쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

쟁점토지는 농지이므로 부득이한 사유가 없는 한 재촌 자경하지 아니하는 경우에는 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목의 비사업용 토지로 보아야 하고, 도시개발구역으로 지정되더라도 도시개발법 제9조 제6호 및 같은 법 시행령 제16조 제3항에 의하여 도시개발구역에서도 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경 등의 행위는 허가 없이 가능하므로 쟁점토지를 본래의 용도인 농지로 사용하는 것이 금지되거나 제한되었다고 보기는 어려운 점, 법령에 의하여 사용이 제한되었다 하더라도 그 기간이 약 0년 00개월이라서 사업용 사용 기간기준인 3년 중 2년에 미달하는 점 등에 비추어 쟁점토지를 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 비사업용 토지에서 제외된다고 보기는 어렵다 할 것임

1. 처분개요

가. 청구인은 1986.12.23. OOO 및 OOO 토지 총 2,848㎡를 취득하여 보유하다가 2016.4.29. 위 토지 중 787.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO에게 OOO에 양도한 후 2016.6.30. 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점토지가「소득세법」 제104조의3제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호의 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”에 해당한다고 보아 비사업용 토지 적용을 배제하고 장기보유특별공제를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 신고.납부하였다.

나. 처분청은 2018.8.16.～2018.10.31. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지가 농지 본래 용도로의 사용까지 제한된 것은 아니므로 부득이한 사유로 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우에 해당하지 아니한다 하여 장기보유특별공제를 배제하여 2019.3.7. 청구인에게 2016년 귀속 양도소득세 OOO을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.4.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「소득세법」 제104조의2제4호 가목 및 나목에 의하면 「지방세법」 또는 관련 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지와 같은 법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따라 재산세 별도합산대상 또는 분리과세대상인 토지는 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지는 OOO 도시개발구역으로 지정되어 그 시점부터「도시개발법」 제9조제5항에 따라 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지형질변경 등을 할 수 없게 사용이 제한되었고, 2011.11.24.「도시개발법」 제17조및 제19조에 따라 공동주택용지로 전용되었으며, 경기도 OOO은 2011년부터「지방세법」 제106조제1항 제3호에 의하여 농지인 쟁점토지를 대지로 분류하여 분리과세대상 토지로서 재산세를 부과하였으므로 쟁점토지는「소득세법」 제104조의3제1항 제4호에 해당하고, 같은 조 제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 규정한 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 「도시개발법」에 의한 실시계획인가일부터 양도일까지 사용이 금지 또는 제한되었다. 따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부적법하다

나. 처분청 의견

쟁점토지의 지목은 답이고 청구인은 쟁점토지를 경작한 사실이 없으며, 위성사진에 의하더라도 쟁점토지를 포함한 주변 토지의 본래 용도는 농지로 확인된다. 청구주장과 같이「도시개발법」 제19조제1항 제8호에 따라 사업의 실시계획이 인가.고시되어「농지법」 제34조에 따른 농지전용 허가, 제35조에 따른 농지의 전용신고 및 제40조에 따른 용도변경의 승인이 있는 것으로 의제된다 하더라도 이는 도시개발사업의 원활한 추진을 위한 것에 불과할 뿐 청구인이 쟁점토지를 본래 용도인 농지로 계속 사용하는 것을 금지 또는 제한하는 효력이 있다고 볼 수는 없다.또한, 청구인은 OOO 쟁점토지 소재지가 도시개발구역으로 지정된 이후「도시개발법」 제9조제5항에 따라 사용이 제한되었다고 주장하나, 같은 법 제9조 제6항 제2호 및 같은 법 시행령 제16조 제3항에 의하면, 도시개발구역에서도 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경 등의 행위는 허가 없이 가능하므로 쟁점토지를 본래의 용도인 농지로 사용하는 것이 금지되거나 제한되었다고 볼 수 없고, 농지소유자가 실제 경작할 의사 없이 재산증식 수단으로 농지를 보유하다가 양도하는 경우 비사업용 토지로 보아 농지에 대한 투기수요를 억제하려는 비사업용 토지 신설제도의 취지를 감안하면 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)제104조의3[비사업용 토지의 범위]

① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시ㆍ광역시(괄호 생략)ㆍ특별자치시(괄호 생략)ㆍ특별자치도(괄호 생략) 및 시지역(괄호 생략) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령(2016.6.21. 대통령령 제27245호로 개정되기 전의 것)제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간제168조의8[농지의 범위 등]

③ 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 “「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다.4.「농지법」 제6조제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등]

① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

(3) 소득세법 시행규칙(2017.3.10. 기획재정부령 제604호로 개정되기 전의 것)제83조의5[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등]

① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.(단서 생략)

8. 「도시개발법」에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지 : 건축이 가능한 날부터 2년

(4) 농지법(2016.5.29. 법률 제14209호로 개정되기 전의 것)제6조[농지 소유 제한]

① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니할지라도 농지를 소유할 수 있다.

