청구종중을 법인으로 보는 단체인 비영리법인으로 보아 쟁점토지의 양도소득에 대한 양도소득세 신고 및 8년 자경농지감면을 부인하고 법인세를 부과한 처분의 당부 등

청구종중의 대표자가 처분청에게 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하였고 처분청이 승인한 것에 대해 청구종중이 이의 등을 제기하거나 승인이 취소된 사실이 없는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구종중은 2000.1.5.OOO를 사업장으로 하여 간이과세자로 사업자등록한 후 2012.2.3. 같은읍 OOO으로 사업장을 이전하면서 처분청에 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인으로 등록하였고, 1983.6.2. 취득한 같은 읍 내리 OOO 답 1,190㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2015.5.27. 양도한 후 산출세액 184,197,641원 중 68,097,504원에 대하여「조세특례제한법」제69조에 따른 8년 자경농지감면(이하 “8년 자경농지감면”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. OOO지방국세청장이 2017년 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구종중이 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다는 이유로 8년 자경농지감면 및 양도소득세 예정신고를 부인하고,쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과하도록 통보하자, 처분청은 2017.12.20. 청구종중에게 2015사업연도 법인세OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여 2018.3.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견가. 청구종중 주장(1)청구종중은1거주자에 해당하므로 당초 신고한 양도소득세 및 8년 자경농지감면을 인정하여야 한다.첫째, 청구종중은 2002년～2016년 기간 동안 계속하여 쟁점토지 외의 부동산을 양도한 후 양도소득세 신고를 하여 왔고, 이들 부동산들은 그 특성이 구분되지 아니하고 동일하였다.둘째, 청구종종은2000.7.24. 개인사업자로 사업자등록한 후부가가치세 신고 등납세의무를 이행하여 왔다.청구종종은 위 사업자등록을 한 후 개인사업자로서 납세의무를 성실히 이행하여 오던 중 종중원 간에 자금관리에 관한 불신을 해소하기 위하여 단지 ‘금융기관에 예금계좌를 개설’할 목적으로 2012.2.3. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받아 비영리내국법인으로서의 법인격을 가지게 되었는바, 개인사업자로서의 1거주자이면서 법인에 해당하는 모순이 발생하게 되었으나, 청구종중으로서는 법인으로 보는 단체가 됨으로써 비영리내국법인이 된다는 사실을 전혀 인지하지 못하였고, 그동안 개인사업자 및 1거주자로서 각각 하여왔던 부가가치세 또는 양도소득세의 신고를 법인으로 보는 단체의 승인 이후에도 하였으며, 처분청으로부터 수차례 개인사업자 등록에 대한 증명발급, 고유번호증 발급, 그 대표자 변경 등의 신고 등을 하여왔는데도 처분청이 청구종중에게 비영리내국법인으로서 법인세를 신고하여야 한다는 사실을 알리지 아니한 것은 부당하다.

(2)설사 청구종중이 비영리내국법인에 해당하더라도 보유기간 동안 종중원으로 하여금 3년 이상 쟁점토지를 자경하도록 하였으므로 그 처분으로 생기는 수입을 수익사업의 수입에서 제외하여야 한다. 비영리사단법인으로서 종중의 재산은 구성원들이 총유의 형태로소유하고, 각 구성원이 정관, 기타 규약 등에 따라 총유물로 사용·수익하는 것으로서 일반적인 농업인과 다르게 종중이 직접 경작하기 곤란하며, ‘종중의 책임 하에 자경한 것’과 ‘대리경작 또는 임대차에 의하여 경작한 것’을 구분하는데 어려움이 있으므로 종중의 농지는 그 특성상 종중원의 일부가 농지소재지에 거주하면서 직접 농산물을 경작하거나 자기책임 하에 농사를 지은 경우에는 자경농지로 보는 것이 타당하다 할 것(국심 2007중3876, 2008.3.12.)이다. 쟁점토지는 종중의 목적사업인 OOO, 선묘수호’, 벌초 등에 소요되는 비용을 충당하기 위한 ‘봉답’이었는바, 청구종중이 대표자등 임원의 의견에 따라 보유기간 동안 그 소재지에 거주하는 종중원인 OOO 및 그 자녀인 OOO으로 하여금 지목이 답인 쟁점토지에서볍씨 및 모판 관리, 모내기, 김매기, 농약살포, 추수 등의 농작업을하도록 하였고, 청구종중의 수입·지출조정명세서 등을 보면 각종 수입으로 성묘비, 묘제비 등을 지출한 사실이 확인되는 점 등을 볼때 쟁점토지를 청구종중이 보유기간인 1983.6.2.～2015.5.27. 기간 중 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아 그 처분으로 인하여 생기는 수입을 수익사업에서 제외하여야 한다.

