1세대 3주택 상태에서 양도한 경우 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받을 수 없음(기각)

주택을 양도할 당시 입주권과 1주택을 보유하고 있어 1세대 3주택에 해당하므로 1세대 1주택 비과세를 부인한 것은 정당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1995.10.21. 취득한 OOOOO OOO OO OOO OOOOOOOOO OOOO OOOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)에서 거주하다가 2009.11.10. 양도하고「소득세법」상 1세대 1주택 비과세 고가주택으로 보아 9억원 초과부분에 대하여만 일반세율로 양도소득 과세표준 및 세액을 예정신고하고 양도소득세 2,016,120원을 납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 입주권(OOOOO OOO OOO OOOO OOOOOOO OOOO OOOOO, 현재 청구인 거주, 이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 가지고 있고 배우자 OOOO OOO(OOO OOO OOO OOO, OOO OOOOO OOO OOOOOOOOO OOOO OOOO OOOO, 이하 “쟁점외입주권”이라 한다)을 보유하여 1세대 3주택을 소유한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세규정을 배제하며 장기보유특별공제를 부인하고 일반세율을 적용하여 2010.5.12. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 249,754,140원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.6.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택의 양도 당시 3주택을 보유한 기간이 5일에 불과하며, 쟁점외입주권의 경우 당초 계약한 내용대로라면 세대원의 보유주택이 되지 아니할 것을 양도인의 자금사정 등으로 인하여 편의를 제공할 것을 요청함에 따라 선의로 잔금을 미리 지급하여 그와 같이 되었고, 또한 투기목적이 아니라 형편이 어려운 가족을 거주하게 할 목적으로 취득한 것이며, 1세대 3주택에 대한 중과세는 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 그러한 행위를 차단하기 위한 것이라는 대법원 판례(2009두13788, 2009.12.24.) 입장 등을 고려하면, 쟁점주택을 양도할 당시 보유한 쟁점외입주권은 실제는 아니지만 주택으로 간주하는 것으로 위와 같은 이유를 감안하여 주택수에서 제외하는 것이 타당하므로 쟁점주택은 결국 1세대 1주택으로 비과세대상이어서 장기보유특별공제가 가능함에도 쟁점외입주권을 주택수에 포함하여 1세대 3주택으로 간주하고 이를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하는 것인 바,「소득세법 시행령」제162조제1항에 의하여 양도시기 및 취득시기는 잔금청산일을 기준으로 판단하는 것이므로 청구인은 쟁점주택의 양도일 현재 1세대 3주택자에 해당하며, 청구인이 주장하는 개인적 사정만으로 달리 판정할 이유도 없으므로 쟁점주택을 양도할 당시 청구인을 1세대 3주택자로 보아 1세대 1주택 비과세규정을 적용하지 아니하고 장기보유특별공제를 배제한 후 일반세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 입주권을 보유하여 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 1세대 1주택 비과세를 부인한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)소득세법 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. ～

2. (생략)

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과「도시 및주거환경정비법」제48조의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권” 이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만,「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.12.31. 신설)

(2) 소득세법 부칙 (2005.12.31. 법률 제7837호) 제12조【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】

① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다.

② 2006년 1월 1일 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는「주택건설촉진법」(법률 제6852호「도시 및 주거환경정비법」으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매ㆍ상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다.

(3)소득세법 시행령 제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다.(단서 생략)

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.

⑥ 제1항에서 “가족” 이라 함은 거주자와 그 배우자의 직계존비속(그 배우자를 포함한다) 및 형제자매를 말하며, 취학ㆍ질병의 요양, 근무상 또는 사업상의 형편으로 본래의 주소 또는 거소를 일시퇴거한 자를 포함한다.제155조【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

(17) 법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 “조합원입주권” 이라 한다)을 1개 소유한 1세대[「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 본다. 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 2년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다. (2008.11.28. 개정)

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

① 법 제89조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 1세대”라 함은 제154조의 규정에 따른 1세대를 말한다.

② 법 제89조 제2항 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 제3항 내지 제11항의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(2년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

④ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.1.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업(이하 "주택재개발사업" 이라 한다) 또는 동법에 따른 주택재건축사업(이하 “주택재건축사업”이라 한다)의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 “대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 동조 동항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 2년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

3. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 2년 이내에 대체주택을 양도할 것(4)소득세법 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2008.12.26. 개정)표1, 표2 (생 략)제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(5)소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일(6)소득세법 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.2의

3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)양도소득과세표준의 100분의 60(7)소득세법 시행령 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.1.「수도권정비계획법」제2조제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택가. 광역시에 소속된 군 및「지방자치법」제3조제3항ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 지역

(8) 소득세법 부칙(2008.12.26. 법률 제9270호) 제14조【양도소득세의 세율 등에 관한 특례】

① 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의 2에 따른 세율)을 적용한다. (2009.5.21. 개정)

② 제1항의 세율을 적용받는 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 자산의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.(2009.5.21. 개정)

다. 사실관계 및 판단

(1) 경정결의서, 조사복명서 등 처분청 심리자료에 의하면, 청구인이 1995.10.21. 취득한 쟁점주택을 2009.11.10. 양도하고「소득세법」상 1세대 1주택 비과세 고가주택으로 보아 9억원 초과부분에 대하여만 일반세율로 양도소득 과세표준 및 세액을 예정신고·납부하자, 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점입주권을 보유하고 있고, 배우자 OOO이 쟁점외입주권을 보유하여 1세대 3주택을 소유한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세규정의 적용을 배제하며 장기보유특별공제를 부인하고 양도소득세를 경정·고지한 사실이 확인된다.

