학교법인의 학교시설사용료 및 임대료 수입 등을 부가세 과세대상 매출로 보아 과세한 처분의 당부 등

청구법인이 강의실, 체육관 등을 대여한 행위를 일시적인 재화·용역의 공급으로 보기 어렵고, 학교 시설을 식당·매점·자판기·이동통신 기지국 설치장소로 임대한 행위 등은 교육용역과 관계없는 수익사업의 일종인 시설대여 내지 부동산임대 용역으로 부가세 과세대상에 해당하는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은「사립학교법」에 의하여 설립되어 산하에 4개 학교OOO를 운영하고 있는 비영리법인이고, 처분청은 2011.4.4.～2011.4.18. 기간 동안 청구법인에 대하여 법인일반통합조사를 실시한 결과, 2006년 제1기～2010년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 학교시설 사용료 및 임대료 수입 등 합계OOO원 상당의 수입금액(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 신고누락하였다 하여 쟁점금액 중 면세용역에 해당하는OOO원을 제외한 나머지OOO원을 부가가치세 과세대상 매출로 보고, 법인세 정기신고시 익금산입된 OOO원을 차감한OOO원을 익금으로 추가산입하여 2011.8.4. 청구법인에게 <별지> 과세 내역과 같이 부가가치세 합계 OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 「부가가치세법」제12조 제1항 제17호에 의하면 학교의 경우 그 공의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역을 부가가치세 면세에 해당하는 것으로 규정하고 있는 바, 쟁점금액 중 강의실, 체육관, 창업보육세터 등의 대관료는 일시적이거나 실비변상적인 금액이고, 식당, 매점, 기지국, 자판기 등의 임대료는 법인의 수익사업회계가 아닌 학교의 교비회계로 처리되는 것으로 이는 교육용역에 부수하여 발생되는 용역수입이므로 부가가치세 면세대상에 해당하므로 이를 부가가치세 과세대상 매출로 보아 부가가치세 등을 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점금액 중 일부금액은 익금에 산입하고 고유목적사업준비금을 계상하였으나 익금으로 계상하지 아니한 금액 OOO원은 모두 학교에서 고유목적사업비로 지출되었으므로 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것과 동일하게 취급되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점금액 중 과세전적부심사에서 부가가치세 면세에 해당한다고 판단한 운동장 및 기숙사 사용료를 제외한 나머지 금액은 청구법인의 학교시설 사용 및 임대용역이 정상적인 임대계약 등에 의하여 계속·반복적으로 제공된 것이어서 부가가치세 과세대상 용역에 해당하므로 부가가치세 면세대상이라는 청구주장은 이유없다.

(2) 청구법인이 법인세 정기신고시 수입금액을 신고누락하였다가 세무조사를 통하여 적출된 소득금액에 대하여 고유목적사업준비금을 계상하지 아니하고 고유목적사업에 지출하였다 하여 임의적으로 손금에 산입할 수 없는 것이므로 쟁점금액 중 법인세 정기신고시 익금산입된 금액을 제외한 나머지 금액에 대하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 부가가치세 과세대상 매출에 해당하는지 여부

② 고유목적사업준비금으로 계상하지 아니하였으나 고유목적사업비로 직접 지출되었으므로 이를 손금으로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세 제7조 [용역의 공급]

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. 제12조 [면세]

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

17. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

③ 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

(2) 부가가치세법 시행령 30조 [교육용역의 범위] 법 제12조제1항제6호에 규정하는 교육용역은 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록 또는 신고된 학교ㆍ학원ㆍ강습소ㆍ훈련원ㆍ교습소 또는 그 밖의 비영리단체나 「청소년활동진흥법」 제10조 제1호에 따른 청소년수련시설에서 학생ㆍ수강생ㆍ훈련생ㆍ교습생 또는 청강생에게 지식ㆍ기술등을 가르치는 것으로 한다. 다만, 다음 각 호의 학원에서 가르치는 것은 제외한다.

1. 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」 제10조제1항제2호의 무도학원

2. 「도로교통법」제2조 제30호의 자동차운전학원 제37조 [종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체등이 공급하는 재화등의 범위] 법 제12조 제1항 제17호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역

(3) 법인세법 제3조 [과세소득의 범위]

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제20조 [자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입] 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다. 제29조 [고유목적사업준비금의 손금산입]

① 비영리내국법인 (법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다) 이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업 등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다 .

1. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

⑧ 제1항 및 제3항에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제61조 [준비금의 손금 계상 특례]

① 내국법인이「조세특례제한법」에 따른 준비금을 세무조정계산서에 계상하거나「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제3조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 제29조에 따른 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액에 상당하는 금액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.

