계약해제에 대한 특약이 포함된 2차 계약서가가 조사착수전에 이미 보관하던 계약서임(취소)

초안에 지나지 않는 1차계약서 외에 계약해제에 대한 특약이 포함된 2차 계약서가 이 건의 경제적 실질을 나타내는 진정한 계약서로 보이므로 1차계약서에 근거하여 청구법인에게 법인세 및 증여세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것임

1. 처분개요

가.청구법인은 산하에 OOOO, OO OO고등학교, OO여자중·고등학교를 두고 있는 학교법인으로서, 2005.11.29. 청구법인과 주식회사 OO(당시 이OO·김OO 공동대표이사, 2000.1.27. 설립, 건설업체, 이하 OOOO라 한다)간에 청구법인이 보유하고 있던 OO의 주식 20,250주(총 주식 150,000주 중 13.5%)와 OO가 보유하고 있던 주식회사 OO시공(당시 대표이사 박OO, 2002.9.2. 설립, 건설업체, 이하 “OO시공”이라 한다)의 주식 59,760주(총 주식 60,756주 중 98.3%)를 교환기준일자를 2005.12.30.로 하여 교환(이하 “쟁점주식교환”이라 한다)하기로 약정하였다.

나.처분청은 청구법인과 OO는 특수관계법인으로「법인세법」제52조제1항 및 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호 규정에 의거 「상속세 및 증여세법」에 의한 보충적 평가방법에 의하여 청구법인이 OO에게 주기로 한 OO 주식 20,250주를 1,619,655,750원(=20,250주 × @79,983원)으로 평가하고 장부가액 202,500,000원(=20,250주 × @10,000원)과 차액 1,417,155,750원을 청구법인의 각 사업연도소득 익금에 산입하고, 청구법인이 OO로부터 받기로 한 OO시공 주식 59,760주를 3,960,805,152원(=60,756주× @65,192원)으로 평가하고 주기로 한 OO 주식 20,250주 평가액 1,619,655,750원과의 차액 2,341,149,402원을「상속세 및 증여세법」제35조의 증여재산가액으로 하여 2008.10.10. 청구법인에게 2005.3.1.～2006.2.28.사업연도 법인세 498,338,460원 및 2005.11.29. 증여분 증여세 1,151,645,110원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2008.12.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 수익사업 확충방안을 모색하던 중 사학재단으로 가장 앞서 나가는 학교법인 OO학원의 수익사업모델 경영방식을 도입하기로 하고 청구법인이 소유하는 OO 주식 20,250주와 OO가 소유하는 OO시공 주식 59,760주를 교환하기로 하였고, 2005.11.29. 주식교환계약 체결시, OO시공 주식의 부실성을 염려하여 조건부계약으로 주식교환을 이행하였다. 계약체결후에 OO시공은부실이 심화되어 더 이상 존립조차 어려운 사정에 이르자, 청구법인은 교환계약서상의 특기사항을 바탕으로 2008.5.27. 주식반환소송을 OOOO법원에 제기하여 2008.9.4. 교환한 주식을 반환하라는 화해권고결정(OOOOOOOOOOOOOOOO)을 받고 2008.9.24. OO와 OO시공은 화해권고결정에 따른 원상회복의무를 위해 임시주주총회를 개최하고, 청구법인은 청구법인이 교환으로 보유하고 있던 OO시공 주식 59,760주와 2006년 ～ 2008년도에 받은 배당금 전액 155,376천원을 OO에게 반환하고, OO는 OO가 교환으로 보유하고 있던 자기주식인 OO 주식 20,250주와 자기주식에 대해 배당금을 지급하지 못했던 2006년 ～ 2008년 유보금 155,925천원을 교환 전 주주인 청구법인에게 반환하였다.2005.11.29. 청구법인 실무자(류OO)와 OO의 실무자(박OO)는 청구법인 이사장 지시로 교환계약서를 작성·날인후 청구법인 이사장으로부터 최종 결재를 받던 중 형평성 문제 제기로 계약내용 중 일부를 수정지시 받고, 그 후 계약서(안)(이하 “1차계약서”라 한다) 원본은 파기되었으나, OO의 실무자가 참고용으로 1차계약서 사본을 보관하고 있다가 세무조사 시 제시된 바 있다.

