쟁점주식을 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’으로 보아 조세특례제한법*상 과세특례를 적용할 수 있는지 여부

청구인은 쟁점주식 취득 이후 유상증자, 액면분할, 무상증자 시에도 발기인이자 감사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 쟁점법인과 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 따른 특수관계에 있는 자인바, 조특법 제14조 제1항 제4호에 따른 양도소득세 과세특례대상에 해당하지 않는 것이므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 2010.2.25. 주식회사 OOO(업종 : 소프트웨어개발업, 이하 “쟁점법인”이라 한다) 설립시 출자로 21,000주를 취득하는 등 아래 ＜표1＞과 같이 총 113,400주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하던 중, 2014.9.16. 11,340주를 양도하고 2014.11.26. 2014년 귀속 양도소득세를 예정신고·납부하였고, 2015.2.4. 나머지 102,060주를 양도하고 2015.4.21. 2015년 귀속 양도소득세를 예정신고·납부하였다가, 2015.5.18. 처분청에 쟁점주식이「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제14조의 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’으로서 양도소득세 과세특례 대상에 해당하므로 기납부한 양도소득세를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.OOO나. 처분청은 청구인이 쟁점법인을 설립하면서 최초 출자로 주식을 취득(21,000주)할 당시에만 쟁점법인과 특수관계가 없고 그 이후 이익잉여금의 자본전입 등에 의하여 주식을 취득할 당시에는 감사이자 주주로서 특수관계가 있으므로 동 주식(92,400주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)은조특법 제14조에서 규정하는 요건을 충족하지 아니한다고 보아 2015.7.8. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.9.4. 이의신청을 거쳐 2016.3.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2010년 2월 설립되어 2011년 12월에「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」(이하 “벤처육성법”이라 한다)에 의하여 벤처기업으로 확인받은 쟁점법인 설립시 자본금 납입, 법인이 설립된 후 7년 이내 유상증자시 증자대금 납입·잉여금의 자본전입 및 주식발행초과금의 자본전입 등의 방법을 통해 쟁점법인의 주식을 취득하여조특법 제14조제1항의 주식 취득요건을 충족하고, 창업 후 3년 이내에 쟁점법인에 출자하여 그 출자일부터 3년이 경과된 후 양도하였으며, 특히, 청구인이 쟁점법인의 출자자로서 출자한 이후 취득한 무상주에 대해서도 과세특례를 적용하여야 한다는 유사 사례들이 존재하고 있는바, 쟁점주식은조특법 제14조규정에 따른 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’에 해당하므로, 처분청의 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

벤처기업 출자주식에 대한 과세특례 적용시 출자를 통해 최초로 주식을 취득할 당시에는 특수관계가 없으므로 그 주식에 대해서는 과세특례규정이 적용되나, 이후 2011년 12월 이익잉여금의 자본전입에 의하여 취득한 주식의 경우 이익잉여금이 현금 또는 주식으로 배당할 수 있는 것이어서 그 실질에 있어서도 현금배당 후 주식의 시가대로 유상증자하는 것과 동일하다고 볼 수 있으므로 해당 이익잉여금의 자본전입에 의한 무상증자로 취득한 주식과 2012년 1월의 유상증자로 취득한 주식의 경우, 주식발행 당시 이미 감사이자 주식발행법인의 주주로서「법인세법 시행령」제87조제1항 제2호에 의하여 특수관계에 있으므로조특법 제14조에 따른 양도소득세 과세특례 대상에 해당하지 아니한다.또한, 2013년 10월에 주식발행초과금의 자본전입에 의하여 무상으로 취득한 주식은 출자일(자본전입일)부터 3년이 경과되지 않았을 뿐만 아니라, 그 재원이 2012년 외국법인(OOO)의 유상출자에 의한 주식발행초과금으로 그 취득시기를 외국법인의 유상출자 당시로 보아야 한다고 판단되는바, 당시 감사이자 주식발행법인의 주주로서「법인세법 시행령」제87조제1항 제2호에 의하여 특수관계에 있었으므로조특법 제14조에 따른 양도소득세 과세특례 대상에 해당하지 아니한다.

