쟁점사업연도 소득금액의 100분의 80을 초과하는 이월결손금 공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분의 당부

청구법인과 같은「해외자원개발 사업법」에 따른 해외자원개발투자회사는 2017.2.3. 「법인세법 시행령」제10조 제1항 제5호가 신설되어 이월결손금 공제한도가 없으나, 부칙 제4호에 따라 2017.2.3. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용하는 것이므로 청구법인은 과세표준 신고기한이 20◎◎.◎.◎◎.인 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고 시에는 소득금액의 100분의 80을 한도로 이월결손금을 공제받을 수 있는 점등에 비추어 처분청이 청구법인의 쟁점사업연도 소득금액의 100분의 80을 초과하는 이월결손금 공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」(이하 “자본시장법”이라 한다)에 따른 특별자산집합투자기구이자 「해외자원개발 사업법」에 따른 해외자원개발투자회사이고, 2016.4.1.～2016.6.30. 사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 법인세 신고 시 각 사업연도 소득금액 OOO원(이하 “쟁점소득”이라 한다) 전액을 이월결손금으로 공제하여 법인세 과세표준이 없는 것으로 하여 신고하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시하였고, 청구법인의 법인세 신고내용에 대하여 이월결손금이 전액 공제되는 법인에 해당하지 않으므로 공제가능한 각 사업연도 소득의 100분의 80을 초과하는 이월결손금을 부인하여 과세하도록 감사처분 지시를 하였으며, 이에 따라 처분청은 2019.1.2. 청구법인에게 쟁점사업연도에 대한 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.2.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)「법인세법」제13조에 의하면 각사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하되 공제범위는 2016년 과세기간 기준 100분의 80으로 하고 있으나, 대통령령으로 정하는 법인은 제외하고 있고, 같은 법 시행령 제10조에 따르면 2019년 현재 청구법인은 자본시장법에 따른 투자회사로 이월결손금 전액공제가 가능한 법인에 해당한다.처분청은 청구법인에 대한 이월결손금 공제한도적용 제외의 근거가 되었던「법인세법 시행령」제10조제1항 제5호가 과세기간인 2016년에는 존재하지 않았으므로 이월결손금 공제한도가 적용된다고 통지하였고, 이후 2017.2.3. 개정되었으며, 개정된 법령에 따라 청구법인도 이월결손금 공제한도적용 제외대상이 되었다.

(2) 청구법인의 경우 수익자에 대한 즉각적인 이익분배를 목적으로 회계 및 과세기간을 3개월로 정했고, 그 결과 통상적인 1년의 회계기간이 적용되었을 경우 2017년 개정된 법 적용으로 과세대상 소득이 발생하지 않았을 것임에도 불구하고 특정 분기의 평가익에 의해 법인세가 부과되는 불이익이 발생하였다.또한, 배당 가능한 수익이 나면 전액 배당함을 목적으로 설립된 투자회사로서 실제 배당가능 현금흐름 없이 단기간(분기) 일시적 평가익에 의해 기존의 누적결손금이 상당함에도 불구하고 공제받지 못한다는 것은 수익자의 이익을 침해하는 결과를 초래한다.신설된 법조항이 수익자 편익중심으로 설계된 회사형 집합투자기구의 과도한 세금발생 가능성을 적절히 반영하지 못함을 의미한다. 이와 관련 기획재정부 및 국세청이 본조 신설 후 만 1년이 경과되기 전에 개정을 통해 회사형 집합투자기구를 이월결손금 공제한도적용 제외대상에 추가시킨 것은 2016년 신설된 법의 미비점 보완을 위한 조치이며, 이러한 경과사항과 법조문 개정의 취지를 고려한다면 2016년 일시적으로 적용된 동 조항의 적용으로 이 건 법인세 부과는 부당하다.