한편 처분청은 청구종중이 종중규약에서 묘소의 수호관리 및 그 소유재산을 영구보존하고 종친 간의 친목·화합을 도모함을 목적으로한다고 규정한 것을 이유로 농업이 고유목적사업이 아니라는 의견이나, 청구종중의 종중규약을 보면 제3조에서 청구종중이 제2조에규정한 문중의 번영과 발전을 기하고 상부상조 및 인화단결을 도모하며 문중의 재산을 보존·관리한다는 목적을 달성하기 위하여 ‘문중재산의 보존관리 사업’ 등을 하는 것으로 규정하고 있는 점 등을 볼 때 쟁점토지는 위토로서 이를 경작하는 하는 것이 위 고유목적사업인 ‘문중재산의 보존관리사업’에 해당된다 할 것이므로 처분청의 의견은「법인세법」제3조제3항 제5호에 따라 비영리내국법인의 수익사업에서 제외되는고유목적사업의 해석을 지나치게 축소하는 것이어서 부당하다.

(3)설사 이 건 과세처분이 적법하더라도 청구종중에게 관련된 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었던 것으로 보아야 한다.청구종중은 2000.7.24. 개인사업자 등록을 하고 부가가치세의 신고 등 납세의무를 이행한 이후 2012.2.3. 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로 승인을 받았으나,「국세기본법」제13조제2항 후단에서 그 승인을 받은 후에도 사단 등의 단체의 계속성 및 동일성이 유지되는 것으로 보도록 규정하고 있는바, 그동안 개인사업자의 등록 후 계속하여 수익사업(부동산임대업)을 영위하고 있는 청구종중으로서는 법인으로 보는 단체의 승인으로 비영리내국법인이 되었다고 하여 법인세의납세의무를 이행하리라 기대하기는 어려우므로 같은 법 제48조 제1항에 따라 청구종중이 납세의무를 이행하지 아니한데 정당한 사유가 있는 것으로 보아 이 건 과세처분 중 가산세를 면제하여야 한다.

나. 처분청 의견(1)청구종중은신청에 의하여 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은비영리내국법인이므로 쟁점토지의 처분에 따른 수입에 법인세를 부과한 이 건 처분은 적법·정당하다.청구종중이 2012.1.20. 처분청에게 OOO을 대표자로 하여 ‘법인으로 보는 단체’의 승인신청을 하였고, 조직과 운영에 관한 규정인 종중규약을 가지고 있으며, 위 신청 당시 제출한 임시회의록에서 종전 대표자의 사망으로 새로운 대표자를 선임하는 사실이 기재되어 있는 등 대표자를 선임하였다고 기재되어 있고, 이 건 심판청구시 제출한 ‘OOO 재산목록’에 의하면 청구종중 명의로 독립적으로재산을 소유·관리하고 있으며, 종중규약, 결산내역서 등에 의하면 청구종중이 그 수익을 구성원에게 분배하지 아니는 점을 볼 때 청구종중은「국세기본법」제13조제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’로서비영리내국법인에 해당하므로 법인세의 납세의무가 있다고 보아야한다.

