쟁점부동산은 관리처분인가 이후에 수용되었으므로 쟁점부동산의 양도는 부동산을 취득할 수 있는 권리(조합원입주권)의 양도에 해당하므로 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

청구인은 조합원입주권이 아닌 쟁점부동산 형태로 양도(수용)하였고 쟁점부동산 양도일 현재 쟁점부동산 외에 1주택을 보유한 것으로 나타나므로 쟁점부동산 양도에 대하여 양도 당시 1세대2주택에 해당하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.5.11. OOO 토지 258㎡ 및 건물 263.54㎡(단독주택, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 수용을 원인으로 양도한 후 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.

나. 처분청의 쟁점부동산에 대한 양도소득세 해명자료 제출 안내에 따라 청구인은 2018.12.14. 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(양도일 현재 조정지역내 1세대 2주택)을 적용하여 추가로 2018년 귀속 양도소득세 OOO 및 농어촌특별세 OOO을 수정신고하였고, 이후 2018.12.24. “쟁점부동산의 양도는 부동산을 취득할 수 있는 권리(조합원입주권)의 양도에 해당하므로 일반세율을 적용하여야 한다”고 주장하면서 기 수정신고.납부한 양도소득세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 “쟁점부동산의 양도는 부동산을 취득할 수 있는 권리가 아니라 부동산의 양도에 해당한다”는 이유로 2019.1.10. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.2.11. 이의신청을 거쳐 2019.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1974.7.14. 토지를 취득하고 1990.8.10. 주택을 신축하여 지내는 중에 「도시 및 주거환경정비법」에 의거 주택재개발정비사업이 2013.7.4. 사업인정고시, 2017.7.27. 관리처분인가 고시가 되었다. 평생 쟁점부동산에서 살기를 원했으나 주택재개발비사업 시행으로 어쩔 수 없이 쟁점부동산이 수용되는 상황이 되었고 사업시행에 대한 혼란과 낡은 주택을 리모델링하지 못하는 등 불확실한 사유로 인하여 현재 거주하는 OOO(이하 “쟁점외주택”이라 한다) 대체주택을 2014년 10월경 취득하여 이사하게 되었지만 주택재개발사업이 지연되면서 비과세를 받을 수 있는 기간도 지났다.

(2)「소득세법」제89조에 따르면, 「도시 및주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 ‘조합원입주권’이라고 보고 있는데, 수용에 의한 현금청산자는 조합원입주권으로 보지 않는다는 별도의 법 규정은 없다. 따라서 조세법률주의에 따라 청구인은 관리처분인가일을 지나 쟁점부동산이 수용되었으므로 조합원입주권의 지위를 취득한 상태이며, 조합원입주권은 일반세율을 적용하여야 한다.

(3) 또한 부동산 양도소득에 대한 중과세율 적용은 부동산 투기를 억제하기 위한 정책으로 청구인은 주택재개발정비사업 시행으로 재산권 행사에 많은 제약을 받았고, 쟁점부동산에 대하여 수용을 원하지 않았지만 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 부득이 강제 수용되는 상황이었음에도 투기를 목적으로 취득.양도한 것과 동일하게 중과세율을 적용하는 것은 부당하다(대법원 2009.12.24. 선고 2009두13788판결 참조).

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산이 관리처분계획인가일이 지나서 수용되었으므로 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도로 보아야 한다고 주장하나, 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(조합원입주권)는「소득세법」제94조제1항 제2호 가목에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하나, 당해 재건축조합으로부터 입주권을 취득한 사실이 없이 부동산을 양도하는 경우에는「소득세법」제94조제1항 제1호의 부동산 양도에 해당하는 것이므로(서면인터넷방문상담4팀-1038, 2008.4.25. 같은 뜻임) 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) 또한 청구인은 양도소득세 중과세율의 적용은 부동산 투기를 억제하기 위한 정책으로 쟁점부동산이 강제로 수용되어 어쩔 수 없이 양도한 것이므로 중과세율 적용은 부당하다고 주장하나, 청구인이 제시한 판례(대법원 2009.12.24. 선고 2009두13788 판결)는 ‘구「소득세법」제104조제1항 제2의3호에 정한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 관한 중과세율은 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위한 것이라는 입법취지 등을 고려하면, 주택을 양도하고 그 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 3주택을 보유하게 된 것일 뿐 실질적으로 3주택을 보유하고 있었던 것으로 볼 수 없는 경우 등에는 구「소득세법」제104조제1항 제2의3호 소정의 1세대 3주택자 중과세대상에 해당한다고 볼 수 없다’고 판시한 것이다.