(3) 판례(대법원 2012.11.29. 선고 2010두7796 판결)에 따르면, 회계상의 착오 또는 과세관청의 소득금액 경정 등으로 인하여 배당가능이익이 증가된 경우「법인세법」제51조의2에 따라 증가된 소득금액에 대해 임시사원총회를 통해 배당할 경우 추가적인 소득공제가 가능한 것으로 판시하고 있다. 청구법인의 경우 임시주주총회의 배당결의를 통하여 배당소득공제를 받을 수 있어 과세실익이 없으므로 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 2015.12.15. 신설·개정된「법인세법」제13조에 따르면 청구법인은 각 사업연도 소득의 전액을 이월결손금으로 공제할 수 없다.(가) 2015.12.15. 개정된「법인세법」 제13조에 따르면 중소기업과 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 공제할 수 있는 이월결손금의 범위를 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 규정하면서 2016.1.1.이후 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제10조에서는 이월결손금을 전액 공제할 수 있는 법인으로 회생계획이나 기업개선계획 등을 이행 중이거나, 일정한 요건을 갖춘 유동화전문회사로 규정하고 있다.(나) 또한, 2017.2.3.「법인세법 시행령」제10조제1항 제5호를 신설하면서 이월결손금을 전액 공제할 수 있는 법인으로「법인세법」제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인을 포함하였고, 이는 투자회사·문화산업전문회사·해외자원개발투자회사 등 유동화전문회사 등에 대한 소득공제가 가능한 법인을 의미하며, 동 신설조항은 ‘2017.2.3.이후 과세표준을 신고하는 분부터’ 적용한다고 되어 있다.(다) 청구법인은 사업연도가 3개월인 해외자원개발투자회사로 이 건 법인세와 관련한 쟁점사업연도는 2016.4.1～2016.6.30.이고, 동 사업연도의 법인세 신고기한은 2016.9.30.이므로 해당 사업연도는 2017.2.3. 개정전 법률을 적용하여야 하며, 개정전 법률에 의하면 청구법인은 각 사업연도 소득의 80%이내의 범위에서 이월결손금을 공제하여야 한다.

(2) 법률은 납세의무 성립시점을 기준으로 그 당시의 법률을 적용하여야지 특별한 조항이 없는 한 개정 후 법률을 소급하여 적용할 수 없다.(가) 청구법인은「법인세법」제13조단서신설 후 만 1년이 경과하기 전에 시행령을 개정하여 회사형 집합투자기구를 이월결손금 공제한도적용 제외대상에 추가한 것은 2016년 신설된 법의 미비점 보완을 위한 조치이므로 이러한 경과사항과 법조문 개정의 취지를 고려한다면 청구법인에 법인세를 부과하는 것은 부당하다는 의견이나, 조세법률주의 하에서 과세요건은 엄격하게 해석하여야 하고 납세의무 성립시점 당시의 법률을 적용하여야지 특별한 조항이 없는 한 납세자에게 유리하다고 하여 개정 후 법률을 소급하여 적용할 수는 없다.(나) 또한, 청구법인이 2016년 9월 법인세 신고 시 이월결손금을 전액 공제할 수 없는 법인에 해당한다는 사실을 인지하였더라도 차후 법 개정여부가 불확실한 상황에서 법이 미비하다는 이유로 지금과 동일하게 신고했을지 의문이다.

(3) 청구법인은 임시주주총회의 배당결의를 통하여 배당소득공제를 받을 수 있으므로 과세실익이 없다고 주장하나, 배당소득공제는 추후 배당결의가 있은 후 소득공제 가능여부를 판단하여야 하는 것으로 현재 이루어지지도 않은 배당결의를 가지고 과세실익 여부를 논하는 것은 이치에 맞지 않다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점사업연도 소득금액의 100분의 80을 초과하는 이월결손금 공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법제6조[사업연도]

① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.제13조[과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만,「조세특례제한법」 제5조제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나,「국세기본법」제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액제51조의2[유동화전문회사 등에 대한 소득공제]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

1. (생 략)

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조 제19항 제1호의 경영참여형 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사3.～

7. (생 략)

8. 「해외자원개발 사업법」에 따른 해외자원개발투자회사

9. (생 략)제60조[과세표준 등의 신고]

① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

(2)-1 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것)제10조[결손금공제]

① 법 제13조 각 호 외의 부분 단서에서 "회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.1.「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」제245조에 따라 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인2.「기업구조조정 촉진법」제14조제1항에 따라 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결하고 기업개선계획을 이행 중인 법인

3. 해당 법인의 채권을 보유하고 있는「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 금융회사등과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하고 경영정상화계획을 이행 중인 법인

4. 채권, 부동산 또는 그 밖의 재산권(이하 이 항에서 "유동화자산"이라 한다)을 기초로「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권을 발행하거나 자금을 차입(이하 이 항에서 "유동화거래"라 한다)할 목적으로 설립된 법인으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 법인(각 목 생략)제86조의2[유동화전문회사 등에 대한 소득공제]

① 법 제51조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 배당가능이익"이란 기업회계기준에 따라 작성한 재무제표상의 법인세비용 차감 후 당기순이익에 이월이익잉여금을 가산하거나 이월결손금을 공제하고,「상법」제458조에 따라 적립한 이익준비금을 차감한 금액을 말한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다.(각 호 생략)(2)-2 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정된 것)제10조[결손금공제]

① 법 제13조 각 호 외의 부분 단서에서 "회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.1.「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」제245조에 따라 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인2.「기업구조조정 촉진법」제14조제1항에 따라 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결하고 기업개선계획을 이행 중인 법인

3. 해당 법인의 채권을 보유하고 있는「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」제2조 제1호에 따른 금융회사등과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하고 경영정상화계획을 이행 중인 법인

4. 채권, 부동산 또는 그 밖의 재산권(이하 이 항에서 "유동화자산"이라 한다)을 기초로「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권을 발행하거나 자금을 차입(이하 이 항에서 "유동화거래"라 한다)할 목적으로 설립된 법인으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 법인(각 목 생략)

5. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인부칙＜제27828호, 2017.2.3.＞제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제19조 제13호의2의 개정규정은 2017년 2월 4일부터 시행한다.제4조(결손금공제에 관한 적용례) 제10조 제1항 제5호의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고 및 처분청의 경정내역은 다음과 같다.

(2) 쟁점사업연도의 법인세 과세표준 신고기한은 2016.9.30.이고, 청구법인은 2016.9.30. 쟁점사업연도의 법인세 과세표준을 신고하였으며, 청구법인이「법인세법」제51조의2제1항 제8호 규정에 따라 쟁점소득공제를 받을 수 있다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없으나, 청구법인은 임시주주총회 등을 개최하여 쟁점사업연도에 대한 배당을 결의하였음을 입증할 수 있는 증빙서류 등을 제시하지 아니하였다.

(3) 기획재정부에서 2017년 8월 발간한 ‘2016 간추린 개정세법’에 의하면, 2017.2.3.「법인세법 시행령」제10조제1항 제5호 신설이유가 “이월결손금 공제제도 합리화”, 그 적용시기 및 적용례가 “2017.2.3. 이후 신고하는 분부터 적용”한다고 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인과 같은 「해외자원개발 사업법」에 따른 해외자원개발투자회사는 2017.2.3.「법인세법 시행령」제10조제1항 제5호가 신설되어 이월결손금 공제한도가 없으나, 부칙 제4조에 따라 2017.2.3. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용하는 것이므로 청구법인은 과세표준 신고기한이 2016.9.30.인 쟁점사업연도에 대한 법인세 신고 시에는 소득금액의 100분의 80을 한도로 이월결손금을 공제받을 수 있는 점, 청구법인은 쟁점소득공제 적용대상법인이나 쟁점소득공제는 실제 배당결의를 한 경우에만 해당 사업연도의 소득금액에서 공제할 수 있으므로 청구법인이 임시주주총회 등을 통하여 쟁점사업연도에 대한 배당을 결의하였음을 입증할 수 있는 증빙서류와 이에 대한 배당소득 원천징수자료 등을 제시하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 쟁점사업연도 소득금액의 100분의 80을 초과하는 이월결손금 공제를 부인하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.