7. 제34조 제1항에 따른 농지전용허가[다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제(擬制)되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다]를 받거나 제35조 또는 제43조에 따른 농지전용신고를 한 자가 그 농지를 소유하는 경우

8. 제34조 제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우제34조[농지의 전용허가ㆍ협의]

① 농지를 전용하려는 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관의 허가를 받아야 한다. 허가받은 농지의 면적 또는 경계 등 대통령령으로 정하는 중요 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

1. 다른 법률에 따라 농지전용허가가 의제되는 협의를 거쳐 농지를 전용하는 경우

2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 또는 계획관리지역에 있는 농지로서 제2항에 따른 협의를 거친 농지나 제2항 제1호 단서에 따라 협의 대상에서 제외되는 농지를 전용하는 경우

(5) 도시개발법(2016.12.27. 법률 제14480호로 개정되기 전의 것)제9조[도시개발구역지정의 고시 등]

② 도시개발구역이 지정ㆍ고시된 경우 해당 도시개발구역은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역과 대통령령으로 정하는 지구단위계획구역으로 결정되어 고시된 것으로 본다. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제51조 제3항에 따른 지구단위계획구역 및 같은 법 제37조 제1항 제8호에 따른 취락지구로 지정된 지역인 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제7조 제1항에 따라 도시개발구역지정에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위는 제5항에도 불구하고 허가를 받지 아니하고 할 수 있다.

1. 재해 복구 또는 재난 수습에 필요한 응급조치를 위하여 하는 행위

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 행위

⑦ 제5항에 따라 허가를 받아야 하는 행위로서 도시개발구역의 지정 및 고시 당시 이미 관계 법령에 따라 행위 허가를 받았거나 허가를 받을 필요가 없는 행위에 관하여 그 공사나 사업에 착수한 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수에게 신고한 후 이를 계속 시행할 수 있다.제19조[관련 인ㆍ허가 등의 의제]

① 제17조에 따라 실시계획을 작성하거나 인가할 때 지정권자가 해당 실시계획에 대한 다음 각 호의 허가ㆍ승인ㆍ심사ㆍ인가ㆍ신고ㆍ면허ㆍ등록ㆍ협의ㆍ지정ㆍ해제 또는 처분 등(이하 "인ㆍ허가등"이라 한다)에 관하여 제3항에 따라 관계 행정기관의 장과 협의한 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제18조 제1항에 따라 실시계획을 고시한 경우에는 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시나 공고를 한 것으로 본다.8.「농지법」 제34조에 따른 농지전용의 허가 또는 협의, 같은 법 제35조에 따른 농지의 전용신고, 같은 법 제36조에 따른 농지의 타용도 일시사용허가ㆍ협의 및 같은 법 제40조에 따른 용도변경의 승인

② 제1항에 따른 인ㆍ허가등의 의제를 받으려는 자는 실시계획의 인가를 신청하는 때에 해당 법률로 정하는 관계 서류를 함께 제출하여야 한다.

③ 지정권자는 실시계획을 작성하거나 인가할 때 그 내용에 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항이 있으면 미리 관계 행정기관의 장과 협의하여야 한다. 이 경우 관계 행정기관의 장은 협의 요청을 받은 날부터 대통령령으로 정하는 기간에 의견을 제출하여야 하며, 그 기간 내에 의견을 제출하지 아니하면 협의한 것으로 본다.제36조[환지 예정지 지정의 효과]

① 환지 예정지가 지정되면 종전의 토지의 소유자와 임차권자 등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 환지처분이 공고되는 날까지 환지 예정지나 해당 부분에 대하여 종전과 같은 내용의 권리를 행사할 수 있으며 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없다.

(6) 도시개발법 시행령(2016.8.11. 대통령령 제27444호로 개정되기 전의 것)제16조[행위허가의 대상 등]

① 법 제9조 제5항에 따라 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수의 허가를 받아야 하는 행위는 다음 각 호와 같다.

1. 건축물의 건축 등 :「건축법」 제2조제1항 제2호에 따른 건축물(가설건축물을 포함한다)의 건축, 대수선(大修繕) 또는 용도 변경

2. 공작물의 설치 : 인공을 가하여 제작한 시설물(「건축법」 제2조제1항 제2호에 따른 건축물은 제외한다)의 설치

3. 토지의 형질변경 : 절토ㆍ성토ㆍ정지ㆍ포장 등의 방법으로 토지의 형상을 변경하는 행위, 토지의 굴착 또는 공유수면의 매립

4. 토석의 채취 : 흙ㆍ모래ㆍ자갈ㆍ바위 등의 토석을 채취하는 행위. 다만, 토지의 형질 변경을 목적으로 하는 것은 제3호에 따른다.