(2)청구종중이 3년 이상 쟁점토지를 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수는 없다.청구종중의 종중규약을 보면 묘소의 수호관리 및 그 소속재산을영구보전하고 종친 간의 친목·화합을 도모함을 목적으로 하다고 규정하고 있는바, 농업이 그 고유목적사업인 것은 아닌 점, 설사 그 종중원이 쟁점토지를 경작하고 그 수확물을 판매하여 발생한 수입으로 청구종종이 하는 제사 등의 비용에 충당하였다고 하더라도 이러한 사실을 통하여 청구종중이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접사용한 것으로 볼수 없는 점 등을 감안할 때 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하였다는 청구주장을 받아들이기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①청구종중을 법인으로 보는 단체인 비영리법인으로 보아 쟁점토지의 양도소득에 대한 양도소득세 신고 및 8년 자경농지감면을 부인하고 법인세를 부과한 처분의 당부

② 청구종중을 법인으로 보더라도 청구종중이 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부③청구종중이 비영리내국법인으로서 납세의무를 이행하리라 기대하기 어렵다는 사정으로 가산세 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법제13조[법인으로 보는 단체]

① 법인(「법인세법」 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단,재단,그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.1.주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것2.공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.1.사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것2.사단, 재단, 그 밖의 단체자신의 계산과 명의로 수익과 재산을독립적으로 소유·관리할 것3.사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.제48조[가산세 감면 등]

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 국세기본법 시행령제8조[법인으로 보는 단체의 신청·승인 등]

① 법 제13조 제2항에따라 승인을 받으려는 법인(「법인세법」제1조제1호 및 제3호에 따른내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 그 밖에 필요한 사항

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과동시에「부가가치세법 시행령」제12조제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서「법인세법」제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다.

(3) 법인세법(2014.12.23. 법률 제12850호로 일부개정되기 전의 것)제1조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.3.“비영리내국법인‘이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

다.「국세기본법」제13조제4항에 따라 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)제3조[과세소득의 범위]

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만,비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)3.제55조의2및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하"수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.5.고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입제62조의2[비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례]

① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.2.토지또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. (후단 생략)

(4) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 일부개정되기 전의 것)제2조[수익사업의 범위] ①「법인세법」(이하 "법"이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업중 수입이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다. (각 호 생략)②법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. (후단 생략)나.사실관계 및 판단(1)처분청이 제출한 심리자료를 보면 청구종중이 2015.5.27. 쟁점토지의 양도 후 산출세액 중 일부에 대하여 8년 자경농지감면을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였으나,OOO지방국세청장은 청구종중이법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다는 이유로 8년 자경농지감면 및 양도소득세 예정신고를 부인하고, 쟁점소득의 양도소득에 대하여 법인세를 부과하도록 통보하자, 처분청이 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다.

(2)청구종중 및 처분청이 제출한 증빙자료 등은 아래와 같다. (가)청구종중이 2015.1.30. 쟁점토지 외의 토지(양도소득금액 :OOO만원)에 대하여 양도소득세 예정신고를 하였으나, 처분청이 청구종중에 대한 ‘비영리내국법인의 양도소득세표준 예정신고에 대한 법인세 과세표준 및 세액 결정결의’를 하면서 위 양도소득금액의 합계액을 법인세 과세표준에 산입하였다. (나)처분청이 2016.12.15. 발급한 사업자등록증명서를 보면 청구종중이 2000.7.24. 개업일을 2001.1.5.로 하여 사업자등록(사업자번호 : OOO하였고, 2016.12.15. 현재 간이과세자로서 부동산임대업을 영위하고 있는 것으로 나타나고, 청구종중이 2012.1.20. 처분청에게 제출한 ‘법인으로 보는 단체의 승인신청서’를 보면 청구종중이‘문중의 번영과 발전’을 고유사업으로 하여 법인으로 보는 단체의 승인신청을 하였고, 같은 시기에 제출된 것으로 보이는 ‘법인으로 보는단체의 대표자 등의 선임(변경) 신청서’를 보면 최초 대표자를 OOO, 신고사유를 ‘은행 설정용’으로 하여 위 대표자 등의 변경신고를 한 것으로 나타나며, 처분청이 2012.2.3. 및 2015.12.30. 각각 발급한 고유번호증을 보면 청구종중이 2012.2.3. 수익사업을 하지 아니하는 비영리법인 등으로 하여 고유번호(OOO발급받았고, 2015.12.30. 그 대표자가 변경(OOO → OOO 외 3인)된 것으로 나타난다.