청구법인 이사장은 계약 당일 현재 OO에서 취득할 OO시공의 OOO아파트공사 소송관련 손실예상분(공사미수금 1,054백만원)과 기타 부실채권 등에 따른 OO시공주식 가치급락을 우려하여 당초 작성했던 1차계약서에 원상회복에 관한 특이사항을 삽입하여 최종 확정된 계약서(이하 “2차계약서”라 한다)를 확정·시행하였다.OO와 OO시공은 OOOO 경찰청으로부터 2007.5.8.～2007.10월말 경까지수사를 받던 중, 2007.8.20. 압수수색으로 중요서류를 영치 당하였다. 이후 문서정리가 제대로 이루어 지지 않는 상황에서 두 회사는 처분청으로부터 2008.6.10. 조사가 시작되어 회사서류, 개인적 자료 수색과 동시에 컴퓨터를 전부 복사하여 갔으며, 특히 사업장 수색과정에서 부재중인 OO 사장(이OO)의 개인적 자료 무단열람으로 조사공무원과 감정대립이 고조된 바 있다. 조사공무원은 2005년 주주명부 변동사항을 확인하고자 2008.6.15.경 OO 실무자에게 주식이동에 관한 문의를 하였고, 실무자는 원본은 이미 파기되어 실효성이 없는 계약서였음에도 교환내용 확인의미로 파기된 1차계약서 사본을 제시하였다. 조사기간 중 주식교환계약과 관련하여 처분청은 청구법인에게 관련 문의가 전혀 없었으며, 이후 2008.6.30. 조사공무원이 주식교환계약에 대한 확인서를 요구하자, OO 실무자는 2차계약서 사본을 첨부하여 제시하였다.

처분청은 세무조사기간 중에 특기사항이 추가되어 있는 주식교환계약서를 재작성한 것으로 추정하여 주식교환계약 소멸을 인정하지 아니한 과세처분을 하였으나,초안으로 작성된1차계약서 원본은 실효성이 없는 계약서로 작성 당일 폐기되어 보관되어 있지도 않았으며, 1차계약서 사본은 OO 실무자가 파기하지 않고 개인파일로만 보관하고 있던 계약서로서, 처분청이 주장하는 진실한 계약서라 볼 수 없으며, 계약체결과정에서 합의되지 않아 성립된 바 없는 계약서 초안에 불과하며, 2차계약서는 쌍방간 합의된 계약서이며, 처분청은 1차계약서 원본은 확인하지 않은 채, 1차계약서 사본에만 근거하여 과세하였다.2005.11.29. 발생한 주식교환계약에 대해 청구법인은 2차계약서의 조건부계약을 이유로 법원의 판결을 구한 바, 당사자인 청구법인과 OO에게 화해권고결정에 의한 재판상의 화해판결을 하였고, 이에 따라 당사자 사이에 주식반환행위가 완료되었으므로, 당초 주식교환과 관련된 권리의무관계는 소멸되었다. 즉, 법원판결에 의한 기판력이 2005.11.29.자로 소급하여 소멸되므로 당초 주식교환 자체가 발생하지 않은 것과 동일한 결과이다. 처분청은 2차계약서에 근거한 법원의 판결을 존중하지 않을만큼 1차계약서가 실행계약서라는 사실을 입증할 만한 객관적인 증거제시가 미비하며, 단순 정황증거에 의해 법원판결을 부인할 만큼 법원기판력을 무시할 만한 것이 아니다. 처분청 답변대로 청구법인은 주식교환계약 당시 OO시공의 일부 보유채권에 대한 재산감소가 예상되었으므로, 이를 감안한 조건부계약을 할 수 밖에 없는 지극히 당연한 진행상황이었는데도 불구하고 처분청은 주식교환에 대한 사실관계 및 진위여부를 전혀 조사하지 않고, 특수관계자간에 조세회피를 위해 계약서를 소급작성하였다고 억측하고 있다.

