쟁점주식의 양도가 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례의 적용대상이라는 청구주장의 당부

청구인들은 쟁점법인의 설립 당시에 이미 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 제1호의 특수관계인인 당해 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자 및 그 친족에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가.청구인 OOO홍(이하 “OOO”이라 한다) 및 청구인 OOO(OOO의 어머니로 이하 “OOO”라 하며, OOO과 함께 이하 “청구인들”이라 한다)는 OOO 소재 주식회사 OOO(그 대표이사인 OOO이 OOO 개업한 개인 벤처사업체인 ‘OOO’가 법인으로전환된 벤처기업으로, 이하 “쟁점법인”이라한다)의 설립당시 발기인이자 이사(OOO은 발기인대표 및 대표이사)로서, 아래 <표1>과 같이 쟁점법인의 설립당시 OOO은 주식 OOO주, OOO는 주식 OOO주(주당 액면가액 OOO원)를 각 취득하였고, 이후 유상증자OOO, 액면분할OOO 및 무상증자OOO를 통하여 쟁점법인의 주식을 추가 취득한 후 OOO 쟁점법인의 주식(OOO주, OOO주, 이하 “이 건 주식”이라 한다)을 주당OOO원(총 매매대금 OOO원, OOO원)에 OOO주식회사에 양도하고 2012.2.28. 각각 양도소득세를 신고·납부하였다.

<표1>

청구인들의 이 건 주식 변동 내역나. 청구인들은 아래 <표2>와 같이 구분한 이 건 주식 중 쟁점법인의 설립일 이후 3년내 취득한 주식(OOO주 및 OOO주로, 이하 “쟁점주식”이라 한다)이 「조세특례제한법」(이하 ‘조특법’이라 한다) 제14조 제1항 제4호에 해당되어 양도소득세 비과세대상이라고 보고 2014.5.30. 아래 <표3>과 같이 경정청구를 제기하였으나,처분청은 ‘개인이 벤처법인으로 전환하면서 주식을 취득한 경우 특수관계인 벤처기업에 대한 출자는조특법 제14조제1항 제4호에 따른 벤처법인에 출자함으로써 취득한 주식에 해당하지 아니한다’는 국세청 예규OOO를 근거로 2014.7.28. 경정청구를 거부하였다.

<표2>

이 건 주식의 취득유형별 양도내역(청구인 주장)<표3> 청구인들의 양도소득세 신고 및 경정청구 내용다. 청구인들은 이에 불복하여 2014.9.19. 심판청구를 하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

아래와 같은 이유로 쟁점주식에 대하여조특법 제14조제1항 제4호의 양도소득세 과세특례가 적용되어야 한다.

(1) 쟁점주식 중 쟁점법인 설립시 취득분 관련특수관계라는 개념은 원래 부당행위계산 부인과 관련된 것이고, 부당행위계산은 이미 설립된 법인과 특수관계자 사이에 조세부담을 부당하게 경감시키는 행위를 말하는바, 그렇다면 법인을 새로이 설립할 경우에는 특수관계라는 개념이 논리적으로 성립할 여지가 없게 되는 점에 비추어 특수관계의 개념은 이미 설립된 법인과 출자자 사이의 관계에 적용될 수 있다 할 것(OOO행정법원 2010.11.25. 선고 2010구단10924 판결, 같은 뜻임)이므로, 설립시 출자한 청구인들과 쟁점법인 간에는 특수관계가 성립하지 않는다. 또한,조특법 시행령 제12조제1항 제2호는 개인이 ‘특수관계가 없는 벤처기업에 대하여’ 행한 출자를 비과세대상으로 규정하고 있는데, 위 조항의 문언상 의미는 개인의 출자 당시에 개인 투자자와 벤처기업 사이에 특수관계가 있지 않아야 한다는 것이지, 출자후 또는 출자로 인하여 주식을 취득한 후에도 특수관계에 있지 않아야 한다는 것으로 볼 수 없는 것(OOO법원 2011.8.18. 선고 2010누45301 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인들의 경우 출자의 결과로 대표이사 및 최대주주의 지위를 취득하여 쟁점법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하게 되어 특수관계에 해당된 것이므로 청구인들이 쟁점법인을 설립하면서 최초로 주식을 취득할 당시에는 청구인들과 쟁점법인은 특수관계에 있었다고 볼 수 없다.

