 2016.5.10. 발급한 고유번호증을 보면 청구종중이 수익사업을 하지 않는 비영리법인 등으로 하여 고유번호OOO를 발급받은 것으로 나타난다.(라) 청구종중은 1991.8.1. 취득한 쟁점토지1과 쟁점토지2를 각각 2017.7.21., 2018.12.14. 양도한 후 2017.8.25., 2018.12.26.조특법 제69조의 8년 자경감면 규정을 적용하여 다음 ＜표3＞과 같이 각각 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 OOO지방국세청장의 종합감사에 따른 시정조치에 따라 청구종중이 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다는 이유로 8년 자경감면 및 양도소득세 예정신고를 부인하고 2020.8.11. 청구종중에게 2017사업연도 법인세 OOO과 2018사업연도 법인세 OOO을 각각 경정·고지한 것으로 나타난다.OOO(마) 청구종중이 위 ＜표3＞과 같이 양도소득세를 신고하면서 처분청에 종중원이 쟁점토지를 자경하였다는 증빙자료로 경작사실확인서 등을 제출한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구종중은 금융기관에 예치된 종중자금의 명의를 변경하기 위해 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 것으로 승인일 이전은 1거주자로 이후는 비영리법인으로 보아야 한다고 주장하나,「국세기본법」제13조제2항에서 종중과 같은 법인격 없는 단체는 신청에 따라 법인으로 인정되는 것으로 규정하고 있고, 청구종중은 2016.4.28. 김종진을 대표자로 처분청에 법인격을 신청한 사실이 확인되는바, 청구종중 스스로 신청하여 법인격을 승인받은 이상, 세법상 법인으로 취급한 것은 정당하며, 이후 청구종중이 이에 대한 이의 등을 제기하거나 법인으로 보는 단체의 승인이 취소된 사실도 없는 점, 청구종중이「국세기본법」제13조제2항에서 법인으로 보는 단체로 보는 요건으로 규정한 세 가지를 모두 갖춘 것으로 보이는 점,「법인세법」제62조의2의 입법취지는 부동산의 양도로 인한 법인의 소득에 대하여는 원칙적으로「법인세법」제14조에 의한 법인세를 납부하여야 하지만, 종중과 같이 사업소득이 없는 비영리내국법인의 경우에는 회계장부 등을 제대로 갖추고 있지 아니하는 등 세법에서 규정하는 제반 절차를 이행할 수 있는 능력이 미약하므로 납세절차를 간소화하고 조기성실신고를 유도하기 위하여, 그 선택에 따라 양도소득세 산정에 관한 규정인「소득세법」제92조, 제104조 제1항에 의하여 산정된 금액을 법인세로 납부할 수 있는 길을 열어둔 것이라고 할 것이고, 청구종중과 같은 비영리내국법인의 토지 등의 양도로 인한 소득에 대한 법인세는 그 세액의 산정방법이 양도소득세액의 산정에 관한「소득세법」의 관련 규정을 준용하여 같은 방법으로 산정함에 따라 원칙적으로 그 산출세액이「소득세법」의 관련 규정에 의하여 산정된 양도소득세의 산출세액과 동일하다는 것일 뿐이고 그로 인하여 위 법인세가

거주자나 비거주자로서 국내원천소득이 있는 개인에게 부과되는 양도소득세에 해당하게 되는 것은 아닌 점 등에 비추어 처분청에서 청구종중이 신고한 양도소득세 예정신고 및 8년 자경감면을 부인하고 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.