처분청은 조사기간 중 청구법인·OO에게 법인세 등이 부과될 것을 알려주자, OO가 2차계약서를 처분청에 제시하였다고 하며 계약서를 소급작성한 정황증거로 제시하고 있는데, 2008.6.10.～2008.6.27. OO·OO시공의 세무조사 기간 중,OO와 OO시공의 주주명부상 주주변동 상황을 파악하기 위한 자료요청이 있자, OO 실무자는 경찰청 서류압수로 2차계약서 원본을 찾는 것에 애로사항이 있어, 실무자의 개인파일에서 2차계약서가 작성되는 과정에서 파기된 1차계약서 사본을 제시한 것이다. 당시 조사대상법인인 OO와 OO시공은 OOOO법원에서 법인 및 개인에 대한 형사소송이 진행되는 과정이었으므로, 실무자는 세무조사에 전념할 수 없는 상황이었고, 처분청 역시 제시한 계약서에 대해 일체 문의가 없었고, OO와 OO시공은 주식교환자체가 조사의 쟁점이라고 전혀 인지하지 못하였고 이후 처분청이 주식교환에 대한 확인서를 요청하자 OO 실무자는 2차계약서에 대한 확인서를 제출한 것 뿐이다. 처분청은 청구법인이 이사회회의록을 조사기간 중 제시하지 않았다고 하며 계약서를 소급 작성한 이유로 제시하고 있는데, 두 회사에 대한 세무조사기간 중 처분청은 청구법인에 대하여는 일체 방문 및 문의가 전혀 없었고, 청구법인은 세무조사대상이 아니었으므로 세금을 부과받을 상황을 전혀 예측할 수 없어 자발적으로 이사회회의록, 투자유가증권 반환소송 제기안(2008.5.27.) 등도 제출해야 할 의무가 없었으며, 조사기간 중에 동 자료를 요청만 하였어도 관련사실을 소명할 수 있음에도 청구법인이 조사기간 중 자발적으로 회의록 등을 제시하지 않았다고 처분청이 주장하는 것은 처분청의 과실을 납세자에게 돌리는 것이다.

세법지식이 미약하며 정보의 한계에 놓여있는 청구법인에게 제3자의 세무조사 시 청구법인과 관련 있는 자료를 자발적으로 제시하지 못하였다는 처분청의 주장은 과세처분을 위한 처분청의 횡포로 밖에 보이지 않으며, 이를 마치 정황증거인 듯 과세목적의 1차계약서를 진실한 계약서로 추정한다면 역시 과세를 위한 비합리적인 조사행위에 해당한다. 만약, 이 건과 반대상황으로서 청구법인이 원본 없는 계약서초안을 처분청에 계약서로서 인정해 줄 것을 요구하였다면, 처분청은 원본이 제시되지 않은 초안은 인정할 수 없다고 할 것이 분명한 바, 과세의 형평성 관점에서 처분청의 객관성 있는 태도를 요구한다. 처분청은 이 사건 주식 교환 및 반환이 특수관계자 간의 이익을 극대화하고 조세부담을 최소화하기 위한 것이라 하여 2차계약서를 토대로 한 주식의 반환청구 소(訴)에 대한 판결을 부인하고 있으나,청구법인과 OO가 특수관계가 있다 하더라도 이들은 각 인격주체로서 합리적 경제인이며 주식교환계약을 하였듯 그 반환할 수 있는 것으로 보아야 하고, 단순히 조세가 줄어든다는 이유만으로 사적 계약자유의 원칙을 침해해서는 아니된다. 법원 판결을 무시하더라도 당초 작성된 계약서에 의하면, 계약체결 후 3년 이내 OO시공의 재산적 손실이 초래될 경우 청구법인이 계약무효를 청구가능한 조건부내용이 명시되어 있고, 이는 계약 당시 당사자 쌍방 간 합의된 계약 내용이므로, 법원판결에 의하지 않고 쌍방인식 하에 주식을 반환한다 하더라도 주식의 반환효과를 부인할 수 없는 것이다. 주식교환계약은 2005.11.29. 성립되었으나,그 후 3년간 계약이행이 계속 진행되어 2008.11.29. 주식교환계약이 완료된다.

따라서, 조건부계약에 따른 해지사유로 계약이행기간 중 계약이 소멸하게 된다면 당초 주식교환이 성립·확정된 바 없이 자동 소멸되는 것이다. 청구법인의 주식반환소송제기 시점이 조사기간 중이라고 하여, 당초 작성된 2차계약서에 의해 진행된 일련의 법률절차를 처분청 임의로 부인할 수 없다. 주식반환소송은 납세자가 계약상·법률상 적법하게 부여된 권리를 행사하여 과세상 유리하게 적용받고자 한 자연스러운 행위이며, 절세의 수단에 해당할 수 있으나 과세를 회피하는 비정상적인 행위라고 볼 수는 없는 것이다.

