법인격이 부여되지 않는 사단으로 거주자로 보아 양도소득세를 과세함(기각)

양도일 이후에 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 승인 받은 것으로 확인되므로 법인이 아닌 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당함

1. 처분개요

가. OOOOO(OOO OOO, OO OOOOOOO OO)는 조선조 송OO의 도덕과 의리를 숭상하고 그 유적을 보존하며 봉제사를 주관할 목적으로 조직된 단체로, OOO OOO OOO OO OOOOOO 대지 831.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1957.1.22. 소유권보존등기로 취득하여 2005.4.7. 최OO에게 양도하였으나 양도소득세를 무신고하였다.

나. 처분청은 청구단체를 법인격이 없는 단체 중「국세기본법」상 법인으로 보는 법인격이 없는 단체가 아닌 거주자에 해당하는 것으로 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 양도가액 411,741,000원, 취득가액 51,487,588원으로 하여 2009.7.7. 청구단체에게 2005년 귀속 양도소득세 94,115,920원을 결정·고지하였다.

다. 청구단체는 이에 불복하여 2009.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구단체 주장 및 처분청 의견 가. 청구단체 주장 쟁점토지는 청구단체(O OOO)가 조선조 말기 전국의 유생들로부터 봉제사 및 유적관리에 소요되는 비용을 충당하기 위하여 기증받은 토지이며, 청구단체는 송OO 선생과 관련된 유적보수, 춘추 봉제사, 국내외 송OO 선생 사상 학술대회 및 관리청소를 하는 「국세기본법」상 법인으로 보는 단체로서 비영리 공익법인에 해당함에도 불구하고 거주자라 하여 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세를 부과하였으나 법인세를 부과하여야 함이 타당하고, 설령 법인세가 과세되더라도 쟁점토지를 양도일 전 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하였으므로 「법인세법」제3조 제2항, 같은 법 시행령 제2조에 의거 법인세 과세대상에서 제외되어야 하므로 처분청이 청구단체를 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견 등기되지 아니한 종교단체 중 일정한 요건에 해당하는 종교단체가 「국세기본법」제13조 의 규정에 의하여 법인으로 신청하여 승인을 받는 경우에는 비영리법인으로 과세하는 것이나, 청구단체는 쟁점토지 양도일 이후에야 2007.8.8. 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 고유번호증(OOOOOOOOOOOO) 및 법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지서를 부여받은 사실이 있고, 2002.5.16. OOO OOO OOO OO OOOOOO 외 1필지의 토지임대와 관련하여 간이사업자등록증(OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO)을 부여받아 개인의 지위에서 쟁점토지 양도일 이후인 2007.8.8.까지 임대사업을 한 것으로 나타나고 있어 청구단체를 법인이 아닌 거주자로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구단체를 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】

① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립 되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것 에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다.

⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】

① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 기타 필요한 사항

② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조 제2항에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 「법인세법」 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다.

(3) 소득세법 제1조 【납세의무】

① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다)

2. 거주자가 아닌 자(이하 “비거주자”라 한다)로서 국내원천소득이 있는 개인

② 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법에 의하여 원천징수한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 거주자

③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 「국세기본법」 제13조 제4항의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다.

(4) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제2 9조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비 영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액

2. 「소득세법」 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 투자신탁수익의 분배금

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

(5) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체

2. (삭 제, 2001.12.31.)

3. 법령에 의하여 설치된 기금 제36조 【지정기부금의 범위】

① 법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금 가. 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인 나. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「기능대학법」에 의한 기능대학 또는 「평생교육법」에 의한 원격대학 다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체 라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체(「문화예술진흥법」에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구단체는 정관에 조선조 송OO의 도덕과 의리를 숭상하며 그 유적을 보존하고 나아가 OOO(OOO)를 수호발전시키는 데에 목적이 있는 것으로 기재되어 있고, 현재는 송OO 선생과 관련된 유적보수 및 관리, 춘추 봉제사, 국내외 송OO 선생 사상 학술대회를 개최하는 사업을 하고 있는 것으로 나타나고 있으며, 쟁점토지는 청구단체(O OOO)가 조선조 말기 전국의 유생들로부터 봉제사 및 유적관리에 소요되는 비용을 충당하기 위하여 기증받은 토지라고 심리자료에 기재되어 있다.

(2) 국세청 통합전산자료상 청구단체의 사업내역을 보면, 청구단체는 2002.5.16.부터 OOO OOO OOO OO OOOOOO 대지 510㎡ 및 같은 곳 OOOOO 종교용지 6,535㎡ 중 526㎡와 건물 329.17㎡를 임대하면서 OOOOOOO라는 단체명으로 하여 법인이 아닌 개인의 지위에서 사업자등록증(OOOOOOOOOOOO)을 신청·교부받아 임대사업을 영위한 사실이 있고, 쟁점토지의 등기부등본 및 토지대장에 의하면, 청구단체는 쟁점토지를 1957.1.22. 보존등기하여 취득하고 1996.9.9. 구획정리완료 후 2005.4.7. 최OO에게 소유권이전한 것으로 나타난다.