벤처기업에 출자한 경우 과세특례를 인정한 취지가 벤처기업을 지원하고 육성하고자 함에 있는데, 이미 설립된 벤처기업의 주식을 취득한 경우에는 과세특례를 인정하고 새로운 벤처기업을 설립한 경우에는 과세특례를 인정하지 않는 것은 벤처기업 출자에 대한 과세특례를 인정하는 취지에 맞지 않으며, 벤처기업의 설립은 일반적으로 대규모 공모방식에 의하는 것이 아니라 소수의 출자자에 의하여 이루어지는바, 그렇다면 벤처기업을 새로이 설립할 경우 항상 출자자는 당해 법인과 특수관계자일 가능성이 많아조특법 제14조제1항 제4호의 혜택을 누릴수 없는 부당함이 있다.

(2) 쟁점주식 중 유상증자 취득분 관련벤처기업은 설립이후 즉시 수익을 창출하기가 쉽지 않기 때문에 최초 출자이후 사업초기 자금이 계속 소요되는 것이 통상적이므로 최초출자자는 설립출자이후 유상증자를 통해 추가출자가 이루어지는 경우가 빈번하다. 이 경우 최초출자후 벤처기업에 추가출자한 자본금은 최초출자와 연계되어 창업초기 벤처기업의 자금난을 지원하고 벤처투자를 위해 출자된 자금인 것이지 벤처기업과 특수관계인의 지위에서 출자한 자금이라고 볼 수는 없는 것이고,조특법 제14조제1항의 주된 취지가 자금조달능력이 부족한 창업초기(창업후 3년이내)의 벤처기업에 대한 신규투자를 지원하려는 데 있음을 감안한다면, 벤처기업 창업시 최초출자후 최초출자자인 청구인들이 추가로조특법 제13조제2항 제2호 투자방식인 유상증자로 창업후 3년이내에 추가출자한 자본금의 특수관계 여부는 청구인들의 최초출자시점인 쟁점법인설립시점으로 기산하여 판단함이 타당하다.

(3) 쟁점주식 중 액면분할 및 무상증자 취득분 관련주식분할은 자본의 증가 없이 주식의 액면금액만을 낮춤으로써 발행주식 총수를 증가시키는 것으로 이에 의하여 회사의 자본 또는 자산이나 주주의 지위에 실질적인 변화가 없고, 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되더라도 주주의 입장에서는 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만 늘어날 뿐이고 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에 차이가 없는바, 주식분할 및 무상증자로 인하여 취득한 주식은 종전의 주식과 동질성이 인정된다고 할 것이므로 청구인들의 재산분할 및 무상증자 대상이 된 종전 주식이조특법 제14조제1항의 양도소득세 과세특례의 적용대상이 된다면 액면분할주식 및 기존주식으로 인하여 배정된 무상증자주식도조특법 제14조제1항의 양도소득세 과세특례가 적용되어야 한다(대법원 2013.7.25. 선고 2011두22358 판결, 같은 뜻임).

나. 처분청 의견

아래와 같은 이유로 쟁점주식에 대하여조특법 제14조제1항 제4호의 양도소득세 과세특례가 적용될 수 없다.

