쟁점주택은 일시적 1세대 2주택에 해당하므로 청구인이 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 쟁점임대주택을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2020.7.1. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO원에 양도하고, 일시적 2주택 및 임대주택사업자의 거주주택에 대한 비과세 규정을 적용하여 비과세로 양도소득세를 예정신고하였다.

나. 한편 청구인의 배우자는 쟁점주택의 양도당시 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)와 OOO(이하 이하 “대체주택”이라 한다)를 각각 2018.2.19., 2019.8.28. 취득하여 소유하고 있다.

다. 처분청은 청구인이 쟁점주택에 대한 2년 이상 거주요건을 충족하지 못하여 주택임대사업자의 거주주택 비과세 요건을 충족하지 않은 것으로 보아 장기보유특별공제 부인 및 1세대 3주택 중과세율을 적용하여 2021.11.22. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.29. 이의신청을 거쳐 2022.6.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 다주택자에 대한 중과세율 규정은 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택가격과 주거생활의 안정을 도모하려는 것이다. 대법원은 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고, 대체주택을 취득한 후, 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 판시하고 있다(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결).

(2) 청구인이 쟁점주택을 취득한 것은 청구인의 직장이 OOO에서 OOO으로 이전함으로써「OOO」따라 특별공급대상자에 선정되었기 때문으로 청구인이 쟁점주택을 취득한 후 2년 가까이 실제 거주하였다.

(3) 청구인이 2020.7.1. 쟁점주택을 양도한 이유는 심근경색으로 인해 혼자 지내는 것이 매우 위험하다는 판단에 따라 OOO 생활을 정리하고 가족들과 함께 대체주택으로 이주하기 위함이므로 이를 투기목적을 가졌다고 볼 수 없다.

(4) 또한 대체주택을 취득한 후 쟁점주택의 양도계약까지 약 6개월의 기간이 소요되었고, 이는「소득세법 시행령」제155조제1항에서 규정하고 있는 일시적 2주택 보유기간이 최대 3년까지 법률로 규정되어 있다는 점에서 해당 대체주택을 취득한 후 쟁점주택을 양도하기까지의 소요기간은 사회통념상 일시적인 기간에 해당한다고 할 수 있다.

(5) 이러한 일련의 과정들을 살펴보면 투기목적의 주택 구입이 아닌 직장 근무상황과 건강상의 이유로 주택을 매수하고 양도할 수밖에 없었던 부득이한 사정이 있음을 확인할 수 있다. 또한 쟁점주택과 대체주택은「소득세법 시행령」제155조제1항 요건을 충족하였으므로 청구인이 당초 쟁점주택에서 3개월 정도만 더 거주한 후 양도하였다면 당초 청구인의 예상대로 비과세를 적용받아 세부담이 거의 없었을 것으로 예상되는바, 비과세 요건은 충족하지 못하였더라도 투기목적이 아닌 이상 중과세율 적용과 장기보유특별공제 배제는 매우 가혹한 처사라 할 것이다.

(6) 결국 청구인은 외견상 일시적으로 부득이하게 3주택을 보유하게 되었을 뿐 3주택을 투기목적으로 보유하였다고 볼 수 없으므로 장기보유특별공제의 배제 및 중과세율 적용은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인의 쟁점주택을 양도할 당시 보유주택 수를 검토한바, 쟁점주택, 쟁점임대주택, 대체주택으로 확인되고 모두 조정지역내에 위치한 1세대 3주택자에 해당되어「소득세법」제104조및 같은 법 제94조에 따라 장기보유특별공제 배제 및 중과세율을 적용하여 부과처분 하였다.

(2) 최근 심판례를 살펴보면 장기임대주택 및 일시적 1세대 2주택에 해당하는 경우 중과세율 적용을 인정한 사례가 있으므로 장기보유특별공제 배제 및 중과세율 적용은 타당하다.

(3) 청구인은 건강상의 이유로 가족들과 함께 거주하기 위해 쟁점주택을 양도하였다고 주장하나, 이를 뒷받침할 증빙은 없으며(진단서에 명시된 입원치료기간은 쟁점주택의 양도일로부터 1년 이상 경과한 후임), 2년 가까이 거주(21개월 거주)하였다고 하여 비과세 요건이 충족되는 것은 아니다.