나. 처분청 의견

이OO는 청구법인의 재단이사장이고, OO와 OO시공은 동일한 사무실을 사용하면서 김OO는 기술이사로서, 박OO은 상무로 지칭되며 이OO는 사장으로 결재권을 행사하고 있음이 확인되는 것으로 보아, 이OO는 청구법인, OO 및 OO시공의 실질적 지배자이고, 이러한 사실은 OOOO법원 화해권고결정 후에 있은 OO의 신속한 배당결정(교환후 자기주식에 대하여 지급하지도 않았던 배당금의 배당결정)에서도 찿을 수 있다. 청구법인은 교환·취득한 OO시공 주식의 가치하락을 우려하여 조건부로 2차계약서를 작성한 양 주장하고 OO시공의 부실채권에서 그 이유를 찾으려 하나, 청구법인 부실채권으로 주장한 OO시공의 OOO아파트관련 (O)OO건설에 대한 공사미수금은 2005.2.4. 경매개시(OOOOOOOOOO O) 결정되어 2005.11.29.자 주식교환계약서 작성전에 이미 부실을 알 수 있었던 점, OO시공의 OO개발에 대한 공사미수금이 2004.11.30. 현재 3,001백만원이었으나, 2005년 1,497백만원, 2006년 537백만원을 회수한 사실이 나타나는 거래처원장과 OO개발의 대표 배OO이 현재까지 OO개발, OOOOOOOOO, OOOO 등을 운영하면서 계속사업 중에 있는 점, 부실채권이 있음을 알았던 날로부터 약 2년이 경과된 시점인 2008.6.25. 제기된 ‘주식반환청구의 소’가 처분청의 조사기간 중에 제기되었고, 청구법인도 처분청의 청구법인에 대한 조사기간 중에 이와 같은 주식교환계약원인무효의 의견을 제기하기도 한 점 등을 종합하면, ‘특기사항’이 추가 기재된 2차계약서는 처분청 조사공무원의 과세처분에 대한 설명을 듣고 특수관계 및 실질적 지배권을 이용하여 과세처분을 면할 목적으로만 작성된 것이다.

화해권고결정이 쌍방간 다툼이나 치열한 자기주장의 결과로 결정된 것이 아니라 OO의 일방적 시인에 의하여 이른 결정에 불과하므로 그 결정내용에 신빙성을 두기 어렵고, 오히려 이OO의 OO에 대한 실질적 지배력을 드려낸 또 하나의 객관적 증거로 보아야 할 것이다. 특수관계자 간의 담합·합의로써 쟁점주식교환계약에 관한 약정을 청구법인의 주장대로 당해 거래가 소급적으로 소멸된다면 이미 과세요건이 충족되어 유효하게 성립된 조세법률관계가 당사자의 사후계약 또는 담합에 의해 변경되어 법인세 등의 과세를 면할 수 있는 조세회피행위를 용인하는 부당한 결과를 초래하므로 조세부과의 당초 처분은 타당한 것으로 판단된다(OO OOOOOOOOO, 2007.5.16. 및 대법원 OOOOOOOOO, 2005.1.27. 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

계약후 3년 내에 계약을 해제할 수 있는 특약이 포함되어 있는 교환계약서가 조사착수전에 이미 보관하던 계약서인지(청구인 주장), 조사착수후에 법인세 및 증여세과세를 면할 목적으로 작성된 계약서인지(처분청 의견) 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법제3조【과세소득의 범위】

① (생 략)②비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것2.소득세법 제16조제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익3.소득세법 제17조제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금4.주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령제87조【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의 2제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족제89조【시가의 범위 등】

① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.2.「상속세 및 증여세법」제38조내지 제39조의 2 및동법 제61조내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」 제63조제2항 제1호 및동법시행령 제57조제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(3) 상속세 및 증여세법제2조【증여세 과세대상】

① 타인의 증여(증여자의 사망으로 인하여 효력이 발생하는 증여를 제외한다. 이하 같다)로 인하여 증여일 현재 다음 각호의 1에 해당하는 증여재산이 있는 경우에는 그 증여재산에 대하여 이 법이 정하는 바에 의하여 증여세를 부과한다.