(1) 국세청 예규OOO 및 국세청장의 과세기준자문신청에 대한 회신내용OOO에 따르면 청구인들은 ‘개인이 벤처법인으로 전환하면서 주식을 취득하는 경우로서 개인이 특수관계법인인 벤처기업에 행한 출자’에 해당하여,조특법 제14조제1항 제4호에 따른 벤처법인에 출자함으로써 취득한 주식에 해당하지 않고, 청구인들은 쟁점법인의 설립 당시부터 발기인 및 이사로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 쟁점법인과「법인세법 시행령」제87조제1항 제1호에서 정하는 특수관계에 있는 자에 해당하므로,조특법 제14조및 같은 법 시행령 제12조의 과세특례규정이 적용되지 아니한다.

(2) 또한, 청구인은 쟁점법인의 설립 당시는 물론 유상증자, 주식분할 및 무상증자 당시에도 이사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 쟁점법인과「법인세법 시행령」제87조제1항 제1호에서 정하는 특수관계에 있는 자에 해당하므로,「조세특례제한법」제14조및 같은 법 시행령 제12조의 과세특례규정이 적용되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식이조특법 제14조제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 요건을 갖추었는지 여부

나. 관련 법령 등

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)조특법 제13조·제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 이 건 과세특례의 적용을 받으려면,

① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업으로서 출자자와「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는「법인세법 시행령」 제87조제1항에서 정하는 특수관계가 없는 벤처기업일 것,

② 당해 기업의 설립 자본금으로 납입하거나 당해 기업의 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본전환에 의하여 취득한 것일 것, ③출자일로부터 5년이 경과한 후 주식을 양도하는 경우일 것을 요건으로 하고 있는데, 이 건 심판청구는 요건 ①에 대한 다툼으로, 청구인들과 처분청 사이에 요건 ②·③에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 처분청 및 청구법인이 심리자료로 제출한 국세청 전산자료, 과세기준자문신청에 대한 국세청장의 회신서(2014.7.18.), OOO의 벤처기업확인서, 청구인들이 제출한 주식변동상황명세서, 쟁점법인의 창립총회의사록OOO 및 법인등기부등본, 양도소득세 신고서 및 경정청구서 등에 의하면,(가) OOO은 OOO를 제조하는 개인사업체인 ‘OOO’를 설립하여 같은 해 7월경 OOO으로부터 벤처기업 확인을 받았고, OOO 같은 장소에서 같은 업종을 영위하는 쟁점법인을 설립하면서 같은 달 개인사업체인 ‘OOO’를 폐업(사유 : 법인전환)하였는데, 쟁점법인은 수차례에 걸쳐 OOO으로부터 벤처기업확인서OOO를 발급받은 것으로 확인된다.(나) 또한, 청구인들은 쟁점법인의 설립·유상증자·주식분할·무상증자로 <표1>과 같이 쟁점법인의 주식을 취득하여 <표2>와 같이 이 건 주식을 양도하였으며, 쟁점주식은 위 (1)의 이 건 과세특례 요건 중 ②·③을 충족하는 것으로 나타난다.(다) 쟁점법인의 설립 당시 주주명부는 아래 <표4>와 같고, 청구인들은당시 발기인으로 참여하면서 이사로 등재된 것으로 나타난다.