(2) 등기부등본과 부동산매매계약서 등의 심리자료에 의하면, 쟁점주택, 쟁점입주권 및 쟁점외입주권의 계약일자, 잔금약정(청산)일자, 소유권이전등기일은 아래의 표와 같고, 이에 대하여는 다툼이 없다.(OO O OO)

(3) 청구인은 1세대 3주택에 대한 중과세는 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 그러한 행위를 차단하기 위한 것이라는 대법원 판례(2009두13788, 2009.12.24.)가 있고, 쟁점주택을 양도할 당시 보유한 쟁점외입주권은 실제는 아니지만 주택으로 간주하는 것으로 동 입주권을 취득한 후 중복되는 기간이 5일에 불과하고 형편이 어려운 가족을 거주하게 하기 위한 것이며, 원래 계약한 내용대로 잔금청산이 이루어졌다면 당해 주택은 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제가 가능함에도 쟁점외입주권을 취득하였다고 하여 1세대 3주택자로 간주하여 과세하는 것은 부당하다고 주장하면서 쟁점외입주권의 취득에 불가피한 사유가 있었다는 사실을 입증하는 증빙서류로 주민등록표등본·초본, 배우자 OOO의 사유서, OOOO(O) OOOOO OOOO OOOOOOO, OO OOO의 사실확인서 및 어머니가 소유한 아파트의 매매계약서 등을 제시하고 있다.

청구인의 배우자 OOO이 2010.3.22. 작성한 사유서에는, 시동생인 OOO의 사업실패로 인하여 시어머니 OOO가 소유하며 거주하는 서울특별시 동작구 대방동 소재 주택을 매각하게 됨에 따라 거주할곳이 없어 시어머니, 시동생 OOO O OOO OOO가 함께 거주하게 하기 위하여 쟁점외입주권을 취득하게 되었으며, 2009.11.2. 매매계약을 체결하고 잔금지급일은 2010.1.5.로 약정하였으나, 매도자인 OOOO(O)O 자금사정 때문에 2009.11.5.로 앞당겨 줄 것을 요청하여 부득이 그 때 잔금을 지급하였다고 소명되어 있고, OOOO(O) OOOO OOOO 2010.3.17. 작성한 거래사실확인서에는, 2009.11.2. OOO과 쟁점외입주권 매매계약을 체결하였고, 매매대금은 460,000,000원, 계약금은 46,000,000원, 중도금은 2010.1.5. 327,039,600원 및 무이자의승계 60,000,000원, 잔금(승계)은 입주시 26,960,400원이었으나, 당사의자금사정이 어렵고 2009사업연도 매출로 회계처리하기 위하여 잔금지급일을 앞당길 필요가 있어 매수자의 배우자인 청구인에게 부탁하여 2009.11.5. 매매계약서를 다시 작성하고 당일 잔금을 수령한 후 이전등기서류를 교부한 사실이 있다는 등의 내용이 기재되어 있다.

(4) 살피건대, 주택입주권은「소득세법」제89조제2항 및 제104조 제1항을 적용함에 있어서 주택수에 포함되는 것이므로 이를 보유하는상태에서 다른 주택 등을 양도하는 경우에는 1세대 1주택자에 해당되지 아니하게 되고, 또한 다주택자에 대한 중과세 규정 등을 적용함에 있어 주택수에 포함하여 2주택자 또는 3주택자로 판단하는 것인 바,청구인은 쟁점주택을 양도할 당시 위 (2)의 표에서 살펴본 바와 같이 청구인 소유의 쟁점입주권과 배우자인 OOO 소유의 쟁점외입주권을 소유하고 있어 1세대 3주택자인 사실에 대하여는 다툼이 없다.청구인이 제시한 위 대법원 판례(2009두13788, 2009.12.24.)는 당초 계약서 내용대로 이행하였다면 거주이전 목적의 일시적인 2주택자에 해당하는 자가 양도자의 요청을 받아들여 잔금을 일찍 지급함에 따라 일시적 3주택자가 된 경우로 선의에 의한 일시적 3주택자로 보아「소득세법」제104조제1항 제2호의3에 의한 3주택자 중과세대상에 해당한다고 볼 수 없다는 것으로 일반세율을 적용한 이 건과는 사실관계가 다르고,「소득세법 시행령」제155조제1항에서 신규주택을 취득한 후 2년 이내에 종전주택을 양도하는 경우인 일시적인 1세대 2주택에 대하여 1세대 1주택의 양도로 보아 1세대 1주택 비과세 특례를 인정하고 있으나, 1세대 3주택인 경우에는 그러한 규정이 없는 만큼, 처분청이 쟁점주택의 양도를 1세대 3주택으로 보아 장기보유특별공제의 적용을 부인하고 일반세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010서1543, 2010.9.14. 참조).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.