따라서 청구인이 이익잉여금의 자본전입, 유상증자 또는 주식발행초과금의 자본전입에 의하여 취득한 주식은 특수관계 있는 법인에 대한 출자이므로조특법 제14조의 양도소득세 과세특례 규정을 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식을 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’으로 보아 조특법상 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 “주권상장법인”이라 한다)의 주식 등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 “대주주”라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 “증권시장”이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

(2) 조세특례제한법제13조(중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세)

② 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사·신기술사업금융업자 또는 기금운용법인 등이 직접 또는 창투조합등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자·신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입하는 방법

4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법제14조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는「소득세법」 제94조제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조에 따른 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분

(3) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 대법원 판례 이후 개정된 현행 시행령도 단순 법령정비로 내용상 변화는 없음)제13조(창업자 등에의 출자에 대한 과세특례)

① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 3년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것

2. 개인이 그와「소득세법 시행령」제98조제1항 또는「법인세법 시행령」제87조제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우「법인세법 시행령」제87조제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다.

(4) 법인세법 시행령제87조(특수관계자의 범위)

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 쟁점법인의 발기인으로 2010.2.25. 설립시 최초 발행주식 21,000주를 취득하고, 이후 유ㆍ무상증자를 통하여 쟁점주식(92,400주)을 보유하게 되었다. (나) 청구인은 2014.9.16., 2015.2.4. 쟁점주식을 2회에 걸쳐 제3자에게 양도한 후 양도소득세를 신고. 납부하였다. (다) 이후 청구인은 2015.5.20. 쟁점주식은 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식’으로조특법 제14조제1항 제4호에 의해「소득세법」상의 양도소득의 범위에 해당하지 않는다는 이유로 위와 같이 자진신고납부한 양도소득세를 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다. (라) 처분청은 청구인이 최초로 출자에 의해 취득한 주식을 제외하고, 그 이후 이익잉여금의 자본전입 등에 의해 취득한 쟁점주식은 청구인이 주주로서「법인세법 시행령」제87조제1항 제2호에서 정하는 쟁점법인과의 ‘특수관계’에 있는 자로서 취득한 주식이므로조특법 시행령 제12조제1항 제2호에 의해조특법 제14조제l항 제4호의 과세특례가 적용되지 않는다는 이유로, 2015.7.8. 청구인에 대하여 위 경정청구를 거부하였다. (마) 청구인은 OOO이 쟁점법인을「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」에 의한 벤처기업으로 확인한다는 내용의 벤처기업 확인서(발급일자 : 2011.12.14.·2013.12.20., 유효기간 : 2011.12.14.∼2015.12.13.) 2매를 제출하였다. (바) 쟁점법인의 정관 및 창립총회 의사록, 법인 등기부등본 등을 살펴보면, 청구인은 쟁점법인의 발기인이자 감사로 나타난다.

(사) 국세청 전산망에는 쟁점법인의 ‘사업자 기본사항’의 주요내용이 아래 ＜표2＞와 같이 나타나고, 대표자 변경이력은 없는 것으로 나타난다.OOO(아) 청구인은 2014.9.16., 2015.2.4. 쟁점법인의 주식을 2회에 걸쳐 양도한 후 아래 ＜표3＞과 같이 양도소득세를 신고. 납부하였다.OOO(자) 쟁점법인이 법인세 신고시 제출한 대차대조표·자본금과 적립금 조정명세서·주식변동 상황명세서 등에 의하면, 쟁점법인의 주주현황과 자본금 변동현황은 아래 ＜표4＞와 같다.OOO

(2) 이 건 양도소득세 부과처분과 관련하여 처분청 의견에 대한 청구인의 주장은 아래와 같다.(가) 쟁점주식 취득시 청구인이 쟁점법인의 특수관계자에 해당하여 쟁점주식이 과세특례대상이 아니라는 처분청 의견에 대하여처분청은 쟁점주식 취득 당시 청구인이 감사이자 출자자인 주주로서 특수관계자에 해당하므로 조특법상 과세특례를 적용할 수 없다고 주장하나, 이는 설립시 자본금 납입, 설립 후 7년 이내 유상증자 및 잉여금의 자본전입 등으로 취득한 주식에 대하여 과세특례를 적용한다는 조특법 규정을 무효화하는 것으로서 법이 위임한 범위 내에서만 시행령에서 그 구체적인 요건을 정하여야 함에도 불구하고 시행령의 규정으로 인하여 본법의 규정이 사실상 적용될 여지가 없어짐에 따라 벤처기업의 육성을 지원하고자 도입된 과세특례제도의 입법취지가 무의미해지는 결과가 발생한다.즉, 벤처기업의 설립자는 통상 주주이자 임원으로서 회사의 설립과 동시에 당연히 특수관계가 성립하게 되며 이후 유상증자 및 잉여금의 자본전입으로 인한 무상증자시「상법」에서 정하고 있는 기존주주의 당연한 권리로서 주식을 취득하게 되고, 벤처기업에 투자되는 모험자본에 대하여 세제 측면에서 이를 지원하고자 하는 입법취지에 비추어 설립시 자본금 납입 및 유상증자나 무상증자를 통하여 취득한 주식을 서로 달리 취급할 이유가 없으므로 모두 과세특례 대상에 해당되도록 이러한 규정을 두었을 것이다.

