동일 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 단서의 중소기업 졸업기준 초과와 같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 관계기업 형성이 동시에 발생된 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부

2012.1.1. 조특령 제2조 제1항 제3호의 시행으로 2012.1.1. 개시하는 과세연도에 관계회사에 해당되는 경우에 중소기업에 해당하지 아니하게 되고 독립성 기준에 위배되는 청구법인의 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하기 어려운 점,2가지 요건(중소기업 졸업기준 초과, 관계기업 해당)이 충돌하는 경우 이 건처럼 관계기업 기준과 시행시기가 명확하게 규정되어 있는 경우는 법령의 규정에 따라 관계기업기준을 우선 적용함이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 중소기업의 유예기간으로 보아 특별세액감면을 적용하라는 경정청구를 거부처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1955.12.23. 설립되어 의약품 제조 및 판매를 주된 사업으로 영위하고 있는 법인으로, 2011사업연도까지는 「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특령”이라 한다) 제2조의 요건을 모두 충족하여 중소기업에 해당하였으나, 2012사업연도에 최초로 자기자본 OOO원 이상으로 중소기업 유예기간이 개시됨과 동시에 청구법인에 대한 출자회사인 OOO㈜의 자기자본을 합산하였을 경우 OOO원 이상에 해당되어 조특령 제2조 제1항 제3호에 따른 관계기업이 되었다.

나. 청구법인은 2012사업연도를 기준으로 중소기업 유예기준과 관계기업 기준이 동시에 해당됨에 따라 중소기업 유예기간을 적용할 수 없는 것으로 판단하여 일반기업으로 법인세를 신고.납부하였다가, 2016.7.4. 처분청에 2012사업연도에 중소기업 유예기간이 개시됨에 따라 2012사업연도～2015사업연도를 중소기업 유예기간으로 보아 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조, 제7조의2 및 제10조의 중소기업에 대한 특별세액감면 등을 적용하여 산출된 법인세 합계 OOO원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.

다. 처분청은 2012사업연도에 중소기업 유예사유가 발생하면서 관계기업 기준이 적용됨에 따라 실질적인 독립성 요건을 갖추지 못하게 된 경우 그 사유가 발생한 사업연도부터 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 보아 2016.8.31. 청구법인의 경정청구 내역 중 일반기업인경우에도 적용받을 수 있는 세액공제 및 감면을 제외하고 나머지 항목에 대해서 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.10.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조특령 제2조 제1항 본문의 중소기업이 동항 단서의 중소기업 졸업기준 또는 동항 제1호의 업종별 규모기준을 초과하는 경우, 조특령 제2조 제2항 본문에 따라 “유예중인 중소기업”으로 바뀌는 것이며, 조특령 제2조 제2항 단서는 동조 제1항 본문의 중소기업이 제2항 각호의 사유에 해당하는 경우에만 유예기간 없이 즉시 중소기업에서 탈락시키겠다는 것일뿐, “유예중인 중소기업”에게는 적용될 수 없다.판례에 따르면 조특령 제2조 제2항 단서 및 각 호의 규정에 따라 유예기간을 적용받지 못하는 중소기업은 동조 제1항 본문에 따른 중소기업에 해당되어야 하는바, 조특령 제2조 제2항 본문의 “유예중인 중소기업”은 이미 제1항 본문에 따른 중소기업에 해당하지 않기 때문에 조특령 제2조 제2항의 단서규정을 적용받을 여지가 없다고 판시하고 있다(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결 ; 대법원 2017.1.12. 선고 2016두53920 판결 외, 같은 뜻임).청구법인의 경우에도 2012년에 최초로 자기자본 OOO원 이상에 해당되어 조특령 제2조 제1항 단서의 졸업기준을 초과하였고, 제2조 제2항 본문에 따라 “유예중인 중소기업”에 해당하게 되었는바, 위 판례와 같이 조특령 제2조 제2항 단서의 규정을 적용받을 여지가 없으므로 결국 2012사업연도～2015사업연도는 세무상 중소기업에 해당한다.

