청구인이 쟁점농어촌주택을 취득한 이후 쟁점주택을 취득하여 양도소득세 과세특례가 적용되지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

쟁점주택 취득 이전에 쟁점농어촌주택을 취득하였으므로 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.2.9. 취득한 전북특별자치도 전주시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2025.2.21. 508백만원에 양도한 후 양도소득세를 비과세(1세대 1주택)로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택 외에 2016.3.11. 취득한 전북특별자치도 김제시 OOO 소재 주택(이하 “쟁점농어촌주택”이라 한다)을 보유하고 있어 1세대 2주택에 해당한다는 안내문을 발송하였고, 청구인은 2025.6.30. 쟁점주택 양도와 관련한 양도소득세를 OOO원으로 수정신고하였다.

다. 청구인은 2025.10.15. 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의4 제1항에 따라 쟁점농어촌주택은 소유주택수에서 제외되므로 쟁점주택의 양도거래가 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 제기하였고,처분청은 조특법 제99조의4 제1항은 농어촌주택 취득 전에 보유한 주택을 양도한 경우에 적용되는 것인 반면, 청구인의 경우 2016.3.11. 쟁점농어촌주택을 취득한 뒤 2018.2.9. 쟁점주택을 취득하여 해당 규정을 적용할 수 없다고 보아 2025.12.10. 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택의 취득시기는 아래와 같은 이유로 분양계약체결일인 2015.11.30.이고, 쟁점농어촌주택 취득일(2016.3.11.) 이전에 쟁점주택을 취득하였으므로 쟁점주택의 양도거래에 대하여 1세대 1주택 비과세특례규정을 적용하여야 한다.

(1) 조특법 제99조의4 규정의 입법취지는 농어촌 인구의 급격한 감소 및 고령화로 인한 농어촌 공동화 등을 막고, 도시 자본의 농어촌 투자를 유인하여 경제를 활성화하는 데 그 목적이 있는바(헌법재판소 2015.10.21. 선고 2014헌바355 결정), 청구인이 쟁점농어촌주택을 취득하여 경제활성화에 기여하였음에도 단지 쟁점주택의 물리적 준공일을 기준으로 하여 1세대 1주택 비과세특례 규정을 배제하는 것은 그 입법취지에도 맞지 않는 것이다.

(2) 「소득세법」제88조 제10호에서 ‘분양권’을 주택에 대한 공급계약을 통하여 주택을 공급받는 자로 선정된 지위로 명확히 정의하고 있고, 「지방세법 시행령」제36조의3 제2항 등에서 주택분양권에 의한 주택이거나 종전 주택 등이 조합원입주권 또는 주택분양권인 경우 이를 신규주택의 범주에 포함하여 과세대상으로 판단하고 있는바, 세법상 분양권을 단순한 채권적 권리 이상으로 장차 주택으로 전환될 것이 예정된 독립적이고 실질적인 재산가치를 지닌 자산으로 ‘주택에 준하는 지위’로 취급하고 있는 것이 확인된다.

(3) 「국세기본법」제14조에서 실질과세원칙을 규정하고 있고 청구인이 쟁점주택의 분양계약을 2015년 11월 체결함으로써 실질적인 자본 투하를 완료하여 배타적인 권리를 확정적으로 확보한 이상 청구인이 쟁점주택을 사실상 취득하여 경제적 실질을 보유한 시점은 준공일(2018년 4월)이 아닌 분양권 취득일인 2015년 11월로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제98조(양도 또는 취득의 시기)에 의하면 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기는 해당자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택의 분양공급계약서상 잔금지급 약정일인 2018.4.28.에 앞서 잔금이 실제 지급된 2018.2.9.을 쟁점주택의 취득일로 보아야 하므로 청구인은 쟁점농어촌주택을 취득한 이후 쟁점주택을 취득하여 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점농어촌주택을 취득한 이후 쟁점주택을 취득하여 조특법상 양도소득세 과세특례가 적용되지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(3) 조세특례제한법제99조의4(농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)

① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2028년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택등취득기간”이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택등”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택(이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)가. 취득 당시 「지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법」 제2조 제13호에 따른 기회발전특구(인구감소지역 및 「접경지역 지원 특별법」 제2조 제1호에 따른 접경지역이 아닌 수도권과밀억제권역 안의 기회발전특구는 제외한다. 이하 이 조 및 제5장의11에서 “기회발전특구”라 한다)에 소재하거나 다음의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항에 따른 읍ㆍ면 또는 인구 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 동에 소재할 것1) 수도권지역. 다만, 「접경지역 지원 특별법」 제2조에 따른 접경지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

2) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조에 따른 도시지역. 다만, 인구감소지역 중 부동산가격동향 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역은 제외한다.

3) 「주택법」 제63조의2에 따른 조정대상지역4) 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조에 따른 허가구역5) 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령으로 정하는 지역나. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(「소득세법」 제99조에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 초과하지 아니할 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 쟁점주택 관련 분양계약서와 등기부등본 등을 살펴보면 쟁점주택의 분양계약일은 2015.11.30.이고, 잔금지급일은 2018.2.9.이며, 쟁점농어촌주택의 취득일은 2016.3.11.로 확인된다.

＜표1＞

쟁점주택 및 쟁점농어촌주택 취득일

○○○

(나) 청구인은 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후 양도소득세 OOO원을 수정신고하였으나, 쟁점농어촌주택 취득 이전에 쟁점주택을 취득하였으므로 1세대1주택 비과세 대상이라는 취지로 경정청구를 하였다.

＜표2＞

신고 및 경정청구 내역

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택의 취득시기가 분양계약을 체결한 2015.11.30.이고, 이후 쟁점농어촌주택을 취득하여 조특법 제99조의4 제1항 및 「소득세법」제89조 제1항 제3호 가목에 따라 쟁점주택의 양도거래가 1세대 1주택 비과세 대상이라고 주장하나,「소득세법」제98조에서는 자산의 취득시기를 대금을 청산한 날로 규정하고 있고, 쟁점주택의 잔금지급일은 2018.2.9.로 확인되어 쟁점주택의 취득시기가 쟁점농어촌주택의 취득일(2016.3.11.) 이후에 해당하여 조특법에 따른 양도소득세 과세특례 대상에 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점주택의 양도거래에 대한 1세대 1주택 비과세 규정의 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.