주택재개발사업 시행에 따라 보유하던 2채의 빌라가 1개로 전환된 쟁점입주권이 양도소득세 비과세에 해당한다는 청구주장의 당부

청구인이 관리처분계획 인가일 현재 2개의 주택을 보유한 경우로 보아 종전 2주택 중 1개의 주택에 해당하는 양도차익에 대하여는 비과세를 부인하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 1991.8.14. OOO 소재 다세대주택 2개(지하 4호 39.33㎡ 및 1층 104호 39.33㎡, 이하 “종전 2주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중, 2015.11.19. OOO재개발지역으로 관리처분계획인가로 종전 2주택을 조합에 제공하고 1조합원 입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)을 취득하였다.

나. 청구인은 2018.2.26. 쟁점입주권을 OOO에 양도하고, 2018.4.30. 1세대 1주택 비과세로 하여 2018년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

다. 처분청은 2018.9.17.부터 2018.10.6.까지 실시한 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과, 청구인이 관리처분계획 인가일(2015.11.19.) 당시 2개의 주택을 보유하여 쟁점입주권이 1세대 1주택 비과세요건을 충족하지 못한 것으로 보고, 종전 2주택 중 1개의 주택에 해당하는 양도 차익에 대하여는 과세하는 것으로 하여, 2019.1.2. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2019.5.3. 이의신청을 거쳐 2019.7.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 양도 차익은 자산의 양도 당시를 기준으로 산출하므로, 당해 자산의 양도가 비과세 요건 해당하는지 여부도 양도 당시를 기준으로 판단하여야 한다. (가) 조합원입주권을 1개 소유한 1세대의 양도소득세 비과세를 규정한 「소득세법」 제89조 제1항 제4호(구 「소득세법 시행령」제155조 제17항)의 입법취지는 재개발·재건축 조합에 주택 및 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 입주권을 양도하는 경우에 이를 종전주택과 부수토지로 간주한다는 판례(OOO 1994.3.8.선고 93누17324 판결)를 받아들여 입법한 것으로, ‘양도일’ 현재를 기준으로 다른 주택을 보유하고 있는지 여부를 판정하도록 규정하고 있다. (나) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 1세대 1주택 양도의 비과세 요건을 규정하면서, ‘당해 주택의 양도일 현재’를 기준으로 하여 1세대 1주택의 보유 여부를 판정하도록 규정하고 있으며, 조합원입주권을 양도함에 있어 입주권으로 전환되기 전의 주택 수를 기준으로 하여 판단한다는 조문은 「소득세법」 어디에도 없다. (다) OOO 판례 또한 분양권 취득 당시 2개의 주택을 보유하고 있었다 하더라도 분양권을 양도할 당시 다른 주택을 소유하고 있지 아니하면 1세대 1주택에 해당한다고 판시하여 분양권 양도시 1세대 1주택 비과세 판단은 양도일 현재 상황에 의한다는 점을 명백히 하고 있다(OOO 2008.6.12. 선고 2007두10501 판결 참조).

(2) 처분청이 주장하는 OOO 예규(서면-2015, 법령해석재산-1770, 2016.1.22.)는 법률을 확장 해석한 것으로 조세법률주의 원칙에 반한다. (가) 해당 OOO 예규는 쟁점입주권에는 2개의 주택에 대한 권리가 혼재되어 있는 것으로 보아 납세자가 유리한 방법으로 1개의 주택에 상당하는 입주권 양도 차익을 안분하여 과세하고 나머지 1개의 양도 차익은 비과세한다고 해석하고 있고, 동 예규의 취지는 일반적으로 보유하던 2주택 중 선양도분은 과세대상이나, 이 건과 같이 2주택이 1입주권으로 변환 시 입주권 전체를 비과세하면 선양도 주택에 대한 과세가 배제되는 경우를 가정한 것으로 보인다. (나) 그러나 2주택이 1입주권으로 변환된 경우라도 재개발 사업 완료 후 신축 아파트를 받고 2년 이상 보유하다가 양도하면 비과세가 허용되고, 이 경우에도 보유하던 선양도 주택에 대한 과세가 이루어지지 않는데, 유독 입주권 상태의 양도에 대해서만 1개의 입주권을 2개로 간주하여 과세하라는 동 예규는 법령상의 규정이 없는 자의적인 확장.유추 해석으로 조세법률주의 원칙에 반한다.