1. 재산을 증여받은 자(이하 “수증자”라 한다)가 거주자(본점 또는 주된 사무소의 소재지가 국내에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 이항과 제54조 및 제59조에서 같다)인 경우에는 거주자가 증여받은 모든 증여재산

② (생 략)

③ 이 법에서“증여”라 함은그 행위 또는 거래의 명칭ㆍ형식ㆍ목적 등에 불구하고 경제적 가치를 계산할 수 있는 유형ㆍ무형의 재산을 타인에게 직접 또는 간접적인 방법에 의하여 무상으로 이전(현저히 저렴한 대가로 이전하는 경우를 포함한다)하는 것 또는 기여에 의하여 타인의 재산가치를 증가시키는 것을 말한다.제4조【증여세 납세의무】

① 수증자는이 법에 의하여 증여세를 납부할 의무가 있다. 다만, 수증자가 영리법인인 경우에는 당해 영리법인이 납부할 증여세를 면제하되, 제45조의2의 규정에 의한 증여세를 명의자인 영리법인이 면제받은 경우에는 실제소유자(영리법인을 제외한다)가 당해 증여세를 납부할 의무가 있다.제35조【저가ㆍ고가양도에 따른 이익의 증여 등】

① 다음 각호의 1에 해당하는 자에 대하여는 당해 재산을 양수 또는 양도한 때에 그 대가와 시가와의 차액에 상당하는 금액으로서 대통령령이 정하는 이익에 상당하는 금액을 증여재산가액으로 한다.1.타인으로부터 시가보다 낮은 가액으로 재산을 양수하는 경우에는 그 재산의 양수자

(4) 상속세 및 증여세법 시행령제26조【저가ㆍ고가양도에 따른 이익의 계산방법 등】

① 법 제35조 제1항 제1호에서 “낮은 가액”이라 함은 양수한 재산(다음 각호의 것을 제외한다)의 시가(법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 말한다. 이하 이 조 및 제31조에서 “시가”라 한다)에서 그 대가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상 차이가 있거나 그 차액이 3억원 이상인 경우의 그 대가를 말한다.

1. 법 제40조 제1항의 규정에 의한 전환사채등

2. 「증권거래법」에 의하여 한국증권거래소에 상장되거나 한국증권업협회에 등록되어 있는 법인의 주식 및 출자지분으로서 한국증권거래소 또는 협회중개시장에서 거래된 것(제33조 제2항의 규정에 의한 시간외시장에서 매매된 것을 제외한다)

② (생 략)

③ 법 제35조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 이익”이라 함은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 계산한 대가와 시가와의 차액에서 다음 각호의 가액중 적은 금액을 차감한 가액을 말한다.

1. 시가에서 대가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상이거나 대가에서 시가를 차감한 가액이 시가의 100분의 30 이상인 경우에는 시가의 100분의 30에 상당하는 가액

2. 3억원

(5) 민법제543조【해지, 해제권】

① 계약 또는 법률의 규정에 의하여 당사자의 일방이나 쌍방이 해지 또는 해제의 권리가 있는 때에는 그 해지 또는 해제는 상대방에 대한 의사표시로 한다.

② 전항의 의사표시는 철회하지 못한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 2005.11.29. 청구법인과 OO 간에 청구법인이 보유하고 있던 OO의 주식 20,250주와 OO가 보유하고 있던 OO시공의 주식 59,760주를 교환기준일자를 2005.12.30.로 하여 교환하기로 약정하였으나,처분청은 청구법인과 OO는 특수관계법인으로「법인세법」제52조제1항 및 같은 법 시행령 제89조 제2항 제2호 규정에 의거 「상속세 및 증여세법」에 의한 보충적 평가방법에 의하여 청구법인이 OO에게 주기로 한 OO 주식 20,250주를 1,619,655,750원으로 평가하고 장부가액 202,500,000원과 차액 1,417,155,750원을 청구법인의 각 사업연도소득 익금에 산입하고, 청구법인이 OO로부터 받기로 한 OO시공 주식 59,760주를 3,960,805,152원으로 평가하고 주기로 한 OO 주식 20,250주 평가액 1,619,655,750원과의 차액 2,341,149,402원을「상속세 및 증여세법」제35조의 증여재산가액으로 하여 2008.10.10. 청구법인에게 이건 경정·고지한사실이 심리자료에 나타난다.

