쟁점지분들이 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하는지 여부

처분청이 쟁점지분들을 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외하고 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

1. 처분개요

가. 처분청은 2025년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2025.6.1.) 현재 청구인이 보유하고 있는 아래 ＜표1＞의 주택에 대하여 2025.11.28. 청구인에게 2025년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정·고지하였다.

＜표1＞

종합부동산세 과세물건(주택) 내역OOO나. 청구인은 경기도 OOO호(이하 “쟁점1주택”이라 한다)의 지분율 49.98%(이하 “쟁점1지분”이라 한다)와 경기도 OOO호(이하 “쟁점2주택”이라 하고, 쟁점1주택과 함께 “쟁점주택들”이라 한다)의 지분율 98.97%(이하 “쟁점2지분”이라 하고, 쟁점1지분과 함께 “쟁점지분들”이라 한다)가 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다고 주장하며 2026.2.15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인과 동생 A은 공동으로 쟁점주택들에 대한 임대사업자등록을 한 후, 각 한 가구로 임대하던 중 청구인이 2020.7.11. 이후 A이 보유하던 쟁점1주택의 지분 1/2 및 쟁점2주택의 지분 99/100(쟁점지분들)을 취득하여 임대사업자 지위를 포괄적으로 승계하였는바, 임대주택의 수를 비롯하여 사업장 상황에 아무런 변동이 없고, 여전히 쟁점주택들은 임대주택으로 등록되어 있어 차임인상폭의 제한을 비롯한 의무를 부담하고 있음에도 쟁점지분들을 종합부동산세 합산배제 임대주택에서 제외하는 것은 신의성실의 원칙 등에 반하는 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법 시행령」(이하 “종부세법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항 제8호 나목에서는 합산배제 임대주택에서 제외되는 주택을 규정하면서, 1)에서 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득한 조정대상지역 내에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을, 3)에서 2020.7.11. 이후 종전의 민간임대주택법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택을 그 제외 대상으로 규정하고 있는데, 청구인이 조정대상지역 내의 아파트인 쟁점주택들의 지분(쟁점지분들)을 2020.7.11. 이후 취득하여 2020.10.6. 장기일반민간임대주택으로 임대사업자등록 하였으므로, 쟁점지분들은 청구인을 비롯한 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로 취득한 조정대상 지역 내에 있는 장기일반민간임대주택에 해당하거나 2020.7.11. 이후 종전의 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 등록신청한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 매입임대주택에 해당한다.

따라서, 처분청이 쟁점지분들을 종합부동산세 합산배제 재상에서 제외하여 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점지분들이 종합부동산세 합산배제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

: ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 양측이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 청구인의 쟁점주택들 취득내역 및 임대사업자등록내역은 다음과 같다.(가) 청구인의 쟁점주택들 취득내역은 다음과 같다.

1) 쟁점주택들의 등기사항전부증명서, 청구인의 주택임대사업자 등록증 등에 의해 확인되는 청구인의 쟁점주택들 지분 취득시기는 아래 ＜표2＞와 같다.

＜표2＞

청구인의 쟁점주택들 취득시기OOO2) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 A(청구인의 동생)과 공유하던 구주택이 재건축됨에 따라 2019.6.20. 쟁점1주택의 지분 1/2, 쟁점2주택의 지분 1/100을 각 취득(나머지 쟁점주택들의 지분은 A이 취득)하였다가, 2020.9.11. 및 2020.10.5. A으로부터 쟁점1지분(쟁점1주택의 지분 1/2) 및 쟁점2지분(쟁점2주택의 지분 99/100)을 매매를 원인으로 추가 취득한 사실이 확인된다.(나) 임대사업자등록증에 의해 확인되는 청구인 및 A이 관할 구청에 임대사업자를 등록한 내역은 다음과 같다.

1) 청구인과 A이 2020.7.7. 기존에 등록OOO된 임대사업자에 쟁점주택들을 단기민간임대주택(매입)으로 추가한 이후 해당 임대사업자의 변경 내역은 아래 ＜표3＞과 같은데, 이를 보면 2020.11.25. 해당 임대사업자등록이 말소된 것으로 나타남＜표3＞ 임대사업자OOO 변경 이력OOO2) 청구인은 2020.9.11. 쟁점1지분과 2020.10.5. 쟁점2지분을 매입함에 따라 A과 공동으로 등록하였던 기존의 임대사업자OOO는 위 ＜표3＞과 같이 2020.11.25. 말소되었고, 청구인은 2020.10.6. 아래 ＜표4＞와 같이 쟁점주택들에 대한 임대사업자OOO를 새로 등록하였다.