(3) 쟁점입주권의 양도에 대한 과세는 다음과 같이 과세형평성에 어긋난다. (가) 1주택이 2입주권으로 전환된 경우와의 형평성을 살펴보면, 이 건과 반대로 1개의 주택이 2개의 조합원입주권으로 전환되어 이 중 하나의 입주권을 양도할 경우, 양도당시의 현황으로 과세여부를 판단하여 선양도 입주권은 과세하고 나머지 입주권만 비과세 하는바, 이 건의 경우도 마찬가지로 양도당시 현황으로 과세여부를 판단하여 요건을 갖추면 비과세를 인정해야 한다. (나) 준공주택을 2년 이상 보유 후 양도하면 비과세하는 경우와의 형평성을 살펴보면, 재개발 완료 후 준공 아파트를 2년 이상 보유하다가 양도 시에는 비과세가 되는데, 이 경우에는 관리처분일 이전의 주택수와 관계없이 비과세를 허용하는바, 유독 입주권 상태의 양도만 관리처분일 이전의 주택 수에 따라 과세여부를 판단하는 것은 형평성에 맞지 않는다. (다) 2주택 멸실 후 신축주택 비과세 규정과의 형평성을 살펴보면, 인접한 2개의 주택을 취득하였다가 멸실 후 1개의 주택을 신축하여 양도한 경우는 1세대 1주택으로 보아 비과세를 인정하는데, 청구인도 1개의 조합원입주권을 취득하기 위해 2개의 주택이 소모된 것이고, 1개의 입주권만을 2년 이상 보유하여 비과세 요건을 충족하였음에도 이를 2개의 입주권으로 의제하여 과세하는 것은 일반주택 양도와 형평성에 맞지 않는다.

(4) 관리처분계획인가일 현재 반드시 1개의 주택만 보유해야 비과세가 가능한 것은 아니다. 처분청은 「소득세법」 제89조 제1항 제4호 본문 괄호 안의 내용인 관리처분계획인가일 현재 제3호 가목(1세대 1주택)에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한하여 비과세가 적용되며, 청구인은 관리처분계획인가일 현재 2주택자이므로 동 규정의 적용 대상이 아니므로 과세처분이 정당하다고 주장하나, OOO은 ‘구 「소득세법 시행령」제155조 제17항의 입법 취지나 입법 경위, 규정 내용을 비추어 볼 때 분양권의 양도에 따른 소득이 비과세가 되기 위해서는 그 분양권을 양도할 당시 다른 주택이 없고 사업계획승인일 현재 기존주택의 보유 기간이 3년 이상 되는 등 구 「소득세법 시행령」제154조 제1항의 소정의 비과세 요건을 갖추면 되는 것이지 그 외에 사업계획 승인일 현재 1세대가 1주택을 보유할 요건까지 갖출 것을 요구하는 것은 아니라고 할 것이다’라고 판시하였고(OOO 2008.6.12. 선고 2007두10501 판결), 현재 동 규정은 「소득세법」 제89조 제1항 제4호로 조문만 본법으로 옮겨 그 내용은 동일하게 규정하고 있으므로, OOO 2008.6.12. 선고 2007두10501판결은 여전히 현재 세법의 해석기준이 되고 있는바, 관리처분계획인가일 현재 반드시 1개의 주택만 보유하고 있어야 입주권 양도가 비과세되는 것은 아니고, 양도 대상 입주권에 기초한 기존주택이 2개라 할지라도 보유 요건을 갖추고 양도일 현재 다른 주택만 없으면 비과세 적용이 가능하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당해 자산의 양도 차익은 양도 당시를 기준으로 산출하게 되므로 당해 자산의 양도가 비과세 요건에 해당하는지 여부도 양도 당시를 기준으로 판단해야 하고, 이 건은 양도일 당시 비과세 요건을 갖추었으므로 양도소득세 비과세 신고가 정당하다고 주장하나, 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 제4호는 조합원입주권을 1개 보유한 세대가 동 조합원입주권을 양도시 “관리처분계획의 인가일 현재 1세대 1주택을 소유하는 세대에 대해서 양도소득세를 과세하지 아니한다.”라고 하여 관리처분계획의 인가일 현재 1세대 1주택이어야 한다고 명백히 규정하고 있는바, 조합원입주권 비과세 특례규정 적용을 위해서는 관리처분계획인가일 현재 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추고, 양도일 현재 다른 주택이 없거나, 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우 1주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하여야 하는 요건을 모두 충족해야 한다.

(2) 이 건의 경우 양도일 현재 다른 주택은 없으나, 관리처분계획인가일 현재 2개의 주택을 보유하고 있었고, 2개의 주택분에 대해 1개의 조합원입주권을 공급받았으므로 조합원입주권의 양도 차익 중 청구인에게 유리한 1개의 주택 외 다른 주택 해당 분은 「소득세법」 제89조 에 따른 1세대 1주택 비과세 대상에 해당되지 않는다.