(2)청구법인은 1차계약서 사본은 초안이며 계약체결후 3년 이내에교환으로 받은 OO시공의 주식가치가 현저히 감소하는 등의 사유가 발생하여 재산적 손실이 초래될 경우에는 본 계약은 원천무효로 하기로 하는 특기사항이 포함되어 있는2차계약서가 최종 확정된 계약서라고 주장하며1차계약서, 2차계약서, 청구법인 2008년도 제8차 이사회 회의록, OOOO법원 화해권고결정문, 2005회계연도 OO 및 OO시공 주식등변동상황명세서, 2008회계연도 OO 및 OO시공 주식등변동상황명세서, OO시공의 부실채권발생관련 증빙, OO의 실무자 박OO의 확인서,OOOO경찰청 압수목록,OO시공 및 OO의 임시주주총회 의사록, 재산출연증서,청구법인 이사장 이OO와 OO 대표이사 김OO의사실확인서를관련증빙으로 제시하고 있어이에 대하여 본다. (가) 1차계약서와 2차계약서를 비교하여 보면, 주식교환계약의 취지와 교환내용은 동일하며, 특기사항으로 1차계약서는 “기타사항은 상관례에 따라 상호협의하여 처리하기로 한다.”라고 기재되어 있고, 2차계약서는 “청구법인은 본 계약체결후 3년 이내에 교환으로 받은 OO시공의 주식의 가치가 현저히 감소하는 등의 사유가 발생하여 재산적 손실이 초래될 경우에는 본 계약은 원천무효로 하고 OO의 주식을 원상회복하기로 한다”.“라는 3년 이내 해제조건부가 추가된 사실이 나타난다. (나)2008.5.27.에 개최된 청구법인의 2008년도 제8차 이사회 회의록을 보면, 쟁점주식교환계약을 원천무효로 하고 OO에 대한 주식반환소송을 제기하는 안건을 의결한 사실이 나타나고 있다.

(다) 청구법인을 원고로 하고 OO를 피고로 한 OOOO법원 화해권고결정문(OOOOOOOOOO주식반환, 2008.9.4.)상,OO는 청구법인으로부터 OO시공 발행의 액면가 10,000원인 보통주식 59,760주를 반환받음과 동시에 청구법인에게 OO 발행의 액면가 10,000원인 보통주식 20,250주를 반환하라는 내용이 나타난다. (라) 2005회계연도 OO·OO시공 주식등변동상황명세서와 2008회계연도 OO·OO시공 주식등변동상황명세서를 보면, 2005회계연도에 청구법인이 보유하고 있던 OO의 주식 20,250주와 OO가 보유하고 있던 OO시공의 주식 59,760주를 교환한 사실이 나타나고, 2008회계연도에는 청구법인이 OO의 주식 20,250주를, OO가 OO시공의 주식 59,760주를 각각 반환받은 사실이 나타나고 있다. (마)OO시공의 부실채권(총 2,356백만원) 발생 관련증빙으로서,2006.3.6. OOO아파트(아파트명 : OOOO) (O)OO건설에 대한 공사미수금 1,054백만원 대손처리관련증빙,2006.9.14. OOO아파트와 관련하여 418백만원 연대보증금 변제관련증빙,OO개발에 대한 공사미수금 884백만원포기관련증빙으로OO시공 2005사업연도 대차대조표 및 유동자산명세서, 대손금 조정명세서, 법원판결문, 합의서,채권추심종결보고서,주식양도양수계약서 등을 제시하고 있다.

