고가주택인 양도주택을 양도할 당시 3주택(대체주택 및 임대주택)을 보유한 것으로 보아 양도주택의 양도차익 중 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

양도주택은 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택인 반면에 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 각 호에서 열거하는 주택에 해당되지 아니한 점, 대체주택과 임대주택 등 같은 법 시행령 제155조에 따른 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받는 주택을 주택 수의 계산에서 배제하도록 명시한 명문규정이 없는 점 등을 고려할 때 청구인의 양도주택에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.2.1. OOO(이하 “양도주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2018.1.15. 청구인의 배우자와 OOO(이하 “대체주택”이라 한다)의 각 2분의 1지분씩을 공동으로 취득하였고, 2018.4.6. 청구인의 배우자가 OOO호(이하 “임대주택”이라 한다)를 취득하고 임대주택으로 등록한 이후 2018.7.20. 양도주택을 양도가액 OOO원으로 양도하고 양도가액 OOO원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 「소득세법」 제55조 제1항에 따른 세율(이하 “기본세율”이라 한다)을 적용하여 처분청에 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 양도주택을 양도할 당시 1세대 3주택자에 해당하였다고 보아 양도주택의 양도차익 중 OOO원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 2020.12.30. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인의 경우 양도주택 양도 당시「소득세법 시행령」에 따라 1세대 1주택 비과세 대상인 임대주택과 대체주택을 보유하고 있었으므로, 양도주택 양도에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율이 적용되어야 한다.

(2) 처분청은 고가주택의 경우 9억원 초과분에 대한 양도소득이 과세대상으로서, 1세대 3주택 이상일 경우 장기보유특별공제가 배제되고 중과세율이 적용된다는 국세청 예규 등에 따라 이 건 양도소득세 과세처분을 하였으나, 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 「소득세법 시행령」이 개정되어 일반주택 이외 1세대 1주택 비과세 규정 적용대상인 장기임대주택 및 대체주택을 보유한 경우 일반주택 양도시 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하도록 하였는바, 위 예규는 국세청의 잘못된 법령해석임이 확인되었고, 그에 따른 처분청의 이 건 부과처분 또한 위법.부당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제89조 제1항 제3호에서 고가주택을 1세대 1주택 비과세 대상에서 제외된다고 규정하고 있는바, 청구인은 양도주택을 양도할 당시 대체주택 및 임대주택을 보유한 1세대 3주택자로서 「소득세법 시행령」제154조 제1항의 1세대 1주택 비과세 적용대상에 해당되지 않으므로, 양도주택의 양도차익 중 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분청의 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

고가주택인 양도주택을 양도할 당시 3주택(대체주택 및 임대주택)을 보유한 것으로 보아 양도주택의 양도차익 중 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 참조

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 답변서 등 이 건 심리자료 등에 의하면 양도주택을 양도할 당시 청구인 세대는 아래 ＜표＞와 같이 양도주택 이외 대체주택 및 임대주택을 보유하고 있었던 것으로 나타나고, 양도주택의 양도 당시 서울특별시 및 경기도 성남시 전역이 「주택법」제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역으로 지정되어 있었던 것으로 나타난다.

(2) 양도주택의 양도와 관련하여 청구인이 당초 신고한 내역과 처분청이 경정ㆍ고지한 내역을 비교하면 아래 ＜표＞와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 양도주택의 양도가 1세대 1주택의 양도에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 부과처분이 위법.부당하다고 주장하나,「소득세법」제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도시 중과세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 양도주택은 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택인 반면에 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 열거하는 주택에 해당되지 아니한 점, 같은 조 각 호 외의 본문 및 이외의 조항에서 대체주택과 임대주택 등 같은 법 시행령 제155조에 따른 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받는 주택을 주택 수의 계산에서 배제하도록 명시한 명문규정이 없는 점, 청구인은 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제13호에 따라 양도주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 주장하나, 같은 령 부칙 제2조는 ‘이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있는 점 등을 고려할 때 양도주택의 경우 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되어 중과세율 적용대상에 해당되는 것으로 판단된다.또한 「소득세법」제95조 제2항에서 조정대상지역 내의 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 포함하여 법 제104조 제7항 각 호의 자산에 대하여 장기보유특별공제를 배제하도록 명확히 규정하고 있는바, 양도주택이 그 양도 당시 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되는 것으로 본 이상 장기보유특별공제의 적용이 배제된다 하겠다.

따라서 처분청이 청구인이 양도주택을 포함하여 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었으므로 「소득세법」제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제를 배제하고, 같은 법 제104조 제7항에 따라 중과세율을 적용하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.