(3) 또한 OOO 예규[서면-2015-법령해석재산-1770(2016.1.22.)]에서도 “1세대가 2년 이상 보유하고 있는 2개의 주택 전부가 주택재개발사업지역에 포함되어 1조합원입주권을 취득하여 보유하다가 해당 1조합입주권을 양도하는 경우 종전 2개의 주택 중 당해 거주자가 선택한 주택 이외의 주택의 양도차익 상당액에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것입니다.”라고 같은 취지로 해석하고 있고, 오히려 청구인의 주장대로라면 동일한 2주택을 보유한 경우라도 재개발이 되지 않고 2주택을 동시에 양도하면 하나의 주택에 대해 양도소득세 과세대상이 되지만, 이 건과 같이 재개발로 인해 관리처분 인가일 현재 2개의 주택을 제공하고 1개의 입주권을 받은 경우는 2개의 주택 모두 비과세를 적용받게 되는바, 둘 간의 형평성 문제가 발생한다.

(4) 따라서 관련 법령 및 예규에 따른 처분청의 양도소득세 경정고지 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주택재개발사업 시행에 따라 보유하던 2채의 빌라가 1개로 전환된 쟁점입주권이 양도소득세 비과세에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제89조[비과세 양도소득]

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

가. 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 아니할 것 나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략)

⑨ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다.

(17) 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우"란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 과세 근거에 관한 증빙으로 제출한 자료 및 이의신청결정서에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 처분청의 청구인에 대한 2018년 귀속 양도소득세 경정처분의 주요 내용은 다음 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청 경정내역 (나) 폐쇄등기부증명서에 의하면 청구인은 종전 2주택인 OOO 소재 다세대주택 15세대 중 지하 4호 39.33㎡(전용면적) 및 1층 104호 39.33㎡(전용면적)를 1991.8.14., 1993.10.16, 1994.3.16. 각각 지분 OOO씩 취득한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 OOO주택재개발정비사업(2015.11.19. 관리처분계획인가)에 따라 종전 2주택을 조합에 제공하고 1개의 쟁점입주권을 취득하였으며, 종전 2주택의 관리처분계획인가 내용은 다음과 같다. (라) 쟁점입주권 매매계약서를 살펴보면, 계약일은 2018.1.24.이고, 잔금청산일은 2018.2.26.이며, 매매대금은 OOO이고, 부동산의 소재지는 OOO 일대 OOO이며, 분양금액은 OOO원이며, 권리가액은 OOO원이고, 프리미엄은 OOO원으로 나타난다. (마) 처분청의 조사종결 보고서를 보면, 청구인이 보유하던 2개의 주택 전부가 쟁점입주권으로 전환되었고, 청구인은 이를 보유하다가 양도하였으며, 종전 2개의 주택 중 거주자가 선택한 주택(부수토지 포함)이외의 주택(부수토지 포함)의 양도차익 상당액에 대하여 양도소득세를 과세하였다는 내용이 나타난다.

(2) 「소득세법」2016.12.20. 이 개정되어 「소득세법 시행령」(대통령령 제27074호) 제155조 제17항에 규정되어 있던 조합원입주권 관련 비과세 요건이「소득세법」(법률 제14389호) 제89조 제1항 제4호에 직접 규정된 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「소득세법」제89조 제1항 제4호에서 조합원입주권을 1개 보유한 1세대(「도시 및 주거환경정비법」 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일 현재 같은 항 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대)가 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 않은 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 비과세를 적용하도록 규정되어 있고, 「소득세법 시행령」제154조 제1항에서 「소득세법」제89조 제1항 제3호 가목에서 ‘대통령령으로 정하는 요건’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다고 규정되어 있다.

(나) 청구인은 자산의 양도에 대한 비과세요건 충족 여부는 양도 당시를 기준으로 판단하는 것이고, 쟁점입주권의 양도일 현재 다른 주택이 없었으며, 종전 2주택 모두 보유기간 요건을 충족하였으므로 양도소득세 비과세 신고는 정당하다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평주의 원칙에도 부합한다 할 것(OOO 2009.8.20. 선고 2008두11372 등 판결 참조)이고, 청구인의 쟁점입주권 양도 당시 적용되는 위 「소득세법」규정은 관리처분계획인가일 현재 비과세 요건을 갖춘 조합원입주권을 양도하는데 양도일 현재 다른 주택을 보유하지 않은 경우 해당 조합원입주권에 대한 양도소득에 대하여 비과세를 적용하는 것으로 해석하는 것이 합리적인 것으로 보이는 점, 청구인이 주장하는 OOO 2008.6.12. 선고 2007두10501 판결은 사업계획승인일 현재 대체주택을 보유하고 있다가 대체주택을 양도하고 양도소득세를 신고하여 결과적으로 1개 입주권을 양도한 소득에 대하여만 비과세가 적용된 경우로서 이 건과 차이가 있는 점 등에 비추어, 청구인이 관리처분계획 인가일 현재 2개의 주택을 보유한 경우로 보아 종전 2주택 중 1개의 주택에 해당하는 양도차익에 대하여는 비과세를 부인하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.