＜표4＞

임대사업자OOO 등록 내역OOO

(2) 국토교통부장관은 2020.6.19. 경기도 OOO 전역을「주택법」제63조의2 제4항의 규정에 따라 조정대상지역으로 지정하였다가 2022.11.14. 해제한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 쟁점지분들이 종합부동산세 합산배제 대상인 임대주택에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인에게 2025년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 결정·고지하였는데, 이 건 결정내역은 아래 ＜표5＞와 같다.

＜표5＞

2025년 귀속 종합부동산세 결정 내역OOO

(4) 2020.10.7. 대통령령 제31085호로 개정된 종부세법 시행령과 관련하여 기획재정부가 발간한 ‘2020 간추린 개정세법’에 의하면, 민간임대주택법의 개정내용을 반영하여 2020.7.11. 이후 민간임대주택법에 따라 등록하는 아파트는 합산배제대상에서 제외한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 종부세법 제8조 제1항 제1호에서 민간임대주택법에 따른 민간임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 종합부동산세 과세표준합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 규정하면서, 같은 법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목 3)에서 2020.7.11. 이후 종전의 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 합산배제 임대주택에서 제외하는 것으로 규정하고 있다.

이 건의 경우 주택에 대한 종합부동산세 과세표준은 종부세법 제8조 제1항에 따라 납세의무자 별로 주택의 공시가격을 합산한 금액을 기준으로 하는데, 종합부동산세 주택분 ‘납세의무자’는 과세기준일 현재 주택분 재산세 납세의무자(종부세법 제7조 제1항)이고, 공유재산의 경우 그 ‘지분권자’가 재산세 납세의무자(「지방세법」제107조 제1항)이므로, 청구인과 같이 공유재산의 지분이 A(청구인의 동생)에서 청구인으로 변동된 경우에도 쟁점지분들이 종합부동산세 합산배제 대상에 포함되는지 여부는 납세의무자인 청구인을 기준으로 판단해야 하는 점, 쟁점주택들의 등기사항전부증명서, 청구인의 주택임대사업자 등록증에 의하면 청구인은 2020.9.11. 및 2020.10.5. 쟁점1지분과 쟁점2지분을 각 취득하여 쟁점지분들에 대하여 2020.10.6. 임대사업자 등록을 한 것으로 나타나므로 쟁점지분들은 2020.7.11. 이후 종전의 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 등록신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당하여 종부세법 시행령 제3조 제1항 제8호 단서 및 같은 호 나목 3)에 따라 합산배제 임대주택에서 제외되는 점, 헌법재판소는 2024.5.30. 구 종부세법(2021.9.14. 법률 제18449호로 개정되고, 2022.12.31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, 제9조 제1항, 제2항, 제3항을 비롯한 종합부동산세 부과 근거 규정에 대해 조세법률주의, 포괄위임금지원칙, 과잉금지원칙, 조세평등주의, 소급입법금지, 신뢰보호원칙 등에 어긋나지 않고 재산권 등 기본권을 과도 하게 침해하지도 않아 헌법에 위반되지 않는다고 결정(헌법재판소 2024.5.30. 선고 2022헌바238 등 결정)하였는바, 이 건 종합부동산세

부과처분이 신의성실의 원칙 등에 반한다는 청구주장을 받아들일 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점지분들을 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외하고 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞

관련 법령

(1) 종합부동산세법제7조(납세의무자)

① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.제8조(과세표준)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

1. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다) : 12억원

2. 제9조 제2항 제3호 각 목의 세율이 적용되는 법인 또는 법인으로 보는 단체: 0원

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 자: 9억원

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2025.2.28. 대통령령 제35352호로 개정된 것)제3조(합산배제 임대주택)

① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건1) 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것가) 30호 미만의 주택을 임대하는 경우: 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액

(1) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우 : 6억원

(2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우: 3억원나) 30호 이상의 주택을 임대하는 경우: 30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(30호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대를 개시한 날) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액

(1) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우 : 9억원

(2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우 : 6억원2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

나. 제외되는 주택1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역(「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]2) 생략3) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택4) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.제6조(임대사업자 등록의 말소)

① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다. (이하 생략)

(4) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것)제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.제5조(임대사업자의 등록)

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.제6조(임대사업자 등록의 말소)

① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

5. 제43조 제2항 또는 제6항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한날 등록이 말소된다.제43조(임대의무기간 및 양도)

① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

③～

⑤ (생략)

⑥ 임대사업자는 제3항에 따라 신고된 장기일반민간임대주택과 제5항에 따라 신고가 수리된 공공지원민간임대주택을 양도할 수 있다.

(5) 지방세법제107조(납세의무자)

① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

1. 공유재산인 경우 : 그 지분에 해당하는 부분(지분의 표시가 없는 경우에는 지분이 균등한 것으로 본다)에 대해서는 그 지분권자(이하 생략)