(4) 법인세법 시행령 제56조 [고유목적사업준비금의 손금산입]

③ 법 제29조 제1항 제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다.

(5) 조세특례제한법 제74조 [고유목적사업준비금의 손금산입특례]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업 (이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다) 에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다 .

1. 「사립학교법」에 따른 학교법인 , 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단 및「평생교육법」에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 「민법」제32조 에 따른 비영리법인

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청 조사담당 공무원의 청구법인에 대한 법인통합조사서 및 과세전적부심사결정서(납세자보호담당관-712, 2011.7.6.) 등을 포함한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다.

1) 청구법인은 1955.5.5. 설립된 학교법인으로 OOO 등 4개 학교를 운영하고 있고, 출연재산 등 기본자산을 바탕으로 부동산 임대업 및 학교기업인 OOO제조업 등 수익사업을 영위하고 있다.

2) 처분청은 2011.4.4.～2011.4.18. 기간 동안 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 아래 <표> 내역과 같이 수입금액(쟁점금액)을 신고누락한 것으로 조사되었고, 2011.7.1. 과세전적부심사에서 쟁점금액 중 기숙사 및 운동장 사용료에 해당하는 OOO원은 부가가치세 면세대상에 해당한다고 보아 이를 부가가치세 과세표준 등에서 제외하였다. OOO (나) 한편, 쟁점금액에 대하여 청구법인은 고유목적사업을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화·용역으로 부가가치세 면세대상에 해당한다고 주장하면서OOO 창업보육원 입주계약서 사본 등을 관련증빙으로 제출하고 있고, 이에 대하여 처분청은 학교시설 사용 및 임대용역이 정상적인 임대계약 등에 의하여 계속·반복적으로 제공된 것이어서 부가가치세 과세대상 용역에 해당한다는 의견을 제시하면서 청구법인의 시설물 사용료 내역, 시설 임대차 현황 및 창업보육센터의 입주업체 현황 등을 증빙자료로 제출하고 있다.

(다) 살피건대, 쟁점금액 중 부가가치세 면세대상으로 판단한 금액을 제외한 나머지 금액의 경우 당해 시설에 소요된 유지·관리비를 기준으로 산정되었다거나 동 금액이 실비에 상당하는 금액인지 여부 등 실비변상적인 성격을 가지고 있다고 인정할 만한 증빙자료가 없는 반면, 처분청이 제시한 자료에 의하면 청구법인이 강의실, 체육관 등을 대여한 행위를 일시적인 재화·용역의 공급으로 보기 어려운 측면이 있고, 학교 시설을 식당·매점·자판기·이동통신 기지국 설치장소로 임대하거나 창업보육센터를 운영하면서 기업들에게 임대한 행위는 교육용역과 관련이 없는 수익사업의 일종인 시설대여 내지 부동산임대 용역으로 부가가치세 과세대상에 해당하는 것으로 보이므로 이에 대하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 잘못이 없다고 판단된다(국심 2003중3388, 2004.6.21. 같은 뜻임 ).

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청의 법인세 과세표준 및 세액 결정(경정) 결의서 등에 의하면, 처분청은 쟁점금액 중 청구법인이 법인세 정기신고시 기 익금산입된OOO원 등을 제외한 OOO원을 추가로 익금산입하여 이 건 법인세를 과세처분한 것으로 나타난다. (나) 처분청의 위 과세전적부심사 결정서에 의하면, 처분청에서 적출한 수익이 청구법의 고유목적 사업을 위하여 지출된 사실에 대해서는 처분청과 청구법인과의 다툼은 없는 것으로 기재되어 있다. (다) 살피건대, 처분청은 고유목적사업준비금으로 계상하지 아니한 이상 고유목적사업에 지출하였다 하여 임의적으로 손금산입할 수 없다는 의견이나, 비영리내국법인이 「법인세법」제29조 제1항의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 계상하지 아니하고 수익사업에서 생긴 소득을 당해 법인의 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에는 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에서 당해 사업연도의 고유목적사업준비금으로 계상하여 즉시 사용한 것으로 보아 이를 손금에 산입할 수 있다 할 것(국심 1997구2094, 1998.5.22. 같은 뜻임)이고 다만, 위 과세전적부심사결정서에서 적출된 수익이 고유목적사업을 위하여 지출된 것으로 기재되어 있으나 그 지출시기 등이 불분명하므로 쟁점금액 중 추가로 익금산입된 위 OOO원이 해당 사업연도에 고유목적사업비로 실제 지출되었는지 여부에 대하여 조사하여 이 건 법인세의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. OOO