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합병 전 결손금과 승계 결손금은 어디서 공제하나?

국세청 공식 회신문서번호 서면-2016-법인-5371회신일 세목 법인세회신 후 개정
1. 질문합병 전 결손금과 승계 결손금은 어디서 공제하나?2. 공식 회신국세청 · 2016.12.293. 다툰 결과0건 직접 · 153건 조문 연결4. 현행 조문5개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

고유 결손금은 승계사업 소득에서 공제하지 않고, 승계 결손금은 승계사업 소득 범위에서 공제한다.

합병법인 고유 결손금과 피합병법인에서 승계한 결손금의 공제 범위를 물었다. 고유 결손금은 승계사업 소득에서 공제하지 않고, 승계 결손금은 승계사업 소득 범위에서 공제한다. 승계 결손금은 전체 사업소득 통산액에서 승계사업 발생 소득금액을 한도로 공제한다.

근거 조문 법인세법 제44의3조제2항 법인세법 시행령 제156조제2항 법인세법 제13조제1호 법인세법 제113조제3항

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 4곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 4 · 문구 동일 0 · 비교 불가 1
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 2016.01.25 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제44의3조 제2항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  2. 문구 변경회신 당시 시행본 2016.11.29 → 현재 시행본 2026.02.27

    법인세법 시행령 제156조 제2항: 회신 당시 1개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ② 법 제113조제3항 단서 및 같은 조 제4항 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 기획재정부령으로 정하는 경우 외에는 한국표준산업분류에 따른 세세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 고정자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 고정자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ② 법 제113조제3항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따른 중소기업의 판정은 합병 또는 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업분에 한정한다)의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 재정경제부령으로 정하는 경우 외에는 한국표준산업분류에 따른 세분류에 따른다. 이 경우 합병법인 또는 피합병법인이나 분할법인(승계된 사업분에 한정한다) 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  3. 삭제·이동 확인회신 당시 시행본 2016.01.25 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제13조 제1호: 회신 당시 인용 단위가 현재 조문에는 없다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    해당 문구 없음

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  4. 문구 변경회신 당시 시행본 2016.01.25 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제113조 제3항: 회신 당시 3개 문장·단위에서 현재 3개로 바뀌었다(수정 2개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 제25조제1항제1호의 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  5. 비교 불가회신 당시 시행본 2016.01.25 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제81조 제1항: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

동일사업을 영위하지 않는 내국법인들이 합병하고 합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 승계하는 경우이다.

질의요지

합병법인의 과세표준을 계산할 때,「법인세법」제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 승계사업과 승계 이외 사업의 각 사업연도 소득금액을 통산한 금액에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 한도로 공제하는 것임

회답

법인세과-5371

본문(원문)

(질의1ㆍ2ㆍ3과 관련) 내국법인이 다른 내국법인을 합병함에 있어 합병당사법인간에「법인세법시행령」제156조제2항에 따른 동일사업을 영위하지 아니하는 경우 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계함에 있어 각 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것이며,

합병법인의 합병등기일 현재「법인세법」제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(같은법제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 같은법시행령제81조제1항에서 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다.)의 범위에서는 공제하지 아니합니다.

또한, 같은법제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 것입니다.

(질의4와 관련) 합병법인의 과세표준을 계산할 때,「법인세법」제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 승계사업과 승계 이외 사업의 각 사업연도 소득금액을 통산한 금액에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 한도로 공제하는 것입니다.

정제 정리

질의

1. 동일사업을 영위하지 않는 법인 간 합병 시 승계사업과 그 밖의 사업의 구분 경리

2. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 피합병법인에서 승계한 결손금의 공제 범위

회답

1. 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계할 때 각 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 합니다.

2. 합병법인의 합병등기일 현재 「법인세법」제13조제1호의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 않습니다. 같은법제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 않은 경우에는 그 소득금액을 같은법시행령제81조제1항에서 정하는 자산가액 비율로 안분계산합니다.

3. 같은법제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제합니다.

4. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 승계사업과 승계 이외 사업의 각 사업연도 소득금액을 통산한 금액에서 승계사업에서 발생한 소득금액을 한도로 공제합니다.

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다. 전체 153건 중 최신 12건을 표시한다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면-2016-법인-5371 (<time datetime="2016-12-29">2016.12.29</time> 회신), "합병 전 결손금과 승계 결손금은 어디서 공제하나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000224690/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000224690)
원 제목
합병 시 이월결손금의 공제 범위
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap
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