(2) 조특령 제2조 제1항을 법문대로 해석할 경우, 중소기업 여부를 판정함에 있어 동조 동항 제3호에 따른 관계기업 기준 충족여부 보다 단서에 따른 졸업기준 충족여부 검토가 선행되어야 하는 것이 합리적인 해석인바, 단서는 본문에 규정된 행위 주체 중 일부를 제외하거나 특정 행위 주체에만 행위·절차 등을 달리 정하는 경우, 일정한 상황에서 의무나 요건을 강화하거나 완화하는 경우, 적용대상을 일부 배제하는 경우 등을 규정하는 것으로, 조특령 제2조 제1항 단서는 본문에 따른 업종을 영위하는 기업에 대한 중소기업 요건을 강화하는 경우에 해당한다.이에 따라 동조 제1항 본문에 따른 업종요건을 충족하였을 경우에 동조 동항 각 호에 따른 요건 충족여부를 판정하기 전에 단서에 따른 졸업기준 충족여부 검토가 선행되어야 하고, 이에 따라 법문대로 엄격하게 해석할 경우 중소기업 유예기간 해당 사유가 독립성 요건 충족 사유보다 먼저 발생하였다고 보는 것이 합리적이고 타당한 해석이다.뿐만 아니라, 조특령 제2조 제1항 단서에 따른 졸업기준을 충족한 중소기업 중 동조 동항 제3호에 따른 관계기업 기준을 충족하지 못하여 중소기업에서 탈락하는 경우는 발생할 수 있으나, 반대로 제3호에 따른 관계기업 기준을 충족하는 회사 중 단서에 따른 졸업기준을 충족하지 못하여 중소기업에서 탈락하는 경우는 상정할 수 없다.

(3) 설령, 조특령 제2조 제2항 본문에 따른 유예기간의 부여와 동조 동항 단서 및 제3호에 따른 유예기간 부여의 예외 사유가 동시에 발생한 것으로 본다고 하더라도, 전후 관계와 법령 적용 관계에 관해서는 아무런 규정을 두고 있지 않고, 양 사유가 같은 과세연도에 발생한 경우 동시에 적용되는 것이라고 보아야 하며, 조특법령상 적용방법에 대해서 규정되어 있지 아니한바, 이러한 문제의 발생 원인은 조특령 제2조 제1항과 동조 제2항 간의 불명확성, 즉 입법적 불비에서 기인한 것으로, 이처럼 법령이 불명확한 경우에는 과세관청이 아니라 납세자에게 유리한 방향, 즉 중소기업 유예기간 해당 사유가 독립성 요건 충족 사유보다 먼저 발생하였다고 보는 것이 합리적이고 타당한 해석이다(대구고등법원 2016.1.29. 선고 2015누5147 판결, 국심 2002서1220, 2002.10.15. 같은 뜻임).

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 중소기업 유예기간 적용과 동시에 2012사업연도에 관계기업 기준에 해당하여 일반기업으로 신고하였는바, 청구법인의 법인세 신고현황에 의하면, 청구법인은 2012사업연도에 최초로 자기자본이 OOO원을 초과하여 2011사업연도까지만 중소기업으로 신고하였다.

(2) 중소기업 요건으로 관계기업 기준을 도입한 목적은 실질적으로 중소기업으로 볼 수 없는 기업집단에 대하여는 조세감면 혜택을 부여하지 않겠다는 것으로, 이러한 입법취지에 따라 「중소기업기본법 시행령」부칙(대통령령 제21368호, 2009.3.25.) 제2조는 ‘이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011.12.31.까지는 중소기업으로 본다’고 하면서, 단서에서 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우는 유예기간의 적용대상에서 제외하고 있는바, 관계기업기준 도입에 따라 실질적 독립성 요건을 충족하지 못하는 청구법인의 경우 2012사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용하지 않는 것이 타당하다.