<표4>

쟁점법인 설립당시 주주구성

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 자신들과 쟁점법인 사이에 특수관계가 없으므로 쟁점주식의 양도가 비과세 특례규정 적용대상이라고 주장하나, 개인 투자자의 주식양도차익 등에 대한 비과세 특례규정인조특법 제14조및 같은 법 시행령 제12조는 벤처기업의 육성·발전을 위하여 개인 투자자가 직접 행한 벤처기업의 자본금을 증가시키는 출자에 대하여 과세특례를 주면서 개인 투자자와 벤처기업 간에 특수관계가 없을 것을 요건으로 하고 있는 점, 쟁점법인은 OOO이 대표자로 운영하던 개인벤처기업을 같은 장소에서 같은 업종을 영위하는 벤처법인으로 전환한 것에 불과한 점, 쟁점법인 설립 당시 OOO 및 그 친족은OOO의 지분을 소유하였을 뿐만 아니라 발기인 및 이사로 참여한 점, 청구인들이 제시한 판례는 개인벤처기업의 대표자가 법인으로 전환하면서 출자한 주식의 양도에 대한 판단은 아니어서 이 건과는 사실관계에 차이가 있는 점 등에 비추어 창업자에 해당하는 OOO 및 그 어머니인 OOO는 쟁점법인의 설립 당시에 이미「법인세법 시행령」 제89조제1항 제1호의 특수관계인인 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자 및 그 친족에 해당하고, 쟁점법인의 설립 이후에도 청구인들이 이사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 유상증자, 주식분할, 무상증자로 인한 주식취득의 경우에도 청구인들은「법인세법 시행령」 제87조제1항 제1호의 규정에 의한 특수관계인에 해당한다 할 것이므로 쟁점주식에 대하여조특법 제14조제1항 제4호에 따른 비과세 특례규정을 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령(1)조세특례제한법제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다.1.「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자회사(이하 "중소기업창업투자회사"라 한다)가 같은 법에 따른 창업자(이하 "창업자"라 한다) 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

2. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다)가 「기술신용보증기금법」에 따른 신기술사업자(이하 "신기술사업자"라 한다) 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

3. 중소기업창업투자회사,「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3제1항 제3호에 따른 「상법」상 유한회사(이하 이 조에서 "벤처기업출자유한회사"라 한다) 또는 신기술사업금융업자가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 "창투조합등"이라 한다)을 통하여 창업자·신기술사업자 또는 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분가. 「중소기업창업 지원법」에 따른 중소기업창업투자조합(이하 "중소기업창업투자조합"이라 한다)나.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제4조의3에 따른 한국벤처투자조합(이하 "한국벤처투자조합"이라 한다)다. 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(이하 "신기술사업투자조합"이라 한다)라. 「부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」에 따른 부품·소재전문투자조합(이하 "부품·소재전문투자조합"이라 한다)

4. 기금을 관리·운용하는 법인 또는 공제사업을 하는 법인(이하 이 조에서 "기금운용법인등"이라 한다)으로서 대통령령으로 정하는 법인이 창투조합등을 통하여 창업자, 신기술사업자, 벤처기업에 2012년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분

② 제1항을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사·신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등이 직접 또는 창투조합등을 통하여다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자·신기술사업자 또는벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자(有償增資)하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의양도에 대해서는「소득세법」 제94조제1항 제3호를 적용하지 아니한다.다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

(2) 조세특례제한법 시행령제12조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2. 개인이 그와「소득세법 시행령」제98조제1항 또는「법인세법 시행령」제87조제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우「법인세법 시행령」제87조제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다.

(3) 소득세법제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

(4) 소득세법 시행령제98조【부당행위계산의 부인】

① 법 제41조 및 제101조에서 "특수관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다.

1. 당해 거주자의 친족

2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족

3. 당해 거주자의 종업원외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족

4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30 이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인

5. 당해 거주자와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인

6. 제4호 또는 제5호에 해당하는 법인이 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인제157조【증권예탁증권 및 대주주의 범위】

④ 법 제94조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)를 말한다.

1. 법인의 주식 또는 출자지분(신주인수권과 제1항에 따른 증권예탁증권을 포함하며, 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와「국세기본법 시행령」 제20조에 따른 친족, 그 밖의 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 3(코스닥시장상장법인의 주식등과 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」 제178조 제1항에 따라 거래되는「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업의 주식등의 경우에는 100분의

5. 이하 이 조에서 같다) 이상을 소유한 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 100분의 3 이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

2. (생 략)

(5) 법인세법 시행령제87조【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」제401조의2제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 다른 법인

5. 제4호 또는 제8호에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 다른 법인

6. 당해 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

7. 당해 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

8. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자 및 당해 법인이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인