(바) 처분청은OO시공 및 OO의 부실채권금액은다음 <표>와 같으며, OO의 부실채권금액(2,754백만원)이 OO시공의 부실채권금액(2,147백만원)보다 더 크다는 의견을 제시하고 있으나, 청구법인은(O)OO건설 연대보증금 변제와 관련하여 OO시공의 공사현장으로서 원칙적으로 OO시공이 전액부담하여야 하고, 418백만원을 OO시공이 전액 부담하였으므로 418백만원 전액을 OO시공의 부실채권으로 보아야 하고, 그러하다면 OO시공의 부실채권금액은 2,356백만원, OO의 부실채권금액은 2,545백만원으로OO시공의 2005사업연도의 자본금은 6억 7백만원, 자본총액은 1,946백만원,부실채권금액 2,356백만원으로 부실채권금액이 자본총액의 121%이나, OO의자본금은 15억원, 자본총액은 4,414백만원, 부실채권금액은 2,545백만원으로 부실채권금액이 자본총액의 57%에 지나지 않는다고 주장하고 있다.<표> OO시공과 OO의 부실채권비교O) OOOO O OOO OO(사) 청구법인이OOO아파트(O)OO건설연대보증금 418백만원 변제와 관련하여 제시한 증빙을 보면, OOO아파트가 분양되지 않아 시행사인 (O)OO건설, 시공사인 OO시공, 시공사의 연대보증인인 OO가 수분양자 8인의 중도금대출 각 1억원씩을 받는 데 있어 연대보증을 하였으나, OO와 OO시공은 각 4천만원에 대해서만 보증을 하였으나, 주채무자인 수분양자들이 채무변제를 하지 못하자 국민은행이 주채무자와 연대보증인들을 상대로 소송을 제기하여 OO와 OO시공은 연대하여457,010,314원을 지급하라는 판결을 받았으며,주채무자 중 1인인 윤OO이 본인 채무 등을 상환하고, 차OO은 소송비용을 본인이 부담하는 관계로 OO시공은 418,628,150원만 지급하고,구상권행사의 일환으로 OO시공이OOOOOO(O)에 채권추심을 의뢰하여

OOOOOO(O) OO지사가 OO시공이 주채무자인 OOO아파트 수분양자들인 석OO 등 6명에 대한 채권(372,522,535원) 추심의뢰에 대하여 회수금액이 없음을 회신하고 있다. (아)OO의 실무자(상무) 박OO의 2008.6.30.자 확인서(2008.6.30.)에서, 박OO은 OO의 사실상의 경영자로서, OO는 2005.11.29. 청구법인과 주식교환계약을 체결하고, OO가 소유하고 있던 OO시공 발행주식 59,760주와 청구법인이 소유하고 있던 OO 발행주식 20,250주를 교환했음을 확인하면서, 2차계약서 사본을 첨부하고 있다. (자)OOOO경찰청 압수목록에는문서보관상자, 계약서철 등으로만 기재되어 있고 1차계약서 또는 2차계약서가 포함되어 있는지 확인이 되지 않고 있으며, 2008.9.24.에 있은OO시공 및 OO 임시주주총회의 의사록을 살펴보면,청구법인이 OOOO법원에 OO를 상대로 주식반환 소송을 제기하여 원인무효로 인한 OO의 주식을 반환받고, 청구법인이 소유하던 OO시공의 주식 59,760주에 대한 주식은 OO에 반환됨에 따라 청구법인에 지급된 2006, 2007 및 2008년 배당금(주당 배당금 2,600원)을 OO시공이 회수하여 이를 OO에 중간배당으로 지급하는 방안과 청구법인이 OO의 주식을 반환 받음에 따라 청구법인이 2007년 및 2008년 OO의 주주로서 지급받아야 할 배당금(주당 배당금 7,700원)에 대하여 OO가 청구법인에 중간배당금을 지급하는 방안을 상정하여 의결한 사실이 나타나고 있다.

(차)재산출연증서를 보면,2005.11.29. 이OO, 조OO, 한OO는 OO시공 주식 496주, 250주, 250주를 청구법인에 각각 기부한 사실이 나타나고 있고,2010년 2월에청구법인의 이사장 이OO와 OO의 대표이사 김OO가 작성한사실확인서에서,청구법인과 OO간의 성립·이행한 주식교환계약서는 2차계약서이며, 1차계약서는 이행된 바 없는 계약서 초안임을 확인하고 있다.

(3) 청구법인은 2009.2.26.에 있은 심판관회의에 1, 2차계약서 작성 당시 OO의 실무자 박OO과 처분청의 조사공무원 이OO(현재 OO세무서 근무)과 이OO(현재 OOO세무서 근무)이 참석하여, <별첨>과 같은 내용의 의견진술을 하였다.