(3) 또한, 국세청 사전답변(법규법인 2012-443, 2013.3.7.)도 내국법인이 자기자본 OOO원 이상인 경우에 해당하여「조세특례제한법 시행령」 제2조제2항에 따른 중소기업 유예기간을 적용받던 중 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에「중소기업기본법 시행령」 제3조제1항 제2호 다목의 관계기업기준을 적용함에 따라「조세특례제한법 시행령」 제2조제1항 제3호의 ‘실질적인 독립성’ 요건을 갖추지 못하게 된 경우에는 그 사유가 발생한 사업연도부터 중소기업 유예기간을 적용받을 수 없는 것으로 회신하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점동일 사업연도에「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 단서의 중소기업 졸업기준 초과와 같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 관계기업 형성이 동시에 발생된 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법 시행령 제2조[중소기업의 범위] ①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), (중략)을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1. 상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3. 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우「중소기업기본법 시행령」제3조제1항 제2호 나목에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함하며, 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "「조세특례제한법 시행령」제2조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우부칙(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 일부개정된 것)제1조[시행일] 이 영은 2011년 1월 1일부터 시행한다. 다만, …(중략)…, 제2조 제1항 제3호 전단(「중소기업기본법 시행령」제3조제2호 다목의 부분만 해당한다) 및 후단의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행한다.제2조[일반적 적용례]

① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(2)중소기업기본법 시행령 제2조[정의] 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.제3조[중소기업의 범위] ①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업가.「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우 : 그 법인의 임원2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우 : 그 개인의 친족다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업제3조의2[지배 또는 종속의 관계]

① 관계기업에서 지배 또는 종속의 관계란 기업이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그 연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1. 지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우가. 단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인나. 가목에 해당하는 개인의 친족

2. 지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3. 자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4. 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우부칙 ＜제23412호, 2011.12.28.＞제1조[시행일] 이 영은 2012년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)제3조[중소기업의 범위에 관한 경과조치] 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2012년 12월 31까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제3조 제1항 제1호 다목 및 라목의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 법인세 신고현황 및 2012사업연도 관계기업기준 초과여부는 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.

＜표1＞

청구법인의 법인세 신고현황(단위 : 억원)＜표2＞ 2012사업연도 관계기업기준 초과여부(단위 : 억원, %)주) OOO(주)는 2012년말 기준으로 청구법인의 지분을 46.12% 소유하고 있고, OOO는 OOO(주)와 관계회사이며, 청구법인과 주주사인 OOO(주)와의 자기자본을 합산하였을 경우 OOO원 이상에 해당되어 2012사업연도부터 시행된 관계기업기준에 따라 관계기업을 형성하고 있음

(2) 청구법인이 중소기업 졸업기준을 관계기업기준보다 우선적으로 적용하여야 한다고 하면서 사례를 제시하였는바, 예를 들어, A법인이 B법인의 100% 모회사이고 매출액이 각각 OOO일 경우, 조특령 제2조 제1항 단서에 따른 졸업기준은 충족하나 동조 동항 제3호에 따른 관계기업 기준은 충족하지 못하지만, 이와 달리, A법인의 매출액이 OOO, B법인의 매출액이 OOO일 경우 이는 제3호에 따른 관계기업 기준을 충족하고 있으며, 관계기업 기준판정 시 기준금액을 제2조 제1항 단서를 준용하고 있기 때문에 당연히 개별법인 졸업기준도 충족하게 되어 별도 검토가 필요하지 않으며 이를 정리하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞

졸업기준과 관계기업 기준 검토순서

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 동일 사업연도에 조특령 제2조 제1항 단서의 중소기업 졸업기준 초과와 같은 법 시행령 제2조 제1항 제3호에 따른 관계기업 형성이 동시에 발생된 경우 중소기업 유예기간을 적용받을 수 있다고 주장하나, 2012.1.1. 조특령 제2조 제1항 제3호의 시행으로 2012.1.1. 개시하는 과세연도에 관계회사에 해당되는 경우 중소기업에 해당하지 아니하게 되고 독립성 기준에 위배되는 청구법인의 경우에는 중소기업 유예기간을 적용하기 어려운 점, 청구인은 2가지 요건(중소기업 졸업기준 초과, 관계기업 해당)이 충돌하는 경우 납세자에게 유리하게 법령을 적용해야 한다고 하면서 조세심판례(국심 2002서1220, 2002.10.15.) 등을 제시하고 있으나, 이는 법령에 구체적 규정이 없을 때 납세자에게 선택권을 부여한 것으로 이해하여야 하고, 이 건처럼 관계기업기준과 시행시기가 명확하게 규정되어 있는 경우는 법령의 규정에 따라 관계기업기준을 우선 적용함이 타당하다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.