(3) 1994.6.17. OO군수가 발급한 종교단체등록증명서에 의하면 청구단체는 1990.11.26. 최초로 OOO OOO OOO OO OOOOO을 주사무소로 하고 단체명칭은 OOOOOOO(OO OOO)로 하여 「부동산등기법」제41조의2 , 「법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산 등기용 등록번호부여 절차에 관한 규정」제8조의 규정에 근거하여 등록번호 OOOOOOOOOOO을 부여받은 것으로 기재되어 있고, 쟁점토지 양도일(2005.4.7.) 이후인 2007.8.8. ‘수익사업을 하지 않는 비영리법인’으로 하여 고유번호(OOOOOOOOOOOO)를 부여받는 동시에 ‘법인으로 보는 단체의 승인 및 국세에 관한 의무이행자’로 지정받은 사실이 2007.8.8. 처분청이 발급한 ‘고유번호증’ 및 ‘법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지서’에 나타나고 있으나, 1990.11.26. 신규등록 후 1994.6.17. 「부동산등기법」제41조의2 , 「법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산 등기용 등록번호부여 절차에 관한 규정」제8조의 규정에 근거하여 부동산등기용 등록번호를 교부받은 것 외에는 쟁점토지 양도일인 2005.4.7. 이전에 주무관청의 허가를 받아 설립되었다거나 「민법」 기타 특별법에 의하여 법인격을 부여받은 사실은 없는 것으로 나타난다.

(4) 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 법인으로 보는 단체의 요건을 보면, 「국세기본법」제13조 제1항 제1호에서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것’을, 제2호에서 ‘공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것’은 법인으로 보도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 ‘사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것’, ‘사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것’, ‘사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것’의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여 이를 법인으로 보도록 규정하고 있다.

(5) 일반적으로 단체의 ‘사단’과 ‘재단’구분은 “일정한 목적을 가진 다수인의 결합체로서 그 결합체의 의사를 결정하고 업무를 집행할 기관들 및 대표자 또는 관리인에 관한 정함이 있는 단체는 비법인사단”으로, “일정한 재산을 중심으로 하여 사실상 사회생활의 하나의 단위를 이루는 조직을 가지고 있고 나아가 재단관리규정 등에 의하여 관리권한이 인정되는 관리인이 있는 단체는 비법인재단”으로 구분하고 있는바(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO, OOO OOOOOOOOO OO OOOOOO OO, OO O), 청구단체는 정관에 의하면 송OO의 도덕과 의리를 숭상하여 그 유적을 보전하고자 하는 공동의 목적으로 위하여 동지의 유림들로부터 입회신청을 받아 임원회의 심의를 거쳐 회원자격을 취득하게 하고 있어 일정한 조직행위에 따라 다수의 구성원들로 성립되는 단체로서의 실체를 가지고 대외적으로 구성원과 별개의 단체의 이름으로 활동하고 단체로서의 조직, 즉 총회와 이사 그리고 감사가 존재하며 대표의 선임방법, 총회의 운영 및 의결방법, 목적사업 및 기타 중요한 사실이 정관으로 정하여져 있는 특징으로 볼 때 설립자의 의사 및 제공된 기본재산이 중요하여 설립자의 의사에 의하여 정하여진 대로 활동하며 총회와 같은 의사결정기관이 없는 재단과는 달리 법률적으로 ‘법인격 없는 사단’의 성격을 가진 단체에 해당된다고 판단된다.

(6) 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구단체는 송OO의 도덕과 의리를 숭상하여 그 유적을 보전하고자 하는 공동의 목적을 위하여 동지의 유림들로부터 입회신청을 받아 임원회의 심의를 거쳐 회원자격을 취득하는 점, 출연된 재산보다는 일정한 조직행위에 따라 다수의 구성원들로 성립되는 단체로서의 실체를 가지고 대외적으로 구성원과 별개로 단체의 이름으로 활동하는 점, 총회와 이사 그리고 감사가 존재하며 대표의 선임방법, 총회의 운영 및 의결방법, 목적사업 및 기타 중요한 사실이 정관으로 정하여져 있는 점 등으로 볼 때 청구단체는 설립등기를 하지 않아 법인격이 부여되지 않은 사단에 해당되는 것으로 판단되고, 1990.11.26. 단체명칭을 OOOOOOO(OO OOO)로 하여 「부동산등기법」제41조의2 , 「법인 아닌 사단·재단 및 외국인의 부동산 등기용 등록번호부여 절차에 관한 규정」제8조의 규정에 근거하여 등록번호 OOOOOOOOOOO를 부여받은 사실은 있으나 이는 「국세기본법」 제13조 제1항 제1호에 규정한 ‘주무관청에 등록’한 경우에 해당되지 아니하여 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는다는 점, 2007.8.8. 이전까지 주무관청의 허가를 받아 설립되었다거나 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 사실이 없는 점 등으로 볼 때 처분청이 청구단체를 거주자로 보아 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.