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투자조합 해산 시 잔여주식 처분은 양도소득인가?

국세청 공식 회신문서번호 서면인터넷방문상담2팀-494회신일 세목 조세특례회신 후 개정
1. 질문투자조합 해산 시 잔여주식 처분은 양도소득인가?2. 공식 회신국세청 · 2005.04.043. 다툰 결과1건 직접 · 20건 조문 연결4. 현행 조문2개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신

금융업자 출자지분의 양도차익에는 법인세를 부과하지 않고 조합의 매각·분배는 양도소득이 아니다.

신기술사업투자조합 해산 시 잔여주식의 매입·분배·매각에 대한 과세 여부를 물었다. 금융업자 출자지분의 양도차익에는 법인세를 부과하지 않고 조합의 매각·분배는 양도소득이 아니다. 조합이 정해진 방법으로 취득하고 해산일까지 처분하지 못한 신기술사업자 주식이어야 한다.

근거 조문 소득세법 제94조제1항제3호 조세특례제한법 제13조제2항

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 소득세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 2곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 2 · 문구 동일 0
  1. 문구 변경회신 당시 시행본 2005.01.30 → 현재 시행본 2026.07.01

    소득세법 제94조 제1항 제3호: 회신 당시 4개 문장·단위에서 현재 4개로 바뀌었다(수정 4개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문
  2. 문구 변경회신 당시 시행본 2005.01.05 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제13조 제2항: 회신 당시 5개 문장·단위에서 현재 6개로 바뀌었다(수정 5개 · 신설 1개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ②제1항의 규정을 적용함에 있어서 출자는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자가 직접 또는 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합 및 부품ㆍ소재전문투자조합을 통하여 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ② 제1항제1호부터 제4호까지 및 제7호를 적용할 때 출자는 벤처투자회사, 창업기획자, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인등은 직접 또는 벤처투자조합등을 통하여, 민간재간접벤처투자조합의 업무집행조합원은 민간재간접벤처투자조합을 통하여 각각 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업기업, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 한다. 다만, 제1호부터 제4호까지의 규정의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.

    회신 당시 법령 원문 · 현재 조문 원문

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

신기술사업금융업자가 일반투자자와 함께 신기술사업투자조합을 결성했다. 조합이 취득한 신기술사업자 주식 중 해산일까지 처분하지 못한 잔여주식이 있다. 금융업자가 이를 시가로 매입하거나 출자지분에 따라 분배받은 후 매각한다.

질의요지

신기술사업투자조합이 해산일까지 매각하지 못한 잔여주식을 신기술사업금융업자에게 매각하거나 출자지분에 따라 조합원에게 분배하는 경우 「소득세법」 제94조 제1항 제3호에서 규정하는 양도소득에 해당하지 아니하는 것임

본문(원문)

「여신금융업법」에 의한 신기술사업금융업자가 일반투자자와 함께 결성한 신기술사업투자조합을 통하여 「조세특례제한법」 제13조 제2항 각 호의 방법으로 취득한 신기술사업자 주식 중, 동 조합의 해산일까지 처분하지 못한 잔여주식을 동 조합 해산시 전부 시가로 매입하거나, 출자지분에 따라 분배받은 후 매각하는 경우에,

잔여주식 중 신기술사업금융업자의 출자지분에 해당하는 주식의 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것이며

신기술사업투자조합이 해산일까지 매각하지 못한 잔여주식을 신기술사업금융업자에게 매각하거나 출자지분에 따라 조합원에게 분배하는 경우 「소득세법」 제94조 제1항 제3호에서 규정하는 양도소득에 해당하지 아니하는 것입니다.

정제 정리

질의

신기술사업투자조합의 해산 시 잔여주식 처분과 분배에 대한 법인세 및 양도소득 해당 여부

회답

1. 「여신금융업법」에 의한 신기술사업금융업자가 일반투자자와 함께 결성한 신기술사업투자조합을 통하여 「조세특례제한법」 제13조 제2항 각 호의 방법으로 취득한 신기술사업자 주식 중, 동 조합의 해산일까지 처분하지 못한 잔여주식을 동 조합 해산시 전부 시가로 매입하거나, 출자지분에 따라 분배받은 후 매각하는 경우 잔여주식 중 신기술사업금융업자의 출자지분에 해당하는 주식의 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니하는 것입니다.

2. 신기술사업투자조합이 해산일까지 매각하지 못한 잔여주식을 신기술사업금융업자에게 매각하거나 출자지분에 따라 조합원에게 분배하는 경우 「소득세법」 제94조 제1항 제3호에서 규정하는 양도소득에 해당하지 아니하는 것입니다.

이 회신 문서번호가 등장한 심판결정

  • 조심 2016서2113 심판결정
    · 주문 분류 취소 · 결정문에 문서번호 서면인터넷방문상담2팀-494가 문자 그대로 있음 · 결정 후 개정

결정문에 이 회신의 공식 문서번호가 문자 그대로 등장한 강한 연결이다.

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다. 전체 20건 중 최신 12건을 표시한다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담2팀-494 (<time datetime="2005-04-04">2005.04.04</time> 회신), "투자조합 해산 시 잔여주식 처분은 양도소득인가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000141965/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000141965)
원 제목
중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap
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