따라서 이러한 주식에 대하여 특수관계자의 지위에서 취득한 주식이라는 이유로 과세특례를 적용하지 않는다면 사실상 거의 모든 벤처기업의 출자자가 과세특례를 적용받지 못하는 모순이 발생하게 되며 예외적으로 소액주주의 경우 과세특례를 적용받을 수 있다 하더라도 벤처기업은 모두 중소기업이자 비상장 법인으로서 현실적으로 소액주주가 거의 존재하지 않는바, 이러한 극소수의 소액주주를 위하여 과세특례를 규정한 것은 아닐 것이므로, 특수관계자의 출자를 과세특 례대상에서 제외한다는 시행령의 규정은 과세특례 규정의 입법취지에 부합하지 않는 자(회사 설립 후 벤처기업에 대한 투자를 통하여 과세특례를 적용받는 특수관계자 개인)가 세제혜택을 악용하여 조세부담을 회피하는 것을 방지하고자 둔 제한적인 규정으로 해석하는 것이 타당할 것이다. 또한 설립시 출자자가 취득한 무상주에 대해서도 과세특례를 적용하여야 한다는 기존 유사사례들이 이미 존재하고 있다.

(나) 2013년 10월에 주식발행초과금의 자본전입으로 취득한 무상주식은 출자일(자본전입일)부터 3년이 경과되지 아니하여 과세특례대상이 아니라는 처분청 의견에 대하여자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주는 기존 출자자로부터 새로이 금전 등의 납입을 받지 않고 단순히 보유주식에 비례하여 발행될 뿐이어서 기존 출자자는 그 무상주의 취득으로 인하여 지분비율에 아무런 영향을 받지 않으므로 이러한 무상주의 취득을 새로운 출자로 본다면 기존 출자자가 보유한 주식의 실질적 가치는 그대로임에도 당초 과세특례의 적용대상인 주식 중 일부가 과세대상으로 전환되는 결과를 초래하게 되어 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 규정한 취지에 반하게 되므로 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주에 관하여 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 5년간의 주식 보유 여부를 판단함에 있어서는 무상주의 취득시점을 기준으로 따질 것이 아니라 그 무상주 취득의 근거가 된 주식의 취득시점을 기준으로 따져야 한다는 대법원 판례(대법원 2014.10.27. 선고 2013두6633 판결)가 존재한다.

따라서 쟁점주식 중 주식발행초과금의 자본전입으로 취득한 무상주 취득의 근거가 된 주식의 취득시점은 모두 양도일로부터 3년이 경과되었으므로 과세특례 요건을 충족하고 있음에도 불구하고 현재까지 이러한 판례를 받아들여 국세행정에 적용한다는 예규나 통칙 등의 내부지침이 없으므로 이를 인용할 수 없다는 처분청 의견은 세법의 엄격해석을 조세법의 대원칙으로 정하고 있는 조세법률주의에 비추어 불합리한 행정처분이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식이조특법 제14조제1항의 요건을 충족하였으므로 동 주식의 양도에 대해서는 위 규정에 따른 양도소득세 과세특례를 적용하여야 한다고 주장한다.그러나조특법 제14조제1항 제4호는 과세특례대상 주식을 “벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식”으로 규정하고 있고,조특법 시행령 제13조제1항 제2호에서 위 ‘대통령령으로 정하는 주식’은 개인이 그와 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자에 의하여 취득한 주식일 것을 요건으로 하고 있는바,조특법 제13조.제14조 및 같은 법 시행령 제12조에서 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세는 기관투자자 등이 특수관계 없는 벤처기업의 육성.발전을 위하여 직접 행한 벤처기업의 자본금을 증가시키는 신규 출자에 대하여만 과세특례를 주고자 하는 취지로 보이고, 쟁점주식 취득 이후 유상증자, 액면분할, 무상증자 시에도 발기인이자 감사로서 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어「법인세법 시행령」제87조제1항에 따른 특수관계에 있는 자로 보아조특법 제14조제1항 제4호에 따른 양도소득세 과세특례대상에 해당하지 않는 것으로 결정(조심 2014서5051, 2015.6.24.)한 점 등에 비추어 쟁점주식을 발행할 당시 청구인과 쟁점법인이 특수관계에 있는 것으로 보아 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.