5. 토지분할

6. 물건을 쌓아놓는 행위: 옮기기 쉽지 아니한 물건을 1개월 이상 쌓아놓는 행위

7. 죽목(竹木)의 벌채 및 식재(植栽)

③ 법 제9조 제6항 제2호에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조에 따른 개발행위허가의 대상이 아닌 것을 말한다.

1. 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치

2. 경작을 위한 토지의 형질변경(이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 쟁점토지를 도시개발구역에 편입된 농지로서 사업용 토지에 해당한다고 보아 일반누진세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 2016년 귀속 양도소득세를 신고.납부하였으나, 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액은 적정하게 신고되어 있으나, 사업용 사용 기간기준인 3년 중 2년에 미달하여 비사업용 토지에 해당한다고 보아 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 양도소득세를 경정.고지하였다.

＜표1＞

이 건 양도소득세 경정.고지 내역

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 쟁점토지가 속한 지역은 2008.1.14. 「도시개발법」에 따른 도시개발구역(OOO, 환지방식)으로 지정OOO되었고, 이후 쟁점토지는 2010.11.24. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상의 도시지역 및 제1종일반주거지역으로 결정·고시OOO되었는바, OOO 도시개발구역의 사업진행 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

OOO 도시개발구역 사업진행 현황(나) 청구인이 제시한 OOO의 재산세대장에 의하면, 쟁점토지에 대한 재산세 과세현황은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞

재산세 과세현황(다) 그 밖에 청구인이 서울특별시에 거주하고 있고 쟁점토지 보유기간 동안 자경한 사실이 없다는 점에 대하여는 다툼이 없다.

(3) 청구인은 쟁점토지가 속한 지역이 OOO 도시개발구역으로 지정됨에 따라 쟁점토지의 사용이 제한되었고, 2011.11.24.「도시개발법」 제17조및 제19조에 따라 공동주택용지로 전용되어「지방세법」 제106조제1항 제3호에 의하여 분리과세대상 토지로서 재산세가 부과되었으므로「소득세법」 제104조의3제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 규정하는 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”로서 비사업용 토지에 해당되지 아니한다고 주장한다.

(4) 한편, 처분청은 쟁점토지는 농지이므로 부득이한 사유가 없는 한 재촌 자경하지 아니하는 경우는「소득세법」 제104조의3제1항 제1호 가목의 비사업용 토지로 보아야 하고, 도시개발구역으로 지정되더라도 도시개발구역에서도 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경 등의 행위는 허가 없이 가능하여 본래의 용도인 농지로 사용하는 것이 금지되거나 제한되었다고 볼 수 없으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다는 의견을 제시하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지는「소득세법」 제104조의3제2항 및 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제1호에서 규정하는 “토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지”로서 비사업용 토지에 해당되지 아니한다고 주장하나,「소득세법」 제104조의3제1항 제1호는 가목과 나목에서 재촌 자경하지 아니하는 농지와 도시지역 내 농지를 각각 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 부득이한 사유로 이에 해당하는 경우는 비사업용 토지에서 제외되는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항은 같은 법 제104조의3 제2항의 “부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 경우”에 대하여 토지 취득 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지는 그 기간 동안 같은 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 비사업용 토지 해당 여부를 판정한다고 규정하고 있는바,쟁점토지는 농지이므로 부득이한 사유가 없는 한 재촌 자경하지 아니하는 경우에는「소득세법」 제104조의3제1항 제1호 가목의 비사업용 토지로 보아야 하고, 도시개발구역으로 지정되더라도「도시개발법」 제9조제6호 및 같은 법 시행령 제16조 제3항에 의하여 도시개발구역에서도 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경 등의 행위는 허가 없이 가능하므로 쟁점토지를 본래의 용도인 농지로 사용하는 것이 금지되거나 제한되었다고 보기는 어려운 점,OOO 명의로 2008.9.29. OOO에서의 경작행위 금지 공고가 있었으나, 이는 법적 근거 없는 조합 자체의 제한에 불과하고, 실제 법령에 의한 사용제한시점은 도시개발구역

지정일(2008.1.14.)이 아닌 환지예정지 지정일(2014.6.13.)이므로 동 지정일부터 쟁점토지 양도일(2016.4.29.)까지 법령에 의하여 사용이 제한되었다 하더라도 그 기간이 약 1년 10개월이라서 사업용 사용 기간기준인 3년 중 2년에 미달하는 점,청구인은 쟁점토지가「도시개발법」 제17조및 제19조에 따라 공동주택용지로 전용되어「지방세법」 제106조제1항 제3호에 의하여 분리과세대상 토지로서 재산세가 부과되었으므로 사실상 농지가 아닌 대지에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지의 지목은 양도일 현재까지 농지로 등재되어 있었을 뿐만 아니라 분리과세대상 토지로서 재산세가 부과된 점 외에는 쟁점토지의 현황이 대지인지 여부가 불분명하므로 지목 판단시 공부상 지목을 적용함이 타당한 점 등에 비추어 쟁점토지를 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 비사업용 토지에서 제외된다고 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.