(3) 그러나, 이 건의 경우 청구인은 쟁점부동산 양도 이전에 현거주지인 쟁점외주택을 취득.보유하여 왔고, 그 보유경위가 실질적으로 2주택 보유로 볼 수 없는 경우에 해당한다고 볼 만한 자료가 없다. 나아가 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하므로(대법원 2013.12.12. 선고 2013두17107 판결, 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조), 재산권 행사에 제약을 받고 수용에 의하여 부득이 쟁점부동산의 소유권을 이전하였다는 사실만으로 양도소득세 중과대상에서 제외하기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산은 관리처분인가 이후에 수용되었으므로 쟁점부동산의 양도는 부동산을 취득할 수 있는 권리(조합원입주권)의 양도에 해당하므로 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것)제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및주거환경정비법」제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)나. 지상권다. 전세권과 등기된 부동산임차권제104조(양도소득의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 : 제55조 제1항에 따른 세율

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. (후단 생략)

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

(2) 도시 및 주거환경정비법(2018.6.12. 법률 제15676호로 개정되기 전의 것)제72조(분양공고 및 분양신청)

① 사업시행자는 제50조 제7항에 따른 사업시행계획인가의 고시가 있은 날(사업시행계획인가 이후 시공자를 선정한 경우에는 시공자와 계약을 체결한 날)부터 120일 이내에 다음 각 호의 사항을 토지등소유자에게 통지하고, 분양의 대상이 되는 대지 또는 건축물의 내역 등 대통령령으로 정하는 사항을 해당 지역에서 발간되는 일간신문에 공고하여야 한다. 다만, 토지등소유자 1인이 시행하는 재개발사업의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행계획인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행계획인가 전에 제81조 제3항에 따라 철거된 건축물은 시장ㆍ군수등에게 허가를 받은 날을 기준으로 한 가격)

2. 분양대상자별 분담금의 추산액

3. 분양신청기간

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

② 제1항 제3호에 따른 분양신청기간은 통지한 날부터 30일 이상 60일 이내로 하여야 한다. 다만, 사업시행자는 제74조 제1항에 따른 관리처분계획의 수립에 지장이 없다고 판단하는 경우에는 분양신청기간을 20일의 범위에서 한 차례만 연장할 수 있다.

③ 대지 또는 건축물에 대한 분양을 받으려는 토지등소유자는 제2항에 따른 분양신청기간에 대통령령으로 정하는 방법 및 절차에 따라 사업시행자에게 대지 또는 건축물에 대한 분양신청을 하여야 한다.제73조(분양신청을 하지 아니한 자 등에 대한 조치)

① 사업시행자는 관리처분계획이 인가ㆍ고시된 다음 날부터 90일 이내에 다음 각 호에서 정하는 자와 토지, 건축물 또는 그 밖의 권리의 손실보상에 관한 협의를 하여야 한다. 다만, 사업시행자는 분양신청기간 종료일의 다음 날부터 협의를 시작할 수 있다.

1. 분양신청을 하지 아니한 자

2. 분양신청기간 종료 이전에 분양신청을 철회한 자

3. 제72조 제6항 본문에 따라 분양신청을 할 수 없는 자

4. 제74조에 따라 인가된 관리처분계획에 따라 분양대상에서 제외된 자

② 사업시행자는 제1항에 따른 협의가 성립되지 아니하면 그 기간의 만료일 다음 날부터 60일 이내에 수용재결을 신청하거나 매도청구소송을 제기하여야 한다.제74조(관리처분계획의 인가 등)

① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 쟁점부동산이 수용된 OOO 주택재개발정비사업의 진행경과는 다음과 같다. (나) 청구인은 배우자와 공동으로 2014.10.2. 쟁점외주택을 취득(각 2분의1 지분)하였고, 쟁점부동산의 경우 토지는 1989.7.14.(매매), 건물(단독주택)은 1990.8.10.(신축) 청구인 단독명의로 취득하였으며, 2018.5.11. 쟁점부동산을 OOO에 양도(수용)한 후, 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO 및 농어촌특별세 OOO을 예정신고. 납부하였다. (다) 처분청은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 예정신고서 검토결과, 2018.10.16. 청구인에게 ‘조정지역 내 1세대 2주택 양도에 해당됨에도 일반세율로 신고한 것’에 대하여 해명자료 제출 안내문을 발송하였으며, 이에 청구인은 2018.12.14. 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 기 납부세액에 추가하여 양도소득세 OOO 및 농어촌특별세 OOO을 수정신고. 납부하였다. (라) 이후 2018.12.24. 청구인은 쟁점부동산의 양도가 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’(입주권)의 양도에 해당하므로 일반세율을 적용하여야 한다면서 기 수정신고. 납부한 양도소득세 및 농어촌특별세의 환급하여 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 이를 거부하였다.

(마) OOO의 재결서(2018.3.23.)를 보면, ‘이 건 OOO 주택재개발정비사업을 위하여 사업시행자(주택재개발정비사업조합)는 구「도시 및 주거환경 정비법」(법률 제14567호 2017.2.8. 전부개정 되기 전의 것) 제28조에 따라 사업시행(변경)인가를 받고, 이를 OOO고시 제2013-137(2013.7.4.)호로 고시 및 OOO고시 제2015-195(2015.12.21.)호로 변경고시 한 후, 위 사업에 편입되는 토지의 취득 및 물건의 이전을 위하여 소유자 등과 협의하였으나 보상금 저렴 등의 사유로 협의가 성립되지 아니하여 재결신청에 이르렀다’는 이유가 기재되어 있다. (바) 청구인은 2018.3.23. 위 OOO의 재결처분에 따라 2018.5.11. 현금으로 OOO을 보상받고 이 중「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제30조 제3항에 따른 지연가산금 OOO을 제외한 OOO을 양도가액으로 산정하였다. (사) 처분청은 2018.11.29. OOO에게 ‘주택재개발정비사업과 관련하여 청구인 외 2인이 입주권(분양) 신청을 하였는지 여부(분양신청을 포기하고 현금청산을 받았는지 여부)를 확인할 수 있는 근거서류’를 요청하였고, 당해 조합장은 ‘청구인 외 2인은 분양신청 기간 내에 분양신청 관련 서류 일체를 제출하지 아니하여 현금청산자에 해당하므로 처분청에 제출할 수 있는 서류가 없다’는 내용으로 회신하였다.

(아) 이의신청과정에서 2019.2.19. 처분청은 청구인에게 ‘OOO 주택재개발정비사업과 관련하여 분양신청기간(2013.8.30.～10.28.)에 분양신청을 경료하여 재개발조합으로부터 입주권을 취득한 사실을 확인할 수 있는 서류’를 제출하여 줄 것을 요구하였고, 청구인은 2019.2.26. ‘분양신청기간에 분양신청을 하지는 않았으나 OOO 주택재개발정비사업은 2016년에 조합원을 재구성할 사유가 생겨 분양신청을 받기 위하여 노력하였으며 소송을 제기하여야 한다는 답변을 받고 실제로 소송을 제기하지는 못하였다’고 회신한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 주택재개발사업 관리처분인가로 인해 부득이 쟁점부동산이 수용되었으므로 이는 조합원입주권 양도에 해당한다고 주장하나, 청구인은 쟁점부동산이 포함된 OOO 주택재개발정비사업과 관련하여 주택재개발조합으로부터 ‘입주권’을 취득한 사실이 없는 점, 청구인이 조합원입주권이 아닌 쟁점부동산 형태로 양도(수용)한 것으로 나타나는 점, 쟁점부동산 양도일 현재 쟁점부동산 외에 1주택(쟁점외주택)을 보유한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점부동산 양도에 대하여 양도 당시 1세대 2주택에 해당하는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.