(다) 청구종종의 2015.11.29.자 회의록을 보면 청구종중이 자신의 명의로 소유의 부동산 매매대금을 금융기관에 예치할 목적으로 같은날 현재의 대표자인 OOO의 임기가 도래되어 대표자를 변경하기위하여 고유번호증을 재발급하는 내용으로 하는 ‘문중 고유번호 대표자변경안’ 의안을 가결한 것으로 나타나고, 청구종중이 2015.12.15. 처분청에게 제출한 것으로 보이는 ‘법인이 아닌 단체의 고유번호 정정신고서’를 보면 청구종중이 대표자(OOO → OOO 외 3인), 총무, 간사 등을 정정할 사항으로 하여 해당 신고를 하였고, 제출서류 중 사업자등록증 원본을 분실한 것으로 나타나며, 처분청이 2015.12.30. 발급한 ‘법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무이행자 지정통지서’를 보면 처분청이 청구종중에게 2012.2.3.을 지정일, 지정사유를 대표자 정정으로 하여 위 지정통지를 한 것으로 나타난다. (라) 1983.5.1. 작성된 청구종중의 규약을 보면 제2조에서 ‘그 선조들의 숭조애족사상과 숭의정신을 이어받아 민족 정통의 미풍양속을 지키고 문중의 번영과 발전을 기하며 상부상조, 인화단결을 도모하며 문중 재산의 보존관리’하는 것을 청구종중의 목적으로 한고, 제3조에서 제2조의 목적을 달성하기 위하여 선조의 묘사사업, 문중재산의 보존관리 사업, 일족 간의 상부상조 발전을 위한 사업 및 기타 본회의 달성목적을 위하여 필요한 사업을 하는 것으로 규정되어 있다. (마)청구종중이 개인사업자로서 부가가치세 신고 등의 납세의무를 이행하였다고 주장하면서 제출한 2014년～2017년 기간의 ‘간이과세자부가가치세 신고서’를 보면 청구종중은 위 기간 동안 부동산 임대업의부가가치세 과세표준으로OOO만원(2014년의 경우 ‘0원’)을 신고한 것으로 나타난다.