(4) 따라서 청구인을 1세대 3주택자로 보고 청구인에게 장기보유특별공제 배제하고 중과세율 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주택은 일시적 1세대 2주택에 해당되므로 청구인이 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정된 것)제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는「도시 및주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.표 1

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 6

4년 이상 5년 미만

100분의 8

5년 이상 6년 미만

100분의 10

6년 이상 7년 미만

100분의 12

7년 이상 8년 미만

100분의 14

8년 이상 9년 미만

100분의 16

9년 이상 10년 미만

100분의 18

10년 이상 11년 미만

100분의 20

11년 이상 12년 미만

100분의 22

12년 이상 13년 미만

100분의 24

13년 이상 14년 미만

100분의 26

14년 이상 15년 미만

100분의 28

15년 이상

100분의 30

표 2

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 24

4년 이상 5년 미만

100분의 32

5년 이상 6년 미만

100분의 40

6년 이상 7년 미만

100분의 48

7년 이상 8년 미만

100분의 56

8년 이상 9년 미만

100분의 64

9년 이상 10년 미만

100분의 72

10년 이상

100분의 80

제104조(양도소득세의 세율)

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. (이하생략)

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

(2) 소득세법 시행령(2020.5.26. 대통령령 제30704호로 개정된 것)제154조(1세대1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에「주택법」제63조의2제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.제155조(1세대1주택의 특례)

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (이하생략)

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. (단서생략)가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고「주민등록법」제16조에 따라 전입신고를 마친 경우나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

(20) 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (이하생략)

1. 거주주택 : 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는「영유아보육법」제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택 : 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. (이하생략)제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.1.「수도권정비계획법」제2조제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시·특별자치시(광역시에 소속된 군,「지방자치법」제3조제3항·제4항에 따른 읍·면 및「세종특별자치시 설치등에 관한 특별법」제6조제3항에 따른 읍·면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). (단서생략)가.「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(괄호생략). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.(가) 청구인 세대의 주택보유내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구인 세대의 주택보유내역OOO* 청구인의 배우자(나) 청구인의 배우자는 쟁점임대주택과 관련하여 2017.11.28. OOO시장에게「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자 등록(2017-OOO-임대사업자-4811)을 하고, 2017.12.11. OOO서장에게 부동산업(주택임대)으로 사업자등록을 한 것으로 나타난다.(다) 청구인의 배우자는 2019.8.28. 대체주택을 취득하였고, 청구인은 2020.7.1. 쟁점주택을 양도가액 OOO원에 양도하였다.(라) 청구인 세대의 주민등록등본에 의하면 아래 ＜표2＞와 같이 쟁점주택에 주민등록을 한 이력이 없는 것으로 나타난다.

＜표2＞

청구인 세대의 주소변경 내역 일부OOO(마) 청구인에 대한 처분청의 2020년 귀속 양도소득세 주요 결정내용은 아래 ＜표3＞과 같고, 처분청은 청구인 세대가 조정대상지역 내 3주택을 소유한 것으로 보아 쟁점주택의 양도에 대해 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제한 것으로 나타난다.

＜표3＞

쟁점주택 관련 양도소득세 주요 경정내용(단위: 원)OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택의 양도는 일시적 1세대 2주택의 양도에 해당하고, 쟁점주택에 실제 거주하였으므로 1세대 1주택 비과세를 적용하지 못하더라도 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다고 주장하나,「소득세법 시행령」제155조제20항 전단은 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호의 요건을 충족하고 해당 1주택을 양도하는 경우 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다고 규정하는 한편, 같은 항 제1호는 거주주택의 경우 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 한다고 규정하고 있는바, 청구인 세대가 쟁점주택에 주민등록이 되어 있지 아니하고 이와 달리 실제 거주하였다는 증빙자료의 제출이 없어 쟁점주택의 거주기간 2년을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 소득세법령상 ‘1세대 1주택 비과세 규정’과 ‘다주택자에 대한 중과세 규정’은 각각 그 입법취지가 달라 별개로 적용되어야 하는 점,「소득세법」제104조제7항 제3호에 따른 조정대상지역의 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대해서는 중과세율을 적용하면서 같은 법 제95조 제2항에서 장기보유특별공제를 배제하고 있는 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는「소득세법 시행령」제167조의3제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하지 아니하고 있고, 같은 항 본문에서 쟁점임대주택을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제를 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.