(4)문서의 제출 또는 송부는 원본, 정본 또는 인증등본으로 하여야 하는 것이므로, 원본, 정본 또는 인증등본이 아니고 단순한 사본만에 의한 증거의 제출은 정확성의 보증이 없어 원칙적으로 부적법하며, 원본의 존재 및 원본의 성립의 진정에 관하여 다툼이 있고 사본을 원본의 대용으로 하는 데 대하여 상대방으로부터 이의가 있는 경우에는 사본으로써 원본을 대신할 수 없으며, 반면에 사본을 원본으로서 제출하는 경우에는 그 사본이 독립한 서증이 되는 것이나 그 대신 이에 의하여 원본이 제출된 것으로 되지는 아니하고, 이 때에는 증거에 의하여 사본과 같은 원본이 존재하고 또 그 원본이 진정하게 성립하였음이 인정되지 않는 한 그와 같은 내용의 사본이 존재한다는 것 이상의 증거가치는 없다(대법원 OOOOOOOOOO, 2002.8.23. 참조).

(5) 살피건대,청구법인은 수익사업 확충방안을 모색하던 중 사학재단으로 가장 앞서 나가는 학교법인 OO학원의 수익사업모델 경영방식을 도입하기로 하고 청구법인이 소유하는 OO 주식 20,250주와 OO가 소유하는 OO시공 주식 59,760주를 교환하기로 하였고, 2005.11.29. 주식교환계약 체결시, OO시공 주식의 부실성을 염려하여 조건부계약으로 주식교환을 이행하였다고 주장하고 있는 점,2008년 6월초 세무조사시 교환계약서 제시요구에 OO는 2차계약서 원본이 없어 조사공무원의 원본제시요구도 없고 추후 소명기회가 주어질 것이라 믿고 청구법인이 보관하고 있는 원본을 사후에 조사하면 진실이 밝혀질 것이라 생각하고 실무자가 개인적으로 보관하고 있던 1차계약서 사본을 제시하고조사공무원이 확인서를 받으러 왔을 적에 청구법인측에 요청하여 청구법인이 보관하고 있는 2차계약서 원본을 복사해 와 이 사본을 확인서에 첨부하였다는OO의 계약서 작성 실무자가 행한 의견진술에 대하여 세무조사 당시 조사공무원이 2차계약서 원본을 제시해 달라고 OO에 요청하였는지 여부에 대한 조세심판관의 질문에 대하여 요청한 사실이 없다고 답변한 점, 청구법인을 상대로 세무조사를 하지 아니하고 2차계약서 원본요구도 하지 아니한 점,2차계약서를 근거로 하여OO는 청구법인으로부터 OO시공 발행의 액면가 10,000원인 보통주식 59,760주를 반환받음과 동시에 청구법인에게 OO 발행의 액면가 10,000원인 보통주식 20,250주를 반환하라는 내용의OOOO법원의 화해권고결정을 내린 점,2005회계연도 OO·OO시공 주식등변동상황명세서상에 청구법인이 보유하고 있던 OO의 주식 20,250주와 OO가 보유하고 있던 OO시공의 주식 59,760주를 교환한 사실이 나타나고, 2008회계연도 OO·OO시공 주식등변동상황명세서상에

청구법인이 OO의 주식 20,250주를, OO가 OO시공의 주식 59,760주를 각각 반환받은 사실이 나타나고 있는 점,계약서 양 당사자인 청구법인과 OO는1차계약서는 원본이 없는 사본으로1차계약서는 이행된 바 없는 계약서 초안임을 확인하고 있는 점,2005사업연도 자본금과 자본총액에 비한 부실채권금액의 비율이 OO시공이 OO보다 현저히 높은 점,원본이 존재하지 않은 상황에서 사본을 원본의 대용으로 하는 데 대하여 상대방으로부터 이의가 있는 경우에는 사본으로써 원본을 대신할 수 없는 점등을종합적으로 고려하면 2차계약서가 이 건의 경제적 실질을 나타내는 진정한 계약서로 보이므로 1차계약서에 근거하여 청구법인에게 법인세 및 증여세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.OOOOOOOOOOOOOOOOOO