(바) 청구종중이 각종 수입으로 성묘비, 묘제비 등을 지출하였다고주장하면서 제출한 감사보고서(1998.12.6. 작성된 것), 1992년 이후 수입·지출 조정명세서, 정기예탁금 가입현황, 결산서, 재산목록 등을 보면 전세금 및 임대료, 정기예금이자 등의 수입으로 성묘비, 묘제비등의 지출에 충당하였고, 쟁점토지를 포함하여 OOO필지의 토지(임야OOO지)를 소유하고 있는 것으로 나타나나, 쟁점토지의 경작으로 수확한 농작물의 판매소득 등은 기재되어 있지 아니한다. (사) 청구종중이 그 종중원인 OOO이 쟁점토지를 경작하였다고 주장하면서 제출한 증빙자료로서 OOO지점이 2015.6.19.발급한 거래자별매출내역을 보면 OOO이 2013.11.18.～2014.7.21. 기간 중 위OOO만원 상당의 완두, 옥수수, 배추, 천일염등을 매입한 것으로 나타나고, OOO의 주민등록초본을 보면 OOO이 1990.3.8. 이후 쟁점토지가 소재한 OOO에 주소지를 둔 것으로 나타나나, OOO이 청구종중의 종중원인지, 청구종중의 책임 하에 쟁점토지를 경작하였는지, 위 OOO지점에서 매입한 농자재(종자 등)를 쟁점토지에 파종 등을 하였는지 등을 입증할 증빙자료가 제출되지 아니하였고, 쟁점토지는 전(밭)이 아니라답(논)임에도 볍씨, 농약 등 관련된 농자재의 매입내역, 수확방법 등을 입증할 증빙자료 등이 제출되지 아니하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구종중은 2002년～2016년 기간 동안 계속하여 부동산을 양도한 후 양도소득세 신고를 하였고, 2000.7.24. 개인사업자로 사업자등록한 후 관련된 부가가치세 신고를 하는 등1거주자로서의 납세의무를 이행하여 왔고, 2012.2.3. 종중자금을 금융기관에 예치할 목적으로 처분청으로부터 법인으로 보는 단체로서의 승인을 받았다는 이유 등으로 청구종중을 1거주자로 보아야 한다고 주장하나,청구종중의 대표자였던 OOO이2012.1.20.처분청에게 법인으로 보는 단체의 승인신청을 한 점, 처분청이 2012.2.3. 해당 승인신청을 승인한 후 고유번호증을 교부하였고 청구종중이 이에 대한 이의 등을 제기하거나 청구종중에 대한 법인으로 보는 단체의 승인이 취소된 사실이 없는 점, 청구종중이「국세기본법」제13조제2항에서 법인으로 보는 단체로 보는 요건으로 규정한 세 가지를 모두 갖춘 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구종중은 법인으로 보는 단체로서 비영리내국법인에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청에서 청구종중이 신고한 양도소득세 예정신고 및 8년 자경농지감면을부인하고 쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(나)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구종중은 설사 자신이 법인에 해당한다고 보더라도 그 종중원으로 하여금 쟁점토지를 경작하도록 하여 발생한 소득을 성묘비, 묘제비 등으로 지출하였으므로 쟁점토지의 양도소득을 수익사업의 소득에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점토지의 처분으로 인하여 생기는 수입이 비영리법인인 청구종중의 과세소득에 해당하지 아니하기 위해서는「법인세법」제3조제3항 및 같은 법 시행령 제2조의2 제2항에 따라 청구종중이 그 처분일현재 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하여야 할 것이나, 쟁점토지는 지목이 답으로서농지이고, 농지의 경우 종중의 성격으로 볼 때 단순히 재산관리를 목적으로 하는 대상에 불과하므로 특별한 사정이 없는 이상 종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용한 고정자산으로 보기는 어려운 점, 청구종중이 제출한 증빙자료만으로는 쟁점토지와 관련한 수입을 성묘비, 묘제비 등으로 지출한 사실을 확인할 수 없으므로 쟁점토지를 고유목적사업으로 사용하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구종중이 그 처분일 현재 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 인정할 수는 없으므로 청구종중의 주장을 수용하기는 곤란하다고 판단된다.

(다)마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구종중은 그동안 개인사업자로서 부동산임대업만을 영위하여 왔으므로 처분청으로부터법인으로부터 보는 단체로 승인받았다고 하여 법인세 납세의무를 이행하리라 기대하기는 어렵다는 이유로 가산세를 면제할 정당한사유에 해당된다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한사유에 해당하지 아니한다 할 것인바(대법원 2004.6. 24. 선고 2002두10780 판결, 같은 뜻임), 청구종중이 2012.1.20. 법인으로 보는 단체로 승인되어 2015.5.27. 쟁점토지의 양도소득을 해당 사업연도의 익금에 포함하여 법인세를 신고할 수 있었으나 그러지 아니한 것은 단순한법령의 무지 또는 오인 등에 해당한다고 보이고, 그렇다면 청구종중이쟁점토지의 양도소득에 대하여 법인세 신고를 하지 아니한 것에 대하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어려우므로 이에 대한 청구종중의 주장도 수용하기는 곤란하다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.한 상 국